研究生課件graphpad prism7作圖教程

1、GraphPad Prism 7作圖科研技能 單元課 03n上海尤里卡信息科技所有特定科研技能的專項(xiàng)科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖課程目錄1主要功能與界面2折線圖3單維度分組柱形/散點(diǎn)圖4二維度分組柱形圖5生存曲線解 螺 旋|陪 伴 醫(yī) 生 科 研 成 長科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖主要功能與界面l GraphPad Prism主要功能 數(shù)據(jù)表格界面與Excel相似，可以將數(shù)據(jù)錄入后保存Ø 一個(gè)GraphPad Prism文件里可包含多個(gè)數(shù)據(jù)表和圖。即可以將同一文章或課題的數(shù)據(jù) 可作多種類型的數(shù)據(jù)圖，基本滿足科研需求一個(gè)文件里，方便管

2、理 線圖（XY） 單維度分組圖（Column） 二維度分組圖（Grouped） 生存曲線（Survival） 整體比例（Parts of whole） 提供數(shù)據(jù)分析功能Ø 基本統(tǒng)計(jì)：均值、標(biāo)準(zhǔn)差、標(biāo)準(zhǔn)誤等Ø 基本分析：t檢驗(yàn)、正態(tài)分布、線相關(guān)分析等 01科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖主要功能與界面12雙擊 GraphPad Prism圖標(biāo)，打開軟件.彈出窗口中可選擇需要制作的圖表類型。主菜單欄快捷菜單欄 本是基于GraphPad Prism 7.0版本顯示所選圖類型的數(shù)據(jù)和圖樣式 選擇圖的主要類型選擇待輸入數(shù)據(jù)的形式 從已有數(shù)據(jù)/文件中打開示例數(shù)據(jù)。

3、可用于練習(xí) 創(chuàng)建按鈕 查看使用說明（）更新 取消按鈕 02科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖課程目錄1主要功能與界面2折線圖3單維度分組柱形/散點(diǎn)圖4二維度分組柱形圖5生存曲線解 螺 旋|陪 伴 醫(yī) 生 科 研 成 長科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖l 示例：文獻(xiàn)：PMID: 26565812；Fig 3Cl 模擬數(shù)據(jù) 示例解讀：Ø 4個(gè)組別，分別是MGC-803對照、MGC-803 CISD2過表達(dá)、SGC-7901對照、SGC-7901過表達(dá)；每個(gè)組別檢測了0、1、2、3、4、5天的數(shù)據(jù)，每個(gè)數(shù)據(jù)有3個(gè)重復(fù)。 03科研技能 單元課G

4、raphPad Prism 7 作圖折線圖均值，標(biāo)準(zhǔn)差，重復(fù)個(gè)數(shù)均值，標(biāo)準(zhǔn)誤，重復(fù)個(gè)數(shù)均值， %變異系數(shù)，重復(fù)個(gè)數(shù)均值，標(biāo)準(zhǔn)差均值，標(biāo)準(zhǔn)誤，均值，%變異系數(shù)均值（或中位數(shù)），+/-誤差均值（或中位數(shù)），上/下限1在開始頁面中選擇作圖類型。XY圖上，每一點(diǎn)一個(gè)X值和一個(gè)Y值定義的SD：Standard Deviation，標(biāo)準(zhǔn)差。SEM：Standard Error of Mean，樣本平均數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)差。 CV：變異系數(shù)，相當(dāng)于SD/Mean。如果輸入此項(xiàng)，prism會自動生成SD 誤差棒。 數(shù)字 數(shù)字和誤差值 日期 時(shí)間（hh:mm:ss）單值，無重復(fù) 有重復(fù)，需輸入重復(fù)個(gè)數(shù) 已統(tǒng)計(jì)好的值和誤差

