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文檔簡(jiǎn)介
1、 文章編號(hào) :1672-6197(2004 01-0106-05RNA 干涉與基因沉默研究進(jìn)展張彬彬(中國(guó)海洋大學(xué) 生命科學(xué)院 , 山東 青島 266003摘 要 :生物體內(nèi)導(dǎo)入雙鏈 RNA (dsRNA 后會(huì)引起體內(nèi)同源基因特異的沉默 , 這種現(xiàn)象稱為 RNA 干涉 (RNAi . , . 就 RNA 干涉與基因沉默的研究歷史 、 .關(guān)鍵詞 :雙鏈 RNA (dsRNA ; RNA 干涉 (中圖分類號(hào) :Q754:of research on RNA interference and gene silencingZHAN G Bin 2bin(School of Life Science ,
2、 China Sea University ,Qingdao 266003,China Abstract :Introduction of double 2stranded RNA (dsRNA induces specific gene silencing , a phe 2nomenon called RNA interference (RNAi . G ene silencing is an important mechanism for biology expression and regulation , which has important biologic function.
3、Here the study history , mecha 2nism and applications of RNAi and gene silencing are reviewed.K ey w ords :double 2stranded RNA (dsRNA ; RNA interference (RNAi ; gene silencingRNA 干涉 (RNA interference , 簡(jiǎn)稱 RNAi 是目前分子生物學(xué) 、 分子遺傳學(xué)等學(xué)科近 10年來(lái)研究的 熱點(diǎn)之一 . 雙鏈 RNA (dsRNA 介導(dǎo)的遺傳干涉機(jī)制是 1998年首次在秀麗線蟲(chóng)中發(fā)現(xiàn)的 , 它通過(guò) dsRNA
4、 的介導(dǎo)特異性地降解相應(yīng)序列的 mRNA , 從而導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄后的基因沉默 (gene silencing 1. RNAi 與錐形 蟲(chóng) (trypanosomes 、 渦蟲(chóng) (planarian 、 水螅 (hydra 、 果蠅 (Drosophila 、 斑馬魚(yú) 、 青蛙 、 小鼠 、 植物以及真菌 (fungi 等物種中的不同名稱的基因沉默現(xiàn)象十分相似 29, 可能在進(jìn)化的很早期階段 , 生物就獲得了 這種機(jī)制 , 它代表了一個(gè)古老的細(xì)胞反應(yīng)通路 .1 RNA 干涉的研究歷程早在 20世紀(jì) 20年代 , 人們就知道 , 如果植物受到野生病毒的感染 , 就能產(chǎn)生對(duì)另一種有親緣關(guān)系 的烈性病毒的防
5、御力 . 這可能是最早的 RNAi 現(xiàn)象 . Jonathan G. I (1984 在研究小鼠 L 細(xì)胞時(shí)就發(fā)現(xiàn)反 收稿日期 :2003-10-18作者簡(jiǎn)介 :張彬彬 (1983- , 女 , 大學(xué)生 . 第 18卷 第 1期 山 東 理 工 大 學(xué) 學(xué) 報(bào) (自 然 科 學(xué) 版 Vol. 18No. 12004年 1月 Journal of Shandong University of Technology (Sci &Tech Jan. 2004 義 mRNA 會(huì)干擾與之同源的基因表達(dá) (Izant and Weintraub ,1984 , 但是其機(jī)制并不清楚 . Jorgen
