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文檔簡介
一、任務(wù)來源
本國家標(biāo)準(zhǔn)的制定任務(wù)列入國家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會(huì)2018年第二批國家標(biāo)準(zhǔn)制修訂計(jì)
劃,項(xiàng)目編號(hào)“20180930-T-424”。本項(xiàng)任務(wù)由中國標(biāo)準(zhǔn)化研究院提出并歸口,定于2019
年完成。本標(biāo)準(zhǔn)起草工作組由江漢大學(xué)等單位共同組成。
二、目的和意義
(一)國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
第一個(gè)遺傳修飾即轉(zhuǎn)基因作物的商業(yè)化開發(fā)出現(xiàn)在1996年,隨著生物技術(shù)的發(fā)展,
轉(zhuǎn)基因植物產(chǎn)品逐年增加。根據(jù)國際農(nóng)業(yè)生物技術(shù)應(yīng)用服務(wù)組織(ISAAA)的報(bào)告,全世
界至2013年,已經(jīng)有27種轉(zhuǎn)基因作物類型和336種品種被開發(fā)出來,在27年國家種植
面積達(dá)到1.75億公頃。在中國,至2015年,已經(jīng)有37種轉(zhuǎn)基因作物被批準(zhǔn)進(jìn)口,用作
加工原料。在許多國家(包括中國),因?yàn)檎凸姄?dān)心轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的食品安全或環(huán)境
安全的危害,對轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品持有不信任的態(tài)度。為了保護(hù)公眾的知情權(quán),許多國家(也包
括中國)通過立法對轉(zhuǎn)基因食品與飼料進(jìn)行管制和跟蹤。
為了適應(yīng)轉(zhuǎn)基因立法要求和確保產(chǎn)品的合法與可追蹤,有效且精準(zhǔn)的轉(zhuǎn)基因篩選、鑒
定和定量方法是十分必要的。除少部分以蛋白免疫反應(yīng)顯色為基礎(chǔ)的檢測方法外,DNA聚
合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)為基礎(chǔ)的轉(zhuǎn)基因檢測方法是應(yīng)用最廣泛的方法,也是目前轉(zhuǎn)基因檢
測國家標(biāo)準(zhǔn)與行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的主要方法。根據(jù)檢測的特異性水平分為篩選方法、基因特異性方
法、載體特異性方法和轉(zhuǎn)基因事件特異性方法。大部分情況下,需要逐個(gè)做一系列的PCR
反應(yīng)來鑒定待測樣品中的轉(zhuǎn)基因成分。首先,需要篩選在轉(zhuǎn)基因中常用的元件,然后,對
篩選獲得的懷疑樣品鑒定事件特異性的序列,以便對轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品進(jìn)行確認(rèn)。轉(zhuǎn)基因品種數(shù)
量和轉(zhuǎn)基因事件十分龐大且復(fù)雜,因此,單個(gè)PCR反應(yīng)來鑒定所有的轉(zhuǎn)基因元件與事件是
不現(xiàn)實(shí)的。同時(shí),單重PCR反應(yīng)鑒定耗時(shí)、費(fèi)力且成本高。因此,在轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品快速增長
的背景下,部分研究者提出了轉(zhuǎn)基因的高通量篩選與鑒定方法。已經(jīng)應(yīng)用的高通量篩選與
鑒定方法包括多重PCR、多重PCR為基礎(chǔ)的技術(shù)、以及預(yù)制好的實(shí)時(shí)PCR反應(yīng)體系。
多重PCR的目的是在單個(gè)反應(yīng)中同時(shí)檢測多個(gè)目標(biāo)。多重PCR需要對試劑和引物的濃
度與組成進(jìn)行仔細(xì)的優(yōu)化。由于普通電泳技術(shù)的低分辨率,傳統(tǒng)的多重PCR加電泳檢測技
術(shù)僅可以檢測5-6個(gè)目標(biāo)。實(shí)時(shí)PCR多重檢測的能力也受限于實(shí)時(shí)PCR反應(yīng)通道的數(shù)量限
制和可以獲取的熒光染料的種類的限制。為了解決轉(zhuǎn)基因檢測的通量問題,一些新技術(shù)被
1
