生命科學(xué)進(jìn)展課件

生命科學(xué)進(jìn)展羅曉霞中心法則生命現(xiàn)象的研究逐漸由獲取基因序列信息轉(zhuǎn)向研究基因功能，基因功能的具體體現(xiàn)者就是蛋白質(zhì)。前言：蛋白質(zhì)相互作用蛋白質(zhì)可以通過某種方式與蛋白質(zhì)，核酸或其他分子之間發(fā)生相互作用而形成一定形態(tài)的蛋白復(fù)合物。多亞基蛋白復(fù)合體酶-底物抗原-抗體研究蛋白質(zhì)相互作用的重要意義絕大多數(shù)疾病都是由特定蛋白質(zhì)相互作用所致。對200種蛋白質(zhì)及2000種組合結(jié)構(gòu)進(jìn)行解析后，發(fā)現(xiàn)其中三分之一的蛋白質(zhì)相互組合會導(dǎo)致疾??；容易導(dǎo)致疾病的蛋白質(zhì)和其它蛋白質(zhì)結(jié)合以后也將變得十分活躍，致使發(fā)病和病情惡化。蛋白質(zhì)相互作用和識別在諸如DNA的復(fù)制與轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)的合成與分泌，生物催化、物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、新陳代謝、信號傳導(dǎo)、免疫、細(xì)胞調(diào)控等多種重要的生命過程起著重要的作用。

蛋白質(zhì)之間相互作用以及通過相互作用而形成的蛋白復(fù)合物是細(xì)胞各種基本功能的主要完成者。每一種蛋白質(zhì)不是孤立存在于細(xì)胞中，而是與其它蛋白質(zhì)或核酸或其他小分子一起進(jìn)行相互作用來行使其功能，從而使得細(xì)胞中所有蛋白質(zhì)形成一個相互作用的網(wǎng)絡(luò)，同時功能相同和相似的蛋白質(zhì)在一起組成相關(guān)的功能模塊，以完成相關(guān)的生理功能。蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)蛋白質(zhì)相互作用的檢測和分析方法一，酵母雙雜交系統(tǒng)，YeastTwo-HybridSystem；二，噬菌體表面展示技術(shù)

，PhageDisplay；1.谷胱苷肽-S-轉(zhuǎn)移酶沉淀，GST-pulldown；三，基于親和層析的蛋白質(zhì)相互作用研究平臺2.免疫共沉淀，Co-immunoprecipitation；3.親和印跡，Ligandblot。酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)流程酵母雙雜交系統(tǒng)的應(yīng)用范圍檢測已知蛋白質(zhì)之間的相互作用；確定蛋白質(zhì)相互作用功能區(qū)域位點(diǎn)；篩選與靶蛋白發(fā)生相互作用的未知蛋白。不需分離和標(biāo)記靶蛋白，采用高拷貝和強(qiáng)啟動子的表達(dá)載體使雜合蛋白過量表達(dá)，避免蛋白質(zhì)純化過程；檢測在活細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行，真實(shí)反應(yīng)體內(nèi)蛋白質(zhì)間相互作用情況；敏感度高，可檢測存在于蛋白質(zhì)之間的微弱的或暫時的相互作用；可進(jìn)行高通量篩選；成本低，無需特殊的檢測設(shè)備?；蛐秃捅硇拖嗦?lián)系，可直接得到相互作用蛋白的編碼序列。酵母雙雜交系統(tǒng)的優(yōu)點(diǎn)限于檢測定位于細(xì)胞核內(nèi)的蛋白質(zhì)間相互作用；假陽性：本身具有激活轉(zhuǎn)錄功能的蛋白；cDNA反向插入；融合蛋白可能會影響蛋白的真實(shí)結(jié)構(gòu)和功能。蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)酵母雙雜交系統(tǒng)的局限性二，噬菌體表面展示技術(shù)