6、sen (1990 研究牽?;?(petunia 轉(zhuǎn)導(dǎo)色素合成基因時(shí)觀察到 , 不僅是轉(zhuǎn)入的基因表達(dá) , 而且自身的色素合成 也減弱了 ,Jorgensen 稱這種現(xiàn)象為共抑制 (co 2suppression . Guo Su (1995 證明了 par 21基因的失活會(huì)破 壞線蟲(chóng) (caenorhabclitis elegans 第一次卵裂的不對(duì)稱性 , 同時(shí)發(fā)現(xiàn)把 par 21基因的反義 RNA (antisense RAN 注射進(jìn)線蟲(chóng)性腺的合胞體細(xì)胞中后 , 在受注射的親本及其子一代的體細(xì)胞中 , 產(chǎn)生了 par 21基因 功能缺失型或 基因敲除型的表型 . 但令人吃驚的是 , 在她的
7、對(duì)照試驗(yàn)中 , 正義 RNA 的單獨(dú)注入也同樣 使 par 21基因的表達(dá)受到抑制 . 這與反義 RNA 技術(shù)的傳統(tǒng)解釋機(jī)制完全違背 . 華盛頓卡耐基研究院的 Andrew Fire 和馬薩諸塞大學(xué)醫(yī)學(xué)院的 Craig Mello (1998 首次通過(guò)大量嘗試證實(shí) 10:Guo Su 發(fā)現(xiàn)的正 義 RNA 對(duì)基因表達(dá)的抑制 , 以及過(guò)去利用反義 RNA 技術(shù)對(duì)基因表達(dá)的阻斷 , 都是由體外轉(zhuǎn)錄制備的 RNA (sense or antisense RNA 中污染的微量 dsRNA 所引起的 . 他們將 T4和 T7RNA 聚合酶體外轉(zhuǎn)錄 制備的單鏈 RNA 電泳純化后再注射給線蟲(chóng) , 結(jié)果只有
8、微弱的基因抑制作用 . 相反 , dsRNA 注射給線蟲(chóng) , 抑制基因表達(dá)的效率比純化后的單鏈 2. RNAi. Waterhouse (1998 等人證明在植物中的 RNAi 年時(shí)間內(nèi)陸續(xù)發(fā)現(xiàn) RNAi 中 27, 8. 這說(shuō)明 RNAi 機(jī)制很可能是進(jìn) RNAi 現(xiàn)象也為再生分子機(jī)制的研究開(kāi)辟了新的途徑 . 等人又發(fā)現(xiàn) RNAi 在體外培養(yǎng)的細(xì)胞系中也能實(shí)現(xiàn) 9. 他們發(fā)現(xiàn)對(duì)于果蠅 的 S2, 只要在無(wú)血清培養(yǎng)基中加入適量 dsRNA , 就可誘導(dǎo)產(chǎn)生 RNAi 效應(yīng) . 從而 RNAi 技術(shù)為研 究細(xì)胞復(fù)雜的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的生化和分子機(jī)制提供了方便 . 劍橋大學(xué)的 Zernicka 2G
9、oetz (2002 等人發(fā) 現(xiàn) , 在哺乳動(dòng)物小鼠的早期胚胎中 dsRNA 也能產(chǎn)生特異性的 RNAi 效應(yīng) 11. 用 dsRNA 注射小鼠受精 卵和著床前的胚胎 , 發(fā)現(xiàn)能夠特異性地阻斷相應(yīng) C 2mos 、 E 2cadherin 和 GFP (綠色熒光蛋白 基因的表達(dá) . 這表明 RNAi 也存在于哺乳動(dòng)物中 , 同時(shí)也為 RNAi 研究人類基因功能和治療人類疾病提供了希望 . 2 dsRNA 的生化性質(zhì)2. 1 dsRNA 長(zhǎng)度對(duì) RNAi 效應(yīng)的影響在線蟲(chóng) 、 果蠅中研究表明較長(zhǎng)的 (>100bp dsRNA 阻抑效應(yīng)較強(qiáng) 12 . 在哺乳動(dòng)物中 , 大于 30bp 的 d