用于了轉(zhuǎn)基因檢測技術(shù)中。這些新技術(shù)的策略是將多重PCR與毛細(xì)管電泳或者芯片雜交技
術(shù)相結(jié)合。特別地,DNA芯片具有同時(shí)分析上千種目標(biāo)的能力,我國也有部分標(biāo)準(zhǔn)采用DNA
芯片雜交進(jìn)行轉(zhuǎn)基因元件的篩選。然而,不論P(yáng)CR產(chǎn)物的檢測通量有多高,轉(zhuǎn)基因的檢測
通量還要受限于多重PCR可以擴(kuò)增的目標(biāo)數(shù)量的限制。其它基于多重PCR開發(fā)的技術(shù)所受
到的限制還包括選擇性擴(kuò)增,以及由于多重引物組合并存于同一反應(yīng)中的相互干擾導(dǎo)致的
非特異性背景擴(kuò)增。為了克服末端多重PCR技術(shù)帶來的上述缺陷,低濃度的引物和少數(shù)PCR
循環(huán)數(shù)的預(yù)擴(kuò)增步驟被用來增加模板DNA的量。多種高通量DNA檢測方法中應(yīng)用了預(yù)擴(kuò)增
策略,包括核酸序列擴(kuò)增后芯片雜交技術(shù)、多重定量PCR后芯片雜交技術(shù)和多重微液滴PCR
后的毛細(xì)管電泳技術(shù)。多重定量PCR后芯片雜交技術(shù)可以同時(shí)檢測91個(gè)目標(biāo),然而,以
芯片為基礎(chǔ)的分析方法十分復(fù)雜且昂貴,在轉(zhuǎn)基因檢測的實(shí)際應(yīng)用中是不現(xiàn)實(shí)的。
商業(yè)化的預(yù)制實(shí)時(shí)PCR芯片通常是96孔或者384孔,里面預(yù)埋了引物與探針,因此,
可以同時(shí)檢測多個(gè)目標(biāo)。例如,JointReaseachCentre開發(fā)的實(shí)時(shí)PCR為基礎(chǔ)的96孔板
可以同時(shí)分析2個(gè)樣本的48個(gè)目標(biāo)。也開發(fā)了384孔板,用于分析7個(gè)樣本中的47個(gè)目
標(biāo),且可以重復(fù)2次。一般來說,如果需要分析多個(gè)目標(biāo),配制好的多重PCR體系只能分
析少數(shù)幾個(gè)樣本。
(二)存在的問題
大部分轉(zhuǎn)基因元件,都起源于微生物,而在植物生長的過程中,微生物可能感染植物,
導(dǎo)致檢出的轉(zhuǎn)基因元件即可能是轉(zhuǎn)基因成份也可能是微生物基因,因此轉(zhuǎn)基因元件檢測只
能作物轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的篩選手段,還需要根據(jù)轉(zhuǎn)基因事件檢測進(jìn)行確定。由此,產(chǎn)生了以下
嚴(yán)重的問題:
(1)篩選實(shí)驗(yàn)顯著增加了轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測成本與時(shí)間;
(2)無法鑒定未知的轉(zhuǎn)基因事件的產(chǎn)品;
(3)已有的轉(zhuǎn)基因事件數(shù)量寵大,且每次檢測一種轉(zhuǎn)基因事件,若需要證明產(chǎn)品為
非轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品,需要做大量的檢測,不具有現(xiàn)實(shí)可行性,但是否為轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品
又恰恰是公眾與管理部門關(guān)心的核心問題。
現(xiàn)有的轉(zhuǎn)基因檢測方法都是基于PCR反應(yīng)進(jìn)行的,PCR產(chǎn)物形成的氣溶膠可能污染實(shí)
驗(yàn)室。由此產(chǎn)生以下問題:
(1)轉(zhuǎn)基因檢測的實(shí)驗(yàn)室防污染級別要求很高;
(2)實(shí)驗(yàn)人員防污染操作要求嚴(yán)格;
(3)轉(zhuǎn)基因檢測的假陽性無法徹底避免。
2
最后,現(xiàn)有的轉(zhuǎn)基因檢測方法大多為定性檢測方法,即使只有0.1%以下的轉(zhuǎn)基因成份,
也會(huì)按照100%的轉(zhuǎn)基因成份等同對待,導(dǎo)致爭議。
(三)項(xiàng)目的意義
為了解決現(xiàn)有的轉(zhuǎn)基因檢測技術(shù)存在的問題,本標(biāo)準(zhǔn)綜合了分子雜交技術(shù)、高通量測
序技術(shù)與生物信息學(xué)技術(shù),采用目標(biāo)區(qū)域測序法對轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品進(jìn)行檢測。在目標(biāo)區(qū)域測序
