基因啟動(dòng)子序列的查找

1、基因啟動(dòng)子序列的查找,一、基因序列查找,NCBI選擇“Gene”輸入基因的名字（eg.p53）-Search,基因序列查找,選擇特定物種的p53基因eg.TP53(human),基因序列查找,獲得TP53基因的詳細(xì)信息：基因名稱、全稱、別名、類型等。 下拉獲得更多詳細(xì)信息,基因序列查找,基因組結(jié)構(gòu)：不同版本中，此基因在染色體中的位置、轉(zhuǎn)錄方向等。,基因序列查找,基因組區(qū)域，轉(zhuǎn)錄，產(chǎn)出：p53基因在不同轉(zhuǎn)錄本中的信息點(diǎn)擊GenBank,GenBank : 獲得基因詳細(xì)信息：位置、定義、登錄號、版本、特征、堿基序列等。,基因序列查找,FASTA : 獲得基因的全部序列（包括非轉(zhuǎn)錄區(qū)序列）。,啟動(dòng)子

2、序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例） 查找P53的基因序列；,啟動(dòng)子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例） 選擇特定物種的P53基因，例如human.,啟動(dòng)子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例） 獲得human p53基因的詳細(xì)信息,啟動(dòng)子序列的查找,2、確定此基因在染色體上的位置和轉(zhuǎn)錄方向（正向/反向）； 在染色體上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11 轉(zhuǎn)錄方向：從右向左，反向轉(zhuǎn)錄，說明啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)位于此段基因的右側(cè)。,啟動(dòng)子序列的查找,3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度； 獲得FAST

3、A格式的序列信息，右側(cè)為此段基因的長度：7668402-7687550bp. 啟動(dòng)子區(qū)位于基因5端2000bp，即7687550-7689550bp,啟動(dòng)子序列的查找,3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度； 查找第一外顯子的位置：在p53基因的詳細(xì)信息頁面中查找mRNA的詳細(xì)信息，確定其在基因序列中的位置。,啟動(dòng)子序列的查找,3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度； 進(jìn)入P53基因mRNA的詳細(xì)信息界面,啟動(dòng)子序列的查找,3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度； 進(jìn)入P53基因mRNA的詳細(xì)信息界面，找到exon（第一外顯子）的位置：1-174bp,啟動(dòng)子序列的查找,3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度； 進(jìn)入P53基因FASTA信息的界面，確定第一外顯子的長度： 第一外顯子位于基因5端1-174bp的位置，由于基因?yàn)閺挠蚁蜃蠓聪蜣D(zhuǎn)錄，第一外顯子位于啟動(dòng)子（ 7687550-7689550bp ）的左側(cè)174bp：7687376-7687550bp； 第一外顯子+啟動(dòng)子： 7687376-7689550bp,啟動(dòng)子序列的查找,4、下載啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的序列； 數(shù)據(jù)保存為FASTA格式,啟動(dòng)子序列的查找,4、下載啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的序列； 數(shù)據(jù)保存為FASTA格式，用word打開。,啟動(dòng)子序列的查找,4、下載