DB21-T 3273-2020豬偽狂犬病毒野毒株與gE基因缺失疫苗株TaqMan實時熒光定量PCR鑒別方法

ICS11.220

B41

備案號：72805-2020DB21

遼寧省地方標(biāo)準(zhǔn)

DB21/T3273—2020

豬偽狂犬病毒野毒株與gE基因缺失疫苗株

TaqMan實時熒光定量PCR鑒別方法

ATaqManReal-timePCRMethodforDifferentiationofWild-typeStrainfrom

gE-deletedVaccineStrainofPseudorabiesVirus

DB21/T3273—2020

前言

本標(biāo)準(zhǔn)根據(jù)GB/T1.1-2009的有關(guān)規(guī)定進行制定。

本標(biāo)準(zhǔn)由遼寧省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳提出并歸口管理。

本標(biāo)準(zhǔn)負責(zé)起草單位：遼寧省農(nóng)業(yè)發(fā)展服務(wù)中心。

本標(biāo)準(zhǔn)起草人：蘭德松、顧貴波、周維、楊洺揚、李可心、孫世宇、張健、劉賀、李旭、高原、丁

靜。

本標(biāo)準(zhǔn)發(fā)布實施后，任何單位和個人如有問題和意見建議，均可以通過來電和來函等方式進行反饋，

我們將及時答復(fù)并認真處理，根據(jù)實際情況依法進行評估及復(fù)審。

歸口管理部門通訊地址：遼寧省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳（沈陽市和平區(qū)太原北街2號），聯(lián)系電話/p>

標(biāo)準(zhǔn)起草單位通訊地址：遼寧省農(nóng)業(yè)發(fā)展服務(wù)中心（沈陽市皇姑區(qū)寧山東路29號），聯(lián)系電話：

II

DB21/T3273—2020

豬偽狂犬病毒野毒株與gE基因缺失疫苗株TaqMan實時熒光定量

PCR鑒別方法

1范圍

本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了豬偽狂犬病毒（pseudorabiesvirus,PRV）野毒株及gE基因缺失毒株的TaqMan熒光PCR

檢測方法。

本標(biāo)準(zhǔn)適用于豬血液、組織臟器、精液、鼻腔拭子和細胞培養(yǎng)物等材料中PRV核酸的檢測以及PRV

野毒株與gE基因缺失疫苗株病毒核酸的鑒別檢測。

本標(biāo)準(zhǔn)的實驗操作應(yīng)在生物安全II級實驗室（BSL-2實驗室）中進行。

2規(guī)范性引用文件

下列文件對于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅所注日期的版本適用于本文

件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。

GB/T6682分析實驗室用水規(guī)格和試驗方法

NY/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運輸技術(shù)規(guī)范

3縮略語

下列縮略語適用于本標(biāo)準(zhǔn)。

gD糖蛋白D（glycoproteinD）

gE糖蛋白E（glycoproteinE）

PRV偽狂犬病病毒（pseudorabiesvirus）

4儀器和耗材

4.1儀器

熒光PCR儀、高速冷凍離心機（可控溫至4℃，離心速度可達12000r/min以上）、組織研磨儀

或研缽、自動化核酸提取儀（如選用商品化核酸提取試劑盒）、PCR微量離心機、2℃～8℃普通冰箱、

-20℃以下普通冰箱、-70℃以下超低溫冰箱、移液器（量程0.1μL～2μL、2μL～20μL、20μL～

200μL）。

4.2耗材

無菌無DNA酶的1.5mL離心管、0.2mLPCR反應(yīng)管或八聯(lián)管或96孔反應(yīng)板、與移液器匹配的吸頭。

5試劑和材料

1

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5.1DNAzol?Reagent：商品化DNA提取試劑，2℃～8℃普通冰箱中保存；或商品化核酸提取試劑