法中,外源基因定性與定量鑒定流程如下:第一步,將樣品基因組DNA破碎后連接帶有樣
品條形碼和隨機(jī)條形碼的接頭;第二步,對連接產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴(kuò)增;第三步,利用探針捕
獲擴(kuò)增產(chǎn)物;第四步,利用帶有測序接頭的引物擴(kuò)增捕獲產(chǎn)物構(gòu)建文庫;第五步,利用二
代高通量測序技術(shù)對文庫進(jìn)行高通量測序;最后一步,利用軟件對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制
并獲得鑒定結(jié)果。
目標(biāo)區(qū)域測序法改進(jìn)了現(xiàn)有的轉(zhuǎn)基因檢測方法的上述局限,包括不同同檢測多種外源
基因的問題、不能檢測新的轉(zhuǎn)基因事件的問題、不能依據(jù)轉(zhuǎn)基因元件確認(rèn)轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的問
題,不能檢測多種混合生物產(chǎn)品的問題、不同外源基因方法不能通用的問題、測試樣本生
物污染造成的假陽性問題、氣溶膠污染造成的假陽性問題和轉(zhuǎn)基因成份的定量檢測問題。
總之,本標(biāo)準(zhǔn)的目的是建立適用于所有多種植物轉(zhuǎn)基因檢測的準(zhǔn)確、高通量、簡單、快捷
且定量鑒定標(biāo)準(zhǔn)方法,對食品安全、環(huán)境安全、轉(zhuǎn)基因安全管理等具有重要意義。
三、標(biāo)準(zhǔn)制定原則
(一)標(biāo)準(zhǔn)編制原則
1、科學(xué)性
轉(zhuǎn)基因鑒定結(jié)果往往是行政處罰的依據(jù),方法的選擇具備科學(xué)性。
2、高效性
海關(guān)或行政抽查,往往需要同時(shí)鑒定大批樣品,標(biāo)準(zhǔn)操作需要遵循高效原則。
3、通用性
現(xiàn)有的轉(zhuǎn)基因鑒定標(biāo)準(zhǔn)中,不同外源基因成份采用不同的鑒定方法,極大地增加了鑒
定工作量,本標(biāo)準(zhǔn)采用的方法具備通用性。
(二)標(biāo)準(zhǔn)制訂主要依據(jù)
1、標(biāo)準(zhǔn)編寫遵循GB1.1-2009《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分:標(biāo)準(zhǔn)的結(jié)構(gòu)和編寫規(guī)則》
的有關(guān)要求。
2、標(biāo)準(zhǔn)編寫內(nèi)容參考我國相關(guān)的國家標(biāo)準(zhǔn),包括:GB/T19495.2轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測實(shí)
3
驗(yàn)室技術(shù)要求、GB/T19495.3轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測核酸提取純化方法、GB/T19495.7轉(zhuǎn)基因產(chǎn)
品檢測抽樣和制樣方法和GB/T19495.5轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)
(PCR)檢測方法。
四、標(biāo)準(zhǔn)主要技術(shù)內(nèi)容
(一)關(guān)于實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析中的準(zhǔn)確性與參數(shù)值的確定。
標(biāo)準(zhǔn)方法同時(shí)檢測待測樣品中的多個(gè)外源基因與內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因,且每個(gè)外源基因與內(nèi)標(biāo)
準(zhǔn)基因同時(shí)檢測多個(gè)位置,只要有一個(gè)外源基因的一個(gè)檢測位點(diǎn)被確證檢出,就可以確定
該待測樣品為轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品,極大地降低了測試樣品假陰性的風(fēng)險(xiǎn)。同時(shí),每一種外源基因
成份的確認(rèn)需要同時(shí)有外源基因與非外源基因起源物種的邊界序列的雜交序列作為證據(jù),
極大地降低了微生物污染導(dǎo)致的假陽性的風(fēng)險(xiǎn)。利用樣品條形碼,可以區(qū)分空氣中的氣溶
膠和待測樣品的測序片段,基本杜絕了空氣污染導(dǎo)致的假陽性的風(fēng)險(xiǎn)??傊?,標(biāo)準(zhǔn)方法從
