劉艷北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館信息咨詢部liucy@libbjmueducnppt課件

1、劉春艷北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館信息咨詢部pubmed生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法與技巧主要內(nèi)容qpubmedpubmed概況 qpubmed數(shù)據(jù)來源qpubmed檢索機(jī)制qpubmed檢索運(yùn)算符qpubmed檢索方法q結(jié)果的顯示、打印、保存q其他輔助功能1. pubmed概況p創(chuàng)建機(jī)構(gòu)：美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國(guó)生物技術(shù)信息中心(ncbi)n1997年6月開始向全球開放p特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點(diǎn)，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文。2. pubmed數(shù)據(jù)來源pmedline： pubmed-indexed for medlinepin process citation

2、s：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。pubmed-in processppublisher-supplied citations：由出版商提供的電子文獻(xiàn)，每條記錄標(biāo)有pubmed-as supplied by publisher。3. pubmed檢索機(jī)制n自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能n(automatic term mapping)n短語(yǔ)檢索n(phrase searching)n對(duì)于輸入的檢索詞，pubmed先按一定的詞表順序進(jìn)行對(duì)照匹配和轉(zhuǎn)換，再進(jìn)行檢索。詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是：nmesh表 期刊刊名表 短語(yǔ)表 作者索引n如果在以上4個(gè)表中都找不到相匹配的詞，pubmed將把短語(yǔ)分開，以單詞為單位，分別

3、重復(fù)以上的過程，檢索時(shí)各個(gè)詞之間是and邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個(gè)詞在所有字段查找，各個(gè)詞之間也是and邏輯關(guān)系。3.1 自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能人重組三葉因子（human recombinant trefoil factor）n(humansmesh terms or humansall fields or humanall fields) and recombinantall fields and (trefoil factorsupplementary concept or trefoil factorall fields)n也可稱為強(qiáng)迫詞組檢索，即，如果要將短語(yǔ)

4、作為一個(gè)詞組進(jìn)行檢索，可用雙引號(hào)“ ”將其引起來。n如：“human recombinant trefoil factor”作為詞組進(jìn)行檢索的詞，系統(tǒng)不進(jìn)行自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配，也不進(jìn)行mesh詞的擴(kuò)檢。3.2 短語(yǔ)檢索短語(yǔ)檢索4. pubmed檢索運(yùn)算符n邏輯運(yùn)算符邏輯運(yùn)算符n邏輯“與”運(yùn)算and： 檢索式寫成a and b，表示文獻(xiàn)中同時(shí)包含檢索詞a和檢索詞b的文獻(xiàn)才是命中文獻(xiàn)。 leukemia and vincristinen邏輯“或”運(yùn)算or： 檢索式寫成a or b，表示包含檢索詞a的文獻(xiàn)或者包含檢索詞b的文獻(xiàn)或者同時(shí)包含檢索詞a和b的文獻(xiàn)為命中文獻(xiàn)。 aids or acquired i

5、mmunodeficiency syndromen邏輯“非”運(yùn)算not： 檢索式寫成a not b，表示包含檢索詞a同時(shí)不包含檢索詞b的文獻(xiàn)為命中文獻(xiàn)。 hepatitis not animalnip地址：pubmed 網(wǎng)址高級(jí)檢索主題檢索限制檢索基本檢索臨床咨詢5. pubmed檢索方法n5.1 基本檢索n5.2 高級(jí)檢索n5.3 限制檢索n5.4 主題檢索n5.5 臨床咨詢5.1 基本檢索默認(rèn)檢索字段為主題、作者、期刊關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語(yǔ)： 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、lung cancer； 帶有雙引號(hào)” ”作為短語(yǔ)檢索：“human r

