生物信息學(xué)常用基本詞匯表

1、英 文 名 詞 解 釋 A （ Adenine ） 腺嘌呤 作為堿基的兩種嘌呤中的一種。 active site 活化位點(diǎn) 蛋白質(zhì)三維表面催化作用發(fā)生的區(qū)域。alignment 比對(duì) 為了確定兩個(gè)同源核酸或蛋白質(zhì)序列的累計(jì)差異而進(jìn)行的配對(duì)稱為比對(duì)。 alignment of alignments 比對(duì)的比對(duì) 即比對(duì)的對(duì)象不是簡(jiǎn)單的序列，而是序列的比對(duì)。alleles 等位基因 一個(gè)基因的不同版本。  alpha carbon 碳 在氨基酸中與側(cè)鏈（ R- 基團(tuán)）相連的中心碳原子。 alternative splicing 可變剪接 從一個(gè)單獨(dú)的 hnRNA 生成兩個(gè)或多個(gè) mRNA

2、分子的過程。  amino terminus (N-terminal) 氨基端（ N 端） 在一個(gè)多肽中，具有自由氨基的分子端，對(duì)應(yīng)于基因的 5- 端。anti-parallel 反向平行 表示相反的方向；在雙鏈DNA中，這意味著如果一條鏈?zhǔn)?5 到 3 的，則其互補(bǔ)鏈 方向 是 3 到 5 的。  Bbase pair 堿基對(duì) （1）在雙鏈DNA中嘌呤和嘧啶之間的相互作用（特別指A和T之間，G和C之間）；（2）雙鏈DNA序列長(zhǎng)度的基本單位。 beta turns 轉(zhuǎn)角 在反向平行的折疊片中，當(dāng)鏈反轉(zhuǎn)方向的時(shí)候蛋白質(zhì)內(nèi)部形成的U型結(jié)構(gòu)Bioinformatics 生物信息學(xué)

3、 應(yīng)用信息科學(xué)的理論、方法和技術(shù)，管理、分析和利用生物分子數(shù)據(jù)。Biocomputing 生物計(jì)算 本書中特指用計(jì)算機(jī)技術(shù)分析和處理生物分子數(shù)據(jù)。Basic Local Alignment Search Tool ( Blast) 基本的局部比對(duì)搜索工具（ Blast ） 一種常用的序列數(shù)據(jù)庫搜索工具。 blotting and hybridization 印跡和雜交 將分子（通常是核酸分子）從 凝膠轉(zhuǎn)移到膜上，接著用綁定有特定感興趣的分子的標(biāo)記探針進(jìn)行洗脫的過程。 bootstrap test 自舉檢驗(yàn) 對(duì) 置信程度進(jìn)行量化的檢驗(yàn)。branch and bound method 分支約束法

4、一種空間搜索方法，通過約束條件減少搜索空間，提高搜索效率。 branches 分支 在 系統(tǒng)發(fā)生樹中，通過分支連接兩個(gè)節(jié)點(diǎn)。 CC ( Cytosine) 胞嘧啶 作為堿基的兩種嘧啶中的一種。  CAAT box CAAT 盒 大多數(shù)真核啟動(dòng)子具有的一段短序列，其片段模式為 C-A-A-T ， 通常出現(xiàn)在 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游 80 個(gè) 核苷酸的地方。許多因子可以與CAAT盒結(jié)合 。 carboxy terminus 羧基端 在多肽鏈中，含有羧酸基團(tuán) ( COOH) 的分子端，對(duì)應(yīng)于基因的 3 - 端。cDNA （ Complementary DNA ） cDNA ( 互補(bǔ) DNA) 通

5、過逆轉(zhuǎn)錄酶從 RNA 模板合成的 DNA 。 cDNA library cDNA 文庫 從 mRNA 序列中產(chǎn)生的所有 DNA 序列的集合。這種類型的文庫只包含編碼蛋白質(zhì)的 DNA （基因）。 central dogma 中心法則 從基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白質(zhì)的過程（ DNA ? RNA ? protein ） 。character 特征 在 系統(tǒng)發(fā)生樹中 ， 具有有限狀態(tài)數(shù)的特征。  charged amino acid 帶電氨基酸 在一定的生物 pH 值下，帶有正電或負(fù)電的氨基酸。chromatin 染色質(zhì) 在真核生物細(xì)胞核內(nèi)部由大量 DNA 以及與此相關(guān)的組蛋白組

