NTSYS軟件ISSR以及SSR數(shù)據(jù)處理使用詳細(xì)說(shuō)明

1、生物專(zhuān)家12Ntsys2.1軟件使用詳細(xì)說(shuō)明為解決大家在學(xué)習(xí)中遇到的問(wèn)題，我總結(jié)了一下具體的使用方法，詳細(xì)結(jié)果如下： 如果需要具體的文件可以在我的文庫(kù)下載：一. .數(shù)據(jù)處理方法1.1: excel5/95 格式數(shù)據(jù)1）首先得到0/1數(shù)據(jù)，輸入excel中，格式如圖所示：其中1表示數(shù)據(jù)格式為rectangular data matrix，12表示數(shù)據(jù)共12行（本例中表示12個(gè) 30表示數(shù)據(jù)共30列（本例中表示30個(gè)位點(diǎn)），0表示無(wú)缺失數(shù)據(jù)（若有缺失，則用 缺失值可用-999或其它數(shù)字代替）。JtJtI IJJJJI I!I IU UI I匸1 3030Q QL L5open file in a

2、grid ，在文件類(lèi)型中選擇excel格式，找到要分析的文件并打開(kāi)，查看是否有錯(cuò)誤，或需要修改的地方，沒(méi)有問(wèn)題后， 保存為.nts格式。1.2： txt格式數(shù)據(jù)1）另一種數(shù)據(jù)處理方法，首先在excel中得到數(shù)據(jù)，如下圖（注意：第一行與第一種方法不同，1表示數(shù)據(jù)格式為 rectangular data matrix ； 12B表示共12行（本例中表示 12個(gè) 個(gè)體，行標(biāo)簽位于數(shù)據(jù)主體的開(kāi)始，B表示Beginning of each row），30L表示共30列（本例中表示30個(gè)位點(diǎn)，2)L ： label表示列標(biāo)簽）,0表示無(wú)缺失）。A Aa a1E_1U UH1hIH H1 12BaoLC C

3、_a 匚 D 1L 口 coecoeL L 白亡 C CM MLacQELocDLocDLndO00I010 0Lnd02Lnd020LD DQ Q0I0 0indOS000 0 0L0indOq0L0 01010indOB1 110 00 0010indOe1 1110 01 110indOT1 11ol0 00i1r rindOa1 1Iojoj0 0010L1 1Io|o|0 0010L LLrdJOLrdJO1 1IDI0 01 1IL Lircdl 0It1 1 0 01 110 0LLnd21 1Lo|Q00 00 0或者如下圖格式（其中第一行為行為每列的列標(biāo)簽；第四行起為數(shù)據(jù)主體

4、。I_L L 12L12L LndD2 hochoc 0212LA1112indOlLGCO 1405 50Q70e e19 91IQ14i_1121211313114Q130L)：D D解釋略；第二行為每行的行標(biāo)簽；第三J_匚3DLindOaindOdLoc03LocD40 0 1-J-J_E E0 0indOSLoc05indOeLacD6indOTindOTLocOT00-010 0010 011110100-00-生物專(zhuān)家12生物專(zhuān)家12 JleiggJleigg I I 7 7 fcHPfcHPP PMOIFIMOIFIE ELILI 宦RVIRVI H HA A卞OiriinrlO

5、iriinrl Mr-Mr-Pvxrtrvcca4aPvxrtrvcsave file將數(shù)據(jù)保存.nts格式。二. .計(jì)算遺傳距離矩陣或相似性矩陣（ distancedistance matrixmatrix oror similaritysimilarity matrixmatrix ）對(duì)于0/1數(shù)據(jù)和定性數(shù)據(jù)：打開(kāi) ntsys軟件，在similarity模塊中選擇simqual，input file 中輸入要分析的文件名稱(chēng)， 如aflp 01. nts，計(jì)算方法中矩陣系數(shù) coefficie nt選擇dice, out put file 命名輸出文件名稱(chēng)如 aflp01-dice。之后點(diǎn)c