盒（如磁珠法核酸提取試劑），通常18℃～25℃保存。

5.2無水乙醇：-20℃普通冰箱中預(yù)冷。

5.375%乙醇：用無水乙醇和雙蒸水配制，-20℃普通冰箱中預(yù)冷。

5.4PBS：磷酸鹽緩沖液（0.02mol/LpH7.2），配制見附錄A。

5.58mmol/LNaOH溶液，配制見附錄A。

5.62×TaqManFastqPCRMasterMix：為商品化探針法實時熒光PCR反應(yīng)專用試劑，包含反應(yīng)所需的緩

沖液、酶、dNTP、Mg+等的預(yù)混液，-20℃普通冰箱中保存，避免反復(fù)凍融。

5.7引物和TaqMan探針，序列見附錄B。

5.8陽性對照和陰性對照：陽性對照使用PRV野毒株細胞培養(yǎng)物、Bartha-K61疫苗毒，陰性對照采用滅

菌雙蒸水或健康豬的組織材料。

5.9除非另有說明，在檢測中所用的試劑均為分析純，實驗室用水應(yīng)符合GB/T6682的要求。

6樣品采集、處理和運輸

6.1采樣前準(zhǔn)備

6.1.1采樣人員

參照NY/T541中第5.1條的要求。

6.1.2采樣工具和器材

參照NY/T541中第6.10.3條的要求。

6.2樣品采集

6.2.1血液：參照NY/T541中第6.1條中豬血液樣品采集的要求進行，將采集的血液注入含1/10體積

4%EDTA溶液的無菌容器中，充分混勻，編號備檢。

6.2.2組織臟器：參照NY/T541中第6.2條和6.3條中的要求進行，將采集的病死豬或剖殺豬主要臟器（腦

組織、三叉神經(jīng)節(jié)、扁桃體、肺臟、淋巴結(jié)等）或活體采集的扁桃體裝入滅菌的15mL～50mL離心管中，

編號備檢；組織臟器使用組織研磨儀或研缽進行處理后用于核酸提取。

6.2.3精液：參照NY/T541中第6.10.3條中的要求進行。

6.2.4鼻腔拭子：參照NY/T541中第6.4條中的豬鼻腔拭子采集要求進行，將拭子樣品放入PBS緩沖液（0.02

mol/LpH7.2）中，編號備檢。

6.2.5細胞培養(yǎng)物：細胞培養(yǎng)物反復(fù)凍融3次，第3次解凍后，4℃4000g離心10min，取上清轉(zhuǎn)入新

的無菌無DNA酶的1.5mL離心管中，編號備用。

6.3樣品保存、包裝和廢棄物處理

參照NY/T541中第7條的要求。

2

DB21/T3273—2020

6.4樣品運輸

參照NY/T541中第9條的要求。

7熒光qPCR操作程序

7.1DNA提取

在實驗室的核酸提取區(qū)進行。

7.1.1DNAzol手工提取

7.1.1.1取n個無菌無DNA酶的1.5mL離心管，n為待檢樣品數(shù)+陽性對照+陰性對照，對每個離心管進行

編號。

7.1.1.2每管加入800μLDNAzol，分別加入被檢樣品、陽性對照、陰性對照各200μL，顛倒混勻，室

溫靜置5min；4℃10000g離心10min。

7.1.1.3取900μL上清，轉(zhuǎn)入新的無菌無DNA酶1.5mL離心管中，加入500μL預(yù)冷的無水乙醇，顛倒

混勻，室溫放置3min；4℃10000g離心5min。

7.1.1.4棄上清，沿管壁緩慢加入1mL-20℃普通冰箱中預(yù)冷的75%乙醇，顛倒混勻，4℃10000g離

心5min。重復(fù)洗滌2次后，將離心管倒扣于吸水紙上，自然晾干或用移液器小心移去殘液。

7.1.1.5用50μL8mmol/LNaOH溶液溶解沉淀，DNA在-20℃以下保存?zhèn)溆谩?/p>

7.1.2核酸提取儀提取

7.1.2.1按照與核酸提取儀匹配的核酸提取試劑盒說明書提取。

7.1.2.2將提取的DNA轉(zhuǎn)入新的無菌無DNA酶的1.5mL離心管中，在-20℃以下普通冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

7.2熒光qPCR檢測

7.2.1反應(yīng)體系的配制和分裝

在試劑配制區(qū)進行。gD基因和gE基因的反應(yīng)體系相同。設(shè)熒光qPCR反應(yīng)管數(shù)為n，n為待檢樣品數(shù)+

陽性對照管數(shù)+陰性對照管數(shù)，每個反應(yīng)體系見表1，配制體系時建議按照n+1個反應(yīng)進行配制，配制反

應(yīng)體系建議在冰盒中進行；配制好的反應(yīng)液充分混勻后，按照每管18μL分裝于PCR反應(yīng)管內(nèi)，并做好

標(biāo)識。

表1每個反應(yīng)體系配制表

組分用量

2×TaqManFastqPCRMasterMix10μL

上游特異性PCR引物（10μmol/L）0.5μL

下游特異性PCR引物（10μmol/L）0.5μL

TaqMan探針（10μmol/L）0.5μL

滅菌雙蒸水6.5μL

總體積18μL

7.2.2加樣

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在核酸提取區(qū)進行。每個反應(yīng)管中按順序分別加入2μL待檢樣品、陽性對照、陰性對照DNA溶液，

