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文檔簡(jiǎn)介
1、不少研究生們可能都有這樣的體會(huì):千辛萬(wàn)苦得來的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,不知道該如何展現(xiàn)給別人?的確如此,有些研究工作做得非常出色,可能由于呈現(xiàn)方式的問題,不能發(fā)表高水平的文章(尤其是SCI文章)。仔細(xì)分析C-N-S系列的大牛文章,不難發(fā)現(xiàn),這些高水平論文的圖表質(zhì)量也高人一籌。因此,合理的“包裝”自己的實(shí)驗(yàn)結(jié)果非常重要。一,共聚焦1.拍照時(shí)要保留大中小三個(gè)倍數(shù)的圖,且分辨率不能太低(我們用1024*1024),能大則大,我們是因?yàn)闄C(jī)器限制。用的時(shí)候要進(jìn)行裁減,比如文章上放的是200倍和400倍的圖,實(shí)際上200倍的圖來自拍照時(shí)100倍的圖,400倍的圖來自拍照時(shí)200倍的圖。這樣有利于準(zhǔn)確地形成系列。2.對(duì)比
2、度、中間色之類可以(或者是必須)在保證趨勢(shì)的基礎(chǔ)上進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整。3.熒光不提倡定量,定量要配合western。4.應(yīng)該是tif格式。5.拍照時(shí)一般不要把對(duì)比度調(diào)節(jié)的太大,盡量保存細(xì)節(jié)。拍的太強(qiáng)了后期是不好調(diào)弱的,或者背底太暗了也會(huì)丟失細(xì)節(jié)的。這些后期都可以通過軟件調(diào)節(jié)。6.低倍-高倍的順序。反之會(huì)形成暗區(qū),特別是在高倍加zoom放大層掃之后特別明顯。這是教訓(xùn),不能看見高倍下面比較好的結(jié)果,就欣喜若狂,先高倍后低倍。7.一定要保留你的oib格式,不能因?yàn)槭】臻g,只存留tif格式。有些雜志會(huì)要求偽色,比如,紅色的用粉色顯示,要是有oib格式就很好調(diào)整,重新出圖就是。沒有oib,用tif也可以用其他
3、軟件轉(zhuǎn)換,但總覺得最后的顏色不是很對(duì),因?yàn)楹茈y把握粉色的色值。8.層掃的疊加或出2D的tif圖,建議不要用“輸出所見”這個(gè)選項(xiàng),這樣出來的1024-1024的會(huì)變成512-512,這時(shí)候還是選擇一般tif,1024-1024,后期再用其他軟件合成會(huì)比較好。9.結(jié)果好,拍照好,才是最基本的,一定要杜絕對(duì)結(jié)果的修改。對(duì)于形態(tài)學(xué)的來說,用軟件修改后的用一些二進(jìn)制的軟件打開后可以明顯看出修改過程。這是同學(xué)告訴我的,自己沒試過,因?yàn)闆]這樣修過。二,幻燈片實(shí)驗(yàn)室就非常強(qiáng)調(diào)你的匯報(bào)能力?;脽羝辽偈且獰o(wú)懈可擊??赡苣愕墓ぷ骱芷粒悄阕隽艘粋€(gè)很粗糙的幻燈,而且講的也很粗糙,這樣,別人對(duì)你的評(píng)價(jià)就會(huì)打折扣。