6、ompute，得到相似性矩陣。注：1.本例中由于個(gè)體是按行排列的，所以要在By rows?進(jìn)行勾選（*表選中）。如果個(gè)體是按列進(jìn)行排列的，則不勾選。2. 系數(shù)可根據(jù)要求選擇不同的系數(shù)，如DICE，J, SM，PHI等。3. DICE，J只能得到相似性矩陣，可以采用1-dice系數(shù)，或者1-J系數(shù)得到距離矩陣。4. simqual只針對(duì)定性數(shù)據(jù)或二元數(shù)據(jù)（0/1），對(duì)于其它數(shù)據(jù)如 DNA數(shù)據(jù)則采用simgend進(jìn)行遺傳距離計(jì)算，對(duì)于定量數(shù)據(jù)或間隔數(shù)據(jù)則采用simint計(jì)算距離矩陣。ELIV QriiQrii KUKU K*lj-K*lj- 旳I I創(chuàng)義I I O3utA.lnn#O3utA.ln

7、n# I ICiuekriiisCiuekriiisOrapli-OraplipeR ectj ngularil4il4 ActionsActions OptionsOptions QtlpQtlpRQwLabm II I Col Labsin*. | OM rOw | JL laseT Commfl rds I Walfht p 寸生物專(zhuān)家12liblib|bL|bLE E % % SrpiJrSrpiJr I IUUqpylUUqpyl 1 11 1別I In n 、TT A.i&bhjA.i&bhj 1 1 irir UjUrillMhUjUrillMh WdWd n n HlHl1 1

8、 申 iM.U*iM.U*H HH H.-.-I IHffTHffTAfjiimirtkAfjiimirtkDIWlflhcnDIWlflhcn 牡r4r4卄! PMMI-PMMI-PPKMjiflhDnPPKMjiflhDn 祚 I*I* 皿M*M* 蝕OWIWWPOWIWWPSiniwTSiniwTUlMIUlMI2) Upgma聚類(lèi)結(jié)果如圖所示，在該圖中可點(diǎn)擊 條樣式等進(jìn)行修改，以得到滿(mǎn)意的圖片。options菜單對(duì)聚類(lèi)圖的文字格式和線(xiàn)3) Cophenetic相關(guān)性檢驗(yàn)Upgma聚類(lèi)分析之后，為了檢驗(yàn)聚類(lèi)結(jié)果的好壞，一般要進(jìn)行cophenetic correlation 分析，操作如下

9、：在 clustering模塊中選擇Coph,如下圖，input tree中輸入聚類(lèi)分析得到的結(jié)果文件，女0 B B aflp01-dice-upgma.nts，在輸出文件中命名aflp01-coph.nts ,點(diǎn)擊 compute,得到cophenetic值文件。計(jì)算完成后在graphics模塊中選擇MxComp，在 input file 1 (x)中選擇相似性矩陣文件，如A Aaflp01-dice.nts，在 input file 2(y)中選擇coph計(jì)算得到的文Compule|?HelpC 口 mpirieI Ji. EXEEXEParomeTers:Arguments;OiJtpe

10、rl c-rtplipfileMethodUHrametncDistMipm&usnst ciusterws , GraphicshilHrtlile-們 Hihprnilhprnil淞帕FDiwrlyFDiwrlyNoiiibdliiENoiiibdliiE UdiHelUdiHel 口E?E?Ai|iiiinAi|iiiineri4s;eri4s;Dlpo pulmh 朗 genelK analDopulahHi gene1i anal計(jì)算結(jié)束后得到分析結(jié)果,會(huì)出現(xiàn)矩陣比較圖 matrix comparison禾R correlation test結(jié)果,如下面的兩個(gè)圖所示(相關(guān)性系數(shù)為il

11、flilfl |di|di h h Qilinvi-Qilinvi- UdfUdfI I JIJIr=0.842，說(shuō)明聚類(lèi)結(jié)果較好)。Z-wbyZ-wbyre-atre-at -(197)(197) Kbthod.Kbthod. Ac-8S oaQ Q 0 0t口S0N N= = pc-iTiBpc-iTiBHMJLHMJL X X - a.eeaia.eeai 臺(tái)沁臺(tái)沁= = MtanMtan Y Y D.D. 660-1660-1 3333 - -CocCocH-tLanzH-tLanzMatciicMatciicc c t=t= n-an-a nana 1 1 i i xad.xad.

