三十六策第32策四通八達(dá)全文筆記

1、第 32 策酸菜三十六策四通八達(dá)上一策“累屋重架”，學(xué)習(xí)了五重嵌套的邏輯模塊組裝方法：表型嵌套、變量嵌套、分子嵌套、橫縱嵌套和細(xì)胞嵌套，不同的嵌套組合匹配相應(yīng)檔次的 SCI 文章，存在普遍的規(guī)律。這一策要換一種角度來梳理模塊組合，第 32 策“四通八達(dá)”，我?guī)е蠹覐牟煌姆肿宇愋腿胧?，具體化的羅列課題設(shè)計(jì)中進(jìn)行邏輯模塊嵌套的先后次序，展示一個(gè)項(xiàng)目由淺入深的構(gòu)思過程。如果說上一策是宏觀框架，這一策又是的細(xì)則了，把不同類型的分子如何多重嵌套的模式問題解決，你就可以掌控一項(xiàng)課題的伸縮尺度。市級(jí)基金有市級(jí)基金的做法，省級(jí)課題有省級(jí)課題的策略，國家級(jí)基金有國家級(jí)基金的標(biāo)準(zhǔn)，一套方法論適用于所有的情況，

2、從幾萬塊的到上百萬的都在一套的四通八達(dá)的研究設(shè)計(jì)框架里，今天我就把這套以分子類型作為分類依據(jù)的多重嵌套原則傳輸給大家。在第 4 策“分子點(diǎn)睛”中介紹過醫(yī)學(xué)科研中常見的分子類型，都是由 DNA 編碼的，轉(zhuǎn)錄形成 mRNA 和 ncRNA。mRNA 進(jìn)一步翻譯成蛋白，ncRNA 可以直接起到調(diào)控功能，ncRNA 中最常見的分子類型是 miRNA 和 lncRNA。在第 10 策“舉一反三”中還探討了分子修飾造成的變量對(duì)象上的變化，DNA、RNA 和蛋白水平都可以產(chǎn)生多種修飾形式，之后這種改變分子形態(tài)的直接機(jī)制模式被定義為“縱向”維度。在第 11 策“見微知著”中討論了 RNA 與 RNA 交互的最

3、簡(jiǎn)直接機(jī)制二元模型的論證規(guī)范。在第 16 策“秉軸持鈞”中揭開了蛋白-DNA 交互的經(jīng)典蛋白機(jī)制轉(zhuǎn)錄因子作用模式。隨后在第 20 策“左右逢源”和第 22 策“ 移花接木” 進(jìn)一步補(bǔ)全了蛋白- 蛋白交互以及 RNA- 蛋白交互的知識(shí)細(xì)節(jié)。因?yàn)?DNA-DNA 交互、RNA-DNA 的交互作用原則與 RNA 結(jié)合 RNA 一樣，都是基于堿基互補(bǔ)配對(duì)原則，論證簡(jiǎn)單并且屬于交互研究的少見品類，在模式上合并一下，分子機(jī)制的二元交互已經(jīng)沒有遺漏，全部都在方法論的邏輯框架之中。直接交互以分子類型歸類，這是在談到分子嵌套的時(shí)候反復(fù)強(qiáng)調(diào)的規(guī)則。在做課題的多重嵌套設(shè)計(jì)的過程中，以分子類型區(qū)分直接機(jī)制的，也是保持

4、邏輯清晰的重要原則。上一策提到：在高等級(jí)的課題設(shè)計(jì)里，至少會(huì)包含一組分子交互的直接機(jī)制配置，這是區(qū)分科研業(yè)余玩家和職業(yè)選手之間的分水嶺。發(fā)生交互的分子類型決定了采用什么實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證，由此分子機(jī)制從水平、轉(zhuǎn)錄水平、轉(zhuǎn)錄后水平、翻譯水平和翻譯后水平五個(gè)層次，可以展開有 12 種表達(dá)調(diào)控的模型，我在 22 策“移花接木”中介紹過。22 策是講 lncRNA的，其實(shí)蛋白也一樣，都能調(diào)控這些過程。具體到的項(xiàng)目里面是做哪一種調(diào)控模式，搞清楚分子類型，什么分子跟什么分子交互是分子嵌套決定哪一種機(jī)制模型的要素、關(guān)鍵。練武不需要刀槍劍戟斧鉞鉤叉樣樣精通，練好一樣就能立身于武林。同樣地，分子交互作用的實(shí)驗(yàn)都比較難做