6、成的近似均勻混合物。chromosome 染色體 在原核生物，包含一個(gè)細(xì)胞基因組的DNA分子稱為染色體。在真核生物中，與蛋白質(zhì)復(fù)合在一起、包含大量遺傳信息的線型DNA分子。 clone 克隆 無性繁殖，如生物體克隆、基因克隆等。cloning 克隆 在類染色體載體中插入特定的 DNA 一段，使得它們可以在活細(xì)胞中得以保存并復(fù)制。Coding sequence 編碼序列 DNA 序列中為蛋白質(zhì)編碼的部分。Codon 密碼子 基因編碼部分的三核苷酸組合，對(duì)應(yīng)于一個(gè)特定的氨基酸。  Complementary 互補(bǔ)的 （ 1 ）通過氫鍵連接的核苷酸對(duì)（ G 和 C; A 和 T; A 和

7、U ） ；（ 2 ）核苷酸鏈的反向平行對(duì)。  Computational Molecular Biology 計(jì)算分子生物學(xué) 主要研究分子生物學(xué)數(shù)據(jù)的分析方法，開發(fā)分析工具。conformation 構(gòu)象 蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象。consensus sequence 一致序列 在兩個(gè)或多個(gè)同源序列的每一個(gè)位置上多數(shù)出現(xiàn)的核苷酸或氨基酸組成的序列conserved sequence 保守序列 在進(jìn)化過程中基本保持不變的核酸與蛋白質(zhì)序列，它們往往與特定的功能相對(duì)應(yīng)。Contig 連續(xù)交疊群 基因組測(cè)序過程中將許多短的序列片段鏈接成很長(zhǎng)的連續(xù)片段。convergent evolution 趨同進(jìn)

8、化 指相似基因型或表型性狀的獨(dú)立進(jìn)化。例如 ， 眼睛在各種生物體 （ 如哺乳動(dòng)物、軟體動(dòng)物以及昆蟲 ） 中獨(dú)立進(jìn)化 ， 結(jié)構(gòu)各異。core fold 核心折疊 構(gòu)成蛋白質(zhì)空間形狀的基本模式。CpG island CpG 島 在 哺乳類動(dòng)物基因組中的一個(gè) 500bp 到 3000bp 的區(qū)域 ， 該區(qū)域中的二核苷酸 CpG 的含量比其他區(qū)域的正常水平要高。通常，與此相關(guān)的是真核生物管家基因的啟動(dòng)子區(qū)域。 crystal 晶體 由分子的規(guī)則排列組成的固體結(jié)構(gòu)。Ddegeneracy 簡(jiǎn)并性 指某些氨基酸可以被一個(gè)以上的三聯(lián)密碼子編碼的特性。  denatured protein 變性蛋白

9、質(zhì) 指蛋白質(zhì)因?yàn)槭軣嶙饔没蛘呷ノ蹌┗蚰蛩氐然瘜W(xué)作用而失去了正常的三級(jí)結(jié)構(gòu)和四級(jí)結(jié)構(gòu)的結(jié)果。 deoxyribonucleic acid (DNA) 脫氧核糖核酸 （ DNA ） 由相連的核苷酸組成的雙鏈生物二聚體 ， 其核苷酸含有脫氧糖基。DNA是遺傳的分子基礎(chǔ)。  dipeptide 二肽 由一個(gè)肽鍵連成的兩個(gè)氨基酸。 disulfide bond 二硫鍵 二硫鍵是蛋白質(zhì)中兩個(gè)半胱氨酸側(cè)鏈之間形成的化學(xué)鍵 。DNA DNA 參見 脫氧核糖核酸。 domain 域（結(jié)構(gòu)域） 指蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中相對(duì)獨(dú)立的、具有特定功能的空間區(qū)域。 dot plot 點(diǎn)陣圖 對(duì)兩條序列進(jìn)行圖形化比較的方法。

10、圖形中的一系列的斜線對(duì)應(yīng)于序列相似的區(qū)域。 dynamic programming 動(dòng)態(tài)規(guī)劃 一種可以有效地探求一定復(fù)雜問題的各種可能的解決方案的程序；它將一個(gè)問題合理分解成一些小的子問題，然后利用部分計(jì)算解得到最終答案。 Eenhancer 增強(qiáng)子 可以與真核轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合的 DNA 序列片段。增強(qiáng)子序列可以在任何一個(gè)方向上起到逐漸增加轉(zhuǎn)錄水平的作用。enzyme 酶 一種生物催化劑（通常是 蛋白質(zhì)），能通過降低活化能使特定的化學(xué)反應(yīng)可以更快地進(jìn)行。EST （ Expressed sequence tags ） EST 表達(dá)序列標(biāo)簽 從 cDNA 的 5 或 3 端獲取的短的 DNA 片

