教你如何讀懂GeneBank數(shù)據(jù)

1、NCBI生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫核酸序列數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫基因組數(shù)據(jù)庫生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的分類NCBI生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫歐洲分子生物學(xué)實驗室的EMBLhttp:/www.embl-heidelberg.de美國生物技術(shù)信息中心的GenBank/Genbank/日本國立遺傳研究所的DDBJhttp:/www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html核酸序列數(shù)據(jù)庫NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)注釋數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)注釋(/genbank/ )NCBIGe

2、nBank數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)(/genbank/NCBIGenbankNCBIGenbank 查找頁面NCBID31716描述部分NCBICDs are recurring units in polypeptide chains (sequence and structure motifs), the extents of which can be determined by comparative analysis. Molecular evolution uses such domains as building b

3、locks and these may be recombined in different arrangements to make different proteins with different functions. CD s編碼序列，含終止密碼子 polyA_signal 多聚A信號 NCBID31716特性表序列本身關(guān)鍵字CDs are recurring units in polypeptide chainsNCBID31716序列本身NCBINCBI序列結(jié)束4859 bpNCBID31716NCBIGenBank數(shù)據(jù)記錄NCBIGenBank數(shù)據(jù)記錄NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫

4、結(jié)構(gòu)NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫NCBI注釋內(nèi)容NCBILOCUSNCBIACCESSIONNCBIKEYWORDSNCBISOURCENCBIREFERENCENCBIFEATURESNCBIORIGINNCBIGenBank數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫格式NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫格式數(shù)據(jù)庫格式(1)NCBIFASTA格式序列的提交NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫格式(1)NCBIGenBank數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫格式(2)NCBIGBFF文件格式NCBI頭部中部尾部NCBIGBFF格式NCBIGBFF格式頭部Locus行NCBIGBFF

5、格式頭部格式頭部Locus行行NCBIGBFF格式頭部Locus行NCBIGBFF格式頭部Locus行NCBIGBFF格式頭部Locus行NCBIGBFF格式頭部Locus行NCBIGenBank分類碼（GenBank Division）NCBIGBFF格式頭部Locus行NCBIGBFF格式頭部DEFINITION行NCBIGBFF格式頭部DEFINITION行NCBIGBFF格式頭部-ACCESSION行NCBIGBFF格式頭部-ACCESSION行NCBIGBFF格式頭部VERSION行NCBIGBFF格式頭部VERSION行NCBIGBFF格式頭部KEYWORDS行NCBIGBFF格式

6、頭部 SOURCE行NCBIGBFF格式頭部REFERENCE行NCBIGBFF格式頭部REFERENCE行NCBIGBFF格式中部 NCBIGBFF格式中部NCBIGBFF格式中部FEATURESNCBIGBFF格式中部FEATURESNCBIGBFF格式中部FEATURESNCBIGBFF格式中部特性表關(guān)鍵詞NCBIGBFF格式中部特性表關(guān)鍵詞NCBIGBFF格式中部特性表關(guān)鍵詞NCBIGBFF格式中部特性表關(guān)鍵詞NCBIGBFF格式中部LocationNCBIGBFF格式中部LocationNCBIGBFF格式中部LocationNCBIGBFF格式中部LocationNCBIGBFF格

7、式中部 Qualifiers易患痛風(fēng)的關(guān)節(jié)炎過氧化氫酶NCBI常見的特性表關(guān)鍵詞所使用的限定詞 NCBI常見的特性表關(guān)鍵詞所使用的限定詞(續(xù)) NCBIGBFF格式尾部ORIGINNCBI總結(jié)NCBI圖C2.2人類某一EST克隆的Genbank(dbEST)NCBINCBINCBIEMBLNCBIEMBL的研究內(nèi)容的研究內(nèi)容NCBIEMBL的研究內(nèi)容NCBIEMBL數(shù)據(jù)記錄NCBIEMBL數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)NCBIEMBL數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)NCBIEMBL數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)NCBIEMBL數(shù)據(jù)庫記錄注釋代碼和內(nèi)容說明NCBINCBIhttp:/www.ebi.ac.uk/ena/NCBINCBINCBI相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫

8、(DR) 的說明NCBIEMBL數(shù)據(jù)庫記錄相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫據(jù)庫NCBI相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(DR) 的說明NCBI相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(DR)的說明NCBIGeneral InformationNCBIAdditional InformationNCBIAdditional InformationNCBISequenceNCBIPrimary Accession頭部NCBIPrimary Accession中部NCBIPrimary Accession尾部NCBI序列文件格式NCBI序列文件格式例子（Fasta）NCBI序列文件格式例子(GenBank)NCBI 序列文件格式例子(GenBank)

9、NCBI序列文件格式例子（GCG）NCBI序列文件格式例子（GCG）NCBI序列文件格式例子(ASN.1)ASN.1是NCBI用來存儲和維護(hù)所有數(shù)據(jù)的格式 NCBI基因組數(shù)據(jù)庫的注釋NCBI基因組注釋工具 NCBI基因組注釋工具NCBI基因組注釋工具NCBI微生物基因組序列合作注釋工具 NCBIWhat Is There(WIT)“What Is There”(WIT)，由Argonne國家實驗室的Ross Overbeek和密西根州 大學(xué)的Niels Larsen合作研制，Web節(jié)點/WIT2/TIGR已經(jīng)使用WIT注釋各種基因組數(shù)據(jù)。WIT Web

10、節(jié)點/WIT/HTML/curate.htmlNCBI/Genbank/index.htmlAuthorsSequinBankItSequence dataGenBankAccession number2 daysDraftrecord序列提交NCBI在線提交序列（BankIt）NCBI在線提交序列（BankIt）NCBINCBI填寫表單信息（1）填寫表單的內(nèi)容包括四個方面一些注意事項和介紹NCBI填寫表單信息（2）基本信息：提交的序列數(shù)目，聯(lián)系人的信息，公開序列發(fā)布日期等。NCBI填寫表單信息（3）參考信息：序列作者，相關(guān)文獻(xiàn)等信息NCBI填寫表單信息（4）