10、sRNA 引起的阻抑效應(yīng)是廣泛的 、 非特異的 , 而不對(duì)稱性突出 2nt 的約 21nt siRNA 雙鏈復(fù)合物可以誘 導(dǎo)特異的沉默效應(yīng) 13.2. 2 dsRNA 與靶基因的同源性dsRNA 較長(zhǎng)時(shí)對(duì)序列的特異性要求不是非常嚴(yán)格 ,dsRNA 堿基修飾的不同也會(huì)影響其抑制作用 . 堿基修飾主要有磷酸化和糖基化兩種 . 硫代磷酸化修飾堿基的種類和數(shù)量也影響抑制作用 . 單個(gè)堿基 A 或 C 或 G 被硫化后影響不大 , 而 U 被硫化后抑制作用下降很多 . 兩個(gè)堿基硫化后大大減少了抑制作用 , 更多的堿基被硫化時(shí)抑制作用基本上就消失了 . 當(dāng)核甘糖基化 , 如胞嘧啶轉(zhuǎn)換為脫氧胞嘧啶 , 或尿
11、嘧啶 轉(zhuǎn)換為胸腺嘧啶后抑制作用大大降低 . 另外每一種情況下反義鏈的修飾對(duì)抑制的影響更大 14.2. 3 dsRNA 濃度影響抑制作用實(shí)驗(yàn)中抑制作用不會(huì)隨著 dsRNA 濃度的增加而增強(qiáng) . 可能與 RNA 腺嘌呤核昔酸脫氨酶 (ADARS 的存在有關(guān) 14.3 基因沉默基因沉默是指外源基因進(jìn)入受體有時(shí)不能正常表達(dá) , 即使外源基因完整地整合到受體基因組中也701第 1期 張彬彬 :RNA 干涉與基因沉默研究進(jìn)展 會(huì)出現(xiàn)轉(zhuǎn)基因完全不表達(dá)的情況 , 這與轉(zhuǎn)基因本身的缺失 、 突變和丟失引起的表達(dá)受阻不同 . 可分為兩 種類型 , 即轉(zhuǎn)錄水平的基因沉默 (transcriptional gene
12、silencing , TGS 和轉(zhuǎn)錄后基因沉默 (post 2transcrip 2tional gene silencing ,PTGS , 二者都與基因同源性有關(guān) , 統(tǒng)稱為同源依賴型基因沉默 (homology 2depen 2dent gene silencing ,HD GS . TGS 發(fā)生于轉(zhuǎn)錄的起始和終止 , 是由于 DNA 修飾染色體異染色質(zhì)化等原 因使基因不能正常轉(zhuǎn)錄 , 一般只有外源基因發(fā)生沉默 ; 而在 PTGS 中 , 沉默發(fā)生在轉(zhuǎn)錄后 , 外源基因能夠 正?;蚋咚俾兽D(zhuǎn)錄但不進(jìn)行翻譯 , 轉(zhuǎn)錄的 mRNA 在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)積累水平很低或根本檢測(cè)不到 , 通常是外 源基因和
13、內(nèi)源基因一起沉默 , 在植物 、 動(dòng)物及真菌上普遍發(fā)生 , 分別稱為共抑制 、 RNA 介導(dǎo)病毒抗性 (RNA mediated virus resistance ,RMVR 、 RNAi 和壓抑作用 .3. 1 轉(zhuǎn)錄水平的基因沉默 (TGS 15TGS 可由位置效應(yīng)引起 , 導(dǎo)入的外源基因整合到宿主基因組時(shí)是隨機(jī)的 , 如果它整合到轉(zhuǎn)錄活躍 區(qū) , 如常染色質(zhì)的解螺旋區(qū) , 轉(zhuǎn)基因就會(huì)順應(yīng)那個(gè)區(qū)域的染色質(zhì)結(jié)構(gòu) , 進(jìn)行高水平轉(zhuǎn)錄 . , 如果外源 DNA 插入到轉(zhuǎn)錄的不活躍區(qū) , 如異染色質(zhì)區(qū) , . 位置效應(yīng) 造成的轉(zhuǎn)基因沉默并不需要基因組中有同源序列 . , , , 的啟動(dòng)子結(jié)合 , ,
14、 . (RJ GS 與同源拷貝數(shù)有 關(guān) , , , 相連的重復(fù)序列比不相連的重 , 發(fā)生沉默的頻率高 . 轉(zhuǎn)基因的串連排列不僅促進(jìn) DNA 2DNA 配對(duì) , 也 , 基環(huán) DNA 能夠被甲基轉(zhuǎn)移酶特異性識(shí)別并甲基化 , 使得基因轉(zhuǎn)錄無(wú)法 進(jìn)行 , 反向重復(fù)區(qū)能夠介導(dǎo)從頭甲基化模式的高度擴(kuò)散 .3. 2 轉(zhuǎn)錄后基因沉默 (PTGS 3. 2. 1 基因沉默基因通過(guò)遺傳突變體的篩選方法已鑒定出了生物體中的多種基因沉默的必需基因 . 例如苯哈衣綠藻中 的 mut 26, 擬南芥中 sgs 22、 sgs 23和 met 21等 , 秀麗線蟲(chóng)中的 mut 27、 rds3、 smg 22等 , 果蠅
