《生物化學(xué)》課件第2章 核酸1_第1頁(yè)
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1、第二章 核酸Nucleic Acids第一節(jié) 概 述核酸(nucleic acid) 以核苷酸為基本組成單位的生物大分子,攜帶和傳遞遺傳信息。 DNA(Deoxyribonucleic acid)脫氧核糖核酸 RNA(Ribonucleic acid) 核糖核酸1868年 Fridrich Miescher從膿細(xì)胞中提取“核素” 1944年 Avery等人證實(shí)DNA是遺傳物質(zhì)1953年 Watson和Crick發(fā)現(xiàn)DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)1968年 Nirenberg發(fā)現(xiàn)遺傳密碼1975年 Temin和Baltimore發(fā)現(xiàn)逆轉(zhuǎn)錄酶1981年 Gilbert和Sanger建立DNA 測(cè)序方法1985

2、年 Mullis發(fā)明PCR 技術(shù)1990年 美國(guó)啟動(dòng)人類(lèi)基因組計(jì)劃(HGP) 1994年 中國(guó)人類(lèi)基因組計(jì)劃啟動(dòng)2001年 美、英等國(guó)完成人類(lèi)基因組計(jì)劃基本框架一、核酸的發(fā)現(xiàn)和研究工作進(jìn)展 二、核酸的分類(lèi)及分布、功能(deoxyribonucleic acid, DNA)(ribonucleic acid, RNA)脫氧核糖核酸 核糖核酸 90%以上分布于細(xì)胞核,其余分布于核外如線(xiàn)粒體,葉綠體,質(zhì)粒等。分布于胞核、胞液。攜帶遺傳信息,決定細(xì)胞和個(gè)體的基因型(genotype)。參與細(xì)胞內(nèi)DNA遺傳信息的表達(dá)。某些病毒RNA也可作為遺傳信息的載體。三、元素組成主要元素組成: C、H、O、N、P(

3、911%)與蛋白質(zhì)比較,核酸一般不含S,而P的含量較為穩(wěn)定,占9-11%。 四、基本構(gòu)成單位:核苷酸(nucleotide)核苷酸由戊糖、磷酸和含氮堿三部分構(gòu)成第二節(jié) 核酸的分子組成戊 糖堿 基先將嘌呤和嘧啶的結(jié)構(gòu)式記住,然后再記住下面口訣胸前一灘尿:U + 一碳基團(tuán)(甲基) T尿里兩泡泡:嘧啶中有兩個(gè)O U上面一個(gè)是氨氣包:U靠上面的一個(gè)O換成-NH2 =C鳥(niǎo)兒張嘴吸氨氣:張嘴即O,嘌呤有O又有-NH2 G腺兒將鳥(niǎo)嘴來(lái)系,注意換氣(氨氣):系嘴即去掉O,G去掉O再把-NH2換個(gè)位置 A 胺式亞胺式互變異構(gòu)酮式烯醇式互變異構(gòu)堿基的結(jié)構(gòu)特征嘌呤堿和嘧啶堿分子中都含有共軛雙鍵體系,在紫外區(qū)有吸收(

4、260 nm左右)。核苷 nucleoside糖與堿基之間的C-N鍵,稱(chēng)為C-N糖苷鍵。核糖核苷:AR, GR, UR, CR脫氧核苷:dAR, dGR, dTR, dCR核苷酸(ribonucleotide)的結(jié)構(gòu)與命名核苷和磷酸以磷酸酯鍵連接稀有核苷酸修飾成分核酸中也存在一些不常見(jiàn)的稀有堿基。稀有堿基的種類(lèi)很多,大部分是上述堿基的甲基化產(chǎn)物。 2、稀有核苷酸:稀有堿基/核苷/核苷酸 3、核苷酸的其他形式多磷酸核苷(NDP、NTP)環(huán)化核苷酸(cAMP、cGMP等)輔酶或輔基(NAD、NADP、FAD、CoA等,均含有AMP),活性代謝物(UDPG、CDP-膽堿,等) 1、核苷酸的組成:含氮

