lncrna研究解決方案測(cè)序

1、真核全轉(zhuǎn)錄組/lncRNA背景介紹轉(zhuǎn)錄組是特定物種、組織或細(xì)胞在特定生理狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄的所有RNA的集合，包括mRNA和ncRNA,qizhong lncRNA（long non-coding RNA）是一類長(zhǎng)度超過(guò)200nt的ncRNA，通過(guò)多種方式在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平發(fā)揮調(diào)控作用。全轉(zhuǎn)錄組在研究mRNA的同時(shí)，能夠發(fā)現(xiàn)大量的lncRNA，并對(duì)其表達(dá)水平和轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。當(dāng)進(jìn)一步開展lncRNA與mRNA的關(guān)聯(lián)分析時(shí)，就可以深入研究lncRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。技術(shù)路線Total RNA文庫(kù)構(gòu)建HiSeq生物w re dsan readsMapmRNAlncRNANovel geneKno

2、wn lncRNANovel lncRNAKnown geneDifferential expresAlternative DifferentialsplicingexpresFugenepredictioncSNPlncRNA-mRNA co-expresTF binding site predictionGO/KEGG enrientmiRNA技術(shù)參數(shù)樣本類型：total RNA樣本總量：=2 g1 / 3樣本濃度：=50 ng/ul數(shù)據(jù)量：=12 Gb/樣本案例案例一大學(xué)對(duì)玉米籽粒發(fā)育重要轉(zhuǎn)錄因子 Opaque2 進(jìn)行下游靶標(biāo)的深入研攜手究。玉米籽粒Opaque2 是一個(gè)在玉米籽粒發(fā)育與

3、營(yíng)養(yǎng)代謝中起到關(guān)鍵作用的 bZIP 類轉(zhuǎn)錄因子，然而除了少數(shù)靶標(biāo)之外，Opaque2 具體的調(diào)控機(jī)制還不完全為人所知。該研究中，研究真核生物全轉(zhuǎn)錄組/lncRNA服務(wù)以及 ChIP-seq 實(shí)驗(yàn)對(duì) Opaque2通過(guò)的調(diào)控模式與下游進(jìn)行了全轉(zhuǎn)錄組和組范圍的研究。研究發(fā)現(xiàn)，部分 lncRNA 在opaque2 突變體中表達(dá)量發(fā)生變化，Opaque2對(duì)這些差異的 lncRNA 存在著間接的調(diào)控關(guān)系。原文出處：Lreveals the 27(3):532-45.-wide characterization of ci生物ing DNAPlant Cell.s2015,ork of opaque2 i

4、n maize圖：Opaque2 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)示意圖案例二來(lái)自于哥倫比亞大學(xué)的團(tuán)隊(duì)通過(guò)對(duì)胚胎干細(xì)胞（ESCs）和 B 細(xì)胞的 RNA 復(fù)合體（RNAexosome）中兩個(gè)重要的突變體 Exosc10 和 Exosc3 進(jìn)行了 lncRNA。研究發(fā)現(xiàn)，這兩個(gè)敲除的突變體中，大量 lncRNA，反向 RNA 以及增強(qiáng) RNA（eRNA）的表達(dá)水平均出現(xiàn)大幅提高。對(duì)這些 RNA 的轉(zhuǎn)錄本富集程度的觀察發(fā)現(xiàn)，這些非編碼 RNA 的穩(wěn)定性得到了顯著增強(qiáng)。lncRNA實(shí)驗(yàn)確定了 Exosc10 與 Exosc3 在 RNA 復(fù)合物介導(dǎo)的 lncRNA2 / 3降解途徑中的重要作用。不僅如此，作者還通過(guò)對(duì) lncRNA獲得的數(shù)據(jù)分析后發(fā)現(xiàn)，大部分的 lncRNA 同時(shí)受到Exosc10 與 Exosc3 這兩個(gè)亞基的調(diào)控。原文出處：Pefanis E, Wang J, Rothschild G, et al. RNA exosome-regulated long non-coding RNA transcrip