（法醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)論文）5個(gè)xstr基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多態(tài)性.pdf

中山大學(xué)碩士學(xué)位論文：5 個(gè)x - s t r 基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多態(tài)性 5 個(gè)x - s t r 基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多態(tài)性 碩士生劉秋玲 導(dǎo)師陸惠玲教授 中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院法醫(yī)物證教研室 廣州( 5 1 0 0 8 9 ) 摘要 隨著法醫(yī)學(xué)的發(fā)展和日常檢案的復(fù)雜化，在親權(quán)鑒定中遇到的某些特殊案 例，僅靠常染色體s t r 、y - s t r 及線(xiàn)粒體d n a 往往難以解決。x 染色體屬性 染色體，男性個(gè)體的x 染色體短串聯(lián)重復(fù)系列( x c h m l m ls h o r tt a n d e m r e p e a t ，x - s t r ) 呈單倍型形式存在，只能從其母親中得到，且只能遺傳給女兒， 故孫女x - s t r 基因座的1 個(gè)等位基因與其祖母相同。由于其遺傳的特性， x s t r 在某些親權(quán)鑒定( 如缺少雙親的姐妹認(rèn)親、同父異母的半姐妹認(rèn)親、隔 代認(rèn)親等) 中潛在一些其他染色體無(wú)法比擬的優(yōu)點(diǎn)。為了發(fā)掘更多x - s t r 基因 座以解決法醫(yī)實(shí)踐中的特殊檢案，本研究建立了二色熒光5 個(gè)x - s t r 基因座復(fù) 合擴(kuò)增體系，調(diào)查中國(guó)漢族8 2 7 個(gè)無(wú)關(guān)個(gè)體、2 5 2 例多個(gè)孩子的家系，研究該 體系的多態(tài)性和突變、重組情況，為建立x s t r 基因座群體遺傳學(xué)資料和建立 x s t r 數(shù)據(jù)庫(kù)奠定基礎(chǔ)。 1 熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立 根據(jù)擴(kuò)增片段的大小，將d x s 6 8 0 3 、d x s 9 8 1 和d x s 6 8 0 93 個(gè)基因座用 f a m 標(biāo)記( 藍(lán)色) ；d x s 6 7 8 9 和d x s 7 1 3 22 個(gè)基因座用h e x 標(biāo)記( 綠色) 建 立復(fù)合擴(kuò)增體系。用a b ip r i s m3 1 0 0 遺傳分析儀電泳和g e n e m a p p e r3 1 軟件進(jìn) 行結(jié)果分析。g c n e s c a n - 5 0 0l i z r a 內(nèi)標(biāo)分析片段大小，用k 5 6 2 、9 9 4 8 和9 9 4 7 a 標(biāo)準(zhǔn)d n a 來(lái)校正等位基因梯階( l a d d e r ) 。每個(gè)基因座隨機(jī)抽取1 2 個(gè)等位基 因測(cè)序進(jìn)一步驗(yàn)證等位基因l a d d e r 。用自制等位基因l a d d e r 進(jìn)行等位基因分型。 中文摘要 本體系應(yīng)用熒光復(fù)合擴(kuò)增5 個(gè)x s t r 基因座，結(jié)果清晰，方法簡(jiǎn)單、快速， 靈敏度高、重現(xiàn)性好。在2 5 i i l 擴(kuò)增體系中模板d n a 最低檢出限為0 2 5 n g ，當(dāng) 模板量在1 0 2 0 n g 時(shí)，將得到最佳結(jié)果。 2 5 個(gè)x - s t r 基因座的多態(tài)性 用本研究所建立的復(fù)合擴(kuò)增體系調(diào)查8 2 7 名中國(guó)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體。5 個(gè)x - s t r 基因座均得到清晰結(jié)果。d x s 6 8 0 3 基因座共檢出1 3 個(gè)等位基因，包括不完全 重復(fù)等位基因，片段大小9 7 1 2 8 b p ，其中頻率最高為等位基因1 1 3 。d x s 9 8 1 有1 3 個(gè)等位基因，包括不完全重復(fù)等位基因，片段大小為1 7 8 , - , 2 0 2 b p ，頻率最 高的等位基因?yàn)? 4 。d x s 6 8 0 9 有1 2 個(gè)等位基因，片段大小為2 3 9 2 7 9 b p ，等 位基因3 3 頻率最高。d x s 6 7 8 9 有1 2 個(gè)等位基因，片段大小為1 5 0 - - 1 9 4 b p ，等 位基因1 6 頻率最高。d x s 7 1 3 2 檢出8 個(gè)等位基因1 1 1 8 ，片段大小為2 7 6 - , 3 0 4 b p ， 等位基因1 4 頻率最高。