5、選擇“XY”類型選擇數(shù)據(jù)輸入形式：ü X：X軸數(shù)據(jù)形式選擇numbersü Y： Y軸數(shù)據(jù)形式選擇輸入重復(fù)數(shù)據(jù)，示例數(shù)據(jù)中是3個(gè)重復(fù)， 這里填上重復(fù)數(shù)“3”點(diǎn)擊“Creat”按鈕，創(chuàng)建數(shù)據(jù)表 線性回歸斜率比較 非線性回歸，單相指數(shù)衰減 劑量反應(yīng)X軸取劑量的對數(shù)值 計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)曲線范圍內(nèi)的未知值 X列輸入的數(shù)據(jù)可識別為日期 X列輸入的數(shù)據(jù)可識別為時(shí)間 其他實(shí)例數(shù)據(jù)，下拉列表選擇 相關(guān)性 04科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖 第步選擇不同的數(shù)據(jù)輸入方式，建立的數(shù)據(jù)表格式也會不一樣。如Y的3種方式，數(shù)據(jù)表格式如下：Y軸數(shù)據(jù)區(qū)X軸數(shù)據(jù)區(qū)Y軸，每組僅有1列空格

6、Y軸，每組有3列空格，表示3個(gè)重復(fù)Y軸，每組有3列空格，分別用于填寫均值、SD值、重復(fù)個(gè)數(shù)N 05科研技能 單元課例如：選中表格，右鍵，可修改表格名稱， 方便區(qū)分不同的表格GraphPad Prism 7 作圖折線圖左方導(dǎo)航欄可連接至不同的表格，點(diǎn)擊加粗的“表格名稱”，可對應(yīng)的表格。l 數(shù)據(jù)表和作圖界面 本工作簿里有效工作表列表，可建立多個(gè)數(shù)據(jù)表 數(shù)據(jù)表 數(shù)據(jù)表信息 分析結(jié)果表 圖 排版布局隱藏或顯示側(cè)方導(dǎo)航欄 當(dāng)前鼠標(biāo)指針的坐標(biāo) 下方導(dǎo)航欄放大/縮小視圖 整體瀏覽所有圖/表 點(diǎn)擊可在當(dāng)前類型的不同表切換 上一或下一表格 顯示有連接關(guān)系的表格，如數(shù)據(jù)表和對應(yīng)的圖標(biāo) 數(shù)據(jù)表，對應(yīng)左方導(dǎo)航欄的“D

7、ata Tables”下的被選中表格 圖表，對應(yīng)左方導(dǎo)航欄的“Graphs” 下被選中的表格 信息表，對應(yīng)左方導(dǎo)航欄的“Info” 下被選中的表格 分析結(jié)果，對應(yīng)左方導(dǎo)航欄的“Results”下被選中的表格 在當(dāng)前和上一操作頁面間切換 組圖表，對應(yīng)左方導(dǎo)航欄的“Layouts”下被選中的表格 06科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖1 以中第步選擇第種方案為例，其他兩種操作大同小異，請學(xué)員們練習(xí)。2輸入數(shù)據(jù)。 X軸名稱Y軸各組名稱 X軸數(shù)據(jù)Y軸各組數(shù)據(jù) 07科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖3點(diǎn)擊左方導(dǎo)航欄“Graphs”里跟數(shù)據(jù)表格同名稱的表

8、格，如數(shù)據(jù)表是“MTT”，則這里點(diǎn)擊“MTT”；在彈出窗口中選擇圖的樣式，點(diǎn)擊“OK”。 可以修改圖的大類 可以修改統(tǒng)計(jì)方式 95% CI：95%置信區(qū)間 range：范圍，即最大值-最小值。 geometric mean：幾何平均數(shù)。 Median：中位數(shù) 這兩種圖的區(qū)別在于，前者是用3次重復(fù)的均值作圖，后者是3次重復(fù)的每次重復(fù)，因此有3條線。 作圖預(yù)覽 08科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖4圖例位置修改。 選中圖例 將圖例移動至作圖區(qū)空白處，覺得鼠標(biāo)拖拽移動，還可以用上下左右按鍵進(jìn)行微調(diào) X軸標(biāo)題默認(rèn)為數(shù)據(jù)表里已填寫的X軸title， 也可以鼠標(biāo)點(diǎn)擊一下，另行修

9、改生成的圖，標(biāo)題默認(rèn)為數(shù)據(jù)表格的“名稱”。數(shù)據(jù)表名稱和與之相連各表的名稱以及圖表的標(biāo)題是動態(tài)相連的，當(dāng)數(shù)據(jù)表名稱修改后，跟它相如Data Tables里“Data 1”改名為“MTT”，與之相連的Graphs里的“Data 1”自動跟著改名為“MTT”，圖表標(biāo)題頁改為“MTT”。作圖的點(diǎn)是軟件自動計(jì)算出來的均值。默認(rèn)上下標(biāo)的方式，標(biāo)記了每個(gè)點(diǎn)誤差棒（±SD值）。的圖表名稱和圖表標(biāo)題也會自動改名。 09科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖5標(biāo)題修改。 鼠標(biāo)點(diǎn)擊一下Y坐標(biāo)軸標(biāo)題，即可輸入或修改Y坐標(biāo)軸標(biāo)題。 鼠標(biāo)點(diǎn)擊一下圖表標(biāo)題，按delete刪掉輸入過的內(nèi)容如果

