Olex2講義-審閱版

1、單晶的可視化結(jié)構(gòu)解析與精修之Olex2軟件的使用目錄第1章 前言1.1 Olex2簡(jiǎn)介1.2關(guān)于Olex2的安裝、引用和更新1.3 Olex2的圖形化界面1.4 文件的建立第2章 晶體解析和精修2.1 前言2.2 打開(kāi)結(jié)構(gòu)2.3 解粗結(jié)構(gòu)2.4 原子指認(rèn)2.5 各項(xiàng)異性精修2.6 加氫2.7 精修權(quán)重2.8 歷史記錄2.9 結(jié)構(gòu)整理原子重命名排序2.10其他問(wèn)題第3章 無(wú)序處理3.1 無(wú)序處理方法3.2 無(wú)序類(lèi)型及實(shí)例第4章 結(jié)構(gòu)驗(yàn)證及畫(huà)圖4.1 完善CIF信息生成CIF文件4.2 結(jié)構(gòu)驗(yàn)證4.3 生成圖像第5章 總論5.1 空間群轉(zhuǎn)換5.2 如何用olex2畫(huà)疊合圖5.3 解析的合理性5.4

2、 絕對(duì)構(gòu)型的問(wèn)題5.5 解析實(shí)例第1章Olex2介紹1.1 Olex2簡(jiǎn)介Olex2是由英國(guó)杜倫大學(xué)化學(xué)系Dolomanov教授開(kāi)發(fā)的一款具有解析、精修、畫(huà)圖等多功能的可視化單晶解析軟件。軟件基于Python語(yǔ)言，現(xiàn)在已更新至1.2.7版本。Olex2具有美觀的圖形界面，可以用鼠標(biāo)操作，使用方便快捷。而Shelxtl大多數(shù)時(shí)候只有一個(gè)黑洞洞的屏幕，且需要使用鍵盤(pán)輸入命令，略繁瑣。Olex2具有方便的數(shù)據(jù)回滾功能，當(dāng)進(jìn)行多次嘗試時(shí)可以直接回滾，無(wú)需手動(dòng)保存。Olex2擴(kuò)展性強(qiáng)，可以方便調(diào)用多種解析和精修軟件，而且可以直接調(diào)用platon。Shelxtl只能使用自帶的XS和XL軟件。Olex2自帶

3、多種實(shí)用工具，如solvent mask和twinning等。 Shelxtl所帶的工具較少，僅有Xprep。Olex2是一個(gè)免費(fèi)且不斷更新的程序。本教程意在使大家熟悉Olex2視圖畫(huà)界面并使用該程序。1.2關(guān)于Olex2的安裝、引用和更新1.2.1安裝首先需要到網(wǎng)站（這個(gè)網(wǎng)站現(xiàn)在需要注冊(cè)）上下載Olex2的最新版本，推薦下載綠色版本，直接解壓縮就可以使用，且32位系統(tǒng)下載32位版本，64位版本下載64位版本。然后將壓縮包解壓，放置在一個(gè)沒(méi)有中文路徑名的文件夾里，如D:colex2-win64中。不推薦使用其自帶的解析和精修軟件，你需要將Shelxtl軟件包中的x

4、l.exe和xs.exe（如果使用Shelxtl2013需要復(fù)制shelxl.exe和shelxs.exe）復(fù)制到Olex2所在文件夾中，如下圖1-1所示。配置完后就可以使用了。圖1-1如果需要使用Platon，需要去Platon下載platon.zip和pwt.zip，將platon.zip中的platon.exe和check.def復(fù)制到Olex2文件夾中，再將pwt安裝后的salflibc.dll復(fù)制到Olex2文件夾中即可。如下圖1-2所示。圖 1-2其他軟件如Sir、jana、SuperFlip等均可被Olex2支持。如果它們已經(jīng)安裝在你的計(jì)算機(jī)上的話(huà)，那么直接打開(kāi)Olex2就可以使

5、用它們。如果只有一個(gè)文件的話(huà)，像shelxl.exe一樣直接復(fù)制到Olex2所在文件夾中就可以使用了。1.2.2如何引用Olex2O. V. Dolomanov, L. J. Bourhis, R. J. Gildea, J. A. K. Howard and H. Puschmann.OLEX2: a complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009,42, 339-3 Olex2的更新Olex2可以自動(dòng)通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)更新。點(diǎn)擊HelpUpdate options（

