bioxm使用說明.ppt

1、生物信息學(xué) Bioinformatics, 選擇“Undertaken Courses” 點(diǎn)擊“Bioinformatics（spring）” 下載“參考ppt”,密碼: bioinformation,進(jìn)入以上公用郵箱下載幻燈片“ppt10-上機(jī)2” 到電腦桌面,第四章 DNA與蛋白質(zhì)序列分析,第一節(jié) 序列比對 第二節(jié) Blast應(yīng)用 第三節(jié) 序列功能分析,Question1: 1. 我剛剛分離一個(gè)水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，編碼什么產(chǎn)物以及是否已經(jīng)被別人克隆，應(yīng)該采用什么工具和數(shù)據(jù)庫？,Blastn B.Blastp C.tblastn, D.tblast

2、x, E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt,Question 2:,什么是HMM？ 如何進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測？ Promoter的位置在哪里? 什么是TSS, 為什么要預(yù)測TSS?預(yù)測TSS有哪些方法?,第2節(jié) Blast的應(yīng)用,主要的blast程序,/Blast.cgi,具體步驟,1.登陸blast主頁 /BLAST/ 2.根據(jù)數(shù)據(jù)類型，選擇合適的程序 3.填寫表單信息 4.提交任務(wù) 5.查看和分析結(jié)果,序列組成/分子量/等電點(diǎn)-初級分析 酶切位點(diǎn)分析(載體構(gòu)建

3、) 基因結(jié)構(gòu)分析/啟動子序列分析,第3節(jié) 序列功能分析的內(nèi)容,Part 1. 初級序列分析 序列的組成/分子量/等電點(diǎn)分析, 點(diǎn)擊“BioXM version 2.6 ” 點(diǎn)擊“運(yùn)行”進(jìn)行安裝,序列組成分析,序列組成分析,序列組成分析,A/G/C/T的組成，尤其是G+C含量的預(yù)測（進(jìn)化？探針設(shè)計(jì)？）,蛋白分子量和等電點(diǎn),蛋白分子量和等電點(diǎn),蛋白分子量和等電點(diǎn),蛋白質(zhì)分子量/等電點(diǎn)預(yù)測 online Compute pI/MW,/tools/pi_tool.html,Part2. 酶切位點(diǎn)分析,只要進(jìn)行基因工程利用必須用到各種限制性內(nèi)切酶 如 GGATCC

4、BamHI,Part 3. 基因結(jié)構(gòu)分析/啟動子序列分析,1）基因結(jié)構(gòu)分析:,Genomic DNA,cDNA,用softberry預(yù)測基因結(jié)構(gòu) http:/www.bio-,一個(gè)例子: 用softberry預(yù)測基因結(jié)構(gòu),2)啟動子序列分析: 什么是啟動子? 啟動子序列，一般在TSS之前2000bp， 了解哪個(gè)位點(diǎn)是TSS，哪個(gè)是起始ATG?,TSS,ATG,TATA,promoter,2)啟動子序列分析: 所以，我們必須得到TSS的位置. 如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS? 首先截取包括ATG之前3000bp和基因的序列采用以下兩種方法 1)軟件預(yù)測,如Softberry; 2)搜索EST數(shù)

5、據(jù)庫;,分析的目的: 2)首先找到ATG前面約3000: 如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS? 以AF486280為例. 首先要找到包含AF486280的基因組序列.,2)首先截取ATG之前3000bp序列 以AF486280為例. 首先要找到包含AF486280的基因組序列.,方法一: 用softberry預(yù)測.,方法二: 用Fruitfly網(wǎng)站的promoter預(yù)測程序預(yù)測.,練習(xí):,(1) 查找序列:AY900120 (2) 請用兩種方法分析該基因可能的TSS? 給出從TSS開始10bp的序列.(提示：首先搜索基因組數(shù)據(jù)庫，獲得包括該基因第一個(gè)外顯子之前3000bp和該基因的基因組序列；然

6、后進(jìn)行預(yù)測：方法1：搜索dbEST數(shù)據(jù)庫；方法2：用softberry的FGENESH進(jìn)行預(yù)測TSS；) (3) 根據(jù)（2）的結(jié)果請列出該基因的啟動子序列; (4) 根據(jù)（2）的結(jié)果請畫出該基因的基因結(jié)構(gòu)圖（包括外顯子和內(nèi)含子的排列和長度）; (5) 請預(yù)測AF486280基因編碼產(chǎn)物的分子量和等電點(diǎn)(可以采用BioXM軟件); (6) 請對AF486280基因序列進(jìn)行限制性酶切位點(diǎn)分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位點(diǎn)?(可以采用BioXM軟件) (7) 請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物的亞細(xì)胞定位情況; (8) 請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物的功能域(domain); (9) 請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物序列中有哪些重要的motif?,練習(xí):,(5) 請預(yù)測AY900120基因編碼產(chǎn)物的分子量和等電點(diǎn)(可以采用BioXM軟件); (6) 請對