10、是以前有輸入過，軟件會有記憶，再輸入的時(shí)候會浮出記憶列表，方便直接選擇輸入 10科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖6曲線格式修改（1）。雙擊作圖區(qū)（除圖例外的任意位置），在彈出窗口中進(jìn)行如下設(shè)置：下單菜單里選擇MGC-803-vector組Shape 改為黑色實(shí)心方形改為1/2 pt，即線條粗細(xì)改細(xì)一點(diǎn)版本不同，默認(rèn)的設(shè)置可能會不一樣，按作圖設(shè)置一下即可 11 如果雙擊某條曲線，則彈出的窗口里，“Data set”里是這條曲線對應(yīng)的組別科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖7曲線格式修改（2）。下單菜單里選擇MGC-803-CISD2組Shape

11、 改為空心方形Color改為白色Border thickness改為1/2 pt Thickness改為1/2 pt下單菜單里選擇SGC-7901-vector組Thickness改為1/2 ptPattern改為虛線 12科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖8曲線格式修改（3）。下單菜單里選擇SGC-7901-CISD2Shape改為空心三角形Color改為白色Border thickness改為1/2 pt Thickness改為1/2 pt Pattern改為虛線點(diǎn)擊“OK”按鈕 13科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖9坐標(biāo)軸修改（1）。

12、雙擊X坐標(biāo)軸，在彈出窗口中進(jìn)行如下設(shè)置： 點(diǎn)擊 Left Y axis 取消 取消 改為700 改為5.5 改為1 改為100點(diǎn)擊OK 14 各項(xiàng)設(shè)置的解釋請見下頁科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖10文字格式修改。 按住Ctrl+A，選中所有文字；或單擊需要修改的文字 在上方的Text工具盒里可以對文字的大小、字體、加粗、斜體等進(jìn)行設(shè)置 折線圖作圖完成 選中所有文字 選擇需要修改的文字 在實(shí)際應(yīng)用時(shí)，圖的文字大小、字體等格式一般可以等組圖大小進(jìn)行統(tǒng)一的設(shè)置， 15科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖前面是根據(jù)模仿示例的格式設(shè)置的演示。下面一下

13、剛剛這些屬性框，都可以進(jìn)行哪些方面的設(shè)置。11坐標(biāo)軸格式修改：雙擊坐標(biāo)軸，即會彈出坐標(biāo)軸屬性框，可對各項(xiàng)屬性修改。 橫向菜單欄，依次為整體、X軸、Y軸、右方（次要）Y軸、標(biāo)題與字體 自動決定坐標(biāo)軸范圍和刻度間隔，默認(rèn)。如果需要修改坐標(biāo)軸范圍和刻度間隔，比例，如可選擇轉(zhuǎn)化為對數(shù)刻度 刻度樣式需要取消此項(xiàng) 坐標(biāo)軸范圍，即坐標(biāo)軸起點(diǎn)值和終點(diǎn)值 刻度屬性設(shè)置，可分別對刻度的方向、 刻度間隔位置和傾斜角度以及刻度的長度進(jìn)行設(shè)置刻度最大值刻度最小值 可設(shè)置在特定的位置增加額外的刻度或在某刻度處畫水平線。如設(shè)置在Y=300的地方 刻度方向畫一水平線，顯示為“Tripling”：位置和傾斜角度 刻度長度數(shù)據(jù)顯

