櫛孔扇貝BAC克隆的共定位及物理圖譜相關(guān)contig驗(yàn)證研究的開(kāi)題報(bào)告

櫛孔扇貝BAC克隆的共定位及物理圖譜相關(guān)contig驗(yàn)證研究的開(kāi)題報(bào)告一、研究背景及意義櫛孔扇貝（Chlamysfarreri）是我國(guó)北方海域中的一種重要經(jīng)濟(jì)貝類，具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和保護(hù)意義。近年來(lái)，隨著分子生物學(xué)和基因工程技術(shù)的應(yīng)用，對(duì)櫛孔扇貝基因組的研究逐漸展開(kāi)。根據(jù)前人研究結(jié)果，櫛孔扇貝基因組大小約為1.69Gb，為典型的體細(xì)胞二倍體；目前已有約20條櫛孔扇貝的單模板基因組測(cè)序reads數(shù)據(jù)。但是，由于櫛孔扇貝的基因組結(jié)構(gòu)復(fù)雜，存在重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子等，因此目前在櫛孔扇貝基因組組裝、基因定位和克隆等方面仍存在諸多難點(diǎn)。本研究旨在通過(guò)對(duì)櫛孔扇貝的BAC克隆進(jìn)行共定位和物理圖譜相關(guān)的contig驗(yàn)證，彌補(bǔ)櫛孔扇貝基因組研究的空白，從而為櫛孔扇貝的進(jìn)一步研究提供基礎(chǔ)資料和參考。二、研究?jī)?nèi)容及方法本研究將采用以下步驟進(jìn)行：1.BAC克隆的篩選和純化：通過(guò)PCR擴(kuò)增櫛孔扇貝基因組中的一些特定序列，篩選出具有代表性的BAC克隆，并利用DNA提取和染色體雜交等方法對(duì)BAC純化。2.共定位：通過(guò)比對(duì)已有的櫛孔扇貝基因組序列和基因序列，確定每個(gè)BAC克隆所對(duì)應(yīng)的基因和基因組區(qū)域。3.物理圖譜相關(guān)的contig驗(yàn)證：將已經(jīng)確定的每個(gè)BAC克隆的物理位置和順序進(jìn)行驗(yàn)證，形成相應(yīng)的物理圖譜。4.驗(yàn)證結(jié)果的分析：通過(guò)分析驗(yàn)證結(jié)果，進(jìn)一步認(rèn)識(shí)櫛孔扇貝基因組的組裝結(jié)構(gòu)及基因功能等方面的問(wèn)題。三、研究意義及預(yù)期結(jié)果通過(guò)本研究，將進(jìn)一步深入認(rèn)識(shí)櫛孔扇貝基因組的組裝結(jié)構(gòu)及基因功能等方面的問(wèn)題，為櫛孔扇貝的進(jìn)一步研究提供基礎(chǔ)資料和參考。預(yù)計(jì)獲得的主要結(jié)果包括：1.確定櫛孔扇貝基因和基因組序列的物理位置，形成相應(yīng)的物理圖譜。2.通過(guò)驗(yàn)證結(jié)果，對(duì)已有的櫛孔扇貝基因組測(cè)序數(shù)據(jù)中的錯(cuò)誤進(jìn)行更正。3.分析已獲得的結(jié)果，進(jìn)一步認(rèn)識(shí)櫛孔扇貝基因組的組裝結(jié)構(gòu)及基因功能等方面的問(wèn)題。4.為櫛孔扇貝的進(jìn)一步研究提供基礎(chǔ)資料和參考，促進(jìn)櫛孔扇貝基因組研究的進(jìn)展。四、研究難點(diǎn)及解決方案本研究中存在以下難點(diǎn)：1.櫛孔扇貝基因組結(jié)構(gòu)復(fù)雜，存在重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子等問(wèn)題，如何更好地組裝基因組是一個(gè)難點(diǎn)。解決方案：本研究將使用多種策略，包括長(zhǎng)reads測(cè)序、局部組裝、比較基因組學(xué)方法等，以精確和完整的方式組裝櫛孔扇貝基因組。2.目前已有的櫛孔扇貝基因組序列和基因序列仍存在不確定性，如何準(zhǔn)確地進(jìn)行共定位和物理圖譜相關(guān)的contig驗(yàn)證也是一個(gè)難點(diǎn)。解決方案：本研究將通過(guò)多重途徑，包括PCR驗(yàn)證、雜交驗(yàn)證等方法，細(xì)致地驗(yàn)證BAC克隆的物理位置和順序，并對(duì)驗(yàn)證結(jié)果進(jìn)行深入分析。五、研究進(jìn)度安排本研究的具體進(jìn)度安排如下：2019年1月-6月：櫛孔扇貝BAC克隆的篩選和純化；2019年7月-12月：共定位；2020年1月-6月：物理圖譜相關(guān)的contig驗(yàn)證；2020年7月-12月：驗(yàn)證結(jié)果的分析及論文撰寫(xiě)。六、研究成果及應(yīng)用前景通過(guò)本研究，將獲得櫛孔扇貝基因和基因組序列的物理位置，并形成相應(yīng)的物理圖譜。同時(shí)，本研究還將對(duì)已有的櫛孔扇貝基因組測(cè)序數(shù)據(jù)中的錯(cuò)誤進(jìn)行更正，并通過(guò)分析驗(yàn)證結(jié)果，進(jìn)一步認(rèn)識(shí)櫛孔扇貝基因組的組裝結(jié)構(gòu)及基因功能等方面的問(wèn)題。這將對(duì)櫛孔扇貝的進(jìn)一步研究提供基礎(chǔ)資料和參考，