5、，你也不必樣樣會(huì)做，掌握分子嵌套的一種模式你就可以在很長(zhǎng)時(shí)間里來來回回得用，有一技之長(zhǎng)要比雜而不精實(shí)用得多。實(shí)驗(yàn)可以不用樣樣都會(huì)做，但是分子嵌套的邏輯方法論，你必須每一條路線都走通，并且產(chǎn)生融會(huì)貫通，不然你讀文獻(xiàn)就總會(huì)遇到卡殼的狀況。這種四通八達(dá)的靈活思維，我在這一策就給大家子類型的 miRNA 開始。一番，先從分miRNA 是所有分子類型中最簡(jiǎn)約的一款，我在 miRNA 套路課里已經(jīng)講解過從 miRNA的角度先來演繹課題設(shè)計(jì)由淺入深的邏輯延展性。miRNA 首先可以單變量代入五恒量，輸-1 -出為單變量論證的文章。下一步進(jìn)行變量嵌套，可以升級(jí)為二元間接機(jī)制的文章，接下來繼續(xù)進(jìn)行分子嵌套，組裝

6、成 miRNA+靶結(jié)構(gòu)的最經(jīng)典的二元直接機(jī)制文章模式。這三步比較基礎(chǔ)，大部分同學(xué)學(xué)完 11 策就已經(jīng)會(huì)了。只需要注意 miRNA 的 Rescue 驗(yàn)證是反正正，反反反。下面它和靶作用位點(diǎn)的驗(yàn)證，也符合 24 策秋毫之末里面提到的，做結(jié)合位點(diǎn)突變?nèi)缓笤俅悟?yàn)證是否結(jié)合，用 muion 載體來重復(fù)熒光素酶實(shí)驗(yàn)。很多同學(xué)沒有領(lǐng)悟的是，miRNA+靶之上再增加變量產(chǎn)生三元變量組合，以及在這個(gè)基礎(chǔ)上累加形成更加復(fù)雜的模塊嵌套該怎么組裝，這個(gè)問題今天總結(jié)一個(gè)。一個(gè)顯而易見的推導(dǎo)就是，可以在 miRNA 靶的下游增加一個(gè)與表型關(guān)系已有的明星效應(yīng)分子，這就了三元變量，miRNA 是主變量，靶是交互變量，靶下游

7、是效應(yīng)變量，三元變量一組分子交互關(guān)系。在原來的二元變量直接機(jī)制模式中，miRNA 的靶既是交互變量，也是效應(yīng)變量，兩種合二為一，這個(gè)靶一般已知跟表型有明確關(guān)系的，整個(gè)邏輯鏈條能夠自圓其說。設(shè)計(jì)成三元變量之后，下游兩個(gè)變量的功能拆分開，一個(gè)做效應(yīng)變量，一個(gè)做交互變量，層次感就增加了。這時(shí)候中間這個(gè)靶允許出現(xiàn)跟表型關(guān)系還不明確的分子，靶的下游再去串聯(lián)表型的分子。通過增加一組創(chuàng)新的二元和表型的邏輯關(guān)聯(lián)都需要額外論的下游嫁接是做間接還是直接關(guān)系，交互變量靶和效應(yīng)變量的調(diào)控關(guān)系，以及靶證，增加了不少的工作量可以為文章加分。miRNA+靶呢？一般來說間接機(jī)制就可以了，因?yàn)檫@組二元關(guān)系里面并沒有包含主變量

8、miRNA，屬于支線論證，沒必要把戲份搞得太復(fù)雜。如果你在靶和下游效應(yīng)變量之間又架構(gòu)了一組二元直接作用，不管屬于蛋白-蛋白還是蛋白-RNA，或者蛋白-DNA，這場(chǎng)故事的重心就變成了圍繞靶進(jìn)行的上游、下游各有一組直接機(jī)制，到底誰是主變量這個(gè)問題就有疑問了。為了避免喧賓奪主，在做機(jī)制研究的時(shí)候會(huì)避免帶入過多特別新的要素，將靶限制分子的范圍內(nèi)，miRNA+靶+通路就是順理成章的三元結(jié)構(gòu)。即使要做 miRNA+在靶+效應(yīng)分子三個(gè)分子變量的三元組合，下游兩個(gè)分子的關(guān)系也不需要全新，這樣才不會(huì)奪去主變量 miRNA 的光彩。同樣是考慮增加變量邏輯層次，三元變量的第三個(gè)變量也可以加在 miRNA 的上游。圍