d x s 6 8 0 3 、d x s 9 8 1 、d x s 6 8 0 9 、d x s 6 7 8 9 和d x s 7 1 3 2 多態(tài)信息含量( p i c ) 分別為o 7 1 6 3 、0 8 1 2 3 、o 7 9 9 2 、0 7 4 7 3 、0 7 0 0 4 ；男性個(gè) 體識(shí)別率( p d m ) 分別為0 7 2 7 0 、o 8 4 0 5 、0 8 2 4 8 、0 7 9 0 1 、0 7 6 4 4 ：女性個(gè)體 識(shí)別率( p d r ) 分別為0 9 1 2 5 、0 9 5 5 4 、0 9 4 6 0 、0 9 1 3 4 、0 9 0 0 9 ；三聯(lián)體非父 排除率( p e r ) 分別為0 7 1 5 3 、o 8 2 1 8 、o 8 0 1 8 、o 7 4 7 1 、o 7 2 1 0 ，二聯(lián)體非父排 除率( p e d ) 分別為0 5 7 9 5 、0 7 1 2 5 、0 6 8 5 0 、0 6 1 6 7 、0 5 8 5 4 。這5 個(gè)基因座 具有高多態(tài)性和高個(gè)體識(shí)別率，其中d x s 9 8 1 基因座多態(tài)性最高。 d x s 6 8 0 3 、d x s 9 8 1 、d x s 6 8 0 9 、d x s 6 7 8 9 和d x s 7 1 3 25 個(gè)基因座等位 基因分布在男女間無(wú)明顯差異。在中國(guó)漢族5 0 0 例無(wú)關(guān)男性樣本共觀察到4 4 9 種單倍型，有4 1 1 種單倍型是唯一的( 占8 2 2 ) ，單倍型個(gè)體識(shí)別率為0 9 9 9 4 。 檢測(cè)女性樣本，5 個(gè)基因座均符合h a r d y - w e i n b e r g 平衡。采用本體系檢測(cè)2 9 4 例三聯(lián)體( 父母女) 和2 7 1 例二聯(lián)體( 母子) 發(fā)現(xiàn)8 例突變，其中d x s 6 8 0 3 2 例，d x s 6 8 0 92 例，d x s 6 7 8 91 例，d x s 7 1 3 23 例。檢測(cè)2 5 2 例多個(gè)孩子家 系，5 個(gè)x - s t r 基因座共發(fā)現(xiàn)5 3 例重組。 。 中山大學(xué)碩士學(xué)位論文：5 個(gè)x s t r 基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多態(tài)性 3 法醫(yī)學(xué)應(yīng)用 從3 個(gè)特殊案例的應(yīng)用中進(jìn)一步驗(yàn)證了這5 個(gè)x - s t r 基因座的高多態(tài)性和 高個(gè)體識(shí)別率，以及x - s t r 基因座在特殊案例中的應(yīng)用優(yōu)勢(shì)。 結(jié)論：本研究1 ) 建立了1 組二色熒光分析體系，同時(shí)檢測(cè)d x s 6 8 0 3 、 d x s 9 8 1 、d x s 6 8 0 9 、d x s 6 7 8 9 和d x s 7 1 3 25 個(gè)x - s t r 基因座，為進(jìn)一步建立 更多色熒光復(fù)合擴(kuò)增奠定了基礎(chǔ)。2 ) 獲得中國(guó)漢族人群5 個(gè)x - s t r 基因座的 等位基因頻率、單倍型頻率、法醫(yī)學(xué)應(yīng)用參數(shù)及突變率。3 ) 本體系有較高的應(yīng) 用價(jià)值，能作為法醫(yī)學(xué)親權(quán)鑒定中某些特殊檢案的必要補(bǔ)充。 關(guān)鍵詞：x 染色體短串聯(lián)重復(fù)( x - s t r ) ，熒光復(fù)合擴(kuò)增，多態(tài)性 m 英文摘要 d e v e l o p m e n to fap e n t a p l e xx - c h r o m o s o m es t r t y p i n gs y s t e ma n d t h e i r p o l y m o r p h i s m m ds t u d e n t q i u - l i n gl i u s u p e r v i s o rp r o h u i l i n gl u f a c u l t yo f f o r e n s i cm e d i c i n e ，s u ny a t - s e nu n i v e r s i t y a b s t r a c t a u t o s o m a ls t r ( a ss t g ) a n dy - s t rp o l y m o r p h i s m sh a v eb e e nu s e df o r e v a l u a t i o ni nf o r e n s i cm e d i c i n e t h e ya l ew i d e l ya p p l i e di ns t a i n a n a l y s i sa n d k i n s h i pd e t e r m i n a t i o n i nf o r e n s i cp r a c t i c e ，x - c h r o m o s o m a ls t rm a r k e r sw e r eu s e d l i m i t e d a st h ed e v e l o p m e n to f