14、示方式 小數(shù)位數(shù) 主要刻度間隔 刻度起始位置 兩個(gè)主要刻度之間次要刻度點(diǎn)數(shù)這個(gè)功能一般在熱圖或IC50檢測實(shí)驗(yàn)里用的比較多 16科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖12坐標(biāo)軸整體格式修改：點(diǎn)擊坐標(biāo)軸屬性框上方菜單欄中的第一個(gè)選項(xiàng)，可對坐標(biāo)軸的共同屬性進(jìn)行修改，完成設(shè)置后點(diǎn)擊“OK”。 XY軸相交的位置 圖的形狀，如橫向長方形（默認(rèn)），縱向長方形，正方形或自定義等（可通過在下方直接輸入坐標(biāo)軸的長度進(jìn)行設(shè)置）以及圖形在頁面中的位置 坐標(biāo)軸的線條粗細(xì)、顏色以及作圖區(qū)顏色、頁面背景顏色設(shè)置 邊框設(shè)置：默認(rèn)無邊框；坐標(biāo)軸是否隱藏；大小網(wǎng)格設(shè)置 圖的位置設(shè)置在距離頁面左邊緣6.08

15、cm處 圖的位置設(shè)置在距離頁面底部邊緣11.85cm處 軟件的界面比較友好，各選項(xiàng)下拉菜單很容易理解, 因?yàn)閮?nèi)容太多，本說，大家可自行在軟件上試試無法一一細(xì) 17科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖13標(biāo)題與字體格式修改：點(diǎn)擊上方菜單欄中的“Titles & Fonts”選項(xiàng)，可對坐標(biāo)軸的標(biāo)題和字體等格式進(jìn)行修改，完成設(shè)置后點(diǎn)擊“OK” 標(biāo)題格式設(shè)置Ø Show Graph Title: 是否顯示標(biāo)題Ø Font：字體格式設(shè)置，也可以從頂部快捷方式設(shè)置Ø Distance from top of graph: 標(biāo)題的位置距離圖的頂部

16、的距離 圖坐標(biāo)軸標(biāo)題設(shè)置Ø Direction：Y坐標(biāo)軸標(biāo)題的方向設(shè)置 坐標(biāo)軸字體和位置的設(shè)置 18科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖折線圖14作圖區(qū)的修改：雙擊作圖區(qū)，彈出屬性窗口，完成設(shè)置后點(diǎn)擊“OK” 橫向菜單欄，這里只 選擇需要設(shè)置的組別第一個(gè)“Appearance”，其余兩項(xiàng)很少用到 數(shù)據(jù)作圖數(shù)據(jù)選擇。我們前面選擇了均值和SD，這里可以切換成其他 數(shù)據(jù)標(biāo)志顏色、形狀、大小等設(shè)置 設(shè)置是否顯示數(shù)據(jù)點(diǎn)的垂直線，一般不顯示 設(shè)置是否顯示error bars，即± SD以及其顏色，線條粗細(xì)，線條類型等 是否顯示連線(數(shù)據(jù)點(diǎn)之間的連線) 是否顯示線下填充

17、 其他設(shè)置: 可設(shè)置數(shù)據(jù)線的樣式需要設(shè)置哪一項(xiàng)，前面的復(fù)選框，然后再進(jìn)行該項(xiàng)設(shè)置 19科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖課程目錄1主要功能與界面2折線圖3單維度分組柱形/散點(diǎn)圖4二維度分組柱形圖5生存曲線解 螺 旋|陪 伴 醫(yī) 生 科 研 成 長科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖l 示例：文獻(xiàn)：PMID: 26565812；Fig 1Cl 模擬數(shù)據(jù) 單維度分組柱形圖適合于比較簡單分組的數(shù)據(jù)，各組間的變化或差異，每組可以有1到多個(gè)重復(fù) 只有Y軸方向上有數(shù)據(jù)，X軸方向沒有；或相反 示例解讀：Ø qPCR檢測了6株細(xì)胞里CISD2的m

18、RNA水平 20科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖1選擇“File”“New”“New Data Table and Graph”，新建一個(gè)數(shù)據(jù)表 Prism里可以建立多個(gè)表格，方便把同一個(gè)項(xiàng)目里的不同實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)放在一起管理 “New Project File”是新建一個(gè)prism文件 21科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖2在彈出窗口中進(jìn)行如下設(shè)置： 選擇“Column”類型。 選擇重復(fù)數(shù)據(jù)項(xiàng) 點(diǎn)擊“Create”，創(chuàng)建表格 只能選擇一種類型 同一列的數(shù)據(jù)為重復(fù)值（即重復(fù)） 組別間為配對或有關(guān)聯(lián)的（如不同時(shí)間點(diǎn)等） 已統(tǒng)計(jì)