11、段。 euchromatin 常染色質(zhì) 指真核生物中組蛋白高度甲基化（ 乙酰 化？）并且 DNA 低度甲基化的開放染色質(zhì)。exhaustive search 窮舉搜索 對(duì)問題所有可能的解進(jìn)行評(píng)估。exon 外顯子 一個(gè) hnRNA 分子的各個(gè)部分，它們被剪接后連在一起形成 mRNA 。  expression profile 表達(dá)譜   基因在不同時(shí)空的表達(dá)模式。 Ffamily 家族 在整個(gè)長(zhǎng)度范圍內(nèi)有多于 50 的氨基酸序列相同的蛋白質(zhì)稱為一個(gè)家族。 fold 折疊 通常和術(shù)語“結(jié)構(gòu)模體”有近似的含義，但是特別暗示在兩個(gè)或更多的蛋白質(zhì)中具有相似二級(jí)結(jié)構(gòu)的大區(qū)域。four

12、fold degenerate site 四重簡(jiǎn)并位點(diǎn) 指那些改變一個(gè)核苷酸為任何其它三個(gè)中的一個(gè)都對(duì)核糖體將氨基酸插入到蛋白質(zhì)沒有影響的密碼子位點(diǎn)。GG （ Guanine ） G （ 鳥嘌呤） 兩種嘌呤中的一種。gap penalty 空位罰分 為了減少序列比對(duì)中出現(xiàn)的空位，對(duì)空位進(jìn)行減分的操作。gaps 空位 在兩個(gè)具有共同祖先序列的比對(duì)中，為了反映插入或刪除所引入的一個(gè)或一些破折號(hào)。GC content GC 含量 在 DNA 序列中，核苷酸 G 、 C 的組成 相對(duì)于 A 、 T 的比例 。gel electrophoresis 凝膠電泳 指在電場(chǎng)的作用下，使帶電分子穿過聚丙烯酰胺、

13、淀粉或者瓊脂糖凝膠，從而根據(jù)其大小和帶電性進(jìn)行分離的過程。gene 基因 DNA 或 RNA 中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一種遺傳的功能單元，它控制著一個(gè)或多個(gè)性狀的傳遞和表達(dá)。gene content 基因內(nèi)容 一個(gè)基因組所包含的所有基因稱為該基因組的基因內(nèi)容。gene expression 基因表達(dá) 利用存儲(chǔ)在 DNA 中的信息來合成 RNA 分子，進(jìn)而生成相應(yīng)蛋白質(zhì)的過程。gene identification 基因識(shí)別 利用各種方法識(shí)別基因組中的基因序列。gene ontology 基因本體論 關(guān)于基因和蛋白質(zhì)知識(shí)的標(biāo)準(zhǔn)詞匯，是今后實(shí)現(xiàn)各種與基因相關(guān)數(shù)據(jù)的統(tǒng)一、進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、開

14、展數(shù)據(jù)挖掘的基礎(chǔ)。gene order 基因次序 基因在染色體上的排列順序。gene tree 基因樹 基于同源基因分析得到的系統(tǒng)發(fā)生樹。genetic map 遺傳圖譜 以具有多態(tài)性的遺傳標(biāo)記為“路標(biāo)”，以遺傳學(xué)距離為圖距的基因組圖譜。genome 基因組 一個(gè)生物體全部遺傳物質(zhì)的總和。genomics 基因組學(xué) 研究基因組序列，研究序列與功能的關(guān)系，研究基因組中所包含的遺傳信息。genomic library 基因文庫 包含有基因組 DNA 插入的克隆片段集合。genotype 基因型 一個(gè)個(gè)體或群體全部或部分的基因組成。global alignment 全局比對(duì) 在全局范圍內(nèi)對(duì)兩條序列進(jìn)

15、行比對(duì)打分的方法。GU-AG rule GU AG 規(guī)則 這是一條與真核生物蛋白質(zhì)編碼基因相關(guān)的規(guī)則，說的是 RNA 內(nèi)含子序列 5 端 的起始兩個(gè)核苷酸總是 5-GU-3 ，并且其 3 端 的最后兩個(gè)核苷酸總是 5-AG-3 。Hhairpin turn 發(fā)夾環(huán) 在 RNA 鏈中自身反轉(zhuǎn)允許形成分子內(nèi)堿基配對(duì)的位置。Hash table Hash 表 一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，可以存儲(chǔ)多個(gè)數(shù)值；不像矩陣要用整型索引獲取存在其中的數(shù)， hash 表可以用任何類型的值（包括字符串）作為索引。Hidden Markov Models (HMM) 隱馬爾柯夫模型（ HMM ） 在序列分析中常用的一種數(shù)學(xué)模型。

16、heterochromatin 異染色質(zhì) 指轉(zhuǎn)錄停滯、緊密包裹著的染色質(zhì) ； 和高度 DNA 甲基化以及低度的組蛋白乙?；嘘P(guān)。heuristic methods 啟發(fā)式方法 反復(fù)試驗(yàn) ， 利用經(jīng)驗(yàn)解決問題的一種方法。homologs 同源 序列 具有公共祖先的序列。horizontal gene transfer 基因水平轉(zhuǎn)移 基因從一個(gè)物種傳遞到另一個(gè)物種的過程。雖然病原體和轉(zhuǎn)座子通常被疑似為導(dǎo)致它的原因，但是基因這種運(yùn)動(dòng)的機(jī)制仍然未知。Human Genome Project, HGP  人類基因組計(jì)劃 通過全球合作，繪制人類基因組的全部序列圖譜。 housekeeping g