多個(gè)層面,極大地降低了轉(zhuǎn)基因定性檢測的錯(cuò)誤。外源基因與內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因在同一反應(yīng)體系
中進(jìn)行檢測,降低了反應(yīng)條件差異對定量的影響;利用隨機(jī)條形碼還原模板分子極大降地
降低了擴(kuò)增效率的影響;每個(gè)外源基因的檢測多個(gè)區(qū)域,每個(gè)區(qū)域檢測多至數(shù)萬次,可以
利用統(tǒng)計(jì)學(xué)的原理,盡量消除系統(tǒng)中殘留的隨機(jī)誤差的影響。總之,多個(gè)方面的優(yōu)勢共同
作用,增加了轉(zhuǎn)基因定量檢測的準(zhǔn)確性。
本標(biāo)準(zhǔn)利用測序數(shù)據(jù)同,實(shí)現(xiàn)了實(shí)驗(yàn)過程中的全面監(jiān)控,包括交叉污染、基因組DNA
用量、文庫構(gòu)建、測序數(shù)量和測序數(shù)據(jù)中的模板片段數(shù)量,以確保實(shí)驗(yàn)過程中的質(zhì)量與不
合格的原因,根據(jù)不合格的原因作出相應(yīng)的后續(xù)處理方式。結(jié)果監(jiān)控實(shí)驗(yàn)質(zhì)量優(yōu)于在過程
中進(jìn)行預(yù)防的方式,例如,通過DNA定量的方式加入一定量的DNA以確保在足夠的DNA分
子用于檢測,然而,并不能保證定量的準(zhǔn)確性,在不知道問題原因時(shí),也不知道后續(xù)操作
如何進(jìn)行。本標(biāo)準(zhǔn)通過測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量監(jiān)控,避免了類似的問題。
本標(biāo)準(zhǔn)中規(guī)定測序的測序片段數(shù)量為每個(gè)待測樣本1G,有效Reads(非特異的Reads)
最低按20%計(jì),那么,最低有0.2G的有效數(shù)據(jù)。那么,按300bp的片段長度計(jì)算,片段
的Reads數(shù)量為0.65M。內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因與外源基因的有效檢測區(qū)域(存在對應(yīng)模板DNA的檢
測區(qū)域)按12個(gè)計(jì)算,那么,平均每個(gè)區(qū)域有5.5萬Reads覆蓋。本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定按GB/T
19495.5-2018規(guī)定的最低用量使用模板DNA的量,即最低有2.5萬個(gè)模板分子。當(dāng)有5.5
4
萬Reads去覆蓋2.5萬個(gè)模板分子時(shí),91%的模板分子至少可以被1個(gè)Read所覆蓋,即可
以被檢出,也即每個(gè)探針位點(diǎn)的檢出模板分子的數(shù)量約為2萬個(gè)。即使按本標(biāo)準(zhǔn)的最低檢
出限0.1%計(jì),平均可以檢出的外源基因的模板數(shù)量為20個(gè),其不被檢出,即檢出的模板
分子的數(shù)目小于2條的理論概率0.05%,理論成功率為99.95%。
利用本標(biāo)準(zhǔn)的方法,我們檢測了55個(gè)含有1%的外源基因的轉(zhuǎn)基因標(biāo)準(zhǔn)樣品(表一)
和3個(gè)不含有外源基因的標(biāo)準(zhǔn)樣品。其中,55個(gè)含有1%的外源基因的轉(zhuǎn)基因標(biāo)準(zhǔn)樣品均
通過本標(biāo)準(zhǔn)的方法檢出含有至少一種外源基因成份,成功率100%。3個(gè)內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因的樣品
均通過本標(biāo)準(zhǔn)的方法檢測不含有外源基因成份,成功率100%
表一、轉(zhuǎn)基因標(biāo)準(zhǔn)樣品清單
序號(hào)產(chǎn)品名稱檢測參數(shù)
CaMV35S啟動(dòng)子、
1FMV35S啟動(dòng)子、CaMV35S啟動(dòng)子、FMV35S啟動(dòng)子、NOS啟動(dòng)子/終止子
NOS啟動(dòng)子/終止子
2NPTII、HPT和PMINPTII、HPT和PMI
3GUSGUS
4CP4-epspsCP4-epsps
5bar或patbar或pat
6BarnaseBarnase
7H7-1甜菜H7-1、FMV35S啟動(dòng)子、Cp4-epsps
8MON863玉米MON863、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子、nptII