9、繞主變量上下游各有一套二元調(diào)控關(guān)系，甚至是 miRNA+靶+通路的三元基礎(chǔ)上，miRNA 上游再來一組二元關(guān)系形成四元變量組合，這基本是miRNA 為主變量的課題在變量嵌套層次能做到的頂峰。在局部分子嵌套的細(xì)節(jié)上，miRNA+靶一組 RNA-RNA 交互是鐵定有的，再配一組二元分子交互也差不多到頂配了。那么很顯然，這組二元分子交互配在 miRNA 上游要比 miRNA下游的下游邏輯合理性上要好得多。miRNA 的上游可以研究什么直接作用機(jī)制呢？miRNA轉(zhuǎn)錄出來要被剪切加工，需要一些蛋白對(duì) RNA 的交節(jié)，這是在 RNA 水平的，在轉(zhuǎn)錄后。miRNA 不編碼蛋白，所以沒有蛋白水平的調(diào)控模型，翻

10、譯和翻譯后水平不用考慮。但往上推還有水平和轉(zhuǎn)錄水平，大部分疾病不涉及到水平的變化，miRNA 的編碼基因突變也不常見，所以最典型的分子嵌套結(jié)構(gòu)還是轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)模式。轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)的二元分子交互對(duì)象是轉(zhuǎn)錄因子蛋白跟 miRNA 轉(zhuǎn)錄過程的啟動(dòng)子 DNA 發(fā)生交互，是蛋白和 DNA 的交互，不是蛋白跟 RNA。miRNA 是 RNA 沒錯(cuò)，但是 miRNA 也是從它的爹 DNA 上面通過轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的，調(diào)控它爹也能對(duì) RNA 本身產(chǎn)生影響，這個(gè)道理我發(fā)現(xiàn)很多學(xué)員學(xué)完了第四章還是腦子很模糊。想象一下，就像是一條江河，你在上游建起水壩阻斷水流，中游、下游都會(huì)有影響，但是如果你在中游建水壩，下游的水流會(huì)平緩，上游不會(huì)

11、沒影響。是這條河流，上游是 DNA，中游是 RNA，下游是蛋白。如果你發(fā)揮功能的的表達(dá)就像是 RNA，也就是說你住在中游，下游發(fā)生的事是與你沒關(guān)系的，所以 miRNA 不需要考慮蛋白水平的調(diào)控問題，這不難想明白。很多人想不明白的是當(dāng)兩個(gè)分子發(fā)生交互的時(shí)候，相當(dāng)于兩條江-2 -發(fā)生交匯，可以是一條江的下游接上另一條的上游，也可以是兩條的中游對(duì)接，也可以是一條中游接另一條的下游。接的位置不一樣，調(diào)控的模式就不一樣，分子交互以分子類型歸類，就是讓大家理清楚接的位置。下游跟上游接是蛋白和 DNA 交互，16 策轉(zhuǎn)錄因子模式。中游跟中游接是 RNA 和 RNA 交互，11 策 miRNA 最為典型。下游

12、跟下游接是蛋白-蛋白交互，20 策“左右逢源”。中游跟下游接是 RNA 和蛋白交互，22 策“移花接木”。說到 miRNA 可不考慮，要么DNA 要么 RNA。以發(fā)生哪些環(huán)節(jié)調(diào)控的時(shí)候，因?yàn)樗鼪]有蛋白，下游但是說到誰能調(diào)控它的時(shí)候，RNA 和蛋白都是可以的，不能舍棄蛋白。轉(zhuǎn)錄因子模式具有普適性，miRNA 是編碼出來的分子，也在轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶范圍內(nèi)，轉(zhuǎn)錄因子+miRNA+靶就是一套三元變量?jī)山M分子交互的經(jīng)典的高端邏輯結(jié)構(gòu)。把上面講的要點(diǎn)進(jìn)行匯總，不難發(fā)現(xiàn)無論怎么運(yùn)用嵌套結(jié)構(gòu)，變量嵌套和分子嵌套運(yùn)用到極致也就是產(chǎn)生轉(zhuǎn)錄因子+miRNA+靶+效應(yīng)變量的四元兩組直接機(jī)制的頂級(jí)配置。在這個(gè)基礎(chǔ)上再加