19、好的值和誤差 以列變量做頻數(shù)分析或柱狀圖 非配對t檢驗(yàn) 配對t檢驗(yàn) 單樣本t檢驗(yàn) 單因素方差分析 重復(fù)測量單因素方差分析 感受性曲線 22科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖3輸入數(shù)據(jù)5彈出窗口，默認(rèn)設(shè)置即可，點(diǎn)擊“OK” 可以看到，新建的表，沒有“X軸”的數(shù)據(jù)，全是Y軸4點(diǎn)擊Graphs目錄下對應(yīng)的圖表 可以給表格重新命名 23科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖67點(diǎn)擊Y坐標(biāo)軸標(biāo)題，輸入標(biāo)題點(diǎn)擊圖標(biāo)標(biāo)題，按delete鍵刪除；點(diǎn)擊X Title，按delete鍵刪除其實(shí)到這一步圖就可以用了，下面再根據(jù)示例的格式做一些個(gè)性化

20、偏好設(shè)置。 24科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖8在作圖區(qū)雙擊鼠標(biāo)，彈出的屬性框里選擇全部組別，進(jìn)行統(tǒng)一格式設(shè)置“Data set”里選擇“Change ALLdata sets”Fill選擇黑色Border color，邊框顏色，選擇黑色誤差棒的線條粗細(xì)，選1 ptBorder，邊框線條粗細(xì)，這里不用設(shè)置，因?yàn)槲覀冞x擇了填充黑色，因此框線看不到ØFill pattern的話可以在DesighØ里選擇花式填充的樣式 25科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖9點(diǎn)擊“Graph Settings”，可對柱子

21、間距進(jìn)行調(diào)整 調(diào)整后，柱子的粗細(xì)和間隔都會有所變化 柱子間距，改為100% 第一根前/最后一根后柱子的空隙長度 26科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖10調(diào)整柱子的寬度 單擊X坐標(biāo)軸線 鼠標(biāo)放在X坐標(biāo)軸線末端，待鼠標(biāo)變成雙向箭頭狀時(shí)，可通過左右拉動軸線，調(diào)節(jié)X軸線的長度 27科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖11雙擊Y坐標(biāo)軸，在彈出的屬性框里設(shè)置Y坐標(biāo)軸刻度的方向 改為Right 默認(rèn)是在左邊，示例里是在右邊。再“All ticks”的“Ticks direction”里選擇“right”，即可把刻度設(shè)置在Y軸線的右邊 2

22、8科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖12點(diǎn)擊“Titles & Fonts”，在“Axes titlesNumbering and labeling”里設(shè)置Y坐標(biāo)軸標(biāo)題和距離坐標(biāo)軸線的距離，點(diǎn)擊“OK”。 調(diào)節(jié)Y軸標(biāo)題離軸線的距離 改成1 調(diào)節(jié)Y軸離軸線的距離 默認(rèn)是0。改成0.15 柱形圖作圖完成 29科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖13不連續(xù)坐標(biāo)軸的設(shè)置和應(yīng)用。l 當(dāng)數(shù)據(jù)中有值相差比較大的時(shí)，需要設(shè)置不連續(xù)坐標(biāo)軸，以清楚顯示各部分的數(shù)據(jù)情況。假設(shè)本例中的數(shù)據(jù)變?yōu)椋?有2組數(shù)據(jù)與其他組數(shù)據(jù)大小差距太大，導(dǎo)致值比

23、較小組別的能看不清楚 這種情況，可以通過將Y坐標(biāo)軸設(shè)置為不連續(xù)坐標(biāo)軸，分別顯示大小兩類數(shù)據(jù) 30科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組柱形圖14不連續(xù)坐標(biāo)軸的設(shè)置步驟。 雙擊Y坐標(biāo)軸，彈出窗口里，進(jìn)行如下設(shè)置： 選擇二段（有需要時(shí)可選擇三段，中間雙豎線可以選垂直或傾斜） 設(shè)置下半坐標(biāo)軸范圍 設(shè)置上半坐標(biāo)軸范圍 31科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組散點(diǎn)圖l 示例：文獻(xiàn)：PMID: 26565812；Fig 1Al 模擬數(shù)據(jù) 單維度分組散點(diǎn)圖適合于簡單分組的數(shù)據(jù)，即數(shù)據(jù)組僅由一個(gè)方案定義，在數(shù)據(jù)表中每一列定義一個(gè)數(shù)據(jù)組，在行向量上沒有分組；