6、ecombinant trefoil factor”； 帶有連接號(hào)”-”作為一個(gè)詞組檢索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancerti作者：smith j 、 僅知道作者姓，則必須加上字段標(biāo)識(shí)，如： smithau2002年以后的文獻(xiàn)若文中有作者全稱可用全稱檢索如：joshua lederberg5.1 基本檢索期刊刊名： 可用期刊全稱：gene therapyta； 可用期刊簡(jiǎn)稱：jamata；(the journal of the american medical association) 復(fù)雜表達(dá)式： leukemia and vincristine5.1 基

7、本檢索n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n長(zhǎng)春新堿：vincristine；n白血?。簂eukemian兩個(gè)主題之間的邏輯關(guān)系是and，即nleukemia and vincristine 基本檢索舉例：長(zhǎng)春新堿治療白血病 基本檢索舉例：長(zhǎng)春新堿治療白血病 輸入：leukemia and vincristine “長(zhǎng)春新堿治療白血病 ”的基本檢索結(jié)果5.2 高級(jí)檢索高級(jí)檢索5.2 高級(jí)檢索n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n作者為：馬大龍（ma dl）；n作者單位為： 北京大學(xué)（peking university）。 高級(jí)檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)高級(jí)檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部

8、馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)第一步：輸入作者姓名輸入：ma dl高級(jí)檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)第二步：輸入作者單位輸入：peking university高級(jí)檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)5.3 限制檢索限制檢索5.3 限制檢索p限制檢索或條件檢索：limit (1)文獻(xiàn)類型：日期： (2)語(yǔ)種： (3)動(dòng)物/人類： (4)性別： (5)數(shù)據(jù)庫(kù)子集的限定： (6)年齡組： (7)是否帶有摘要或全文： (8)字段：限制日期限制語(yǔ)種限制是否帶有全文、摘要限制字段限制研究對(duì)象限制性別限制子集限制年齡限制文獻(xiàn)類型n分析該課題，可知：n主題為長(zhǎng)春新堿治療白血病，n即leukemi

9、a and vincristinen限制條件有兩個(gè)：n語(yǔ)種為英文（english）；n文獻(xiàn)類型為綜述（review） 限制檢索舉例： 原文為英文的長(zhǎng)春新堿治療白血病方面的綜述文獻(xiàn)限制檢索舉例：原文為英文的長(zhǎng)春新堿治療白血病方面的綜述文獻(xiàn)第1步：輸入 leukemia and vincristine第2步：限制語(yǔ)種為英文（english）第3步：限制文獻(xiàn)類型為綜述（review）限制檢索舉例： 原文為英文的長(zhǎng)春新堿治療白血病方面的綜述文獻(xiàn)主題為： leukemia and vincristine限制條件：英文；綜述5.3 主題檢索n根據(jù)medline數(shù)據(jù)主題標(biāo)引的規(guī)范性，利用主題詞進(jìn)行的研究，對(duì)

10、提高查全率、查準(zhǔn)率會(huì)有相當(dāng)?shù)膸椭?。點(diǎn)擊mesh database打開主題檢索界面nmedline數(shù)據(jù)庫(kù)的敘詞有主題詞(headings)和副主題詞(subheadings)兩種。另外，每一篇文獻(xiàn)的主題詞也有主次之分：主要主題詞(mjme)描述文獻(xiàn)重點(diǎn)討論的內(nèi)容；次要主題詞(mime)描述文獻(xiàn)一般涉及的問題。n使用控制詞表的優(yōu)點(diǎn)之一，是可以將相似的資源集中在一起，而與各個(gè)著者在著述中所使用的詞語(yǔ)無(wú)關(guān)。利用mesh則可克服同義詞上的問題，因此，mesh檢索要比簡(jiǎn)單的自由文本檢索更為精確。主題詞(headings)：n直接、準(zhǔn)確表達(dá)主題概念的詞或詞組。每個(gè)概念只能用一個(gè)主題詞表達(dá)。n如：腫瘤ncan