13、變量或者增加分子交互嵌套，邏輯上必要性都不強(qiáng)。從這番推演也可以得出一個(gè)結(jié)論，變量嵌套和分子嵌套累加的極限就在上下游兩組直接交互，再補(bǔ)一個(gè)下游效應(yīng)變量的四元結(jié)構(gòu)里。miRNA+靶以及轉(zhuǎn)錄因子的研究模式都屬于直接機(jī)制中的基本款式，相比蛋白蛋白交互和 RNA 蛋白交互要簡(jiǎn)單一些，把兩組最簡(jiǎn)單的組合起來之后，一定是兩組交互的配置中最容易操作的，高端中還比較接地氣的套路。不管是 miRNA 也好，lncRNA 也罷，還是編碼的蛋白，它們找上游轉(zhuǎn)錄因子的策略并無特別的差異，按照我們 16 策講過的套路規(guī)范化展開就行了，用啟動(dòng)子序列去轉(zhuǎn)錄因子。分子嵌套之上還有橫縱嵌套，比如說轉(zhuǎn)錄水平的 DNA 甲基化、組蛋

14、白甲基化等分子修飾問題，這些對(duì)于 miRNA同樣適用，也可以進(jìn)一步找尋上游介導(dǎo)這些修飾過程的變量，橫縱嵌套的機(jī)制。RNA 水平的修飾在 miRNA 身上也是能套用的，所以當(dāng)你的四元兩組直接交互還要再加上一組橫縱嵌套的時(shí)候，感覺？重負(fù)！確實(shí)，四元兩直接已經(jīng)邏輯層次比較深了，再加一組橫縱嵌套有點(diǎn)累，干脆就一組直接一組縱向機(jī)制，也算是恰到好處。另外還有一個(gè)邏輯嵌套的可選項(xiàng)細(xì)胞交互，miRNA+細(xì)胞交互是屬于一種經(jīng)典套路，我們?cè)?28 策“絕渡逢舟”里面介紹過，不重復(fù)了。但是如果一項(xiàng)研究什么嵌套都用，無休止的堆疊細(xì)節(jié)，效果也會(huì)適得其反，讓人不知所云。多元變量基礎(chǔ)上有直接機(jī)制，再加上分子修飾的細(xì)節(jié)，層層

15、遞進(jìn)的效果是非常飽滿的，如果還要照顧細(xì)胞交互的場(chǎng)景變幻，就有點(diǎn)應(yīng)接不暇了。所以當(dāng)你選擇 miRNA 的細(xì)胞交互設(shè)計(jì)框架時(shí)，保留最的三元變量?jī)山M直接交互，可以放棄做縱向機(jī)制。或者一組直接交互加上縱向機(jī)制配合，有細(xì)胞嵌套的層次保障在，也是完全夠用了。一定要四元兩組直接交互再配上縱向機(jī)制和細(xì)胞交互，這種套路的復(fù)雜性對(duì)于大部分醫(yī)生搞科研來說，有點(diǎn)超負(fù)荷。光看別人做就夠累了，自己做恐怕要脫一層皮吧。機(jī)制研究的縱向展模式?？勺兗羟惺茄芯客涣朔肿有揎椷€有可變剪切這樣的一個(gè)變量拓展成多個(gè)變量的編碼的不同蛋白亞型，在 23 策 “陽奉陰違”里面講過。可變剪切帶給一項(xiàng)研究在邏輯層次上的是主變量的平行展開，雖然我

16、不大家一項(xiàng)研的不同成員，究做多個(gè)平行的主變量，但是這樣的研究還是有的。比如研究同一個(gè)蛋白這就是一種平行的結(jié)構(gòu)，跟一個(gè)主變量介導(dǎo)多種表型的平行堆疊道理差不多，不是因果關(guān)系，是平行展開。一項(xiàng)研究有多個(gè)平行的主變量，可以稱之為多變量研究。是多變量不是多元變量，概念定義上有區(qū)別。多變量設(shè)計(jì)也能夠明顯增加文章數(shù)據(jù)的工作量和邏輯復(fù)雜度，檔次的效果。跟蛋白的可變剪切相類似，miRNA 也有一種升級(jí)的策略研究 miRNA 分子簇（cluster），也就是 miRNA 在上成簇排列形成的群。群就是多變量研究了，平行展開的-3 -多個(gè)主變量。成簇分布的 miRNA 可能共享表達(dá)調(diào)控元件，因此分子簇一般具有共表達(dá)的