15、中的 ago2. 研究發(fā) 現(xiàn) 16, 這些基因多數(shù)屬于多基因家族 , 有很大的保守性 , 根據(jù)其編碼蛋白質(zhì)的特點(diǎn)可將它們分為 5類 :核酸酶類 mut 27; 核酸解旋酶類 qde 23,sde 23,mut 26等 ; RNA 依賴性的 RNA 聚合酶類 (Rdrp ego 21,qde 21,sde 21,Argonaute 家族成員 (含 PAZ 和 Piwi 結(jié)構(gòu)域 和未知功能的螺旋蛋白 . 進(jìn)一步研究表明 , 許多基 因沉默必需蛋白與一些基因表達(dá)調(diào)控因子結(jié)構(gòu)相似 , 如擬南芥的 DDM1蛋白與染色體再構(gòu)型因子 SWD/SNF2相似 , 由此看來(lái) , 不同生物中的不同基因沉默必需蛋白既
16、有共性又有多樣性 .3. 2. 2 基因沉默過(guò)程生物體細(xì)胞核內(nèi)的 DNA 反向重復(fù)序列 (由于多拷貝基因 、 轉(zhuǎn)座子或基因重組突變等因素 轉(zhuǎn)錄產(chǎn) 生 dsRNA , 細(xì)胞核內(nèi)的 dsRNA 被類 Rnase 型酶 (如 Dicer 蛋白 切割成大小約為 21nt 的小分子干擾 RNA (small interference RNA , siRNA , 這些 siRNA 在核內(nèi)與 CM T 相互作用并引導(dǎo)同源的 DNA 序列 甲基化 , 同時(shí) siRNA 或 dsRNA 直接與同源的 DNA 配對(duì) , 產(chǎn)生 RNA 2DNA 復(fù)合物和單鏈的 DNA 環(huán)或產(chǎn) 生 RNA 2DNA 多鏈結(jié)構(gòu) , 這
17、些不正常的結(jié)構(gòu)被從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶識(shí)別 , 并使之甲基化 , 產(chǎn)生 TGS 16. 由 不正常單拷貝基因轉(zhuǎn)錄出來(lái)或特異 mRNA 被切割而成的異常 RNA 作為模板 , 在細(xì)胞質(zhì) RDRP 作用下 合成 dsRNA , 細(xì)胞質(zhì)中的 dsRNA 也可由病毒 RNA 在病毒 RDRP 作用合成或直接來(lái)自細(xì)胞核 . 細(xì)胞質(zhì) dsRNA 在類 RNase 型酶作用下切割成 siRNA , 這些 siRNA 與 Dicer 等蛋白質(zhì)結(jié)合生成 RISC (由 RNA 所形成的沉默復(fù)合物 ,RISC 特異性降解同源 mRNA 這一過(guò)程也可產(chǎn)生異常 RNA. siRNA 或 dsRNA 可能作為系統(tǒng)基因沉默信號(hào)
18、保持基因沉默的特異性 .3. 2. 3 基因沉默產(chǎn)生的幾種模型 171 RNA 閾值模型在轉(zhuǎn)基因?qū)嶒?yàn)中 , 為了實(shí)現(xiàn)外源基因在受體細(xì)胞中的高效表達(dá) , 人們往往給外源基因帶上強(qiáng)啟動(dòng) 子 , 但事實(shí)上卻常常導(dǎo)致基因沉默 . 于是 Lindbo 等提出了 RNA 閾值模型 , 認(rèn)為在細(xì)胞質(zhì)中可能存在801 山 東 理 工 大 學(xué) 學(xué) 報(bào) 2004年 mRNA 的監(jiān)控系統(tǒng) , 當(dāng)某種 mRNA 超量表達(dá)以后 , 監(jiān)控系統(tǒng)就起作用 , 將這種超量表達(dá)的 mRNA 降解 . 然而人們隨后發(fā)現(xiàn)某些不帶有啟動(dòng)子的基因轉(zhuǎn)入細(xì)胞后同樣也能引起 PTGS 現(xiàn)象 , 其作用效果與帶有 啟動(dòng)子的序列相近 . Oliv