17、ene 管家基因 發(fā)育過程中在任何時(shí)間、在任何器官都高度表達(dá)的基因。H-P (hydrophobic-polar) model H-P （疏水極性）模型 以固定半徑的單個(gè)原子表示蛋白質(zhì)中的一個(gè)氨基酸殘基的簡(jiǎn)單網(wǎng)格模型。hydrogen bonding 氫鍵 由于極性共價(jià)鍵的作用，使得電荷作用發(fā)生輕微分離而形成的分子相互作用。hydrophilic 親水的 很容易在水性溶劑中溶解；字面上理解，就是和水易處的。hydrophobic 疏水的 難以和 水分子相互作用，字面上就是厭水的。hydrophobic amino acid 疏水氨基酸 含有一個(gè)全部由碳和氫組成的 R 基團(tuán) 的氨基酸；它不可能和

18、水分子形成氫鍵hydrophobic collapse 疏水折疊 將一個(gè)多肽鏈折疊成一個(gè)壓縮的構(gòu)象，從而使疏水殘基遠(yuǎn)離溶劑的過程，簡(jiǎn)單的說，是由疏水作用而引起的肽鏈折疊。Iindel 插入或刪除 插入或刪除。inferred ancestor 25 推斷祖先 通過 系統(tǒng)發(fā)生樹推斷而得到的祖先。inferred tree 推斷樹 對(duì)三個(gè)或三個(gè)以上的同源序列的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系的描述，是它們真正關(guān)系的一個(gè)近似。informative 有信息 （ 位點(diǎn) ） 在簡(jiǎn)約性分析中的提供有用信息位點(diǎn) ； 與此對(duì)應(yīng)的是無信息位點(diǎn)。ingroup 內(nèi)群（或內(nèi)部物種） 一個(gè)物種或一個(gè)分歧不大的物種系列；與此相對(duì)應(yīng)的是外群

19、。Inhibitor 抑制劑 任何可以降低酶促反應(yīng)速度的物質(zhì)。initiation complex 起始復(fù)合物 一系列自身相互作用的轉(zhuǎn)錄因子形成復(fù)合體 ， 作用與一個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)域 ， 從而促進(jìn)基因的轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)。initiator (Inr) sequence 起始序列 真核基因中與 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)密切相關(guān)的核苷酸 ； 在人類中 ， 該一致序列是 5-YYCARR-3 。insertion sequence 插入序列 指除了自身轉(zhuǎn)座需要外不再包含有任何信息的 轉(zhuǎn)座子元件 ； 當(dāng)被插入到一個(gè)基因中 ， 它將破壞其正常的結(jié)構(gòu)以及基因的功能。internal node 內(nèi)部節(jié)點(diǎn) 在一棵 系統(tǒng)發(fā)生樹中

20、， 不對(duì)應(yīng)真正數(shù)據(jù)的節(jié)點(diǎn) ， 這樣的節(jié)點(diǎn)代表兩個(gè)或多個(gè)獨(dú)立家系的公共祖先。intrinsic terminator 固有終止子 在原核生物中終止轉(zhuǎn)錄的特殊信號(hào) ； 指在新轉(zhuǎn)錄的 RNA 中可以形成二級(jí)結(jié)構(gòu)的核苷酸序列 ， 其后跟隨一串尿嘧啶。intron 內(nèi)含子 在剪切時(shí)被切除的內(nèi)部序列；出現(xiàn)在真核基因的 初級(jí)轉(zhuǎn)錄物 (hnRNAs) 中， 而不是在 mRNA 中。isochores 等值區(qū) 在真核基因組中具有相似堿基比例的區(qū)域。Jjunk DNA 垃圾 DNA 沒有意義的 DNA 序列；也指那些目前還不知道其作用的序列。Kkilobase(kb) 千堿基 DNA 序列的長(zhǎng)度單位 ， 1000

21、 個(gè)堿基為 1kb 。Llead compound 先導(dǎo)化合物 指在藥物設(shè)計(jì)中一個(gè)可行的候選分子。LINE LINE 長(zhǎng)散布（核）元件。linkage map 連鎖圖譜 見“遺傳圖譜”。local alignment 局部比對(duì) 一種尋找匹配子序列的序列比對(duì)方法。lock and key approach 鎖 - 鑰方法 兩個(gè)對(duì)接分子的構(gòu)象被固定的對(duì)接方法。log odds matrix 對(duì)數(shù)幾率矩陣 矩陣元素是每一個(gè)字符替換概率的對(duì)數(shù)的矩陣。Mmatch score 匹配得分 序列比較算法對(duì)相同字符匹配設(shè)置的得分。maximum likelihood approach 最大似然法 指在一系列的