6、圖1-3），可以在彈出菜單中選擇自動(dòng)尋找更新頻率和關(guān)閉自動(dòng)更新功能。圖1-31.3 Olex2 圖形化界面Olex2 本身不是一個(gè)結(jié)構(gòu)解析和精修程序。Olex2圖形化界面分為以下四個(gè)部分:File MenuGraphics Window Main GUI PanelCommand Prompt圖示化主面板：該面板包含程序的主要特征，它分為四個(gè)級(jí)聯(lián)面板對(duì)應(yīng)相應(yīng)的選項(xiàng)卡。a. Home：包含主要的信息，設(shè)置，教程和新聞。b. Work：包含三個(gè)級(jí)聯(lián)面板 解析，精修和報(bào)告。c. View：包含結(jié)構(gòu)可視化，對(duì)稱(chēng)，幾何計(jì)算和其它圖形工具。d. Tools：包含創(chuàng)建圖形，約束和限制，顯示化學(xué)信息，加氫，無(wú)

7、序模型，顯示電子密度等命令e. Info：包含關(guān)于精修和衍射信息。圖形窗口：結(jié)構(gòu)模型顯示窗口，精修和其它的信心顯示在下面。按Ctrl-T可切換結(jié)構(gòu)和文本的出現(xiàn)。命令行：在圖形下面，可輸入命令行。文件菜單: Olex2的指令和特性在他旁邊有個(gè) 標(biāo)識(shí),如果你點(diǎn)擊它會(huì)顯示工具的使用技巧和有用的幫助信息。Olex2圖示化界面有一個(gè)顏色指示。綠色顯示的參數(shù)表示非常好。暗綠色或黃色表示接近好。紅色顯示的是可疑的應(yīng)該調(diào)查。1.4文件的建立在開(kāi)始解析和精修結(jié)構(gòu)之前，需要將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成Olex2/SHELX能識(shí)別的文件。如果你需要在Olex2圖形視窗里運(yùn)行XPREP程序，通過(guò)命令行很容易的調(diào)用。步驟如下：XPRE

8、P1) 如果XPREP要求你輸入晶胞參數(shù)(a b c , , )，簡(jiǎn)單鍵入晶胞參數(shù)數(shù)值。一般來(lái)說(shuō)，XPREP程序會(huì)自動(dòng)在.p4p文件中尋找這些數(shù)值，不需要鍵入。XPREP將讀入和分析.raw文件里的衍射數(shù)據(jù)。首先是晶格列表。表格抬頭為P A B C I F Obv Rev。P = primitive cell, A B C are side-centered cells, I = body-centered cell, F = face-centered cell, and Obv and Rev are for trigonal and hexagonal cells.查看每列下面的數(shù)字，它

9、給出了被錯(cuò)誤劃分的晶格條件的平均強(qiáng)度值(mean int/sigma)。如果對(duì)于任意一列，底行等于或小于3（或者比其他列的數(shù)值明顯的?。?，條件很可能是你晶體的條件（數(shù)值越小越好）查看XPREP程序在“Select option.”后寫(xiě)的什么。中括號(hào)里的字母代表參考的條件。輸入按接收程序的選擇。2)接下來(lái)返回XPREP主菜單，建議的選項(xiàng)是尋找高的對(duì)稱(chēng)性H。鍵入接收這個(gè)選擇。XPREP首先顯示出許多你能忽略的信息，然后顯示一個(gè)或多個(gè)更多的晶體選項(xiàng)。每個(gè)選擇在虛線之間。(其中可能得晶系是triclinic, monoclinic, orthorhombic, tetragonal, trigonal

10、, hexagonal, and cubic).如果XPREP程序推薦了晶系，推薦的晶系在中括號(hào)內(nèi)。按接收選擇。3)選擇好對(duì)稱(chēng)性后，返回主菜單，建議的選項(xiàng)是S意思是輸入空間群。XPREP建議晶系。選擇以前一樣的晶系。XPREP將瀏覽晶格條件作出選擇。選擇應(yīng)和以上一樣。Next, XPREP will give a table of possible space groups. If at least one space group appears in the table, skip to step 4.20. If no space groups appear in the table, g