f o r e n s i ca n dt h ec o m p l i c a t i o no f e a s e s ，a ss t ra n d y - s t rw e r en o te n o u g hf o rf o r e n s i cu s ea n dk i n s h i pd e t e r m i n a t i o n , e s p e e i a l l yi n c o m p l e xc a s e so fk i n s h i pt e s t h o w e v e r , c h r - xs t r sa l ev e r yu s e f u li nd e f i c i e n c y p a t e r n i t ye a s e s , s u c ha sp a t e r n i t yd e t e r m i n a t i o no fa n e g c dh a l f - s i s t e r sv c i s u st h e f a t h e ri nt h ea b s e n c eo fm o t h e r c h r - xs t ri sb e l i e v e dt ob eap o t e n t i a l l y c o m p l e m e n t a r ym a k e rt oo t h e rg e n e t i cm a r k e r s ( a s s t r , y - s t ra n d 皿d n a ) w e d e v e l o p e da c o n v e n i e n tp r o c e d u r et oa m p h f ya p e n t a p l e xs y s t e m sw i t hc h r - xs t r l o c i ( d x s 6 8 0 3 ，d x s 9 8 1 ，d x s 6 8 0 9 ，d x s 6 7 8 9 ，d x s 7 1 3 2 ) f o rf o r e n s i cc a s e w o r k a n di n c r e a s e dt h ep o o lo f r e l e v a n td a t af o ra l l e l ed i s t r i b u t i o na n d f r e q u e n c yi nc h r - x s t r 8 2 7i n d i v i d u a l s ( 5 0 0m a l e sa n d3 2 7f e m a l e s ) ，a t ；w e l la s2 5 2f a m i l i e sw i t h m u l t i p l e c h i l d r e nw e r et e s t e di nc h i n e s ep o p u l a t i o n a n dt h a t p r o v i d e da n o p p o m m i t y t oc r e a t er e f e r e n c ed a t a b a s e si nt h ep o p u l a t i o n 1 d e v e l o p m e mo fm u l t i p l e xp c rs y s t e m t h ep l i e r so ft h r e ex - s t rl o c i ( d x s 6 8 0 3 ，d x s 9 8 1 。a n dd x s 6 8 0 9 ) w e r e l a b e l e dw i t hf l u o r o c h r o m e6 - f a m d x s 6 7 8 9a n dd x s 7 1 3 2w e r el a b e l e dw i t hh e x af l u o r e s c e n tm u l t i p l e xp c rf o ra m p l i f y i n gf i v ex - s t rl o c ii nt h es a m ep c r i v 中山大學(xué)碩士學(xué)位論文：5 個(gè)x s 1 r 基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多卷性 r e a c t i o nw a ss e tu p p c rp r o d u c t sw e r ea n a l y z e du s i n gc a p i l h r ye l e c t r o p h o r e s i sa n d a b ip r i s m3 1 0 0g e n e t i ca n a l y z e r , w i t hg e n e m a p p e ra n a l y s i ss o f t w a r e t h e k 5 6 2 ，9 9 4 7 aa n d9 9 4 8 ( p r o m e g a , m a d i s o n , w dc e l ll i n ed n aw a et y p e df o r c a l i b r a t i n ga l l e l i eh d d e r s o m ec o m m o na l l e l e sw e r ea l s os e q u e n c e dt oh e l pi na l l e l e t y p i n g