12、Han-blHan-bl rthrth 七 iatiuiatiu ZZAppApp 匚 CKittCKitt 巧 tEtE MintMint ElEl t-teatit-teati ProPro爪 rnwloprnwlop Z Z 3 3tTKtTK DbxBDbxB c-v-adc-v-ad ccnxriccnxri -DTIDTI i i riD*briD*b i i rrcludadrrcludad inin 七h(yuǎn)ihi r r countacounta . . 1 1 Ph*Ph* in*-c.*.l- nliae-rvednliae-rved ZJZJ - -0.0. DleDleE

13、ndingEnding datadata & & tiru;tiru;丘口 12-LL-512-LL-5 1111 : : flP=32flP=32件，女0 C C aflp01-coph.nts , number of permutation 可選擇 1000 次，或不選。點(diǎn)擊 compute?？艻H川!忡I ILiLi 1414 OptionsOptions IftltIftlt4) upgma聚類(lèi)分析 batch上述的分析步驟可以采用batch進(jìn)行批處理分析，命令如下(將下面的命令保存到文本文件，再保存成*.ntb格式)：Compute a dista nee matrix*simqua

14、l o=afl p01. nts r=dice .nts c=dice d=rowDo a cluster an alysis of the dista nee matrix*sah n o=dice .nts r=tree .nts cm=up gma0Omput&Umn那Clusierina-poi-poivv LILI lalak k H H IIII生物專(zhuān)家12DICE或J相似性矩陣，但1-相似性矩陣的方法得到距離矩陣（采 transf命令中好像沒(méi)有1-矩陣的操作, 。當(dāng)然也可以采樣其它的命令如input file中輸入距離矩陣文件，命maximum no. tied trees 中的

15、數(shù)字不DltDlt QfUQfU中M MHtltHtltgmpmegmpmeririI IL L 11 喚? HBIP1._IftUutUu_ -T-RHUMBfbO:opuiadion genetics analysis sotwarevI?I?Allow imjiriiv?imjiriiv? tiitii jnchss?jnchss?MelhodMelhodHflKBmwn IKKIKK tiedtied irwairwaTllol4iaric ozphi軸.RrurtiiiijriieNiodOndinatijn OinoLip OTJOTJD D 加 cipulallon genebt

16、s ariQl 恬 is scnwarellscnwarell 廠(chǎng)WEIGHTEDFINDFIND(l.BDDDDDDDMIDP OIHTUUQIUUQIarcarcUHUUHU-mjmj申-uuuuuuUJUUJU baUHibaUHi UL I I -VUI?VUI? vr|xvr|x_mbmba aeigenvactor 禾R eigenvalue旦創(chuàng)圖標(biāo)，點(diǎn)擊進(jìn)去可會(huì) 0 広 ComputeOuiputilrwif.QLftpLJlQLftpLJl 曲 FT.FT.L LPhlllkeleH!PhlllkeleH!PiirariieTrs:AesiinAesiin iiiJtiEKii

17、iJtiEKSrtfrti|iir|5inr Dll|lltfDll|lltf CRirVCLlHCRirVCLlH fitfit CUI|ilCCUI|ilC 襯ElrvdhlElrvdhl 亡 limlim RCkdRCkd sc.llliiijsc.llliiij bllbll細(xì)加曲E ED D糾呂llQhllQh iletiiltTiletiiltTAPfuineiits;APfuineiits;DMDM叩3(igen(igen恫kJBkJBEORnLAMBOXEORnLAMBOXl l命令，顯示pcoa分析Disp lay pheno gram*tree o=tree .ntsCom

18、pute cophen etic values*coph o=tree .nts r=c oph.ntsCompute the cophen etic correlati on*mxco mp x=c oph.nts y=dice .nts3.2 NJ聚類(lèi)分析-Njoin1）得到距離矩陣：Simqual只能得到各種相似性矩陣，如 進(jìn)行NJ聚類(lèi)分析是，需要距離矩陣數(shù)據(jù)，可以采用 用excel進(jìn)行，但比較麻煩，還沒(méi)有找到快捷的方法。 只有矩陣-1的操作，好像也沒(méi)有負(fù)值變成正值的操作）simgend或simint得到DIST、歐式或其它距離矩陣之后進(jìn)行NJ分析；或者采用其它的分析軟件如Genalex