24、每組可以有多個(gè)相互間是或非的數(shù)據(jù)，作圖時(shí)用點(diǎn)來顯示每個(gè)數(shù)據(jù)的位置；可直觀的看到每組數(shù)據(jù)的分布情況和統(tǒng)計(jì)情況 示例解讀：Ø CISD2在37例癌旁組織和409例腫瘤組織中的表達(dá)差異 32科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組散點(diǎn)圖1選擇“File”“New”“New Data Table andGraph”，新建一個(gè)數(shù)據(jù)表。2彈出的窗口里選擇作圖類型。 選擇“Column”類型 選擇輸入的數(shù)據(jù)類型為重復(fù)類型 點(diǎn)擊“Create”，完成表格創(chuàng)建 可以根據(jù)需要給表格重新命名 33科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組散點(diǎn)圖3在表輸入數(shù)據(jù)后

25、，點(diǎn)擊下方導(dǎo)航欄中的Graph視圖按鈕，選擇散點(diǎn)圖，點(diǎn)擊“OK”。 34科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組散點(diǎn)圖4刪除標(biāo)題、x坐標(biāo)軸標(biāo)題；將Y坐標(biāo)軸標(biāo)題改為“Expression of CISD2 in TCGA sets”。 坐標(biāo)軸標(biāo)題比較長時(shí)，可以用回車鍵換行 35科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組散點(diǎn)圖5雙擊作圖區(qū)任意空白位置，在彈出屬性框中對散點(diǎn)圖進(jìn)行格式設(shè)置。 下單菜單里選擇Adjacent組 顏色選擇深 Size 改為2號大小 下單菜單里選擇Tumor組 Shape改選擇 顏色選擇紅色 點(diǎn)擊OK圓形； Size 改為2號大

26、小 當(dāng)Symbols的Color修改后，Error bars的顏色自動變?yōu)橄嗤念伾?示例中由于數(shù)據(jù)比較多（腫瘤組織組別有407個(gè)），因此數(shù)據(jù)點(diǎn)的size設(shè)置更?。?號） 36科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖單維度分組散點(diǎn)圖6雙擊X坐標(biāo)軸，在彈出屬性框中將的傾斜度改為水平，點(diǎn)擊“OK”。 散點(diǎn)圖完成 37科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖課程目錄1主要功能與界面2折線圖3單維度分組柱形/散點(diǎn)圖4二維度分組柱形圖5生存曲線解 螺 旋|陪 伴 醫(yī) 生 科 研 成 長科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖l 示例：文獻(xiàn)：PMI

27、D: 26565812；Fig 3Dl 模擬數(shù)據(jù) 簡單分組 二維度分組 二維度分組散點(diǎn)圖適合于二重分組的數(shù)據(jù)，即數(shù)據(jù)分組具有雙向變量，每一列定義一個(gè)組別，每一行也定義一個(gè)組別 示例解讀：Ø 兩個(gè)細(xì)胞株里，過表達(dá)CISD2前后，細(xì)胞克隆形成能力的變化 38科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖1新建一個(gè)數(shù)據(jù)表，選擇“Grouped” 類型，數(shù)據(jù)3次重復(fù)，點(diǎn)擊Create 建立數(shù)據(jù)表。 數(shù)據(jù)為單個(gè)重復(fù) 數(shù)據(jù)為多個(gè)重復(fù) 已統(tǒng)計(jì)好的值和誤差 39科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖2在表輸入數(shù)據(jù)后，點(diǎn)擊Graph視圖。 柱狀圖

28、 熱圖 三相圖 數(shù)據(jù)點(diǎn)作圖3彈出窗口里確認(rèn)選擇了第一個(gè)樣式（“交錯(cuò)并聯(lián)”式），點(diǎn)擊“OK”?？梢愿鶕?jù)需要給表格重新命名 40科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖4輸入Y坐標(biāo)軸，刪除圖的標(biāo)題和X坐標(biāo)軸標(biāo)題；將圖例移動至作圖區(qū)上方，圖例字體加粗。 基本完成，下面按照示例的格式進(jìn)行個(gè)性化設(shè)置（這些設(shè)置可設(shè)可不設(shè)） 單擊Y坐標(biāo)軸標(biāo)題輸入“Colony number” 分別單擊或選中圖表標(biāo)題“Colony”和“XTile”，按delete鍵刪除這兩個(gè)標(biāo)題 選中兩個(gè)圖例，點(diǎn)擊頂部“Text”工具框里的加粗按鈕，將字體設(shè)置為粗體 分別選中兩個(gè)圖例，將其移動至作圖區(qū)上方 雙擊