4、我一般喜歡用prism作圖,非常漂亮,而從來不用excel作圖。而幻燈,思路要很明確,背景要介紹清楚。然后大家一定要控制時(shí)間,給你十五分鐘,最好是留有10s的空余,但是一定不能多,也不能講到十分鐘就結(jié)束了。三、目前雜志投稿沒有一個(gè)統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)比較麻煩,比如照片的DPI不同雜志要求就不一樣,有的雜志甚至單獨(dú)要求Merge的DPI,還有的連統(tǒng)計(jì)圖的線粗細(xì)磅數(shù)也要求不一樣。這就造成一稿被拒,還要重新治理很多照片和統(tǒng)計(jì)圖,非常麻煩。1.首先對(duì)文章中的邏輯關(guān)系要十分清楚,針對(duì)results部分排好序,而且開始的時(shí)候要多準(zhǔn)備一點(diǎn),挑出幾張拍攝效果好的,在投稿的時(shí)候,除了你認(rèn)為最好的那張圖以外,還可以放幾張備
5、選圖到附件中。2.的排列一定要有邏輯性,不管是從大體形態(tài)到分子機(jī)制,還是從分子機(jī)制再到形態(tài)學(xué),不管按照什么方式敘述,都要按照一定的邏輯順序。3.要盡量的精美,而且要每組要保留幾個(gè)備用的,以免要求修改時(shí),找不到合適的。4.要注重細(xì)節(jié),放在PPT上排列時(shí),要注意上下左右的盡量對(duì)齊,包括用來放在柱形圖上的小星號(hào),一定要對(duì)齊,放好。5.代表趨勢(shì)變化的圖,一定要能看出趨勢(shì)。不明顯的圖就不要放在上面了。6.如果是大體照片,比如關(guān)節(jié)炎腫脹的照片,要放一個(gè)尺在背景中,這樣即使照片焦距不一樣,有了尺的刻度在照片里,就很能說明問題(尺的刻度隨照片大小改變而改變)。7.在excell中作的柱狀圖或線圖,我一般都是用
6、字體14號(hào),字形加粗,線條粗細(xì)在1.75到2.0。8.當(dāng)然大家想要得到精美掌握photoshop等作圖軟件是少不掉。9.幾幅圖如何排版,最好看看級(jí)別高的雜志,他們是如何排版的。10.每次都感嘆老外的綜述性文章的,看的很直觀,這次我也發(fā)表了一篇綜述性文章,找一個(gè)做動(dòng)漫的高手,將我個(gè)人的想法在photoshop上畫了一個(gè)精美的,故有時(shí)可以請(qǐng)專業(yè)人士幫忙。11.對(duì)于病理的,照相時(shí)要加標(biāo)尺,一般用Tif保存,盡可能保存分辨率高的(以后再壓縮都行)。我一般都是100倍的照1張,200倍的照4張,400倍的照4張。12.要在PPT或paper中呈現(xiàn)的時(shí)候,最好加一個(gè)邊框,之間不要距離太寬,這樣要好看些。1
7、3.組合時(shí),一般用photoshop.注意細(xì)節(jié),上下左右要對(duì)齊。每個(gè)的背景要調(diào)整一致。14.做統(tǒng)計(jì)圖時(shí),用origin,Prism,sigmaPlot。這樣做出來的圖確實(shí)要好看,而且容易調(diào)整間距,字體等。當(dāng)然用EXCEL也能做出好看的圖,但是需要仔細(xì)修改,比如要去除網(wǎng)格線。15.所有的最好符合黃金分割原理,長(zhǎng)寬比例控制在1.6左右。圖中重點(diǎn)強(qiáng)調(diào)的內(nèi)容一定要加粗,或者用很醒目的符號(hào)??傊钅芪搜矍虻牡胤骄褪悄阄恼伦钪匾牟糠帧?6.的英文字體最好用Arial。四、圖表1.完整性。圖表應(yīng)包含摘要中所有的重要結(jié)果,并且信息量要比摘要更豐富,這樣才顯得豐滿。但也要注意別把所有結(jié)果都堆砌上去,這樣反