19、軟件得到距離矩陣用于ntsys分析。2）打開(kāi)ntsys的clustering模塊，選擇 Njoin命令， 名保存的tree和graph文件，in case of ties中選擇find , 能小于OTUs的個(gè)數(shù)。點(diǎn)擊compute,即得到nj聚類(lèi)樹(shù)。四.PCoA.PCoA分析或PCAPCA分析4.1 PCoA 分析1）在得到相似性或距離矩陣之后，在output&transf模塊中選擇 Dcenter命令，input和out put中分別輸入要分析的數(shù)據(jù)和結(jié)果文件的名稱(chēng)。點(diǎn)擊compute進(jìn)行分析，將數(shù)據(jù)進(jìn)行Deen ter轉(zhuǎn)換。之后在 ordi nati on模塊中選擇 eige n,選擇要分

20、析的文件，如dce nt.n ts, nu merofdimensions中選擇3或者2 （分別得到三維或二維圖形，），命名 文件名稱(chēng)，點(diǎn)擊com pute，得到分析結(jié)果。分析完成后界面上會(huì)出現(xiàn) 查看二維和三維圖形，并可進(jìn)行修改保存等操作。2）在得到eigenvactor文件后，可采用 graphics模塊下的 mod3dInpimilFAiquiheiilBAiquiheiilB：Outputs Itan-Itan-sf.sf. ClUSteriniQ0 0弄E EH H呂QrdiMliWQrdiMliWDpopulabon genehesD-lffopulalion 黑 n 前出生物專(zhuān)家1

21、2Ougut&HnsfClusturirlflmilmil B B lifts:lifts:liVUITAeliVUITAePIrt爾pulatangmneU田scmarmrr ralalD DGr 訓(xùn)山 iiidilrbne PIE snlml HipwtibPWopulabon gEHEbci anatvi&TDrtwarelNT如下圖所示1，那個(gè)為分組2等等）。得到的二維或三維 plot圖中，可以在plot option 顯示采用的圖標(biāo)以及字體大小等參數(shù)進(jìn)行修改，如圖所示。當(dāng)然在定義分組進(jìn)行分析后,中對(duì)各個(gè)分組plot symbolinput file 也可以不輸入，即全部個(gè)體為同一分組

22、。PointsPointsf/f/ ShcvShcv points?points?注：上述分析采用的是 0/1或者定性數(shù)據(jù),在采用數(shù)量或連續(xù)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析時(shí)，要先采然后在采用simint命令分析得用output&transf模塊中的stand命令對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，Dcenter命令對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行中心化處理，之后在采用到相似或不相似矩陣，然后采樣eigen 命HTSTSpcHTSTSpc - StandStandQUTSTSQUTSTSLILLIL: : - SiainlSiainlFilbFilb QtinsQtins 妝 1 1衛(wèi)圖（0 哭| CompuleHl 1 f Class J? He

23、lp 1自農(nóng) Campuledl1 1 A Close 1? Help 1StaiHlbvrows?StaiHlbvrows?Oulpul&trmnsfUlu戟eringgraphic 3 3OrdOrd in神 ononSimilarityimhitTricimhitTricByBy rows?OntpmOntpm filefileSuhiijKrSuhiijKr orihiiorihiiYBAROrvidtOrvidtSTDCoiksiiiinCoiksiiiinCocnicierrfouiMiitTiieouiMiitTiieDifiTDifiTStary&dzalimStary&dza

24、lim | |1圖，input file中選擇保存的eigenvactor文件，plot by rows不選，進(jìn)行分析，如下圖所示。G Jtl Conipins3）進(jìn)行mod3d分析時(shí)可以在 plot symbol input file中可輸入樣本分組文件，（其中1 1 20L 0表示數(shù)據(jù)類(lèi)型為1 ;共1行，20列數(shù)據(jù)；0表無(wú)缺失，數(shù)據(jù)主體為1 1 1 1 11 1 2 2 2 2 2 2等，表示哪個(gè)個(gè)體定義的分組為1 i 20L 0BHJS03BHJS03 HEJ313HEJ313 HEJ314HEJ314 HE1,CO3HE1,CO3 HELC07HELC07 HEbClSHEbClS H