蓋好蓋子后，PCR微量離心機瞬時離心30s，轉(zhuǎn)移至PCR擴增區(qū)。

7.2.3qPCR擴增檢測

在PCR擴增區(qū)進行。

7.2.3.1熒光通道

將PCR反應(yīng)管放入熒光PCR儀內(nèi)，設(shè)置探針：5’端選擇FAM熒光通道，3’端選擇無（none）熒光。

7.2.3.2熒光qPCR反應(yīng)條件

gD和gE基因熒光qPCR反應(yīng)條件均為：94℃3min；94℃15s，60℃45s，收集熒光，40

個循環(huán)。

8結(jié)果判定

8.1閾值設(shè)定

閾值設(shè)定原則根據(jù)儀器噪聲情況進行調(diào)整，以閾值線剛好超過正常陰性樣品擴增的最高點為準(zhǔn)。

8.2質(zhì)量控制

8.2.1陰性對照無Ct值，且無典型的S型擴增曲線。

8.2.2陽性對照FAM通道Ct值≤30，且擴增曲線為典型的S型。

8.2.3以上要求需在同一次實驗中同時滿足，否則，本次實驗無效，需重新進行。

8.3結(jié)果描述及判定

8.3.1gD基因檢測結(jié)果

8.3.1.1陰性

無Ct值或Ct值＞38，且無典型的S型擴增曲線，報告為PRV核酸陰性。

8.3.1.2陽性

Ct值≤36，且擴增曲線為典型的S型，報告為PRV核酸陽性，但需進一步經(jīng)gE基因檢測來進行PRV野

毒與疫苗毒的鑒別檢測。

8.3.1.3可疑

36＜Ct值≤38，判定為可疑，需從提取DNA開始進行一次重復(fù)檢測。如重復(fù)檢測結(jié)果仍為36＜Ct值

≤38，且擴增曲線均呈典型的S型擴增曲線，報告為PRV核酸陽性，但需進一步經(jīng)gE基因檢測來進行PRV

野毒與疫苗毒的鑒別檢測。

8.3.2gE基因檢測結(jié)果

8.3.2.1陰性

無Ct值或Ct值＞38，且無典型的S型擴增曲線，報告為PRV野毒核酸陰性。

4

DB21/T3273—2020

8.3.2.2陽性

Ct值≤36，且擴增曲線為典型的S型，報告為PRV野毒核酸陽性。

8.3.2.3可疑

36＜Ct值≤38，判定為可疑，需從提取DNA開始進行一次重復(fù)檢測。如重復(fù)檢測結(jié)果仍為36＜Ct值

≤38，且擴增曲線均呈典型的S型擴增曲線，報告為PRV野毒核酸陽性。

8.3.3鑒別方法

針對缺失包含gE基因在內(nèi)的PRV活疫苗免疫豬只，如果gE基因檢測陽性，則判定為PRV野毒核酸陽性；

如果gD基因檢測陽性而gE基因檢測陰性，則判定為PRV疫苗毒陽性；如果gD基因和gE基因檢測均為陰性，

則判定為PRV核酸陰性，既無PRV野毒也無疫苗毒。針對未免疫缺失gE基因的PRV疫苗（△gE/PRV）的豬

只，如果gD基因或gE基因檢測結(jié)果為陽性，則判定為PRV野毒核酸陽性；如果gD基因和gE基因檢測均為

陰性，則判定為PRV核酸陰性。

5

DB21/T3273—2020

AA

附錄A

（規(guī)范性附錄）

溶液配制

A.18mmol/LNaOH溶液的配制

稱量0.32gNaOH，溶解到1000mL滅菌去離子水中，混勻，分裝，常溫保存。

A.20.02mol/LpH7.2磷酸鹽緩沖液（PBS）的配制

A.2.10.2mol/L磷酸氫二鈉溶液：稱取磷酸氫二鈉（Na2HPO4·12H2O）71.64g，先加適量去離子水溶

解，最后定容至1000mL，混勻。

A.2.20.2mol/L磷酸二氫鈉溶液：稱取磷酸二氫鈉（NaH2PO4·2H2O）31.21g，先加適量去離子水溶

解，最后定容至1000mL，混勻。

A.2.3量取0.2moL/L磷酸氫二鈉溶液360mL，0.2mol/L磷酸二氫鈉溶液140mL，稱取氯化鈉38g，用

無離子水溶解稀釋至5000mL，4℃保存。

6

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BB

附錄B

（規(guī)范性附錄）

引物和探針

名稱序列（5’-3’）

gD-qF（上游引物）GTTCAACGAGGGCCAGTACC

gD-qR（下游引物）CGGCGTCAGGAATCGCATCA

gD-P（探針）FAM-ACCAGCACCGCACGTACAAG-BHQ1

gE-qF（上游引物）CCGAGGACGAGTTCAGCA

gE-qR（下游引物）GGCCCATTCGTCACTTCCG

gE-P（探針）FAM-ACCAGACGTCGAAGCCGGA-BHQ1

注：引物和探針均由生物公司合成，用無菌無核酸酶水配制成10μmol/L工作液，-20℃以下普通冰箱中保存供檢

測用。

_________________________________

7

DB21/T3273—2020

目次

前言................................................................................II

1范圍..............................................................................1

2規(guī)范性引用文件....................................................................1

3縮略語............................................................................1

4儀器和耗材........................................................................1

5試劑和材料........................................................................1

6樣品采集、處理和運輸..............................................................2

7熒光qPCR操作程序.................................................................3

8結(jié)果判定..........................................................................4

附錄A（規(guī)范性附錄）溶液配制........................................................6

附錄B（規(guī)范性附錄）引物和探針......................................................7

I