動(dòng)植物基因組開(kāi)發(fā)ssr分子標(biāo)記-結(jié)題報(bào)告模版

1、2項(xiàng)目信工作流流Roche454流流程說(shuō)生物信息分析流. 數(shù)據(jù)說(shuō)數(shù)據(jù)質(zhì)2項(xiàng)目信工作流流Roche454流流程說(shuō)生物信息分析流. 數(shù)據(jù)說(shuō)數(shù)據(jù)質(zhì)數(shù)據(jù)統(tǒng)組組微位點(diǎn)分附附件說(shuō)文件解壓縮方文件打開(kāi)或?yàn)g覽方. 3一項(xiàng)目信 3一項(xiàng)目信 2014 4二工作流Roche454流文庫(kù)構(gòu)建 emPCRRoche454組利用Covaris進(jìn)組段化末端補(bǔ)平，加A，加4二工作流Roche454流文庫(kù)構(gòu)建 emPCRRoche454組利用Covaris進(jìn)組段化末端補(bǔ)平，加A，加Roche454依照T、A、C、G的順序依次循環(huán)進(jìn)入PTP板，每次只進(jìn)入一個(gè)一個(gè)焦磷酸，其在ATP硫酸化酶和螢光素酶的作用下，經(jīng)過(guò)一5光信號(hào)實(shí)時(shí)被儀

2、器配置的高靈敏度CCD捕獲到，據(jù)此準(zhǔn)確、快速地確定待測(cè)模板的堿基序列2.2 本項(xiàng)目涉及到的生物信息學(xué)分析內(nèi)容見(jiàn)下表（打勾部分5光信號(hào)實(shí)時(shí)被儀器配置的高靈敏度CCD捕獲到，據(jù)此準(zhǔn)確、快速地確定待測(cè)模板的堿基序列2.2 本項(xiàng)目涉及到的生物信息學(xué)分析內(nèi)容見(jiàn)下表（打勾部分微三項(xiàng)目結(jié)本項(xiàng)目采用 Roche454 數(shù)Roche454 3.1 數(shù)據(jù)根據(jù)f format）格式保存，sff 文件是二進(jìn)制文件不能直接編輯查看，通常轉(zhuǎn)換出 fasta 序列格式和 Qual 質(zhì)量文件是與 Fasta 文件對(duì)應(yīng)的堿基質(zhì)量文件）6Fasta序列格式和Qual 每一條序列的第一行以“”開(kāi)頭，“”之后的是序列行read 的堿

3、基序列6Fasta序列格式和Qual 每一條序列的第一行以“”開(kāi)頭，“”之后的是序列行read 的堿基序列 4040404040404040404040393828282832282829 38404040404040404040每一條序列的第一行以“”開(kāi)頭，“”之后的是序列行read 3.2 Roche454 FLX 原數(shù)據(jù)的每條 read 獲得的 Roche454FLX質(zhì)控的主要內(nèi)容，下圖為Roche454FLXreads例圖 Roche454FLX原始數(shù)read的長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)reads 的長(zhǎng)度，縱坐標(biāo)為不同長(zhǎng)度 reads 獲得的reads ，300-7序reads 數(shù)、總堿基數(shù)、len

4、gth、length isticsof454rawdataNumberofTotal GSDe7序reads 數(shù)、總堿基數(shù)、length、length isticsof454rawdataNumberofTotal GSDeNovoAssemblerRoche454PEisticsofAssemblyXX樣本No. of all contigs Bases in all contigs Smalllest contig Largest contig Averagecontiglength No. of single reads BasesinallsinglereadsAveragesingl

5、e基于 reads 之間的 overlap 區(qū)而拼在一起的序列，中間沒(méi)有 Gap83.5 contig singleread 為MISA1-102-3-54-55-56-5ssr 100bpResultofmicrosa lite search Totalnumber83.5 contig singleread 為MISA1-102-3-54-55-56-5ssr 100bpResultofmicrosa lite search TotalnumberofTotalsizeofexaminedTotalnumberofidentified NumberofSSRcontainingNumber

6、of n1 NumberofSSRspresentincompoundDistributiontodifferentrepeattypeUnitNumberof1234569四附4.1 | |-| |-*| |-*|-SSR| |-*| |-*.s9四附4.1 | |-| |-*| |-*|-SSR| |-*| |-*.s 454拼接獲得contigsingleread 4.2 Linux 系統(tǒng)下的文件，壓縮包使用“tar zcvf ”Unix/Linux/Mac用戶(hù): tarzcvf*.tar.gzWindows 用戶(hù)：使用 4.3 如果在本附錄中無(wú)特殊說(shuō)明，所有提供的文件均為 Linux

7、系統(tǒng)下文本文件，Unix/Linux 用戶(hù)可以使用 或 less Windows 輯器 gedit for win32 版本 件可能導(dǎo)致 Windows 系統(tǒng)死機(jī)，建議使用性能較好的計(jì)算機(jī)或者使用更適合處理大量數(shù)據(jù)的 Unix/Linux 開(kāi)數(shù)據(jù)中可能包含部分圖像文件，一般圖像文件后綴名為.png、.pdf、.gif、瀏覽器打開(kāi)，Linux/Unix 用戶(hù)使用 display 后綴名為 svg 的文件為文本格式描述的圖像文件， Windows 用戶(hù)需要安裝 Adobe 打開(kāi)。Linux/Unix 用戶(hù)可以使用 rsvg-view 命令查看 excel openoffice 用格形式打開(kāi)，打開(kāi)時(shí)請(qǐng)用“Ta