9MIR604玉米MIR604、NOS終止子
10MIR162玉米MIR162
11NK603玉米NK603、NOS終止子、Cp4-epsps
5
12T25玉米T25、CaMV35S啟動(dòng)子、pat
13MON89034玉米MON89034、CaMV35S啟動(dòng)子、FMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子
14BVLA430101玉米BVLA430101
1559122玉米59122、CaMV35S啟動(dòng)子
16MON88017玉米MON88017、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子
173272玉米3272、NOS終止子
18DAS-40278玉米DAS-40278
19Bt11玉米Bt11、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子、cry1Ab
20Bt176玉米Bt176、CaMV35S啟動(dòng)子
21J101苜蓿J101
22MON810玉米MON810、CaMV35S啟動(dòng)子、cry1Ab
23IE09S034玉米IE09S034
24雙抗12-5玉米雙抗12-5
25MON89788大豆MON89788、FMV35S啟動(dòng)子、Cp4-epsps
26A2704-12大豆A2704-12、CaMV35S啟動(dòng)子、pat
27A5547-127大豆A5547-127、CaMV35S啟動(dòng)子、pat
28356043大豆356043、CaMV35S啟動(dòng)子
29305423大豆305423
30CV127大豆CV127
31GTS40-3-2大豆GTS40-3-2、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子、Cp4-epsps
32大豆大豆內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因
6
33MON87705大豆MON87705、Cp4-epsps
34MON87769大豆MON87769
35MON87708大豆MON87708
36MON87701大豆MON87701
37FG72大豆FG72
38MON1445棉花MON1445、FMV35S啟動(dòng)子、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子
39轉(zhuǎn)Bt基因棉花Bt基因
40LLcotton25棉花LLcotton25、CaMV35S啟動(dòng)子
41MON88913棉花MON88913、CaMV35S啟動(dòng)子、Cp4-epsps
42MON15985棉花MON15985、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子、nptII
43GHB614棉花GHB614
44MS1*RF1油菜MS1*RF1
45MS8*RF3油菜MS8*RF3
46MS1*RF2油菜MS1*RF2
47GT73油菜GT73、FMV35S啟動(dòng)子、Cp4-epsps
48T45油菜T45、CaMV35S啟動(dòng)子、pat
49Oxy-235油菜Oxy-235、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子
50Topas油菜Topas
51油菜油菜內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因
52MON88302油菜MON88302
53Bt基因水稻Bt基因
54TT51-1水稻TT51-1、NOS終止子、cry1Ab/Ac
7
55M12水稻M12、NOS終止子
56水稻水稻內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因
57科豐2號(hào)水稻科豐2號(hào)、CaMV35S啟動(dòng)子、NOS終止子
58J163苜蓿J163
利用表一中的轉(zhuǎn)基因陽性的標(biāo)準(zhǔn)樣品與標(biāo)準(zhǔn)品種進(jìn)行混合,制作成含有0.1%的外源基
因的轉(zhuǎn)基因樣品,共計(jì)116個(gè)樣品(含重復(fù))。利用本標(biāo)準(zhǔn)的方法,對獲得的116個(gè)轉(zhuǎn)基
因陽性樣品進(jìn)行了檢測,其中有112個(gè)樣品被判定含有一種或多種轉(zhuǎn)基因成份,正確率為
96.56%。利用標(biāo)準(zhǔn)中的方法,我們繼續(xù)對100個(gè)已知的非轉(zhuǎn)基因植物品種的樣品進(jìn)行了測