11、o to step 4.18.然后，XPREP會(huì)給出一個(gè)可能得空間群。在可能得空間群表格中，每行最后一個(gè)數(shù)字是CFOM，代表每個(gè)空間群的品質(zhì)因數(shù)。值越小，越好。如果小于或等于2，空間群選擇是好的。如果大于等于12，可能用改空間群解析有問(wèn)題。4)在系統(tǒng)消光表上是個(gè)數(shù)字，標(biāo)著Mean |E*E-1|，它是從.raw文件數(shù)據(jù)里計(jì)算得來(lái)的?；卮鹨幌聠?wèn)題：is the value of Mean |E*E-1| closer to the value calculated for centrosymmetric space groups or for non-centrosymmetric space

12、groups?如果值貼近期盼的中心對(duì)心空間群，那么空間群可能是中心對(duì)心空間群。反之，貼近非中心對(duì)稱(chēng)，就是非中心對(duì)稱(chēng)。如果不是上述情況，很可能是中心對(duì)稱(chēng)空間群。確定空間群后出現(xiàn)衍射數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)，典型的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)見(jiàn)下文字所示，隨著分辨率（Resolution）的提高可以發(fā)現(xiàn)衍射強(qiáng)度（Mean I）減低、信噪比（Mean I/s）減低、Rint 和Rsigma 提高。由于高角度衍射點(diǎn)對(duì)于確定輕原子信息十分重要，最好把高角度衍射點(diǎn)的數(shù)據(jù)收集好，建議Rint 和Rsigma 均在0.45以下，越小越好?？傮w來(lái)看，Rint 和Rsigma均較小的數(shù)據(jù)（小于0.1）、完整度（%Complete）較高、富裕度（Re

13、dundancy）較高、平均信噪比（Mean I/s）較大的數(shù)據(jù)算是好數(shù)據(jù)，應(yīng)該可以解析出來(lái)。其中最重要的是Rint 和Rsigma值，二者數(shù)據(jù)大于0.1時(shí)往往不容易解析。第2章 晶體解析和精修2.1 前言2.2 打開(kāi)結(jié)構(gòu)選擇菜單欄中FileOpen，彈出左圖對(duì)話(huà)框。選擇例子Sucrose，相應(yīng)文件位于c:olex2sample_sucrose中，選擇sucrose.ins。點(diǎn)擊打開(kāi)按鈕，打開(kāi)相應(yīng)文件。2.3 解粗結(jié)構(gòu)選擇Work選項(xiàng)卡。點(diǎn)擊Solve 選項(xiàng)卡旁的小三角，彈出Solve工具。解析程序里選擇Shelxs。點(diǎn)擊Solve選項(xiàng)卡解出粗結(jié)構(gòu)。出現(xiàn)多個(gè)褐色圓球，這些均為Q峰。結(jié)果如圖?？?/p>

14、以按住鼠標(biāo)左鍵后任意旋轉(zhuǎn)查看。2.4原子指認(rèn) 將鼠標(biāo)移至Q峰上，下滾滾輪刪除較輕的Q峰。（較輕峰Q峰顏色淺，較重峰顏色深）點(diǎn)擊QtoC，較重峰全變成碳。點(diǎn)擊Refine選項(xiàng)卡旁的小三角，彈出Refine工具。精修程序里選擇ShelXL。點(diǎn)擊Refine按鈕精修。從1開(kāi)始重復(fù)直到?jīng)]有1以上的峰重。至此所有原子被找到。結(jié)果如圖。技巧：點(diǎn)擊Info選項(xiàng)卡。點(diǎn)擊Electron Density Peaks工具。從工具中可以看出Q峰有一個(gè)明顯的“臺(tái)階”,臺(tái)階以上均是原子，臺(tái)階以下均不是原子。在圖形窗口中也可以明顯看出。確定原子類(lèi)型 圓圈中溫度因子較小且周?chē)蠶峰的為相對(duì)碳較重的原子，在本例中為氧。 點(diǎn)擊