5、堿基、戊糖和磷酸。ATP的性質(zhì)ATP 分子的最顯著特點(diǎn)是含有兩個(gè)高能磷酸鍵。ATP水解時(shí), 可以釋放出大量自由能。ATP 是生物體內(nèi)最重要的能量轉(zhuǎn)換中間體。ATP 水解釋放出來(lái)的能量用于推動(dòng)生物體內(nèi)各種需能的生化反應(yīng)。ATP 也是一種很好的磷酰化劑。磷酰化反應(yīng)的底物可以是普通的有機(jī)分子,也可以是酶。磷酰化的底物分子具有較高的能量(活化分子),是許多生物化學(xué)反應(yīng)的激活步驟。cAMP和cGMPcAMP(3,5-環(huán)化腺苷酸)和cGMP(3,5-環(huán)化鳥(niǎo)苷酸)的主要功能是作為細(xì)胞的第二信使。cAMP和cGMP的環(huán)狀磷酯鍵是一個(gè)高能鍵。在pH7.4, cAMP和cGMP的水解能約為43.9 KJ/mol,

6、比ATP水解能高得多。腺苷酸也是一些輔酶的結(jié)構(gòu)成分第三節(jié) 核酸的分子結(jié)構(gòu)一、一級(jí)結(jié)構(gòu)(primary structure)一級(jí)結(jié)構(gòu)是指核酸分子中核苷酸的排列順序及連接方式。核苷酸的排列順序代表了遺傳信息。1、核苷酸的連接方式: 3, 5磷酸二酯鍵2、核酸的基本結(jié)構(gòu)形式:多核苷酸鏈信息量:4n末端: 5 端、 3端多核苷酸鏈的方向: 5端3端(由左至右)3、表示方法:結(jié)構(gòu)式、線(xiàn)條式、文字縮寫(xiě) 堿基組成分析Chargaff 規(guī)則:A = T;G C 堿基的理化數(shù)據(jù)分析:A-T、G-C以氫鍵配對(duì)較合理 DNA纖維的X-線(xiàn)衍射圖譜分析 DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的研究背景 二、DNA的空間結(jié)構(gòu)(一)DNA的二級(jí)

7、結(jié)構(gòu)(secondary structure)1、堿基組成規(guī)則(Chargaff規(guī)則)A=T,G=C; A+G=T+C(嘌呤與嘧啶的總數(shù)相等)有種屬特異性無(wú)組織、器官特異性不受年齡、營(yíng)養(yǎng)、性別及其他環(huán)境等影響 DNA分子由兩條DNA單鏈組成。DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)是分子中兩條DNA單鏈之間基團(tuán)相互識(shí)別和作用的結(jié)果。雙螺旋結(jié)構(gòu)是DNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的最基本形式。DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)double helix modelDNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的要點(diǎn)(1)DNA分子由兩條多聚脫氧核糖核苷酸鏈(簡(jiǎn)稱(chēng)DNA單鏈)組成。兩條鏈沿著同一根軸平行盤(pán)繞,形成右手雙螺旋結(jié)構(gòu)。螺旋中的兩條鏈方向相反,即其中一條鏈的方向?yàn)?端3端,

8、而另一條鏈的方向?yàn)?端5端。(2)嘌呤和嘧啶堿基位于螺旋的內(nèi)側(cè),磷酸和脫氧核糖基位于螺旋外側(cè)。堿基環(huán)平面與螺旋軸垂直,糖基環(huán)平面與堿基環(huán)平面成90角。(3)螺旋橫截面的直徑約為2nm,每條鏈相鄰兩個(gè)堿基平面之間的距離為0.34 nm,每10個(gè)核苷酸形成一個(gè)螺旋,其螺矩(即螺旋旋轉(zhuǎn)一圈的高度)為3.4 nm。(4)維持兩條DNA鏈相互結(jié)合的力是鏈間堿基對(duì)形成的氫鍵。堿基結(jié)合具有嚴(yán)格的配對(duì)規(guī)律:A與T結(jié)合,G與C結(jié)合,這種配對(duì)關(guān)系,稱(chēng)為堿基互補(bǔ)。A和T之間形成兩個(gè)氫鍵,G與C之間形成三個(gè)氫鍵。在DNA分子中,嘌呤堿基的總數(shù)與嘧啶堿基的總數(shù)相等。(5)螺旋表面形成大溝(major groove)及小