8、而會(huì)干擾文章的邏輯主線。2.邏輯性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果不同部分的圖表必須互相聯(lián)系,形成一個(gè)連貫的邏輯鏈條,以支撐文章的結(jié)論。如果只看圖表不看正文也能自然地得出結(jié)論的話,那說明其邏輯主線是非常清晰的。3.精煉的文字說明。配以文字說明,使得圖表易讀易懂,但一定要簡(jiǎn)潔精煉,否則還不如去看結(jié)果的文字部分呢。4.把握一些細(xì)節(jié)問題。比與圖之間的間距以及字體的大小、位置應(yīng)保持一致,中指示箭頭與背景的對(duì)比要明顯.等等。圖表及文字說明的排布要力求整齊劃一,給審稿人一個(gè)嚴(yán)謹(jǐn)?shù)挠∠?。五、論?.條理清晰:編號(hào)要有條理,可以所有的都不編號(hào),也可以編成1,1.1,。等等,但一定要前后一致。2.豐富多樣:我認(rèn)為一篇論文中應(yīng)該有圖有
9、表,有的數(shù)據(jù)既可以以表格形式表示,也可以用Excel畫出圖,那么就應(yīng)該看看文章中缺什么,比比較多,那就畫個(gè)表,等等。3.對(duì)于文章的格式,有一些具體的要求:字體(Font):TimesNewRoman,字體大小(Fontsize):12(即小四),行距(Spacing):雙行(doublespace),紙張:8.5-by-11-inch(相當(dāng)于A4),紙張邊距(Pagemargins):各留1inch。4.書寫要求:右邊不對(duì)齊(donotjustifythelinesattherightmargin),每段第一個(gè)單詞嵌入1inch(Tab鍵,或五個(gè)空格)。5.對(duì)于圖,首先要寫好Figureleg
10、ends,“readersdoNOTneedtolookatthetexttofindoutwhatthefiguremeans”,所以Figurelegends要敘述清楚。6.繪圖工具:Photoshoporpowerpoint7.大小:one-columnortwo-column8.字體選擇:HelveticaorArial9.如果數(shù)據(jù)比較多的時(shí)候盡量放到表里面,減少結(jié)果部分文字的篇幅,我有一篇文章審稿人就要求我把文字部分的數(shù)據(jù)放到表中。10.圖中盡量多做標(biāo)注,最好做到不看legend也能看懂圖的內(nèi)容。11.圖的數(shù)量不宜太多,不重要的圖不必顯示。12.示意圖宜簡(jiǎn)單明了,無(wú)關(guān)的東西不需要六、
11、如何做免疫組化的圖免疫組化做完后就要進(jìn)行目的蛋白表達(dá)水平的評(píng)估,就是讀片的過程,期間可以留意哪些染色具有代表性,可以作為文章中的圖,用顯微鏡拍好后,接下來就是如何將這些代表性的圖(如weak,moderate,stongstaining)合成一張圖。1.將不同的圖同時(shí)用Photoshop打開,同時(shí)新建一張背景圖。.考慮到美觀,可以采用圓形選擇工具,比如直徑為2cm,在每張圖上進(jìn)行選擇,將選好的區(qū)域拉到新建的背景圖上。3.注意各個(gè)圖之間要對(duì)齊,可以采用參考線進(jìn)行對(duì)齊或?qū)⒉煌瑘D層進(jìn)行鏈接,然后再對(duì)齊。4.根據(jù)不同雜志的具體要求,設(shè)置圖的大小及分辨率(DPI)。七、作圖軟件老板曾經(jīng)給我說過,一定要十
12、分注意自己放到文章里的,好的更容易讓編輯對(duì)你的文章產(chǎn)生好感;而且,不完善的一旦發(fā)表,它是永遠(yuǎn)不能被撤下來的。過一段時(shí)間,你自己看著就很難受。我以前習(xí)慣于用excel作圖,老板已經(jīng)不允許了,現(xiàn)在全部換成graphpadprism5和canvas11了,剛開始的時(shí)候,用著這兩個(gè)英文軟件也不是很順手,用久了,果然發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)軟件作出的和圖表的確質(zhì)量要好很多,而且,再次改起來也很方便。graphpadprism5還可以直接做統(tǒng)計(jì)分析。至于的初級(jí)處理工作,一般都是在imagej和photoshop里做的。imagej是個(gè)功能很強(qiáng)大的軟件,可以在網(wǎng)上免費(fèi)下載自己需要的插件,完成自己特定的要求?;ハ嘟涣?,共同