15、選中步驟1中相應(yīng)原子并點(diǎn)擊O按鈕將其判斷為氧。 點(diǎn)擊Refine按鈕精修。從1開(kāi)始重復(fù)直到所有原子溫度因子相近。至此所有原子類(lèi)型被確定。精修至收斂，即shift為0.000。技巧：熱橢球較大的是較碳輕的原子或者不存在的原子。熱橢球較小的是較重的原子。鍵長(zhǎng)1.5是碳碳單鍵。1.4是碳氧單鍵。1.2是碳氧雙鍵。數(shù)據(jù)好時(shí)旁邊的Q峰往往是氫的位置，可通過(guò)氫的個(gè)數(shù)判斷該原子是否為氮或者氧。當(dāng)原子類(lèi)型指認(rèn)正確時(shí)，精修后R1值一般會(huì)下降。2.5 各向異性 把1處鉤去掉。 點(diǎn)擊2處橢球按鈕，將原子全部變?yōu)楦飨虍愋浴?點(diǎn)擊Refine按鈕精修至收斂。2.6加氫 點(diǎn)擊Add H可以給所有需要加氫的原子加氫。 單擊

16、可選中加氫不正確的氫，然后按Del可以刪除。 點(diǎn)擊Refine按鈕精修至收斂。 重復(fù)步驟1直到所有氫被加上。2.7精修權(quán)重 在權(quán)重處打鉤表明開(kāi)始精修權(quán)重。 單擊Refine按鈕進(jìn)行精修。 精修直到權(quán)重值變綠且收斂。2.8結(jié)構(gòu)整理原子重命名排序 使用Naming對(duì)原子改名。 其中Start表示開(kāi)始編號(hào)，Suffix表示后綴，Type表示原子類(lèi)型。點(diǎn)擊Name按鈕出現(xiàn)Mode模式的提示，點(diǎn)擊原子進(jìn)行命名，命名完成后原子進(jìn)行命名，命名完成后Esc退出Mode模式。 單擊Refine按鈕進(jìn)行精修。更新原子名稱(chēng)。 用Sorting對(duì)原子改名。分別可選擇原子質(zhì)量、編號(hào)、標(biāo)簽等作為排序依據(jù)。 點(diǎn)擊Sort按

17、鈕進(jìn)行排序。點(diǎn)擊后ins文件自動(dòng)更新。2.9 歷史記錄 workHistory ins or res2.10 其他問(wèn)題除了Shelxs以外，可以使用Shelxt進(jìn)行結(jié)構(gòu)解析，XT可以自動(dòng)指認(rèn)原子類(lèi)型，十分方便。解析快捷鍵Ctrl+S，精修的快捷鍵為Ctrl+R。下方命令可以輸入Fata命令檢查原子類(lèi)型是否有錯(cuò)，結(jié)果僅供參考。第3章 無(wú)序處理3.1 無(wú)序處理方法無(wú)序指分子結(jié)構(gòu)或者結(jié)構(gòu)的一部分不符合空間群的對(duì)稱(chēng)性或者晶體結(jié)構(gòu)的周期性。當(dāng)少數(shù)原子溫度因子較高時(shí)有可能是有無(wú)序結(jié)構(gòu)存在，需要進(jìn)行無(wú)序處理，olex2對(duì)于無(wú)序處理，操作最人性化，簡(jiǎn)便易學(xué)?，F(xiàn)以一個(gè)簡(jiǎn)單的例子講解一下。圖3-1如圖3-1所示，

18、該分子已經(jīng)基本解析完成了，但是發(fā)現(xiàn)苯環(huán)上中間的四個(gè)原子的溫度因子明顯高，而且三氟甲基上的氟溫度因子也很高。這提示我們這些原子可能因?yàn)閱捂I的旋轉(zhuǎn)造成無(wú)序，需要進(jìn)行無(wú)序處理。這個(gè)時(shí)候先刪除四個(gè)碳原子上的氫，然后選擇四個(gè)碳原子，再選擇Tool Box里Spilt 命令，如圖圖3-2所示。這時(shí)候選中原子高亮顯示，如圖3-3 所示。鼠標(biāo)點(diǎn)擊并拖動(dòng)原子移動(dòng)到Q 峰上，松開(kāi)鼠標(biāo)，按ESC返回。這時(shí)olex2已經(jīng)幫我們填好了相應(yīng)的Part 指令。如果Part后位置需要調(diào)整，則選中需要調(diào)整的原子，選擇Fit 選項(xiàng)，按住SHIFT拖動(dòng)原子到相應(yīng)位置后放開(kāi)SHIFT，按ESC鍵返回即可。圖3-2圖3-3繼續(xù)進(jìn)行精修