9、溝(minor groove),彼此相間排列。小溝較淺;大溝較深,是蛋白質(zhì)識(shí)別DNA堿基序列的基礎(chǔ)。(6)氫鍵維持雙鏈橫向穩(wěn)定性,堿基堆積力維持雙鏈縱向穩(wěn)定性。(二)二級(jí)結(jié)構(gòu): 雙螺旋結(jié)構(gòu)模型(double helix model)1、Watson-Crick雙螺旋結(jié)構(gòu)模型(B-DNA) (1)反平行雙鏈:脫氧核糖-磷酸骨架位于外側(cè),堿基對(duì)位于內(nèi)側(cè) (2)堿基互補(bǔ)配對(duì):AT配對(duì)(兩個(gè)氫鍵),GC配對(duì)(三個(gè)氫鍵);堿基對(duì)平面垂直縱軸(3)右手雙螺旋:螺距為3.4 nm,直徑為2.0 nm,10bp/圈(4)表面功能區(qū):小溝較淺;大溝較深,是蛋白質(zhì)識(shí)別DNA堿基序列的基礎(chǔ) (5)維持結(jié)構(gòu)穩(wěn)定的力量

10、:氫鍵維持雙鏈橫向穩(wěn)定,堿基堆積力維持螺旋縱向穩(wěn)定2、其他螺旋形式 Z-DNA(左手雙螺旋) A-DNA DNA double helix類(lèi)型 helix type bp/turn rotation/bp vertical rise/bp helical d A 11 +34.7 2.56A 23A B 10 +34.0 3.38A 19A C 9.33 +38.6 3.32A 19A Z 12 -30.0 5.71A 18ADNA雙螺旋的穩(wěn)定性DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)在生理?xiàng)l件下很穩(wěn)定。維持這種穩(wěn)定性的因素包括:兩條DNA鏈之間形成的氫鍵,堿基堆積力。雙螺旋結(jié)構(gòu)內(nèi)部形成的疏水區(qū),消除了介質(zhì)中水分子對(duì)

11、堿基之間氫鍵的影響;介質(zhì)中的陽(yáng)離子(如Na+、K+和Mg2+)中和了磷酸基團(tuán)的負(fù)電荷,降低了DNA鏈之間的排斥力等。改變介質(zhì)條件和環(huán)境溫度,將影響雙螺旋的穩(wěn)定性。 天然存在的DNA分子最顯著的特點(diǎn)是很長(zhǎng),分子質(zhì)量很大,一般在1061010。大腸桿菌染色體由400萬(wàn)堿基對(duì)(basepair,bp)組成的雙螺旋DNA單分子。其長(zhǎng)度為1.4106nm,相當(dāng)于1.4mm,而直徑為20nm,相當(dāng)原子的大小。黑腹果蠅最大染色體由6.2107bp組成,長(zhǎng)2.1cm多瘤病毒的DNA由5100bp組成 ,長(zhǎng)1.7mm(二)DNA的三級(jí)結(jié)構(gòu)雙螺旋進(jìn)一步扭曲,形成一種比雙螺旋更高層次的空間構(gòu)象。包括:線(xiàn)狀DNA形成

12、的紐結(jié)、超螺旋和多重螺旋、環(huán)狀DNA形成的結(jié)、超螺旋和連環(huán)等大多數(shù)原核生物 :1)共價(jià)封閉的環(huán)狀雙螺旋分子2)超螺旋結(jié)構(gòu):雙螺旋基礎(chǔ)上的螺旋化正超螺旋(positive supercoil):盤(pán)繞方向與雙螺旋方同相同負(fù)超螺旋(negative supercoil):盤(pán)繞方向與雙螺旋方向相反 (三)DNA在真核生物細(xì)胞核內(nèi)的組裝核小體(nucleosome): 由DNA和組蛋白構(gòu)成。DNA:以負(fù)超螺旋纏繞在組蛋白上組蛋白核心:H2B ,H2A ,H3 ,H4H1組蛋白在核小體之間(三)DNA的功能DNA的基本功能是以基因的形式荷載遺傳信息,并作為基因復(fù)制和轉(zhuǎn)錄的模板。它是生命遺傳的物質(zhì)基礎(chǔ),也是