13、進(jìn)步。確實(shí)如此,作圖軟件也是影響質(zhì)量和作圖效率的一個(gè)關(guān)鍵因素。作圖軟件(或者統(tǒng)計(jì)軟件)往往因各人的習(xí)慣和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的特點(diǎn)而異。就我個(gè)人而言,我的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)大都是電生理和形態(tài)學(xué)方面的東西,我覺得比較合適的軟件是:1.電生理:Igor4.0;miniAnalysis;Plusfit;2.形態(tài)學(xué):photoshop;IPP3.統(tǒng)計(jì)軟件:spss,excel(一些簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)分析還是很實(shí)用的)的確如此,寫文章過程中需要的主要軟件工具。關(guān)于實(shí)驗(yàn)方面的,不同專業(yè)要求不一樣。在這兒我想說的是,從原始數(shù)據(jù)到文章成稿的過程中,你可能用到的軟件工具:文字的(e.g.Word)、圖形的(e.g.Origin,sigmaP
14、lot,photoshop)、數(shù)據(jù)分析統(tǒng)計(jì)的(e.g.Excel,SPSSorSAS)、數(shù)據(jù)模擬的(e.g.MathCad,Matlab)、文獻(xiàn)管理的(e.g.Endnote)及其專業(yè)軟件。在這過程中,的處理尤為重要!您想讓自己的在文章中看起來更清晰,為您的文章增添更多吸引人的地方除掉軟件以外你的Tables,Figurecaptions,andFigures,還應(yīng)具有科學(xué)性、新穎性和邏輯性,有時(shí)候可觀賞性很重要。在英文綜述性文章中,用示意圖能很好將復(fù)雜問題簡(jiǎn)單化!需要一定的作圖功底能力。個(gè)人覺得大家在作圖時(shí),不要太迷信用專業(yè)的作圖軟件,現(xiàn)有的常規(guī)軟件word、ppt,只要你用心轉(zhuǎn)研,一樣可以
15、做出精美的示意圖。我之前在一次會(huì)議的時(shí)候看到一個(gè)高手做的示意圖,很是漂亮,下來一問,居然是用ppt做的,回來一試,果不其然,自己也能做出很漂亮的彩圖,這次直接在國(guó)基中派上用場(chǎng)。希望大家能夠好好發(fā)掘現(xiàn)有的軟件和素材,小塊頭也有大智慧,呵呵!八、采集原始結(jié)果的原則和方法稿件中的大體可以分為三類:1)來自數(shù)碼相機(jī),如顯微鏡下或大體照片等;2)來自采樣軟件,如powerlab的動(dòng)作電位圖、血壓圖等;3)來自統(tǒng)計(jì)作圖軟件,如Excel的柱狀圖等。操作的三大原則:1)原始圖像要保留,修改后的圖像務(wù)必另存而不要覆蓋原始圖像;2)盡量減少保存次數(shù),以免損失圖像質(zhì)量,可以多處修改,一一完畢后再做存盤;3)所有操