19、，收斂后各項(xiàng)異性，加氫（有的時(shí)候加氫錯(cuò)誤，需要?jiǎng)h除氫重新使用HFIX 加氫），精修結(jié)束后結(jié)果如圖3-4 所示。發(fā)現(xiàn)各個(gè)原子的溫度因子明顯降低，且結(jié)構(gòu)合理，R1值減低。證明無(wú)序處理沒(méi)有錯(cuò)誤。如果有錯(cuò)可以在history中直接回滾，olex2已經(jīng)自動(dòng)保存相應(yīng)ins 省去了手動(dòng)保存的麻煩。圖3-4下面再來(lái)看三氟甲基的處理。在圖3-5 上可以明顯看出Q 峰，這時(shí)候我們采用輸入命令的方法進(jìn)行無(wú)序處理（當(dāng)然你也可以像上步中處理苯環(huán)一樣使用Split命令）。首先將三個(gè)氟各向同性處理，然后點(diǎn)擊選擇三個(gè)Q峰和三個(gè)氟原子，如圖3-6所示。然后選擇最上面編輯原子的按鈕。出現(xiàn)如下指令。圖3-5圖3-6FVAR 0.9

20、2695 0.59F6 F -0.74473 -1.13670 -0.96689 11.00000 0.16706F14 F -1.13382 -1.13947 -0.91044 11.00000 0.18128F22 F -0.84782 -1.24509 -0.84253 11.00000 0.16695Q1 Q -1.08100 -1.19800 -0.86130 11.00000 0.05000 1.290Q2 Q -0.69550 -1.23800 -0.86550 11.00000 0.05000 1.150Q3 Q -0.89780 -1.09990 -0.97760 11.00

21、000 0.05000 1.090將這些指令改為如下所示。本例中由于三氟甲基和苯環(huán)無(wú)序不是相互獨(dú)立的，所以采用同一個(gè)變量，如果幾個(gè)無(wú)序之間是相互獨(dú)立的，需要在FVAR中加上一個(gè)新的獨(dú)立變量。繼續(xù)精修，然后各向異性精修到收斂即可得到最終結(jié)構(gòu)。FVAR 0.92695 0.59part 1F6 F -0.74473 -1.13670 -0.96689 21.00000 0.16706F14 F -1.13382 -1.13947 -0.91044 21.00000 0.18128F22 F -0.84782 -1.24509 -0.84253 21.00000 0.16695part 0part

22、2F1 F -1.08100 -1.19800 -0.86130 -21.00000 0.05000F2 F -0.69550 -1.23800 -0.86550 -21.00000 0.05000F3 F -0.89780 -1.09990 -0.97760 -21.00000 0.05000part 0有的時(shí)候part處理后的原子會(huì)跑遍，這個(gè)時(shí)候需要加入相關(guān)的限制，如dfix、sadi等?？梢栽赥ools-Shelx Compatible Restraints中尋找。具體命令使用方法如下。如果命令中有兩個(gè)原子，先需要用鼠標(biāo)點(diǎn)擊選擇相應(yīng)原子，使原子變綠，然后Shelx Compatible

23、Restraints選擇相應(yīng)命令，然后輸入?yún)?shù)，點(diǎn)擊后面Go 按鈕就可以加入相應(yīng)命令。如果是A1-A2距離等于A3-A4距離，那么需要按順序點(diǎn)擊A1、A2、A3、A4，然后選擇SADI限制，點(diǎn)擊Go 生成相應(yīng)限制。如果是A1-A2等于A2-A3距離，那么需要按順序點(diǎn)擊A1、A2、A3原子，然后選擇SADI限制，點(diǎn)擊Go 生成相應(yīng)限制。當(dāng)然也可以點(diǎn)擊最上方，直接輸入命令。3.2 無(wú)序類(lèi)型及實(shí)例常見(jiàn)的無(wú)序按照產(chǎn)生方式一般可分為幾種類(lèi)型：構(gòu)象無(wú)序：由于單鍵（碳碳單鍵、碳氧單鍵、單一配位鍵、單一氫鍵等）轉(zhuǎn)動(dòng)產(chǎn)生無(wú)序。溶劑/小分子無(wú)序：由于所使用的溶劑或者成鹽等小分子處在一個(gè)較大孔洞，導(dǎo)致位置無(wú)序從而引