22、序列比對(duì)中，考慮每一個(gè)字符被替代的概率的一種系統(tǒng)發(fā)生學(xué)方法；也是一種基于純統(tǒng)計(jì)的系統(tǒng)發(fā)生重建方法。methylation 甲基化 一個(gè)甲基 ( CH 3 ) 附著在一個(gè)核苷酸的 含氮堿基或者蛋白質(zhì)上。microarray 微陣列 在一個(gè)固體基片上的已知位置固定了 DNA 探針的有序陣列。microsatellite 微衛(wèi)星 在基因組中很多非常短的核酸序列出現(xiàn)的區(qū)域，例如串接出現(xiàn) 5-CA-3 的重復(fù)序列；通常在個(gè)體間變化很大。MIAME(the minimum information about a microarray experiment) 微陣列實(shí)驗(yàn)的最小信息 為了實(shí)現(xiàn)微陣列數(shù)據(jù)共享和交

23、流而制定的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)標(biāo)準(zhǔn)。 minisatellite 小衛(wèi)星 指在基因組中長(zhǎng)度從5個(gè)堿基對(duì)到幾十個(gè)堿基對(duì)重復(fù)序列串連出現(xiàn)的區(qū)域； 在個(gè)體間變化可能很大。mismatch score 失配打分 在一個(gè)比對(duì)算法中，對(duì)于不相同的字符被比對(duì)時(shí)所賦予的罰分。molecular clock 分子鐘 這是一個(gè)有爭(zhēng)議性的假設(shè)，指對(duì)于所有的進(jìn)化譜系，任何一段給定的 DNA 序列以相同的速率突變。molecular clones 分子克隆 指一段 DNA 序列的多數(shù)相同拷貝，一般地在例如 質(zhì)?；虿《镜容d體中進(jìn)行，使得 它們可以在細(xì)菌培養(yǎng)物中生存并傳播。molecular graphics 分子圖形學(xué) 分子圖形學(xué)是

24、進(jìn)行分子模型化的一項(xiàng)重要技術(shù)，由于分子圖形學(xué)和其它計(jì)算化學(xué)方法的相互結(jié)合，使得分子模型化方法取得成功。molecular modeling 分子模型化 分子模型化是利用計(jì)算機(jī)模擬分子結(jié)構(gòu)、研究分子之間相互作用的一種技術(shù)。Monte Carlo algorithm Monte Carlo 算法 一種嘗試復(fù)雜問題的各種可能解的方法，例如將能量最小作為評(píng)價(jià)一般解的方法。motif 序列模式 指核酸或者蛋白質(zhì)序列中具有保守性的序列片段。multiple sequence alignment 多重序列比對(duì) 三個(gè)或更多條序列的比對(duì)。 mutation 突變 由于 DNA 復(fù)制或者修復(fù)錯(cuò)誤導(dǎo)致核苷酸序列發(fā)生

25、的變化；嚴(yán)格地講，通過選擇性過濾在物種代間發(fā)生的變化。Nnative structure 天然結(jié)構(gòu) 在一個(gè)活細(xì)胞內(nèi)，特定的蛋白質(zhì)通常折疊成的唯一結(jié)構(gòu)。natural selection (selection) 自然選擇 個(gè)體間由于適應(yīng)性的差異而形成的基因傳給子代的差異現(xiàn)象；導(dǎo)致 等位基因頻率改變的進(jìn)化。nearest neighbor classifier 最近鄰分類法 一種根據(jù)物體特征相似性對(duì)它們進(jìn)行分類的一種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。negative regulation 負(fù)調(diào)控 可以阻止基因轉(zhuǎn)錄發(fā)生的調(diào)控neighbor-joining method 鄰近歸并法 一種聚類方法 ，在聚類之前，所有對(duì)象以

26、單個(gè)節(jié)點(diǎn)表示，然后逐步合并相鄰節(jié)點(diǎn) 。nucleotide 核苷酸 核酸分子的基本單位，其組成方式為堿基 - 戊糖 - 磷酸。 neural network 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 一種可以通過學(xué)習(xí)來仿效一些神經(jīng)元的功能計(jì)算機(jī)程序；能夠用來根據(jù)統(tǒng)計(jì)相似性預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)集的特定屬性。neutral mutation 中性突變 不影響生物適應(yīng)性的突變。NMR NMR 核磁共振 用于解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的技術(shù)。nodes 節(jié)點(diǎn) 在一棵系統(tǒng)發(fā)生樹中，以節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)分類單元（物種、序列）。nondegenerate site 非簡(jiǎn)并位點(diǎn) 突變總是導(dǎo)致蛋白質(zhì)氨基酸序列發(fā)生替換的密碼子位置。nonsynonymous substit