a l l e l et y p i n gw a sb a s e do ni n - h o u s ea l l e l i el a d d e r w ed e s c r i b e dac o n v e n i e n tp m c e d m ef o ra m p l i f y i n gf i v ex - l i n k e ds t p s ( d x s 6 8 0 3 ，d x s 9 8 1 ，d x s 6 8 0 9 ，d x s 6 7 8 9a n dd x s 7 1 3 2 ) i nas i n g l er e a c t i o nw i t h s a t i s f a c t o r yr e s u l t s n og u t t e rb a n d sw o r ed 撇t e d a b o u t2 0r i gd n aw a sr o u t i n e l y u s e d , a l t h o u g h0 2 5n gd n a w a ss u f f i c i e n tf o ra l l e l et y p i n g 2 p o l y m o r p h i s mo f t h ef i v ex - s t r l o c i s a m p l e sf r o m5 0 0m a l ea n d3 2 7f e m a l ei n d i v i d u a l so f h a r tp o p u l a t i o ni nc h i n a w e r et e s t e d ，1 3 ，1 3 ，1 2 ，1 2a n d8a l l e l e sw e r ed e t e c t e df o rd x $ 6 8 0 3 ，d x s 9 8 1 ， d x s 6 8 0 9 , d x s 6 7 8 9a n dd x s 7 1 3 2r e s p e c t i v e l y t h i l - t c e l la l l e l e sw e r ei d e n t i f i e da t l o l c u sd x s 6 8 0 3 f i o ma l l e l e7t o1 4 , i n c l u d i n gi n c o m p l e t er e p e a t s n 磚m o s t c o n l l n o na l l e l e sa r e1 1 3 d x s 9 8 1h a st h i r t e e na l l e l e sf r o ma l l e l el lt o1 7a n d i n c l u d i n gi n c o m p l e t er e p e a t s t h em o s tc o m m o na l l e l e sw a s1 4 t w e l v ea l l e l e s , r a n g i n gf r o m2 8t o3 8 ，w e r ef o u n di nc h i n e s ep o p u l a t i o na tl o c u sd x s 6 8 0 9 d x s 6 7 8 9h a sa l s ot w e l v ea l l e l e s ，f r o m1 3t o2 4 e i g h ta l l e l e sw e t ei d e n t i f i e da t d x s 7 1 3 2l o c u s , r a n g i n gb o ma l l e l e 1 1t o1 8 。f o r e n s i ce f f i c i e n c ys t a t i s t i c a l p a r a m e t e r sw e r ec a l c u l a t e df o re a c hl o c u s p o l y m o i p h i s mi n f o r m a t i o nc o n t e n t ( p i q w a s0 7 1 6 3 ，0 8 1 2 3 ，0 7 9 9 2 ，o 7 4 7 3a n d0 7 0 0 4f o rd x s 6 8 0 3 ，d x s 9 8 l ，d x s 6 8 0 9 ， d x s 6 7 8 9a n dd x s 7 1 3 2 r e s ；p e e t i v e l y 1 1 1 er e s u l t ss h o wt h ep e n t a p l e xx s t r s y s t e mh a dh i g hf o r e n s i ce f f i c i e yt b ed x s 9 8 1l o c u si sh i g h l yp o l y m o r p kw i t h t h eh i g h e s tp o w e ro f d i s c r i m i n a t i o na n dp r o b a b i l i t yo f p a t e r n i t ye x c l u s i o na m o n gt h e f i v el o c is t u d i e d n os i g n i f i c a n td i f f e r e n c e sw e r eo b s e r v e db e t w e e nm a l e sa n df e m