24、起整個(gè)溶劑或者成鹽等小分子溫度因子的現(xiàn)象。構(gòu)型無(wú)序：由于分子構(gòu)型（單雙鍵、差向異構(gòu)體等）不同產(chǎn)生的無(wú)序。占有率無(wú)序：由于某一位置（配位金屬原子，苯環(huán)上未完全鹵代）原子種類(lèi)和占有率不同產(chǎn)生的無(wú)序。配位原子無(wú)序：由于同一配體配位原子不同（如腈基上C或N原子配位）產(chǎn)生的無(wú)序。對(duì)稱(chēng)無(wú)序：分子結(jié)構(gòu)中部分處在對(duì)稱(chēng)位置上產(chǎn)生的無(wú)序。3.2.1 構(gòu)象無(wú)序（1）最左邊結(jié)構(gòu)是初步解析完的結(jié)果，發(fā)現(xiàn)一個(gè)碳的溫度因子極高，熱橢球不正常。遂將該原子各向同性精修。（2）中間結(jié)構(gòu)顯示同性精修結(jié)果，在該碳上方顯示Q峰應(yīng)為此碳的第二個(gè)位置，將此碳使用Work-ToolBox Work-Split功能將此碳分裂到Q峰位置。（3）

25、分裂后精修到收斂，再各向異性，加氫即可。該分子的無(wú)序產(chǎn)生原因是碳氧和碳碳鍵轉(zhuǎn)動(dòng)，從而導(dǎo)致中間的碳處于環(huán)上和環(huán)下，從而導(dǎo)致無(wú)序。精修的關(guān)鍵在于找到碳原子的第二個(gè)位置，并把碳原子分裂到相應(yīng)位置上即可。如圖所示，某結(jié)構(gòu)中N原子上三個(gè)亞甲基溫度因子高，發(fā)現(xiàn)其周?chē)嬖谌齻€(gè)Q峰，應(yīng)為亞甲基的第二位置，使用Split將三個(gè)亞甲基同時(shí)分裂到第二位置上。操作步驟如下：（1）選擇三個(gè)亞甲基。（2）點(diǎn)擊split命令。（3）拖動(dòng)三個(gè)亞甲基任意一個(gè)原子將其移動(dòng)Q峰上。剩下的亞甲基也會(huì)被分裂。（4）按Esc退出split模式然后精修即可。分裂結(jié)果如第2張圖所示。加氫后發(fā)現(xiàn)無(wú)序產(chǎn)生的原因在于配位鍵的轉(zhuǎn)動(dòng)導(dǎo)致三個(gè)亞甲基的轉(zhuǎn)

26、動(dòng)，從而使亞甲基處在第3張圖或第4張圖的位置上。3.2.2配體無(wú)序某配合中使用上述配體，精修完成后發(fā)現(xiàn)C1周?chē)嬖谳^重的Q峰，且與C1距離恰好為CF鍵長(zhǎng)距離。推斷應(yīng)為三氟甲基有部分在C1上。精修過(guò)程如下：（1）刪除C1上的氫。（2）將C2上的三個(gè)F原子的占有率指定為21, 且三個(gè)F均指定為Part 1.（3）將C1附近三個(gè)Q峰指定為F原子，占有率定為-21，指定為Part 2。（4）精修收斂后加氫。（5）將C1上新加上的氫占有率均改為21，且均指定為Part 1.（6）將C2上新加上的氫占有率均改為-21，且均指定為Part 2.（7）精修到收斂即可。（2）（5）命令表示一部分配體中甲基在左邊