27、ution 異義替換 可以使氨基酸發(fā)生變化的密碼子中核苷酸的替換。Oopen reading frame (ORF) 開放閱讀框（ ORF ） 一段由密碼子組成的核苷酸序列，在 相同閱讀框中沒有終止密碼子出現(xiàn)。operator sequence 操縱子序列 原核生物調(diào)控蛋白結(jié)合的 與基因啟動(dòng)子相關(guān)的一段核苷酸序列。operon 操縱子 包含有結(jié)構(gòu)基因和調(diào)控元件、在轉(zhuǎn)錄中產(chǎn)生mRNA分子的一組相關(guān)的基因。origination penalty 起始罰分 用來評(píng)估一系列新空位的罰分；序列比對(duì)中空位罰分的一部分。orthologs 直向（直系）同源物 那些具有相似性的序列， 由于物種形成事件而使得它

28、們從一個(gè)祖先序列獨(dú)立進(jìn)化。outgroup 外群（外部參考物種） 指與一組生物體很少相關(guān)的一個(gè)物種或一組物種。PPAM unit PAM 單位 一種進(jìn)化單位；特別地，指被觀察的對(duì)象中每 100 個(gè)殘基發(fā)生一個(gè)替換所需要的平均進(jìn)化時(shí)間。Pairwise Sequence Alignment 序列兩兩比對(duì) 對(duì)兩條序列進(jìn)行編輯操作，通過字符匹配和替換，或者插入和刪除字符，使得兩條序列達(dá)到一樣的長(zhǎng)度，并使兩條序列中相同的字符盡可能地一一對(duì)應(yīng)。paralogs 共生（旁系）同源物 那些具有相似性的序列， 它們都是被復(fù)制的祖先基因的后裔。parsimony 簡(jiǎn)約性 指只需少量突變事件激發(fā)就可以使一條進(jìn)化路

29、徑比其他路徑更有優(yōu)先權(quán)的過程pattern discrimination analysis 模式判別分析 是一種統(tǒng)計(jì)方法，主要根據(jù)觀察到的一個(gè)或多個(gè)序列模式來對(duì)序列進(jìn)行分類。physical map 物理圖譜 關(guān)于基因組中特異性序列排列和間距的信息，建立物理圖譜實(shí)際上是為全基因組測(cè)序建立“路標(biāo)”，是測(cè)序的前一步工作。peptide 肽 一條含有多個(gè)氨基酸的鏈。peptide bond 肽鍵 在肽連接中碳氮之間的共價(jià)鍵。pharmacogenomics 藥物基因組學(xué) 一門利用個(gè)體的遺傳信息獲取最好的藥物療效 ， 同時(shí)具有最小副作用的研究領(lǐng)域phenotype 表型 生物體由于和其基因型和環(huán)境相互

30、作用而產(chǎn)生的可見屬性。phosphodiester bond 磷酸二酯鍵 連接一個(gè)核苷酸的磷酸基團(tuán)和另外一個(gè)的 脫氧核糖的共價(jià)鍵。phylogenetic tree 系統(tǒng)發(fā)生樹 對(duì)三個(gè)或三個(gè)以上基因或生物體之間的進(jìn)化關(guān)系的圖形化表示。point accepted mutation (PAM) 點(diǎn)接受突變（ PAM ） 指被自然選擇接受的突變。 polar amino acid 極性氨基酸 通常指?jìng)?cè)鏈上包含氧和（或）氮并且很容易和水形成氫鍵的氨基酸。polar bond 極性鍵 在一個(gè)帶全正電的分子和另一個(gè)帶全負(fù)電的分子之間發(fā)生的相互作用。polyadenylation 多聚腺苷酸化 指用一個(gè)基

31、因核苷酸序列中不被讀出的一段長(zhǎng)約 250 個(gè)堿基 A 組成 的序列替代真核 hnRNA3 端的過程。polycistronic 多順反子 包含多個(gè)基因的遺傳信息（順反子）。polymerase chain reaction 聚合酶鏈反應(yīng) 一種在體外快速、大量地合成給定DNA片段的技術(shù)，首先將雙鏈DNA分離成兩個(gè)互補(bǔ)的單鏈，再用DNA聚合酶將每一個(gè)單鏈合成雙鏈，如此重復(fù)下去。Polynucleotide 多核苷酸 一條核苷酸的聚合鏈 ； DNA 或 RNA 分子。polypeptide 多肽 一條氨基酸的聚合鏈 ； 蛋白質(zhì)。position-specific scoring matrix 位置特

