分子生物信息學(xué)作業(yè)試驗(yàn)一

本文格式為Word版，下載可任意編輯——分子生物信息學(xué)作業(yè)試驗(yàn)一試驗(yàn)一生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫及信息檢索

姓名：#####學(xué)號(hào)：######班級(jí)：######

一：試驗(yàn)?zāi)康?/p>

1：了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB數(shù)據(jù)庫。

2：了解NCBI、EMBL數(shù)據(jù)庫的檢索系統(tǒng)ENTREZ、SRS，并把握文獻(xiàn)、序列的快速高效檢索方法。

二：試驗(yàn)內(nèi)容及操作步驟

1.登陸NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB數(shù)據(jù)庫主頁，開啟數(shù)據(jù)庫的SITEMAP頁面，了解各數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)和主要內(nèi)容。網(wǎng)址:NCBI:.EMBL:.ebi.ac.uk

SWISS-PROT:./sprot/PDB:./pdb/

2.使用Entrez信息查詢系統(tǒng)檢索文獻(xiàn)，并閱讀感興趣文獻(xiàn)的摘要或全文。2.1調(diào)用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez網(wǎng)址(http://./Entrez)―進(jìn)入NCBI主頁―進(jìn)入EntrezHome頁面選擇pubmed文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫―在Search后的輸入欄中選擇Pubmed―在輸入欄內(nèi)輸入關(guān)鍵詞AvianInfluenza/BirdFlu―點(diǎn)擊go查詢。統(tǒng)計(jì)查詢結(jié)果，并閱讀感興趣文獻(xiàn)的摘要或全文。練習(xí)使用AND,OR,BUT規(guī)律詞來限定關(guān)鍵詞，如BirdFluANDhumancases等查詢?nèi)烁腥厩萘鞲械南嚓P(guān)記錄，比較查詢結(jié)果。2.2學(xué)習(xí)使用limits等限制字段查詢方式，檢索與禽流感相關(guān)的文獻(xiàn)，并統(tǒng)計(jì)檢索結(jié)果。比較不同檢索方式的查詢效率。

2.2.1進(jìn)入EntrezHome頁面―選擇Pubmed文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫―點(diǎn)擊limits，進(jìn)入與Pubmed有關(guān)的限制字段設(shè)置―如選擇Title等不同字段，及限制期刊類型，等進(jìn)行查詢。

2.2.2Preview（探尋結(jié)果預(yù)覽）/Index（索引詞表檢索）的應(yīng)用。所謂的索引詞表檢索是當(dāng)你選定查詢字段并鍵入檢索詞如BirdFlu時(shí)―點(diǎn)擊Index―這時(shí)返回一個(gè)在該字段中的以“BirdFlu〞開始的索引詞表窗口，后面括弧中的數(shù)字代表包含該索引詞的記錄條數(shù)選擇一個(gè)或幾個(gè)關(guān)鍵詞，點(diǎn)擊Preview可進(jìn)行結(jié)果的預(yù)覽―點(diǎn)擊Go可獲得查詢結(jié)果。

2.2.3點(diǎn)擊History，可以看到本次練習(xí)結(jié)果頁面的歷史記錄。包括所采用的主題詞、查詢字段范圍、花費(fèi)時(shí)間、及相應(yīng)結(jié)果等。

3.使用Entrez信息查詢系統(tǒng)檢索與禽流感相關(guān)的核酸序列，鏈接提取其中一條感興趣的序列內(nèi)容，閱讀序列格式的解釋，理解其含義。進(jìn)入NCBI主頁―進(jìn)入EntrezHome頁面選擇Nucleotide數(shù)據(jù)庫―在Search后的輸入欄中選擇Nucleotide―在輸入欄內(nèi)輸入關(guān)鍵詞H5N1―點(diǎn)擊go查詢。閱讀查詢結(jié)果，選擇一條感興趣的核酸序列，點(diǎn)擊該序列與數(shù)據(jù)庫的超鏈接，閱讀序列格式的解釋，理解其含義。

4.GenBank數(shù)據(jù)庫FASTA序列格式的顯示與保存；

以步驟3所獲得的感興趣核酸序列結(jié)果頁面為例，在顯示模式“Display〞的下拉菜單中選擇一個(gè)需要的序列格式如FASTA序列格式，然后點(diǎn)擊Display按鈕，結(jié)果就出現(xiàn)該序列的FASTA格式。假使需要保存該條序列信息，可以直接通過點(diǎn)擊瀏覽器IE的“文件〞菜單中的另存為命令將序列保存到本地計(jì)算機(jī)；也可以利用Entrez系統(tǒng)自身的保存功能，即點(diǎn)擊Sendto，選擇File,就會(huì)出現(xiàn)保存文

件相應(yīng)的窗口，然后按指示操作即可。

5．使用SRS信息查詢系統(tǒng)檢索一條核酸序列，鏈接提取該序列內(nèi)容，閱讀序列格式的解釋，理解其含義；比較NCBI與EMBL中序列格式的異同。調(diào)用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入SRS網(wǎng)址（http://srs.ebi.ac.uk），查詢自己感興趣的核酸序列。三：試驗(yàn)結(jié)果

1、了解NCBI、EMBL和SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)和主要內(nèi)容。

答：(略)。2、找到編碼擬南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因的核酸序列編號(hào),并記錄查找過程。

1進(jìn)入NCBI主頁答：○

2進(jìn)入EntrezHome頁面選擇Nucleotide數(shù)據(jù)庫○

3在輸入欄內(nèi)輸入關(guān)鍵詞arabidopsis[organism]phyA○

4點(diǎn)擊go查詢，閱讀查詢結(jié)果，點(diǎn)擊fasta獲取核酸序列○

結(jié)果：arabidopsisphyANucleotideSequence:NW_003302555

3、以phyA為檢索詞，在pubmed數(shù)據(jù)庫中分別檢索在題目和關(guān)鍵詞字段中含有該檢索詞的文獻(xiàn)，記錄檢索出的條目數(shù)目。

答：關(guān)鍵詞字段條目數(shù)目：655;題目字段條目數(shù)目：58

4、細(xì)心閱讀所查詢核酸序列在NCBI和EMBL數(shù)據(jù)庫中格式的解釋，理解各字段的含義，并比較NCBI與EMBL中序列格式的異同。

答：NCBI中的FASTA序列格式包括三個(gè)部分：1.在解釋行的第一列用字符“>〞標(biāo)識(shí)，后面是序列的名字和來源；2.標(biāo)準(zhǔn)的單字符標(biāo)記的序列；3.可選的“*〞表示序列的終止，它可能出現(xiàn)也可能不出現(xiàn)，但它是大量序列分析程序正確讀取序列所必需的。FASTA格式是序列分析軟件最常用的格式。這種格式提供了從一個(gè)窗口到另一個(gè)窗口十分便利的拷貝途徑，由于序列中沒有數(shù)字或其他非字符。FASTA序列格式和蛋白質(zhì)信息資源NBRF格式很相像。

EMBL與GenBank類似，通過大量信息來描述每個(gè)序列。該信息組成一個(gè)個(gè)字段，每個(gè)字段有一個(gè)標(biāo)識(shí)符。這些標(biāo)識(shí)符縮寫成兩個(gè)字母，某些字段還有次級(jí)字段。每行序列后面的數(shù)字顯示片段胡位置。

5、將GenBank數(shù)據(jù)庫中檢索出的任一條查詢核酸序列以FASTA序列格式顯示并保存。

答：>gi|339961166|