27、，三氟甲基在右邊。（3）（6）命令表示另外一部分配體三氟甲基在左邊，甲基在右邊。該無(wú)序產(chǎn)生原因在于配體在配位時(shí)無(wú)選擇，三氟甲基位置任意從而造成無(wú)序。3.2.3末端無(wú)序某化合物末端Q峰較多，原子溫度因子高。如圖所示。無(wú)法找到原子所在第二位置，只嘗試限制1,2鍵長(zhǎng)為1.5，1,3鍵長(zhǎng)為2.5，精修至收斂。結(jié)果如下圖所示。還有某原子熱橢球不正常，使用delu 0.001 0.001進(jìn)行限制。結(jié)構(gòu)如下圖所示。此時(shí)結(jié)構(gòu)正常，且沒(méi)有錯(cuò)誤了。3.2.4 構(gòu)型無(wú)序（1）在home頁(yè)面中打開(kāi)THPP的例子。在solve頁(yè)面中輸入所含元素為C N F，直接使用ShelXT可以直接解出粗結(jié)構(gòu)并指認(rèn)原子。結(jié)構(gòu)如下。（

28、2）進(jìn)行各向異性精修，發(fā)現(xiàn)黑框標(biāo)記的碳原子溫度較小，如下圖所示。使用olex2自帶的“fata”命令進(jìn)行檢查發(fā)現(xiàn)該碳原子應(yīng)為氮原子。（3）繼續(xù)精修發(fā)現(xiàn)，存在一個(gè)峰重為1.1的Q峰，位置如圖所示。（4）該峰與周?chē)泳嚯x可形成化學(xué)鍵，推測(cè)為碳原子的第二位置。使用split命令將之分裂到Q峰位置上進(jìn)行精修。精修至收斂發(fā)現(xiàn)該碳原子非正定，如圖所示。（5）最后加氫精修至收斂發(fā)現(xiàn)該碳溫度因子又正常了。之前非正定的原因是碳其他方向上U值也會(huì)受到氫的影響，加氫后結(jié)構(gòu)正確，溫度因子值也會(huì)變正確（6）從最終精修結(jié)果來(lái)看，該化合物無(wú)序的原因是晶體中存在著紅框所示的單鍵和雙鍵混合物。第4章 結(jié)構(gòu)驗(yàn)證及畫(huà)圖4.1完善

29、CIF信息生成CiF文件 點(diǎn)擊Report選項(xiàng)卡的小三角。開(kāi)始添加必要信息。 Crytal處要填寫(xiě)晶體的。Colour和Size，Shape。Diffraction處要填寫(xiě)Diffractometer（一般是CCD Area Detector）和Diffraction T、Cell Measurement T。Absorption Correcttion里均要填寫(xiě)。Absolute structure determination一般都是ad。 還可以選擇是否加入hkl和res文件。 在Refine里Acta處打鉤。點(diǎn)擊Refine按鈕進(jìn)行精修生成Cif。4.2結(jié)構(gòu)驗(yàn)證 生成cif后可以直接點(diǎn)擊

30、Report中的Checkcif Report按鈕進(jìn)行在線的驗(yàn)證。也可以去checkcif網(wǎng)站驗(yàn)證。 也可點(diǎn)擊Pton按鈕條用platon，使用其中的Validation選項(xiàng)進(jìn)行離線的驗(yàn)證。4.3畫(huà)圖 點(diǎn)擊Draw選項(xiàng)卡的小三角進(jìn)行畫(huà)圖設(shè)置。 Label選項(xiàng)處選擇non-H可將所有非氫原子加上編號(hào)。 Type中選擇JPG類(lèi)型。Resolution處選擇合適的解析度，Trim處的鉤去掉。 點(diǎn)擊Go!即可保存相應(yīng)圖。圖在hkl文件的目錄下。點(diǎn)擊Report按鈕可以生成結(jié)構(gòu)信息報(bào)告。Olex2會(huì)自動(dòng)向cif文件中的_refine_special_details部分填入精修的信息，十分方便。Draw_