29、X坐標(biāo)軸，在彈出窗口中設(shè)置X軸為水平放置 41科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖5雙擊作圖區(qū)任意空白處，在彈出屬性框里對各組數(shù)據(jù)的圖形格式進(jìn)行設(shè)置 Data set下單菜單里選擇Vector組 Fill改為白色 Pattern改為純色填充， Border改為1/2 pt Thickness改為1/2 pt Data set下單菜單里選擇CISD2組 Fill改為黑色 Border選擇1/2 pt（當(dāng)Fill選擇純黑色時(shí)，這里Pattern可以不改） Thickness改為1/2 pt 點(diǎn)擊“OK” 42科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二

30、維度分組柱狀圖6設(shè)置柱子的粗細(xì) 鼠標(biāo)單擊X坐標(biāo)軸，指針移動到末端，待指針變成雙向箭頭時(shí)，拖動鼠標(biāo)，將X坐標(biāo)軸縮短一點(diǎn) 43科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖7設(shè)置柱子之間的間距，雙擊作圖區(qū)調(diào)出屬性窗口： 點(diǎn)擊圖形設(shè)置選項(xiàng) 設(shè)置組內(nèi)柱子間距為柱子寬度的100%，組間距離為300%點(diǎn)擊“OK”設(shè)選擇子縱向或橫向 縱向基線設(shè)置 自動橫向（水平） 設(shè)置基線位于Y軸某個(gè)值的位置隱藏基線（本例中沒有設(shè)置基線，因此這里是否有差別） 出現(xiàn)空白值時(shí)處理方式組內(nèi)柱子間距，如本例中這里的組內(nèi)是指MGC-803的vecto組和CISD2組組間距離，即本例中MGC-803與SGC-7

31、901的間距 第一根柱子前留距 最后一根柱子前留距 圖例形狀 矩形正方形 44科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖8雙擊Y坐標(biāo)軸，在屬性框里設(shè)置刻度方向向右，點(diǎn)擊“OK” 二維度分組柱狀圖完成 45科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖二維度分組柱狀圖 疊加柱狀圖的制作3方法1：在選擇亞類時(shí)，選擇疊加柱狀圖即可方法2：在作圖的任意階段，可點(diǎn)擊頂部菜單欄中的的快捷鍵，改變圖形的亞類（彈出的窗口跟 3是一樣的） 46科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖課程目錄1主要功能與界面2折線圖3單維度分組柱形/散點(diǎn)圖4二維度分組柱形圖5生存

32、曲線圖解 螺 旋|陪 伴 醫(yī) 生 科 研 成 長科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖生存曲線對于生存曲線，隨訪時(shí)間、在隨訪時(shí)間上的生存狀態(tài)以及影響因子（如是必要因素表達(dá)）生存曲線不僅可以用于生存率的比較，也可以用于其他結(jié)局析，如是否復(fù)發(fā)，是否轉(zhuǎn)移等是二分類變量的分l 示例：文獻(xiàn)：PMID: 26565812；Fig 2Dl 模擬數(shù)據(jù) 示例解讀：Ø CISD2低表達(dá)和高表達(dá)患者生存率比較 47科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖生存曲線1將表達(dá)數(shù)據(jù)按中位數(shù)區(qū)分高低表達(dá)： 用公式=MEDIAN(C2:C161)返回表達(dá)值的中位數(shù)。C2:C161即表達(dá)數(shù)

33、據(jù)的范圍。返回結(jié)果是-0.237 用公式=IF(C2<$H$1,“Low”,“High”)對表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行高低分組。即當(dāng)C2<H1單元格返回的中位數(shù)時(shí)，返回Low，否則，則返回High。這里H1單元格用了絕對，所謂絕對即當(dāng)公式填充到其他單元格時(shí)，所的H1單元格發(fā)生變動。絕對的方法是在單元格的行號和/或列符前加上符號“$”。往下填充公式即可。PS：也有用平均值區(qū)分的，中位數(shù)用的比較多。還有一種做法是按表達(dá)高低，選高表達(dá)的1/3（或1/4）數(shù)據(jù)視為高表達(dá)，低表達(dá)的1/3（或1/4）數(shù)據(jù)視為低表達(dá)，中間的1/3（1/2）數(shù)據(jù)不作圖。ü2將生存狀態(tài)轉(zhuǎn)化為可讀數(shù)據(jù)0和1 可以用if函