17、模式，可能發(fā)揮協(xié)同的功能，注意，它們是被共同調(diào)控，不是彼此間有調(diào)控關(guān)系。當(dāng)然miRNA 分子簇的表達(dá)水平保持一致性也并不絕對(duì)，可能具有不同的表達(dá)模式，存在轉(zhuǎn)錄層面和加工成熟過程的調(diào)控差異。分子簇研究增加了變量的數(shù)量，一簇 miRNA 分子能靶向不同的靶介導(dǎo)協(xié)同的表型功能或者分擔(dān)不同的功能，這種講故事的邏輯框架跟可變剪切非常類似，也是屬于比較高階的機(jī)制研究策略?？勺兗羟惺欠旁诜肿咏换ズ竺娌胖v的，miRNA 分子簇面也沒有提到，到 32 策拋出來。高段位的選手才有能會(huì)去觸碰這些領(lǐng)域。其實(shí)平行的多變量結(jié)構(gòu)本質(zhì)上是將單線程邏輯發(fā)展成多線程，或者將線性調(diào)控關(guān)系升級(jí)為網(wǎng)狀調(diào)控關(guān)系。ceRNA 建立的多元變

18、量調(diào)控網(wǎng)絡(luò)也是網(wǎng)狀調(diào)控關(guān)系，只是通常聚焦于其中一組線性關(guān)系來進(jìn)行重點(diǎn)，一項(xiàng)研究講清楚一張網(wǎng)絡(luò)工作量上沒法勝任。miRNA 四通八達(dá)的邏輯嵌套延展結(jié)構(gòu)，我已經(jīng)交代完畢了，其他類型的分子（lncRNA 和蛋白）跟這套邏輯框架絕大部分都是匹配的，方法論上具有通用性，同時(shí)他們也具備了各自的特點(diǎn)。所謂特點(diǎn)就是 miRNA 的機(jī)制固定套路是做 RNA-RNA 交互的靶，而 lncRNA 和蛋白各自有自己的偏好套路。lncRNA（也包括 circRNA），長(zhǎng)鏈非編碼 RNA 分子就它們的分子機(jī)制研究故事的主流來說，簡(jiǎn)單說分為兩種：一種是基于 RNA 交互的 ceRNA 機(jī)制，另一種是與蛋白產(chǎn)生交互的直接機(jī)制

19、模式。ceRNA在 21 策“蝶使蜂媒”拆解過，是至少三元變量?jī)山M RNA-RNA 交互的邏輯結(jié)構(gòu)，它增加工作量的方式可以很：你可以驗(yàn)證多個(gè) miRNA 參與的競(jìng)爭(zhēng)性調(diào)控關(guān)系，這樣就把變量復(fù)雜度帶入花繁葉茂的新高度。但是 ceRNA 變量再多，其中的交互關(guān)系還是 RNA-RNA 交互，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)比較簡(jiǎn)單，也沒有縱向展開的情節(jié)，你最多嵌套一個(gè)細(xì)胞交互，就再?zèng)]有可騰挪的空間了。所以不難理解 lncRNA 機(jī)制的精髓還在于與蛋白交互，不但因?yàn)榈鞍坠δ軣o所不包，lncRNA 的作用由此覆蓋到方方面面，而且與蛋白交互存在縱向展開的潛力，可以照顧到所有的嵌套層次。我直接把 lncRNA 高階嵌套的典型思路告

20、訴大家：lncRNA 一樣可以三元兩組直接交互， lncRNA+蛋白+蛋白或者 lncRNA+蛋白+DNA 的三元直接機(jī)制。三元直接是機(jī)制研究難度的頂尖作品了，里面可以包含橫縱嵌套，所以很顯然比 miRNA 的三元兩組直接要復(fù)雜不少。無論是 lncRNA 蛋白蛋白，還是 lncRNA 蛋白 DNA，其中最的二元交互模塊是 lncRNA與蛋白的關(guān)系，以 lncRNA 為主變量，蛋白為交互變量，它們的下游還可以連接分子或者通路，接一個(gè)效應(yīng)變量。如果發(fā)生交互的結(jié)合蛋白本身能夠參與調(diào)節(jié)分子修飾、可變剪切這些縱向展開的分子形變的過程，那么縱向嵌套也有可能發(fā)生在交互變量已知的下游效應(yīng)變量上。這里我用一個(gè)“