13、個(gè)體生命活動(dòng)的信息基礎(chǔ)?;驈慕Y(jié)構(gòu)上定義,是指DNA分子中的特定區(qū)段,其中的核苷酸排列順序決定了基因的功能。 三、RNA的分子結(jié)構(gòu)Mitochondrial RNARNA的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)RNA是單鏈分子,因此在RNA分子中,嘌呤的總數(shù)不一定等于嘧啶的總數(shù)。RNA分子中,部分區(qū)域也能形成雙螺旋結(jié)構(gòu),不能形成雙螺旋的部分,則形成單鏈突環(huán)。這種結(jié)構(gòu)稱(chēng)為“發(fā)夾型”結(jié)構(gòu)。在RNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)中,堿基的配對(duì)情況不象DNA中嚴(yán)格。G 除了可以和C 配對(duì)外,也可以和U 配對(duì)。G-U 配對(duì)形成的氫鍵較弱。不同類(lèi)型的RNA, 其二級(jí)結(jié)構(gòu)有明顯的差異。tRNA中除了常見(jiàn)的堿基外,還存在一些稀有堿基,這類(lèi)堿基大部分位于突環(huán)

14、部分.(一)信使RNA的結(jié)構(gòu)與功能* 真核生物mRNA的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)1. 大多數(shù)真核mRNA的5末端均在轉(zhuǎn)錄后加上一個(gè)7-甲基鳥(niǎo)苷,同時(shí)第一個(gè)核苷酸的C2也是甲基化,形成帽子結(jié)構(gòu):m7GpppNm-。2. 大多數(shù)真核mRNA的3末端有一個(gè)多聚腺苷酸(polyA)結(jié)構(gòu),稱(chēng)為多聚A尾。mRNA核內(nèi)向胞質(zhì)的轉(zhuǎn)位mRNA的穩(wěn)定性維系翻譯起始的調(diào)控 帽子結(jié)構(gòu)和多聚A尾的功能* mRNA的功能 把DNA所攜帶的遺傳信息,按堿基互補(bǔ)配對(duì)原則,抄錄并傳送至核糖體,用以決定其合成蛋白質(zhì)的氨基酸排列順序。DNAmRNA蛋白轉(zhuǎn)錄翻譯原核細(xì)胞 細(xì)胞質(zhì)細(xì)胞核DNA內(nèi)含子外顯子轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄后剪接轉(zhuǎn)運(yùn)mRNAhnRNA翻譯蛋白真核

15、細(xì)胞 (二)tRNA的結(jié)構(gòu)與功能* tRNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)特點(diǎn) 含 1020% 稀有堿基,如 DHU 3末端為 - CCA-OH 5末端大多數(shù)為G 具有 TC 雙氫尿嘧啶(DHU)假尿嘧啶()次黃嘌呤(I)* tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)三葉草形 氨基酸臂 DHU環(huán) 反密碼環(huán) 額外環(huán) TC環(huán)氨基酸臂額外環(huán)* tRNA的功能:活化、搬運(yùn)氨基酸到核糖體,參與蛋白質(zhì)的翻譯。1、分子較小,含較多的稀有堿基和非標(biāo)準(zhǔn)堿基配對(duì)2、5端一般為鳥(niǎo)嘌呤核苷酸,3端為CCA-OH3。3、二級(jí)結(jié)構(gòu)為“三葉草”型(cloverleaf pattern)小結(jié)反密碼環(huán):反密碼環(huán)中部的三個(gè)堿基可以與mRNA的三聯(lián)體密碼形成堿基互補(bǔ)配對(duì),解