PhageDisplay噬菌體：感染細(xì)菌、真菌、放線菌或螺旋體等微生物的病毒。1985年Smith—證實(shí)噬菌體fd基因組能通過基因工程的手段進(jìn)行改造。1988年P(guān)armley—將已知抗原決定簇與噬菌體PⅢN端融合呈現(xiàn)在其表面。1990年McCafferty—用噬菌體展示技術(shù)篩選溶菌酶的單鏈抗體成功使噬菌體展示技術(shù)進(jìn)入一個廣泛應(yīng)用的時代。一系列噬菌體文庫的構(gòu)建—噬菌體展示技術(shù)煥發(fā)出了新的生命力。噬菌體展示技術(shù)的發(fā)展簡史利用固相支持物上的抗體或受體，采用親和篩選法從噬菌體文庫中篩選出能結(jié)合篩選分子的目的噬菌體。在噬菌體pIII和pⅧ衣殼蛋白N端插入外源待篩基因編碼的蛋白或cDNA文庫，形成的融合蛋白表達(dá)在噬菌體顆粒的表面；外源多肽或蛋白質(zhì)表達(dá)在噬菌體的表面，其編碼基因可通過分泌型噬菌體的單鏈DNA測序推導(dǎo)出來。噬菌體表面展示技術(shù)原理噬菌體表面展示操作流程構(gòu)建cDNA文庫，使外源基因與外殼蛋白基因融合，導(dǎo)入噬菌體DisplayBindtoantigenWashtoremoveunboundphageEluteAmplifyAnalyzeDetectElisa噬菌體展示技術(shù)一般要經(jīng)過多輪的篩選，這樣就可以得到在文庫中含量很低的與配基特異作用的蛋白質(zhì)。大規(guī)模篩選與特異抗體或受體相互作用的未知蛋白質(zhì)；研究抗體或受體與抗原或底物的結(jié)合位點(diǎn)；可用于構(gòu)建隨機(jī)多肽庫、抗體庫和蛋白文庫；研究新型多肽藥物、疫苗和抗體；可研究蛋白質(zhì)與核酸相互作用的生物學(xué)過程；非蛋白小分子與蛋白相互作用的研究；酶作用底物的分析。噬菌體表面展示應(yīng)用范圍應(yīng)用范圍非常廣；可用于高通量篩選；可研究含量很低的與配體特異作用的蛋白質(zhì)；可直接得到相互作用蛋白的編碼序列。噬菌體表面展示優(yōu)點(diǎn)需要標(biāo)記的抗體或配體來檢測結(jié)合情況；外源蛋白大小受到限制，不能研究大分子量蛋白質(zhì)的相互作用；原核表達(dá)體系中外源蛋白質(zhì)無法正確折疊或修飾；融合蛋白可能會影響到蛋白質(zhì)本身的結(jié)構(gòu)或生物活性。噬菌體表面展示缺點(diǎn)1.谷胱苷肽-S-轉(zhuǎn)移酶沉淀試驗(yàn)(GST-pulldown)三、基于親和層析的蛋白質(zhì)相互作用研究平臺2.免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation)3.Ligandblot基本原理是將一種蛋白質(zhì)或抗體固定于某種基質(zhì)上（如Sepharose，NC膜或PVDF膜等），當(dāng)細(xì)胞抽提液經(jīng)過改基質(zhì)時，可與該固定蛋白相互作用的配體蛋白被吸附，而沒有吸附的非目標(biāo)蛋白則隨洗脫液流出。被吸附的蛋白可以通過改變洗脫液或者洗脫條件而回收下來，然后對其進(jìn)行分析鑒定。1.谷胱苷肽-S-轉(zhuǎn)移酶沉淀試驗(yàn)(GST-pulldown)1988年smith等利用谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶融合標(biāo)簽從細(xì)菌中一步純化出GST融合蛋白，從此GST融合蛋白在蛋白質(zhì)相互作用研究領(lǐng)域里得到了極大的推廣。GST-pulldown方法是將誘餌蛋白質(zhì)和GST標(biāo)簽融合表達(dá)。一步純化后與含有目的蛋白質(zhì)的溶液培育，之后利用谷胱甘肽瓊脂糖球珠將融合蛋白:目的蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳或質(zhì)譜鑒定與誘餌蛋白質(zhì)相互作用的蛋白質(zhì)。GSTX谷胱甘肽-瓊脂糖球珠細(xì)胞裂解物4℃下孵育2h

GST融合蛋白GSTXGSTXGSTXYGST-pulldown篩選未知的結(jié)合蛋白設(shè)置GST對照，排除GST的影響YYYYBindWashtoremoveunboundproteinEluteAnalyzeBindGST-pulldown驗(yàn)證兩個已知蛋白的相互作用GSTX谷胱甘肽-瓊脂糖球珠純化的Y蛋白4℃下孵育2h