32、異性打分矩陣 一個(gè)矩陣，矩陣中的每一個(gè)數(shù)表示某個(gè)特定的氨基酸占據(jù)多序列比對(duì)中某個(gè)位置的頻率。positive regulation 正調(diào)控 一個(gè)調(diào)控蛋白的結(jié)合使得 RNA 聚合酶更容易啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的情況。primary structure 一級(jí)結(jié)構(gòu) 組裝成蛋白質(zhì)的氨基酸序列。Principal Component Analysis ， PCA 主成分分析 是一種掌握事物主要矛盾的統(tǒng)計(jì)分析方法，它可以從多元事物中解析出主要影響因素，揭示事物的本質(zhì)，簡(jiǎn)化復(fù)雜的問題。probe 探針 一塊被標(biāo)記的可以特異性和感興趣的分子發(fā)生相互作用的 DNA （或 RNA 或抗體）。promoter sequence

33、啟動(dòng)子序列 指和一個(gè)基因相關(guān)聯(lián)的可以被 RNA 聚合酶識(shí)別的序列。protein backbone 蛋白質(zhì) 骨架 多肽鏈中的非側(cè)鏈原子。protein electrophoresis 蛋白質(zhì)電泳 根據(jù)蛋白質(zhì)的基本特征（如大小、帶電性）在電場(chǎng)下分離并比較蛋白質(zhì)的方法protein sequencing 蛋白質(zhì)測(cè)序 對(duì)給定蛋白質(zhì)的氨基酸進(jìn)行測(cè)序的過程；通常根據(jù) Edman 方法，每次從多肽的羧基端移走一個(gè)氨基酸。protein threading 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)線索法 首先假設(shè)多肽的構(gòu)象，然后根據(jù)得到的結(jié)構(gòu)計(jì)算出其能量的方法。通過計(jì)算各種已知結(jié)構(gòu)的能量，可以得出與給定蛋白質(zhì)序列最符合的構(gòu)象。因?yàn)樵?/p>

34、結(jié)構(gòu)是假設(shè)的而不是計(jì)算出來的，所以線索法有時(shí)指的就是“反向蛋白質(zhì)折疊”。proteome 蛋白質(zhì)組 一個(gè)生物體的所有蛋白質(zhì)總和。Proteomics 蛋白質(zhì)組學(xué) 蛋白質(zhì)組學(xué)是研究細(xì)胞內(nèi)所有蛋白質(zhì)及其動(dòng)態(tài)變化規(guī)律的科學(xué)。pseudogene 偽基因 發(fā)生突變之后失去功能以及轉(zhuǎn)錄活性的基因。pseudoknot 偽結(jié) 當(dāng)環(huán)內(nèi)的堿基和環(huán)外的堿基形成配對(duì)的時(shí)候就是一個(gè)假結(jié)體；RNA結(jié)構(gòu)中最難預(yù)測(cè)的類型。purine 嘌呤 堿基具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的核苷酸；通常指鳥嘌呤和腺嘌呤。pyrimidine 嘧啶 堿基具有單環(huán)結(jié)構(gòu)的核苷酸；通常指胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶。Qquaternary structure 四級(jí)

35、結(jié)構(gòu) 當(dāng)若干個(gè)多肽相互結(jié)合時(shí)分子內(nèi)部發(fā)生的相互作用 ； 相互作用的蛋白質(zhì)形成的整體結(jié)構(gòu)。Rreading frame 閱讀框 在蛋白質(zhì)編碼基因中，以起始密碼子開始、終止密碼子結(jié)束的一段線性密碼子序列。regulatory 調(diào)控 在特定的條件下允許或阻止一個(gè)基因的表達(dá)；對(duì)應(yīng)于 結(jié)構(gòu)蛋白。 residue 殘基 作為多肽鏈一部分的氨基酸；在關(guān)于蛋白質(zhì)或肽的語境中，殘基通常指氨基酸restriction enzymes 限制性 （ 內(nèi)切 ） 酶 指在它們遇到特定的核苷酸序列的時(shí)候在 DNA 分子中引入雙鏈缺口的蛋白質(zhì)restriction mapping 限制性酶切圖譜 用兩個(gè)或多個(gè)限制性酶進(jìn)行同步

36、消化來決定 DNA 分子中的限制性酶識(shí)別序列的相對(duì)位置。restriction site 限制性 （ 酶切 ） 位點(diǎn) 被限制性酶識(shí)別的核苷酸序列 ； 限制性酶識(shí)別位點(diǎn)。retroposon 逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子 一個(gè)被 RNA 媒介傳輸?shù)霓D(zhuǎn)座元件。retrotransposition 逆 轉(zhuǎn)錄 轉(zhuǎn)座 包含一個(gè) RNA 媒介的轉(zhuǎn)座。reverse transcriptase 逆轉(zhuǎn)錄酶 一種用來將 RNA 變成 DNA 的特殊的酶。ribosome 核糖體 指負(fù)責(zé)催化翻譯過程的蛋白質(zhì)和 rRNA 的復(fù)合體 。 ribozyme 核酶 指可以加速特定化學(xué)反應(yīng) （ 例如自切割 ） 的 RNA 分子。RNA （