21、已知”，這么高端的課題設(shè)計(jì)，所有邏輯模塊都自己發(fā)現(xiàn)工作量太大，對(duì)于下游的下游你用一組已知關(guān)系去建立補(bǔ)充認(rèn)識(shí)，難度上應(yīng)該尺寸剛好。這種三元直接交互的機(jī)制模式還是比較濃縮的，也可以稍微稀釋一下，一組二元交互放在主變量下游，一組二元交互放在主變量上游去，不要糾纏在一起，會(huì)更容易一點(diǎn)。lncRNA 的上游機(jī)制同樣沒有翻譯水平的變化，但比 miRNA 仍然要繁雜。轉(zhuǎn)錄因子百搭，套用上去毫無違和感，但是現(xiàn)在有不少前沿的研究是在 lncRNA 轉(zhuǎn)錄后水平的 RNA 修飾加工上挖掘故事，這種設(shè)計(jì)的創(chuàng)新感受就非常卓越了。上游組合上一個(gè)間接作用的分子變量，配個(gè)分子或者藥物，去描述一種刺激狀態(tài)，也是性價(jià)比很高的加分

22、思路。增加線性結(jié)構(gòu)的變量數(shù)量，總是比交互關(guān)系、橫縱嵌套要來的更加簡(jiǎn)單。有了 4-5 個(gè)變量要素的 lncRNA 情節(jié)框架，論證清楚每個(gè)節(jié)點(diǎn)的調(diào)控關(guān)系和 Rescue 必要性，其中再展示一組 lncRNA+蛋白的二元直接機(jī)制，驗(yàn)位點(diǎn)的水平，支撐起細(xì)節(jié)的深度，這種表現(xiàn)手法也足夠撐得起一篇 10 分文章的嵌套需求。-4 -最后說說功能蛋白。蛋白的多重嵌套其邏輯組合的復(fù)雜性位于所有分子類型的最頂端，因?yàn)樗梢詮摹⑥D(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后、翻譯和翻譯后五個(gè)水平產(chǎn)生變化，展現(xiàn)出分子機(jī)制的全角度特寫。我在 20 策“左右逢源”也講過，如果說蛋白交互機(jī)制里面最經(jīng)典的話，那就必然是蛋白-蛋白交互模塊了。當(dāng)你的變量嵌套有四五

23、個(gè)變量的時(shí)候，你是非常容易找到一組蛋白-蛋白的二元交互關(guān)系的。蛋白-蛋白交互要升級(jí)要很自然，比如說你的主變量是蛋白，下游有一組蛋白蛋白交互關(guān)系，交互變量能夠介導(dǎo)下游效應(yīng)變量的分子修飾，那就嵌套上橫縱交叉的故事了，邏輯底蘊(yùn)無比深厚。就算不進(jìn)行縱向展開，在下游蛋白-蛋白交互關(guān)系基礎(chǔ)上，上游串聯(lián)一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子模塊上游的蛋白跟主變量的 DNA 發(fā)生交互，三元兩組直接交互，也是能量滿滿的邏輯套路。以蛋白為主變量的研究，在考慮主變量調(diào)控誰的時(shí)候要根據(jù)蛋白已有的調(diào)控模式，結(jié)合 DNA 的就找 DNA 交互，能結(jié)合 RNA 就發(fā)展 RNA交互，前兩者都沒有，蛋白不可能單獨(dú)發(fā)揮作用，交互作用的蛋白一定有。具體到蛋

24、白-蛋白交互，是發(fā)生在細(xì)胞核內(nèi)的，多半跟轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)有關(guān)，主變量不是轉(zhuǎn)錄因子，它的交互變量也可能是轉(zhuǎn)錄因子。如果是發(fā)生在細(xì)胞漿的，就是執(zhí)行各種生物學(xué)功能，包括傳遞各種信號(hào)。如果是與胞膜蛋白的胞內(nèi)段發(fā)生交互，就是信號(hào)的感受。到胞外，就是介導(dǎo)細(xì)胞交互。發(fā)現(xiàn)沒有？跟什么蛋白有交互對(duì)于選擇機(jī)制的研究模式有限定作用。你不是在開創(chuàng)模式，只是在套用現(xiàn)有的模式而已。尤其需要注意，蛋白介導(dǎo)的嵌套結(jié)構(gòu)里，縱向機(jī)制也就是分子修飾是非常常見的，前面說的 miRNA 和 lncRNA 都沒有像蛋白為主變量的研究那樣，動(dòng)不動(dòng)就要橫縱嵌套，這當(dāng)然也是因?yàn)榈鞍籽芯康臍v史最為悠久，細(xì)節(jié)程度上標(biāo)準(zhǔn)最高。蛋白與 RNA 或者蛋白交互的