19、ier Voinnet 等在研究 PTGS 在植物中的傳遞時(shí)發(fā)現(xiàn) , 帶有和不帶有 35S 啟動(dòng)子 的 GFP (Green fluorescent protein 基因都能引起沉默 , 不帶有啟動(dòng)子的 GFP 基因在植物體中不能轉(zhuǎn)錄 出 RNA , 卻能引起沉默 , 可見(jiàn)沉默并不一定都是外源基因的過(guò)量表達(dá) 、 轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的過(guò)量積累造成的 .2 異位配對(duì)和異常 RNA 模型該模型認(rèn)為 PTGS 現(xiàn)象是生物在長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)程中形成的對(duì)病毒侵染的一種反應(yīng) , 與基因的表達(dá)產(chǎn) 物是否過(guò)量無(wú)關(guān) . 當(dāng)病毒或轉(zhuǎn)入的外源基因內(nèi)部有同源序列 , 或外源基因與內(nèi)源基因之間有同源序列 時(shí) , 往往會(huì)導(dǎo)致異位配對(duì) (E
20、ctopic paining , 其結(jié)果是轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生異常 RNA (Aberrant RNA ,ARNA , 由于 ARNA 內(nèi)部的重復(fù)序列 , 它可能是雙鏈的 . 另外 , 除異位配對(duì)外 ,ARNA 產(chǎn)生的原因還可能是外源基因 中存在異常結(jié)構(gòu) , 如隱秘的旁側(cè)啟動(dòng)子 (Cryptic flanking promoter 或提前終止末端 (termina 2tion . ARNA 一旦產(chǎn)生并進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)后 , 就會(huì)激活依賴于 RNA RNA pended RNA polymerase ,RdRps 的活性 ,RdRps 再以 aRNA (RNA ,CRNA . 這些 CRNA 如果與同源的 , 而
21、后被雙鏈特異 性 RNase 識(shí)別 、 降解 . CRNA 結(jié)合 , 并被同時(shí)降解 . 外 , 這種現(xiàn)象就是植物中的共抑制 . 由于 P GTS 信 , 所以也有人認(rèn)為 ARNA 一方面激活 RdR ps , 另一 . 然而在有的植物中也發(fā)現(xiàn) ,PTGS 現(xiàn)象不能傳遞 , Palauqui 和 Balzergue 認(rèn) 為 ,PTGS 信號(hào)能否傳遞依賴于轉(zhuǎn)入基因的量 . 如果轉(zhuǎn)入基因越大 , 信號(hào)就能傳遞到植物中更多的地方 , 這些信號(hào)分子又能啟動(dòng)新的沉默 , 產(chǎn)生新的信號(hào)分子 , 于是能使整個(gè)植物產(chǎn)生免疫反應(yīng) .最近 , 許多實(shí)驗(yàn)為這一模型提供了證據(jù) 18. Hamilton 等在 4種發(fā)生
22、PTGS 現(xiàn)象的植物中分別分離 到了一種 25bp 左右的反義 RNA , 這些 RNA 很可能就是 CRNA , 而且由于 25bp 的大小足以傳遞一定的 信息 , 又可能通過(guò)胞間連絲在細(xì)胞之間傳遞 , 所以認(rèn)為它很可能是細(xì)胞間傳遞信號(hào)的一部分 .另外 , 與 PTGS 有關(guān)的蛋白質(zhì)的發(fā)現(xiàn)為異常 RNA 模型提供了部分證據(jù) , 然而 , 也有實(shí)驗(yàn)表明如果 將單拷貝的外源基因轉(zhuǎn)入同源基因的單倍體植物中以后 , 也會(huì)導(dǎo)致 PTGS 現(xiàn)象 . 這表明 , 同源序列之間 的異位配對(duì) , 也不是導(dǎo)致 PTGS 現(xiàn)象的唯一原因 .3 dsRNA 模型關(guān)于 PTGS 的啟動(dòng) ,Waterhouse (19