16、作不得使圖像失真,任何影響圖像真實(shí)性的修改都是不允許的。任何修改工作都是在原始圖像的基礎(chǔ)上進(jìn)行,所以如果原始圖像質(zhì)量不佳,那必將事倍功半。下面對(duì)有利于原始圖像質(zhì)量的細(xì)節(jié)略做介紹。不同來源的圖像,其注意點(diǎn)也不一樣,因此分開討論。1)來自照相的獲得的數(shù)碼文件多是在顯微鏡視野下采集的,因此聚焦和暴光是必須要考慮的。顯微鏡下景深極淺,意味著聚焦清晰不能依賴于小光圈,而應(yīng)靠精細(xì)調(diào)節(jié)顯微鏡。注意應(yīng)使照相通道和目鏡觀察通道相一致,即目鏡下最清晰時(shí)拍照也最清晰。拍照時(shí)相機(jī)應(yīng)選擇最大光圈,廣角端。不要使用望遠(yuǎn)變焦,它使得視野變小且放大倍數(shù)難以計(jì)算。聚焦不清的另一主要問題在于相機(jī)的抖動(dòng)。雖然一般相機(jī)都固定在顯微鏡
17、上,但按快門時(shí)的手震有時(shí)仍不可忽視,這時(shí)一個(gè)簡(jiǎn)單的辦法是利用相機(jī)的自拍功能,按下快門之后經(jīng)倒數(shù)計(jì)時(shí)后正式拍攝。暴光時(shí)間的選擇在一般的明視野下可由相機(jī)的自動(dòng)暴光決定;而暗視野下有時(shí)需要高達(dá)幾分鐘的暴光時(shí)間,這是一般數(shù)碼相機(jī)達(dá)不到的,只能通過專業(yè)的CCD系統(tǒng)并用軟件幫助采集圖像。一些軟件可以用來修改暴光不足的照片,但暴光過度往往使圖像細(xì)節(jié)丟失。顯微鏡下拍攝時(shí)閃光燈不起作用,將它關(guān)閉。通過白平衡,一般不會(huì)產(chǎn)生嚴(yán)重的偏色。另外,由于鏡頭的原因,邊角處難免會(huì)有失真,因此,請(qǐng)保證目標(biāo)在視野正中,鏡頭成像最佳范圍內(nèi),而無(wú)須鋪滿整個(gè)視野,現(xiàn)在的數(shù)碼相機(jī)的像素值已經(jīng)足夠高了。2)來自采樣軟件的采樣軟件所采得的原
18、始圖形一般儲(chǔ)存在特定格式的文件中,通過該軟件或配套的分析軟件打開。有的采樣或分析軟件可以將圖形直接輸出到Word或Photoshop中,但有的則不能。這時(shí)最簡(jiǎn)單的辦法就是通過抓屏或抓圖軟件來獲取。通過采樣軟件獲取的圖形輸出后僅做些切割、拼合的工作,不應(yīng)該做更多其它的修改。圖形在采樣軟件中可以通過改變x軸和y軸的縮放比改變形狀,因此一組應(yīng)該選擇統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn),并且標(biāo)注x,y軸的標(biāo)尺。圖形的精細(xì)程度和采樣頻率相關(guān),采樣頻率越高,越精細(xì)。中不必要的顏色信息可以在Photoshop中丟棄。3)來自統(tǒng)計(jì)作圖軟件的常用的統(tǒng)計(jì)作圖軟件包括Origin、Sigmaplot、Excel等。這些軟件作的圖一般都可直接輸出到Word及Photoshop中。統(tǒng)計(jì)圖的標(biāo)注等應(yīng)多在統(tǒng)計(jì)軟件中完成,輸出后不宜多做修改。圖中盡量不要用顏色或灰度來區(qū)別組間,而多利用形狀特征。如Excel的柱狀圖,選擇“填充/圖案”,里面有足夠多的選擇項(xiàng)。九、生存曲線的作圖方法可以來做生成曲線的軟件很多,比如SAS,STATA,SPSS等。這里以SPSS為例,介紹生存曲線的做法。1)分別將隨訪天數(shù)(TIME),結(jié)局變量(YESorNO),不同分組及處理方式(TREAT)輸入軟件。激活Statistics菜單選Survival中的Kaplan-Meier.項(xiàng),彈出Kaplan-Meier對(duì)話框。將各個(gè)數(shù)值輸入對(duì)應(yīng)的對(duì)話框中,
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