試,沒有發(fā)現(xiàn)任何轉(zhuǎn)基因成份,結(jié)論的正確率為100%。因此,本標(biāo)準(zhǔn)在95%以上的概率保
證下,可以檢出0.1%的轉(zhuǎn)基因成份。
當(dāng)轉(zhuǎn)基因成份含量為10%時(shí),依舊按以上參數(shù)進(jìn)行計(jì)算,平均可以檢出的外源基因的
模板片段的數(shù)量為2046個(gè),那么,按二項(xiàng)分布,在95%的置信區(qū)間內(nèi),檢出的轉(zhuǎn)基因成份
的理論模板片段的數(shù)量為2006個(gè)到2148個(gè),轉(zhuǎn)基因含量的理論變異不超過10%。事實(shí)上,
我們利用3個(gè)已知的100%的轉(zhuǎn)基因品種的粉未(含有Bt基因的水稻與玉米品種各1個(gè),
含有Bar基因的水稻品種1個(gè)),與已知的非轉(zhuǎn)基因品種的樣品混合,制作了200個(gè)含
有10%的外源基因的轉(zhuǎn)基因樣品,利用本標(biāo)準(zhǔn)對這200個(gè)樣品進(jìn)行檢測,獲得第個(gè)樣品
檢出的外源基因的含量,計(jì)算第個(gè)樣品呷檢出的外源基因的與參考值10%的偏差
i
。C結(jié)i果表明,在i200個(gè)樣品中,只有8個(gè)樣品的CiRSD的值超過了10%,
Ci?10%
R因S此Di,=確定10%了本×標(biāo)10準(zhǔn)0在%96%的概率保障下,定量檢測下限為10%。
(二)關(guān)于片段化的大小
對于高通量測序的文庫構(gòu)建來說,文庫中DNA片段大小一般為300bp左右。對于植物
樣品來說,提取的DNA一般來說是比較完整的,因此,大于300bp是可以實(shí)現(xiàn)的。對于食
品樣品來說,DNA可能在食品的加工過程中已經(jīng)降解,平均長度不足300bp。因此,為了
滿足多種情況,本標(biāo)準(zhǔn)中,規(guī)定片段化大小為100bp至1000bp。
(三)關(guān)于實(shí)驗(yàn)操作
由于本標(biāo)準(zhǔn)中,多重?cái)U(kuò)增循環(huán)數(shù)在20個(gè)以下,處于線性增長期,采用二代高通量測
序?qū)U(kuò)增的線性產(chǎn)物進(jìn)行檢測,可以在不同基因間進(jìn)行比較,獲得準(zhǔn)確的定量。實(shí)驗(yàn)室的
8
氣溶膠污染樣本條形碼在分析中被排除。因此,本標(biāo)準(zhǔn)的方法對于加上條形碼后的樣品,
防止氣溶膠污染的要求并不是十分嚴(yán)格,只要求實(shí)驗(yàn)分區(qū)、單向流動(dòng)、設(shè)備器具專用且保
持通風(fēng),這些要求在普通實(shí)驗(yàn)室可以滿足,使得本標(biāo)準(zhǔn)可以在多數(shù)實(shí)驗(yàn)室中實(shí)施。
本標(biāo)準(zhǔn)采用二代高通量測序進(jìn)行檢測。與傳統(tǒng)的基于實(shí)時(shí)PCR或者電泳檢測的標(biāo)準(zhǔn)方
法比較,二代高通量測序的在定量檢測的動(dòng)態(tài)范圍只取決于測序深度,并沒有檢測的下限
與上限的限制,因此,不需要根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線確定定量檢測的動(dòng)態(tài)范圍。
本標(biāo)準(zhǔn)中,不同樣本采用不同的樣本條形碼且樣本條形碼在30天內(nèi)不重復(fù),在實(shí)驗(yàn)
室通風(fēng)良好的要求下,30天內(nèi)足夠進(jìn)行一輪實(shí)驗(yàn)室內(nèi)外的氣體交換。因此,在實(shí)驗(yàn)室的氣
溶膠中,不存在相同的樣本條形碼,可以根據(jù)樣本條形碼,從測序數(shù)據(jù)中將氣溶膠的數(shù)據(jù)
排除在外,因此,不需要實(shí)驗(yàn)PCR反應(yīng)的空白對照。
本標(biāo)準(zhǔn)中,內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因與外源基因在相同的反應(yīng)管中進(jìn)行反應(yīng),因此,誤差小。根據(jù)
我們的200個(gè)轉(zhuǎn)基因含量為10%的轉(zhuǎn)基因樣品的檢測結(jié)果,在96%的概率保證下,定量誤
差不超過10%,因此,不需要設(shè)置平行實(shí)驗(yàn),以校正不同反應(yīng)管中的誤差。同樣由于同一
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