11、cer ncarcinomantumornneoplasmneoplasm副主題詞(subheadings)：n副主題詞：用于對(duì)主題詞進(jìn)一步限定的詞或詞組。n如：治療（therapy）、外科學(xué)（surgery）、n 代謝（metabolism）、 診斷（diagnosis）n主題詞與副主題詞之間的組配檢索，起到對(duì)主題詞的限定作用，是主題詞具有更高的專指性，縮小檢索范圍，保證檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性。n如：白血病的藥物治療n leukemia/drug therapyn但并不是每個(gè)副主題詞和任何主題詞都能進(jìn)行組配使用，每個(gè)副主題詞具有一定的專指性，其使用范圍僅限于它后面括號(hào)內(nèi)的類目。nti: pharm

12、acogenomics of pediatric acute lymphoblastic leukemia.nau: kofranek,-j; vu,-l-d; snaselova,-h; kerekes,-r; velan,-t nso: expert opinion on pharmacotherapy. 2001; 10(pt 2): 1042-6 nab: pediatric acute lymphoblastic leukemia (all) represents one of the best examples of progress in disease treatment an

13、d improved outcome based in part upon the incorporation of the principles of pharmacogenomics. throughout the past several decades, clinical scientists have continued to refine risk stratification in clinical trials with the understanding that individual.文獻(xiàn)的原始格式nti: pharmacogenomics of pediatric acu

14、te lymphoblastic leukemia.nau: kofranek,-j; vu,-l-d; snaselova,-h; kerekes,-r; velan,-t nso: expert opinion on pharmacotherapy. 2001; 10(pt 2): 1042-6 nab: pediatric acute lymphoblastic leukemia (all) represents one of the best examples of progress in disease treatment and improved outcome based in

15、part upon the incorporation of the principles of pharmacogenomics. throughout the past several decades, clinical scientists have continued to refine risk stratification in clinical trials with the understanding that individual.nmh - cytochrome p-450 cyp3a/genetics nmh - glucocorticoids/therapeutic u

16、se nmh - methotrexate/therapeutic use nmh - methyltransferases/genetics nmh - neoplasm, residual nmh - *pharmacogeneticsnmh - precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma/*drug therapy/genetics nmh - vincristine/therapeutic use 文獻(xiàn)的標(biāo)準(zhǔn)化處理之后mh - cytochrome p-450 cyp3a/genetics mh - glucocorticoids/th

17、erapeutic use mh - methotrexate/therapeutic use mh - methyltransferases/genetics mh - neoplasm, residual mh - *pharmacogeneticsmh - precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma/*drug therapy/genetics mh - vincristine/therapeutic use 高級(jí)檢索主題檢索限制檢索基本檢索臨床咨詢5.4 主題檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukem

18、ia）的文獻(xiàn)n分析該檢索課題，有2個(gè)概念：長(zhǎng)春新堿（vincristine ） 、白血?。╨eukemia）：n對(duì)長(zhǎng)春新堿來說是利用其治療疾病，故其應(yīng)組配副主題詞“治療應(yīng)用（therapeutic use）”；n對(duì)白血病來說是利用藥物來治療，故其應(yīng)組配副主題詞“藥物療法（drug therapy）”。n同時(shí)這兩個(gè)概念之間是and的關(guān)系。主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vin

19、cristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用副主題詞主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristin

20、e ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)5.5 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)n可以使用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻(xiàn)，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等；n也可以用它來檢索臨床實(shí)踐過程中遇到的一些具體問題，如系統(tǒng)性綜述、元分析、臨床試驗(yàn)、循證醫(yī)學(xué)、實(shí)踐指導(dǎo)以及有關(guān)遺傳學(xué)方面的問題等。 5.5 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)臨床咨詢系統(tǒng)評(píng)價(jià)檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究方面的文獻(xiàn)6. 結(jié)果的顯示、打印、保存n顯示n保存、打印6.1 結(jié)果的顯示n顯示格式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下4種：n（1）summary：為默認(rèn)顯示格式。顯示的信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題、著者、出處、pmid、綜述出版類型、非英文文獻(xiàn)的原