25、過程中嵌套分子修飾，就是去融合轉(zhuǎn)錄后或者翻譯后的那些經(jīng)典修飾形式，我在第 10 策“舉一反三”中都列舉過，這是并且學(xué)會(huì)在自己研究中也進(jìn)行模仿。次研究的常規(guī)套路，須文章的創(chuàng)新來源于邏輯要間的新聯(lián)系，篩、猜是建立兩個(gè)要間邏輯關(guān)系段。一個(gè)課題的研究思路展開過程像搭積木一樣，整個(gè)過程至少有兩次用到篩、猜的機(jī)會(huì)。第一次是鎖定分子和表型的創(chuàng)新邏輯關(guān)系，以通量解決概率問題，先摸索一組變量和表型的組合，然后鋪開實(shí)驗(yàn)內(nèi)容搭建起單變量論證的數(shù)據(jù)格式。第二次篩、猜是用在已有主變量分子去篩、猜機(jī)制因變量上，這里面路徑眾多，走通一條就可以形成一篇文章，但是還只是低檔次的SCI 文章。三十六策第六章，開始講解多重嵌套結(jié)構(gòu)

26、，就是在建立一組主變量和機(jī)制因變量的二元組合基礎(chǔ)上，局部可以升級(jí)成二元交互作用機(jī)制，整體上可以拓展為嵌套上下游的多組二元變量關(guān)系，把文章的檔次逐步推高。多組二元模塊建立邏輯關(guān)系也是基于篩、猜的方法，所以多重嵌套機(jī)制就是要用到多次篩猜段，建立起多組嵌套的邏輯關(guān)系。但是研究的流程并不是做完了間接調(diào)控的變量要素串聯(lián)，再來探究局部的直接機(jī)制細(xì)節(jié)。有調(diào)控關(guān)系未必有交互作用，我之前講過，如果確定要做分子嵌套，做的順序會(huì)反過來：往確認(rèn)直接機(jī)制的二元交互對(duì)象，再從交互的二元變量延伸出上下游的間接機(jī)制要素，采用先難后易的解決思路。比方說做功能蛋白為主變量的研究，明確表型后高手的機(jī)制研究方法是直接進(jìn)行蛋白-蛋白交

27、互作用的篩選，用 20 策“左右逢源”講授過的 Pulldown、IP+質(zhì)譜等技術(shù)去篩到存在結(jié)合作用的靶蛋白，然后根據(jù)交互蛋白介導(dǎo)的已知功能和已有的調(diào)控機(jī)制，再設(shè)計(jì)下一步延伸出接再間接更容易產(chǎn)生自洽的變量嵌套或者縱向展開的具體模式。立足于發(fā)高分時(shí)，先直嵌套邏輯，這是一條重要經(jīng)驗(yàn)，有分子交互必然可以走通變量嵌套，老都懂。在上策，我分子嵌套、橫縱嵌套和細(xì)胞嵌套是基礎(chǔ)研究的高端三件套，高水平文章至少會(huì)用到兩個(gè)，經(jīng)過上面這三種分子類型的多重嵌套邏輯規(guī)則講解，大家應(yīng)該能體會(huì)到最常用的高端組合是分子嵌套加上橫縱嵌套。有分子嵌套肯定是多元變量，所以變量嵌套、分子嵌-5 -套、橫縱嵌套是出現(xiàn)在高分文章里頻率最高的多重嵌套配置。細(xì)胞嵌套并不適合所有課題，因?yàn)榧?xì)胞交互與變量組合最大的差異在于需要頂層設(shè)計(jì)，在課題開始的最初就應(yīng)該確認(rèn)好供體細(xì)胞和受體細(xì)胞的配對(duì)，明確要研究的科學(xué)問題，鎖定細(xì)胞交互信號(hào)從哪來到哪去的方向，不能中途顛倒和替換細(xì)胞對(duì)象。而多元變量的延伸是條條大路通羅馬，分子嵌套、橫縱嵌套可以不必一開始都設(shè)計(jì)好，隨著機(jī)制的深入逐步累加模塊，可以走一步看一步。細(xì)胞交互的表型現(xiàn)象一般