31、postscript里可以保存矢量圖。第5章 總論5.1 空間群轉(zhuǎn)換Xprep進(jìn)行空間群轉(zhuǎn)換現(xiàn)提供利用Xprep進(jìn)行矩陣轉(zhuǎn)換從而達(dá)到P21/n到P21/c的方法。（1）打開(kāi)一個(gè)ins或者res文件（2）olex2最下方鍵入xprep命令。打開(kāi)xprep程序（3）選P格子（4）H Search for higher metric symmetry 時(shí)選擇MONOCLINIC（5）確定完格子后選U UNIT-CELL transformation（6）再選O Input matrix to transform ORIGINAL cell（7）輸入轉(zhuǎn)換矩陣 1 0 0 0 -1 0 -1 0 -1（

32、8）再用S確定空間群即可。剩下的過(guò)程同平常使用xprep相同（9）最后用新生成的ins和hkl進(jìn)行精修即可。ps：如果需要其他轉(zhuǎn)換如ab互換、ac互換等只需要在（7）中輸入相應(yīng)矩陣即可。5.2如何用olex2畫(huà)疊合圖Mercury里有疊合工具還能算相似度，但是需要序列號(hào)。olex2直接可以使用疊合工具，還免費(fèi)在olex2里疊合結(jié)構(gòu)步驟如下：如果一個(gè)不對(duì)稱(chēng)單元里有兩個(gè)欲疊合的分子：（1）Tools-Overlays-Match All Fragments可以進(jìn)行自動(dòng)疊合。（2）方法1：如果對(duì)自動(dòng)結(jié)果不滿(mǎn)意，Tools-Overlays-Mode Match 進(jìn)入Mode狀態(tài)進(jìn)行手動(dòng)疊合。進(jìn)入Mo

33、de狀態(tài)后選擇第一個(gè)分子第1個(gè)原子，再選擇第二個(gè)分子第1個(gè)原子，依次選擇兩個(gè)分子各3個(gè)原子即可將兩個(gè)分子進(jìn)行疊合。方法2：選擇需要疊合的第一個(gè)分子里的3個(gè)原子，再按相同（?。╉樞蜻x擇第二個(gè)分子里的3個(gè)原子，Tools-Overlays-Match Selected Atoms 即可。（3）如果需要疊合多個(gè)分子可以先使用OTools-Overlays-verlay Structure 打開(kāi)新的結(jié)構(gòu)，再按照（1）（2）中的步驟進(jìn)行疊合。（4）如果要取消疊合選擇Tools-Overlays-Unmatch 即可。關(guān)閉打開(kāi)的結(jié)構(gòu)可以用Tools-Overlays-Remove Overlay.5.3解

34、析的合理性a) 化學(xué)上合理（鍵長(zhǎng)、鍵角、價(jià)態(tài)）;b) R1 0.08（0.06），wR2 0.18（0.16），goof=S=1+-0.2(1.00); c) R(int)0.1,R(singma)0.1; d) Maximum=0.000, U 0.1。e)殘余Q峰強(qiáng)度必須小于1.定出基本正確的結(jié)構(gòu)模型后，在前幾輪精修（各向同性）中，可以通過(guò)檢查R1和U值，來(lái)檢查原子確定的是否正確，并逐步指認(rèn)出非氫原子。R1應(yīng)小于0.4（wR2為0.50.7），越小越好，U應(yīng)在0.1以下。如果在精修過(guò)程中，U值急劇增大，說(shuō)明該原子并非存在。如果U偏大，該位置可能是一個(gè)更輕的原子；如果U偏小，則可能是一個(gè)更重的原子；還要注意殘余峰的大小，如果其大于1就應(yīng)考慮是不是還有未發(fā)現(xiàn)的非氫原子。一些正常鍵長(zhǎng)數(shù)據(jù)C-C = 1.53，1.51，1.47C-N = 1.47-1.50C-O（H）= 1.41-1.44，1.30（羧酸根的）C=O = 1.19-1.23，1.21-1.23（羧酸根的）C-Cl = 1.72-1.85C-NO2 = 1.21-1.22C-S = 1.825.4 絕對(duì)構(gòu)型的問(wèn)題因?yàn)槭中苑肿颖旧淼闹匾裕瑢?dǎo)致經(jīng)常出現(xiàn)嘗試從手性結(jié)構(gòu)（即具有手性的晶體結(jié)構(gòu)）來(lái)判斷