311多序列比對(duì)的編輯和發(fā)布02jalview

1、生物學(xué)第三章：序列比較（第三部分）多序列比對(duì)的編輯和發(fā)布：Jalview 的編輯和發(fā)布除了給多序列比對(duì)上彩妝，有時(shí)還需要給它修理一下局部瑕疵，也就是對(duì)局部位置進(jìn)行手動(dòng)調(diào)整。比如，從前期實(shí)驗(yàn)我們得知，圖 1 中方框所示區(qū)域的 TLR2、10、6、1 這四條序列的第 53 列應(yīng)該往右挪一列，跟 TLR9、8、7 這三條序列的第 54 列對(duì)在一起。TLR2、10、6、1 這四條序列的第 53 列補(bǔ)空位。其他位置不動(dòng)。圖 1. 多序列比對(duì)局部位置調(diào)整要進(jìn)行如上調(diào)整，首先要同時(shí)選中要處理的 TLR2、10、6、1 建，用鼠標(biāo)點(diǎn)擊這四條序列的名字。選中后，序列名字的底色由這四條序列：按住 Ctrl灰，且四

2、條序列被框入紅色虛線框中。然后，再次按住 Ctrl 鍵，把鼠標(biāo)放在任意選中序列的第 53 列的字母上，并向右拖動(dòng)至第 54 列。拖動(dòng)后選中序列的第 53 列自動(dòng)補(bǔ)充空位，原第 53 列移至第 54 列，但是從第 55 列開(kāi)始往后的位置也都跟著向右移了一位。所以需要再次用同樣的，按住 Ctrl鍵，把鼠標(biāo)放在任意選中序列的第 58 列的字母上，向左拖動(dòng)至第 57 列的位置，以保持第53、54 列以外的位置不變。如此，便完成了手動(dòng)調(diào)整。多序列比對(duì)的外觀也很重要。默認(rèn)情況下，多序列比對(duì)是單行顯示的。由于序列長(zhǎng)，需山東大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 生物學(xué)課題組榮譽(yù)出品要拖動(dòng)窗口拉條才能瀏覽全部。這樣不利于查看分析，

3、也不利于將導(dǎo)出的比對(duì)圖片如果想要讓多序列比對(duì)根據(jù) Jalview 窗口的寬度自動(dòng)換行，可以在 Format 菜單下（圖 2）。此外，還可以通過(guò)“Font”窗口對(duì)字體格式、大小等進(jìn)行調(diào)整。文獻(xiàn)。Wrap”圖 2. 多序列比對(duì)外觀的調(diào)整如果你只需要多序列比對(duì)，而不需要有關(guān)保守度等的注釋行?？梢躁P(guān)閉 View “Show annotations”選項(xiàng)，以達(dá)到去掉注釋行的目的。下的Jalview 除了有編輯多序列比對(duì)的功能還有很多分析功能。比如，可以按照序列的名字、兩兩一致度或其他規(guī)則給比對(duì)中的序列重新排序以及為選中的兩條序列做雙序列全局比對(duì)（圖 4）、為選中的一組序列計(jì)算各種系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)（圖 5）、或

4、者用在線為某一條序列預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)（圖 6）。Web service 菜單下的所有功能都需要網(wǎng)絡(luò)支持才能運(yùn)行。的功能需要大家在實(shí)踐中不斷摸索。Jalview山東大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 生物學(xué)課題組榮譽(yù)出品圖 3.注釋行的打開(kāi)與關(guān)閉圖 4. 序列排序和雙序列全局比對(duì)山東大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 生物學(xué)課題組榮譽(yù)出品圖 6.計(jì)算系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)圖 7.蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)山東大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 生物學(xué)課題組榮譽(yù)出品最后一步就是導(dǎo)出多序列比對(duì)為圖片，到需要的地方：File 菜單-ExportImage-選擇圖片格式-保存（圖 8）。圖 8. 導(dǎo)出編輯后的多序列比對(duì)除了 Jalview，還有很多比對(duì)美化工具（表 1）。Boxshade 擅長(zhǎng)黑白制圖。因很多學(xué)術(shù)期刊只收取彩圖的編輯費(fèi)，所以黑白圖可以節(jié)省科研經(jīng)費(fèi)。ESPript 的功能十分強(qiáng)大。MView擅長(zhǎng)把彩色多序列比對(duì)轉(zhuǎn)換成 HTML 源代碼。這樣就可以將它直接本形式選取。網(wǎng)頁(yè)，并方便以文多序列比對(duì)編輯工具名稱(chēng)JalView Boxshade ESPriptMView特點(diǎn)JAVA，可嵌入網(wǎng)頁(yè)擅長(zhǎng)黑白作圖功能強(qiáng)大擅長(zhǎng)轉(zhuǎn)換成HTML 源碼表 1. 多序列比對(duì)編輯工具列表多序列比對(duì)是生物數(shù)據(jù)分析中特別常