16、讀遺傳密碼,稱(chēng)為反密碼子(anticodon)。ACCDHU環(huán)T環(huán)反密碼環(huán)5額外環(huán)氨基酸臂:3末端的CCA-OH3單鏈用于連接該tRNA轉(zhuǎn)運(yùn)的氨基酸。 二氫尿嘧啶環(huán)(DHU):識(shí)別氨酰-tRNA合成酶TC環(huán):識(shí)別核蛋白體(核糖體)4、“倒L”型三級(jí)結(jié)構(gòu)(三)rRNA的結(jié)構(gòu)與功能原核生物(以大腸桿菌為例)真核生物(以小鼠肝為例)小亞基30S40SrRNA16S1542個(gè)核苷酸18S1874個(gè)核苷酸蛋白質(zhì)21種占總重量的40%33種占總重量的50%大亞基50S60SrRNA23S5S2940個(gè)核苷酸120個(gè)核苷酸28S5.85S5S4718個(gè)核苷酸160個(gè)核苷酸120個(gè)核苷酸蛋白質(zhì)31種占總重量的

17、30%49種占總重量的35%核蛋白體的組成* rRNA的功能:組成核蛋白體,作為蛋白質(zhì)合成的場(chǎng)所。(四)其他小分子RNA及RNA組學(xué)除了上述三種RNA外,細(xì)胞的不同部位存在的許多其他種類(lèi)的小分子RNA,統(tǒng)稱(chēng)為非mRNA小RNA(small non-messenger RNAs, snmRNAs),或非編碼蛋白質(zhì)的RNA(non-coding RNA, ncRNA) 。 種類(lèi):核內(nèi)小RNA;核仁小RNA;胞質(zhì)小RNA;催化性小RNA;小片段干涉 RNA功能:參與hnRNA和rRNA的加工和轉(zhuǎn)運(yùn)。ncRNA在在基因表達(dá)以及應(yīng)激信號(hào)傳導(dǎo)等方面起著重要的調(diào)節(jié)作用。因此,有人也將其稱(chēng)為調(diào)節(jié)RNA(reg

18、ulatory RNA)。 小片段干擾RNA (siRNA;又稱(chēng)“引導(dǎo)RNAs”,guide RNAs):一些小的雙鏈RNA可以高效、特異的阻斷體內(nèi)特定基因表達(dá),促使mRNA降解,誘使細(xì)胞表現(xiàn)出特定基因缺失的表型,稱(chēng)為RNA干擾(RNA interference,RNAi,也譯作RNA干預(yù)或干涉)。它是體內(nèi)抵御外在感染的一種重要保護(hù)機(jī)制。RNAi的作用機(jī)制:包括起始階段和效應(yīng)階段。(1)在起始步驟,生物宿主將外源基因表達(dá)的雙鏈RNA進(jìn)行切割,產(chǎn)生具有特定長(zhǎng)度(19-21nt)和序列的小片段RNA;(2)在RNAi效應(yīng)階段,siRNA雙鏈結(jié)合一個(gè)核酶復(fù)合物從而形成所謂RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物(RIS

19、C)。激活RISC需要一個(gè)ATP依賴(lài)的將siRNA解雙鏈的過(guò)程。激活的RISC通過(guò)堿基配對(duì)定位到同源mRNA轉(zhuǎn)錄本上,并在距離siRNA3端12個(gè)堿基的位置切割mRNA。RNA組學(xué)研究細(xì)胞中snmRNAs的種類(lèi)、結(jié)構(gòu)和功能。同一生物體內(nèi)不同種類(lèi)的細(xì)胞、同一細(xì)胞在不同時(shí)間、不同狀態(tài)下snmRNAs的表達(dá)具有時(shí)間和空間特異性。 RNA組學(xué):第四節(jié) 核酸的理化性質(zhì) 一、酸性化合物 兩性解離,但酸性強(qiáng) 電泳行為泳向正極(pH7-8) 二、高分子性質(zhì) 粘度 DNARNA 超離心沉降 凝膠過(guò)濾 分子大小單位:分子量(道爾頓,D)、堿基對(duì)數(shù)目(bp)、離心沉降常數(shù)(S) 沉淀行為加鹽(中和電荷);乙醇紫外吸

20、收1. DNA或RNA的定量OD260=1.0相當(dāng)于50g/ml雙鏈DNA40g/ml單鏈DNA(或RNA)20g/ml寡核苷酸2.判斷核酸樣品的純度DNA純品: OD260/OD280 = 1.8RNA純品: OD260/OD280 = 2.0OD260的應(yīng)用 三、紫外吸收 最大吸收波長(zhǎng):260nm 核酸定量分析 核酸定性分析 四、變性、復(fù)性、分子雜交1、DNA變性(DNA denaturation):DNA變性是指在理化因素作用下,DNA分子中的氫鍵斷裂,堿基堆積力遭到破壞,雙螺旋結(jié)構(gòu)解體,雙鏈分開(kāi)形成單鏈的過(guò)程。 DNA的變性(denaturation)方法:過(guò)量酸,堿,加熱,變性試劑如