GST融合蛋白GSTXGSTXGST++GST純化的Y蛋白GSTYYYBindWashtoremoveunboundproteinDetectBindBind不需要制備抗體來檢測結(jié)合情況；不需要對誘餌蛋白進(jìn)行標(biāo)記，避免了使用同位素等危險(xiǎn)物質(zhì)；GST-pulldown的優(yōu)點(diǎn)GST-pulldown的缺點(diǎn)2.假陽性。蛋白質(zhì)所帶電荷引起的，并不是生理性的相互作用；有時會檢測到兩種在細(xì)胞中不可能相遇卻有極強(qiáng)親和力的蛋白。該方法只適用于確定體外的相互作用；3.融合蛋白可能會影響蛋白的真實(shí)結(jié)構(gòu)和功能。原理：當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質(zhì)X的抗體免疫沉淀X，那么與X在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)Y也能沉淀下來。之后純化靶蛋白免疫復(fù)合物，凝膠電泳分離后，質(zhì)譜鑒定靶蛋白的結(jié)合蛋白。2.免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation)BindingwashelutionYYYYY細(xì)胞裂解物Detection免疫共沉淀技術(shù)流程檢測是在生理?xiàng)l件下進(jìn)行，可以真實(shí)地體現(xiàn)在生命過程中蛋白質(zhì)之間的相互作用；可進(jìn)行大規(guī)模的篩選；可檢測依賴于修飾的蛋白質(zhì)之間的相互作用;可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復(fù)合物。免疫共沉淀技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)免疫共沉淀技術(shù)的缺點(diǎn)靈敏性不高。不能檢測和分析低表達(dá)量的蛋白之間的相互作用；假陽性。受免疫球蛋白的干擾容易產(chǎn)生假陽性；需要制備高質(zhì)量抗體。以終產(chǎn)物為檢測對象，檢測不到瞬間有相互作用的蛋白質(zhì)；3.親和印記，Ligandblot將PAGE膠上分離好的蛋白樣品轉(zhuǎn)移到硝酸纖維膜上，然后檢測哪種蛋白能與標(biāo)記的誘餌蛋白發(fā)生作用，最后通過顯影或顯色反應(yīng)信號確定相互作用蛋白，最后通過質(zhì)譜對其進(jìn)行鑒定。誘餌蛋白的標(biāo)記技術(shù)PNAS,2007JBC,2005FEBSJ,2008樣品蛋白的分離和固定技術(shù)Ligandblot的應(yīng)用BBRC,20071.轉(zhuǎn)膜前需要將蛋白質(zhì)復(fù)性，不能完全恢復(fù)到天然狀態(tài)；Ligandblot技術(shù)的缺點(diǎn)2.需要對蛋白進(jìn)行標(biāo)記或要制備抗體；2.靈敏度不高，很難鑒定分離低表達(dá)量的相互作用蛋白；2.實(shí)驗(yàn)在體外進(jìn)行，很難鑒定修飾的蛋白或蛋白復(fù)合體。Ligandblot技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)1.操作簡便，尤其是對于在變性條件下也能發(fā)生相互作用的蛋白的鑒定和驗(yàn)證；2.可鑒定靶蛋白與受體的結(jié)合位點(diǎn)。OutlineRegulatoryRNAsinBacteriaDiscoveryofsRNATargetofsRNAPredictionsRNAinBacilluscereusgroupRegulatoryRNAsinBacteriaRiboswitchesCRISPRsRNAs(smallRNAs)Riboswitches位于所調(diào)節(jié)的mRNA的5’端與所調(diào)節(jié)的mRNA一起轉(zhuǎn)錄通過改變RNA的結(jié)構(gòu)來影響轉(zhuǎn)錄或翻譯由兩部分組成：aptamerregion，結(jié)合配體；expressionplatform，改變RNA結(jié)構(gòu)能感應(yīng)氨基酸，核苷酸，金屬離子等小分子，也能感應(yīng)細(xì)胞組分（如特殊的tRNA），還能感應(yīng)溫度等環(huán)境因素Riboswitches的響應(yīng)配體的作用方式通過改變mRNA的結(jié)構(gòu)影響轉(zhuǎn)錄或翻譯WatersandStorz,Cell,2009Riboswitches響應(yīng)溫度的作用方式低溫時，SD序列與ASD序列配對形成莖環(huán)結(jié)構(gòu)，當(dāng)溫度升高時，莖環(huán)結(jié)構(gòu)解開，露出SD序列Henkin,GenesDev.,2008CRISPR結(jié)構(gòu)與功能

CASgene:CRISPR-associatedgene功能多數(shù)未知，但往往具有DNA或RNA結(jié)合domain，解螺旋酶Domain，內(nèi)切酶或者外切酶domainLeadersequence：大概550bp左右RepeatedDNA：24-47bp，重復(fù)2-249次Spacer：26-72bpWatersandStorz,Cell,2009CRISPR介導(dǎo)的phage抗性Soreketal.,Nat.Rev.Microbiol.,2008sRNAsRNAsthatModulateProteinActivityCis-encodedbasepairingsRNATrans-encodedbasepairingsRNAExtendofsRNAsRNAsthatModulateProteinActivity大腸桿菌中作用的例子WatersandStorz,Cell,2009Cis-encodedbasepairingsRNA具有獨(dú)立的啟動子和轉(zhuǎn)錄終止子，沒有ORF一般由目標(biāo)mRNA的互補(bǔ)鏈編碼，直接位于ORF的互補(bǔ)鏈或者operon的中間與目標(biāo)mRNA某區(qū)域完全配對目前大部分來源于噬菌體，質(zhì)粒，轉(zhuǎn)座子；在質(zhì)粒中，調(diào)節(jié)復(fù)制，分離等；在轉(zhuǎn)座子中調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)座頻率；在噬菌體中，調(diào)節(jié)溶原與溶解Brantl,FutureMicrobiol.,2009ActionmenchanismofCis-encodedbasepairingsRNA直接結(jié)合到RBS區(qū)或者mRNA中間，引起mRNA降解或者翻譯終止WatersandStorz,Cell,2009Trans-EncodedBasePairingsRNAs往往位于基因之間的間隔區(qū)，有獨(dú)立的啟動子和轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)長度一般50到600bp，主要是50到200nt之間與目標(biāo)基因相隔較遠(yuǎn)與目標(biāo)基因形成不完全的匹配，往往需要輔助蛋白來加強(qiáng)這種匹配與