25、EBTI?HEBTI? HHDFOlHHDFOl HHDF03HHDF03 HHDFQigHHDFQig HHIF06HHIF06 HHDF07HHDF07 HHDFOSHHDFOS HHDFiSHHDFiS 2 2令進(jìn)行分析。PitPit rjrj meters:meters:Aigiintnl5Aigiintnl5：Aiyuiiiiih:Aiyuiiiiih:0utBLJtA.1rsn3t.DcenlAiIrterval dm：aGenelic tktanue生物專(zhuān)家124）PCoA分析batch命令生物專(zhuān)家12HrCoiiiqxite 即即 iiihiiK I 皿皿fiTiHM 昭昭 o

26、bjectsStiiiidfiidi盤(pán)盤(pán)(hhi if in differrit LI口口iIR，*siiiiqual oata.ntsHice.nt?*staiKl o=ata iitm r=s曲怡曲怡 nts.Doubk-cditrtbe distance iiiaMt Cotifute distances among 0切血乩切血乩*s：iiniit 0=汛徹汛徹it.I曲曲 rmhH.iB，*dceiiter o=dioe.【蟲(chóng)蟲(chóng)【TctiiLiiKDoiihle-cciitei tlK ctLstniice mah ixcigeiivectors corrcspoiicl to pr

27、ojections of objects + 劃譏融劃譏融 列且列且 ntsr=ckeit 曲曲Display “ Note tliitdiiectioii is olVeiivecto3 商商 審沖訥審沖訥 to pr啄啄ftio陰陰 cf object? *eige 11 o=d】i( .iits IF 3 =proj i血血 # #Display - Note tliat direction is*nod5d (Fpwj.i 恨恨(kolr五. .相關(guān)性分析（mantelmantel testtest）1）Man tel test可對(duì)兩個(gè)矩陣的相關(guān)關(guān)系進(jìn)行檢驗(yàn)，這是由于對(duì)于某一特點(diǎn)的研究

28、對(duì)象，可能有不同角度的特征描述，如根據(jù)表型數(shù)據(jù)得到表型距離矩陣，根據(jù)分子數(shù)據(jù)得到遺傳距離矩陣，或者根據(jù)樣本間地理位置得到地理距離矩陣,得到這些矩陣數(shù)據(jù)之后,我們可能會(huì)想了解不同描述間有沒(méi)有相關(guān)關(guān)系（如遺傳距離與地理距離之間相關(guān)性），這時(shí)即可進(jìn)行矩陣的相關(guān)性分析。2）具體操作如下：首先根據(jù)其它的軟件如AFLPdat或Genalex等軟件根據(jù)地理位置計(jì)Y），算地理距離矩陣（例如X），打開(kāi)ntsys軟件，根據(jù)simint命令計(jì)算遺傳距離矩陣（如之后在graphics模塊下選擇 MxComp , input file中選擇要比較的距離矩陣文件，進(jìn)行分析。ssaiL4iL4 QpthorsQpthors

29、1 1E EC CO O P POgg生物專(zhuān)家12AigiiiiAigiiii 昭門(mén)S9M-3linM-3lin mnpaisonmnpaison pidpidNlllnhciNlllnhci MlMl泄luwpriluwpri砒HuHu時(shí)HIHI分析結(jié)果如下圖所示:2 2 fetLiKfetLiK：C C cmcm Mita:Mita:牙衲匕k k d*T.*d*T.*mmEJIimmEJIi inut-DEpopuIbtioninut-DEpopuIbtion gcneticfgcneticf j-nblyrijj-nblyrij aoftwiitaoftwiit分新按*件) KttriK

30、KttriK typ?typ? = = Z.Z. pilepile = = 5 5 byby 5#5# nipxingnipxingcodecode = = non?non? (dip-sinil-iEit-v)(dip-sinil-iEit-v) : :EfetLiKEfetLiK：Comwitn:Comwitn:q q啊啊 phiphi dxe.idxe.iKitrixKitrix typetype 2j2j a a讓亡 5 5 JiyJiy 5j5j biasingbiasing VDVDI IW W? ? cedecede - - FuFu訂 ( (Lajiul-iclcy)Lajiul-iclcy)2-wfey2-wfey Hdti-LclHdti-Lcl teartear - Hfente-1Hfente-1!夕胡)utthod.utthod.