34、數(shù)公式：=IF(D2=“Alive”,0,1)。“Alive”時(shí)，返回0，否則返回1ü Alive為0，Dead為1D2單元格的值為ü 也可用excel的列篩選功能，選擇Alive的數(shù)據(jù)，在新列“生存status”中，填充0，在Dead對應(yīng)的行中，填充1 48科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖生存曲線3數(shù)據(jù)輸入在excel中，用篩選功能篩選low的數(shù)據(jù)將篩選出來的數(shù)據(jù)，生存時(shí)間Overall Survival Follow upTime (Months)到GraphPad Prism中的X列；將篩選出來的數(shù)據(jù)，生存狀態(tài)（0和1數(shù)據(jù)）中的A列；到Graph

35、Pad PrismX列標(biāo)題標(biāo)記為Survival time (months)；A列標(biāo)記為Lowexpression of CISD2；B列標(biāo)記為High expression ofCISD2在excel中，用篩選功能篩選High的數(shù)據(jù)將篩選出來的數(shù)據(jù)，生存時(shí)間Overall Survival FollowupTime (Months)到GraphPad Prism中的X列；將篩選出來的數(shù)據(jù)，生存狀態(tài)（0和1數(shù)據(jù)）中的B列到GraphPad Prism 49科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖生存曲線雙擊X軸在彈出的屬性窗口中取消45點(diǎn)擊數(shù)據(jù)視圖，選擇生存曲線樣式，點(diǎn)擊“OK”

36、坐標(biāo)軸修改“Automaticallydetermine the range and interval”選項(xiàng)，設(shè)置X軸最大值為100（根據(jù)最大隨訪時(shí)間設(shè)置）設(shè)置X坐標(biāo)軸刻度間隔值為20點(diǎn)擊“Left Y axis”選項(xiàng)卡設(shè)置Y坐標(biāo)軸最大值為1設(shè)置Y坐標(biāo)軸刻度間隔為0.2，點(diǎn)擊“OK”按鈕 圖例設(shè)置 誤差棒的格式 以小數(shù)顯示 以百分?jǐn)?shù)顯示 50科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖生存曲線6坐標(biāo)軸修改雙擊作圖區(qū)，在彈出窗口的“Appearance”選項(xiàng)卡中，選擇Low expression組設(shè)置圖例顏色設(shè)置線條顏色組別改選擇為High expression組設(shè)置圖例顏色設(shè)置線條顏

37、色，點(diǎn)擊下方“OK”按鈕 51科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖生存曲線7文字修改選中圖例，將圖例移動至作圖區(qū)的空白處點(diǎn)擊Y坐標(biāo)軸標(biāo)題，修改標(biāo)題內(nèi)容點(diǎn)擊圖標(biāo)標(biāo)題，修改圖標(biāo)標(biāo)題內(nèi)容按Ctrl + A鍵，選中全部，將字體統(tǒng)一為12號字體 生存曲線作圖完成 52科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖小結(jié)：GraphPad Prism可簡單便捷地實(shí)現(xiàn)科研數(shù)據(jù)處理和作圖折線圖數(shù)據(jù)的變化趨勢比較柱狀圖單維和二維的數(shù)據(jù)差異比較生存曲線表達(dá)）與預(yù)后的關(guān)系因素（如課程彩蛋利用GraphPad Prism 7 制作熱圖千聊配套語音教學(xué)內(nèi)容n 通過高通量分析獲得的差異表達(dá)列表，熱圖是一種常見的文章數(shù)據(jù)展現(xiàn)形式n 作圖Prism的零基礎(chǔ)教學(xué) 53科研技能 單元課GraphPad Prism 7 作圖熱圖l 熱圖制作是Prism 7.0版本新增的功能l 示例：文獻(xiàn)：PMID: 26565812；Fig 1B 示例解讀：Ø 在16例配對的癌旁和腫瘤組織中，CISD2這個(gè)的表達(dá)差異比較Ø 不同的顏色