37、 Ribonucleic Acid ） 核糖核酸 RNA 是單鏈的核酸分子 。RNA polymerase RNA 聚合酶 負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄的酶；將 DNA 分子中的信息轉(zhuǎn)移到 RNA 分子中。rooted tree 有根樹 含有一個(gè)被認(rèn)為是公共祖先的節(jié)點(diǎn)、并且該節(jié)點(diǎn)到其他節(jié)點(diǎn)只存在唯一路徑的一棵系統(tǒng)發(fā)生樹。Ssatellite DNA 衛(wèi)星 DNA 指相對(duì)于其他的基因組數(shù)據(jù)而言，重復(fù)性很大、存儲(chǔ)的信息量很少的真核 DNA 片段。scaled tree 標(biāo)度樹 指分支長(zhǎng)度和相鄰節(jié)點(diǎn)對(duì)之間的差異成比例的系統(tǒng)發(fā)生樹。scoring matrix 打分矩陣 在序列比對(duì)中，用來對(duì)每一個(gè)非空位置進(jìn)行打分的矩陣。

38、secondary structure 二級(jí)結(jié)構(gòu) 指源自蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)的 螺旋、 折疊等局部結(jié)構(gòu)特征。Self-Organizing Map ， SOM 自組織映射神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 自組織特征映射是類似大腦思維的一種人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，它是一種競(jìng)爭(zhēng)學(xué)習(xí)算法。semiglobal alignment 準(zhǔn)全局比對(duì) 指出現(xiàn)在序列頭尾的空位不影響比對(duì)得分的序列比對(duì)。sequence 序列 （ 1 ） DNA 或 RNA 分子核苷酸的線性排列或者蛋白質(zhì)中氨基酸的排列；（ 2 ）對(duì)分子中的核苷酸或者氨基酸的線性排列進(jìn)行定序的操作。sequencing 測(cè)序 測(cè)定生物分子序列的過程稱為測(cè)序。serial analys

39、is of gene expression (SAGE) 基因表達(dá)的系列分析 (SAGE) 用來評(píng)估基因表達(dá)水平的實(shí)驗(yàn)方法。 side chain 側(cè)鏈 附著在氨基酸中心碳原子的短鏈或者原子基團(tuán)。silencer 沉默子 通過沉默子可以抑制基因的表達(dá)，或?qū)蜻M(jìn)行有選擇性的表達(dá)。SINE SINE 短散布（核）元件。SNPs （ Single nucleotide polymorphisms ） SNPs （ 單核苷酸多態(tài)性 ） SNPs 對(duì)人類遺傳學(xué)研究和醫(yī)學(xué)應(yīng)用具有重要的意義，如 人類種群遺傳學(xué)的研究，疾病易感性分析，藥物基因組研究，個(gè)體化醫(yī)療。SOM(Self organization

40、map) 自組織映射神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 一種無監(jiān)督學(xué)習(xí)方法，可以完成對(duì)物體的聚類。 species tree 物種樹 表示物種之間關(guān)系的系統(tǒng)發(fā)生樹。spliceosomes 剪接體 真核生物中負(fù)責(zé)剪接的酶復(fù)合體。splicing 剪接 指剪掉真核 hnRNA 內(nèi)部序列（內(nèi)含子）再將與之相鄰的外顯子連接起來的過程。start codon 起始密碼子 引導(dǎo) 原核和真核生物核糖體開始翻譯 mRNA 的三聯(lián)密碼子（特別是 AUG ）。stem 莖干 一個(gè) RNA 分子內(nèi)部堿基配對(duì)的區(qū)域。stop codon 終止密碼子 不再使核糖體插入氨基酸而使 mRNA 翻譯終止的密碼子（特別是 UGA, UAG 和 UAA ） 。structural protein 結(jié)構(gòu)蛋白 通常指可以維持細(xì)胞或組織形狀的蛋白質(zhì)，它們可以為骨骼或連接組織提供支撐的硬骨架。STS （ sequence tagged site ） 序列標(biāo)記位點(diǎn) 這些位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)的序列在基因組中可以作為特定的標(biāo)記。substitution 替換 在一定水平上通過選擇過濾的突變。Sum-of-Pairs （ SP ） 逐對(duì)加和（ SP ） 是一種多重序列比對(duì)的評(píng)價(jià)模型。superfamily 超家族 在一定程度上具有序列相似性，可以反映遠(yuǎn)古進(jìn)化關(guān)系的蛋白質(zhì)家族的集合。super-secondary structure 超二級(jí)結(jié)構(gòu) 若干二級(jí)結(jié)構(gòu)可能以特