23、98 提出了 dsRNA 模型 19. 他們將正義 RNA 和反義 RNA 導(dǎo)入 植物后 , 發(fā)現(xiàn)正義 RNA 與反義 RNA 共轉(zhuǎn)錄比二者單獨(dú)作用更容易引起沉默 . 于是他們認(rèn)為異位配對(duì) 并不是導(dǎo)致 PTGS 的根本原因 , 根本原因在于外源基因插入受體基因組中的方向不同 , 這導(dǎo)致正義 RNA 和反義 RNA 的合成 . 這些轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物將形成 dsRNA ,dsRNA 在細(xì)胞質(zhì)中被螺旋酶 RdRps 和類似于 RNase L 的核酸內(nèi)切酶形成的復(fù)合體所識(shí)別 . 螺旋酶使雙鏈解旋 ,RdRps 以其中一條鏈為模板合成 CR 2NA , 類似于 RNase L 的核酸內(nèi)切酶結(jié)合于 CRNA 的兩
24、端 , 當(dāng) CRNA 與具有同源序列的 mRNA 結(jié)合以 后 ,RNase L 的作用是在單鏈處切開(kāi) mRNA 分子 . 單鏈 RNA 分子由于沒(méi)有 5 帽子和 Poly (A 尾巴 , 很快 被其它 RNase 降解 . 這一模型還有待實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí) 18.4 RNAi 生理作用及應(yīng)用方向4. 1 抑制轉(zhuǎn)座子運(yùn)動(dòng)Hiroaki 等用秀麗線蟲(chóng)做表型缺失突變時(shí)發(fā)現(xiàn) , 轉(zhuǎn)座子靜寂可能是 RNAi 的一種自然功能 , 即 RNAi 可以抑制轉(zhuǎn)座子運(yùn)動(dòng) . K eetting 認(rèn)為這可能是保護(hù)生殖腺細(xì)胞以防止轉(zhuǎn)座子積累過(guò)多的一種進(jìn)化機(jī)制 .901第 1期 張彬彬 :RNA 干涉與基因沉默研究進(jìn)展 4
25、. 2 用于病毒的防治水稻黃斑病毒 R YMV 在非洲廣泛流行 , 自然的防御機(jī)制為隱性 , 多基因性狀 , 于是采用轉(zhuǎn)基因沉 默的方法 , 首先將該病毒復(fù)制所需要的某種酶的基因轉(zhuǎn)入水稻 , 誘導(dǎo) PTGS , 從而使植物具有 R YMV 病 毒的抗性 , 這種抗性能穩(wěn)定遺傳 3代 . PTGS 真正用于病毒防治首先要面對(duì)的就是其遺傳穩(wěn)定性問(wèn)題 . 在有性繁殖生物中 , 減數(shù)分裂的結(jié)果是沉默現(xiàn)象在后代中的遺傳很不穩(wěn)定 , 從 2%100%不等 , 難以控 制 , 但在無(wú)性繁殖生物 PTGS 中可保持下去 .4. 3 基因治療及抗腫瘤策略dsRNA 能夠強(qiáng)有力的啟動(dòng)干擾素誘導(dǎo)的抗病毒狀態(tài) . 這
26、一過(guò)程可能與腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)停止 、 細(xì)胞分 化 、 凋亡誘導(dǎo) 、 癌基因轉(zhuǎn)化以及免疫調(diào)節(jié)等密切相關(guān) . 正是因?yàn)?dsRNA 的這種潛在的臨床應(yīng)用價(jià)值 , 醫(yī) 學(xué)家正在探索利用 dsRNA 來(lái)治療腫瘤 、 AIDS 和免疫缺陷等重大疾病 20.參考文獻(xiàn) :1Fire A , Xu S , Montgomery M K , et al. Polent and specific genetic .Na 2ture. 1998,391:8062811.2 Alvarado A S , Newmark P A. Double 22regeneration J.Proc. Natl. A 2cad. Sc
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