21、尿素、酰胺以及某些有機(jī)溶劑如乙醇、丙酮等。變性后其它理化性質(zhì)變化:OD260增高;粘度下降;比旋度下降;浮力密度升高;酸堿滴定曲線(xiàn)改變;生物活性改變DNA變性的本質(zhì)是雙鏈間氫鍵的斷裂DNA變性增色效應(yīng):DNA變性時(shí)其溶液OD260增高的現(xiàn)象。當(dāng)DNA的稀鹽溶液加熱到80-100時(shí),雙螺旋結(jié)構(gòu)即發(fā)生解體,兩條鏈彼此分開(kāi),形成無(wú)規(guī)線(xiàn)團(tuán)。 80 90 100 100%50%OD260(254) Tm 變性溫度范圍融解溫度(melting temperature,Tm):DNA熱變性過(guò)程中,紫外吸收達(dá)到最大值的一半時(shí)溶液的溫度稱(chēng)為融解溫度(Tm)或解鏈溫度、變性溫度。 實(shí)驗(yàn)室常用的方法熱變性影響Tm值

22、的因素(1)溶液的性質(zhì)(2)DNA的性質(zhì)和組成大腸桿菌DNA在不同濃度KCl溶液下的熔融溫度曲線(xiàn)GC含量越高,Tm越大 (1)變性后理化性質(zhì)改變DNA溶液的粘度降低浮力密度增加旋光偏振光改變紫外吸收增加(高色效應(yīng))高色效應(yīng)(hyperochromic effect):DNA變性后,在260nm處的紫外吸收增高,稱(chēng)為高色效應(yīng)或增色效應(yīng)。 (2)變性后的DNA一級(jí)結(jié)構(gòu)沒(méi)有改變。(3)融解溫度(melting temperature,Tm):DNA熱變性過(guò)程中,紫外吸收達(dá)到最大值的一半時(shí)溶液的溫度稱(chēng)為融解溫度(Tm)GC含量越高,Tm越大DNA越長(zhǎng),Tm越大溶液離子強(qiáng)度增高,Tm值增加DNA越純,相

23、變范圍越小 2、DNA復(fù)性DNA復(fù)性(renaturation)的定義:在適當(dāng)條件下,變性DNA的兩條互補(bǔ)鏈可恢復(fù)天然的雙螺旋構(gòu)象,這一現(xiàn)象稱(chēng)為復(fù)性。熱變性的DNA經(jīng)緩慢冷卻后即可復(fù)性,這一過(guò)程稱(chēng)為退火(annealing) 。減色效應(yīng)(hypochromic effect ):DNA復(fù)性時(shí),其溶液OD260降低。DNA復(fù)性在DNA變性后的復(fù)性過(guò)程中,如果將不同種類(lèi)的DNA單鏈分子或RNA分子放在同一溶液中,只要兩種單鏈分子之間存在著一定程度的堿基配對(duì)關(guān)系,在適宜的條件(溫度及離子強(qiáng)度)下,就可以在不同的分子間形成雜化雙鏈(heteroduplex)。這種雜化雙鏈可以在不同的DNA與DNA之間形成,也可以在DNA和RNA分子間或者RNA與RNA分子間形成。這種現(xiàn)象稱(chēng)為核酸分子雜交。核酸分子雜交(hybridization) 核酸的雜交DNA-DNA雜交雙鏈分子變性 復(fù)性 不同來(lái)源的DNA分子核酸分子雜交的應(yīng)用:研究基因的位置確定兩種核酸序列的相似性檢測(cè)樣品中的特異序列基因芯片技術(shù)的基礎(chǔ) 核酸探針(nucleic acid probe):能特異性的探測(cè)帶某一特定序列的DNA或RNA分子的標(biāo)記核酸分子。3、核酸分子雜交(h

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