a l e sa tf i v e l o c i h a r d y - w e i n b e r ge q u i l i b r i u m 但、7 l ，e ) w a sp e r f o r m e do nf e m a l es a m p l e s ，a n dt h e g e n o t y p ed i s t r i b u t i o n sd i dn o td e v i a t ef r o mh w e 砒t h ef i v el o c i 5 0 0m a l es a m p l e s v 英文摘要 w e r ei n v e s t i g a t e db yh a p l o t y p ea n a l y s i sa n df o rl i n k a g e d i s e q u i l i b r i u m 4 4 9 h a p l o t y p e s w e r ef o u n d , a n dm o r et h a n8 2 2 o fh a p l e t y p e sw e l eu n i q u e t h e h a # o t y p ed i v e r s i t yr e a , h e do 9 9 9 4 i no u rs t u d y , l i n k a g ed i s e q u i l i b r i u ma m o n gl o c i w a sn o td e t e c t e di na l lp a i rw i s el o c u sc o m p a r i s o n sb yt h ee x a c tt e s t i n v e s t i g a t i o ni n2 9 4f a m i l yt r i o s i nw h i c ht h ec h i l dw a sf e m a l ea n d2 7 1f a m i l i e s w i t hm o t h e ra n ds o n , e i g h tc 黜o f m u t a t i o n sw e r ef o u n d , 2a tt h ed x s 6 8 0 3l o c u s , 2 a 士d x s 6 8 0 9 1 砒d x s 6 7 8 9a n d3a td x s 7 1 3 2 m u t a t i o n sw e r en o tf o u n da tt h e d x s 9 8 1 5 3c a s e so fr e c o m b i n a t i o nw e r ef o u n di n2 5 2f a m i l i e sw i t hm u l t i p l l c c h i l d r e ni nw h i c hf a m i l i e sw i t hm u t a t i o n sw e r ee x c l u d e d 3 f o r e n s i ca p p l i c a t i o n s t h r e ee x a m p l e so ft h ep r a c t i c a la p p l i c a t i o ni nc o m p l e xk i n s h i pt e s t i n gs h o w t h a tt h ef i v el o c io f t h em u l t i p l e xs y s t e mp r o v i d eh i g hp o l y m o r p h i s mi n f o r m a t i o nf o r f o r e n s i ci d e n t i f i c a t i o na n dp a t e r n i t yt e s t i n g , p a r t i c u l a r l yf o rd i f f i c u l t p a t e r n i t y d e 丘c i e n tc a s e s i nc o n c l u s i o n , t h ep e n t a p l e xc h r x - s t rs y s t e m sf o rs i m u l t a n e o u sa n a l y s i so f l o c i ( d x s 6 8 0 3 ，d x s 9 8 1 ，d x s 6 8 0 9 , d x s 6 7 8 9 ，a n dd x s 7 1 3 2 ) h a v e b e e n d e v e l o p e da n dm a yb eu s e dt oc r e a t ed a t a b a s eo fp o p u l a t i o nf o rf o r e n s i ca n a l y s i s t h i sm i g h tp r o v i d ea no p p o r t u n i t yt od e v e l o pm u r i p l e xp c rb yu s i n gm o r el o c i w e r e v i e w e dt h ep o p u l a t i o ng e n e t i cp r o p e r t i e sa n df o r e n s i cu t i l i t yo ft h ef i v ex - s t r c h r xg e n o t y p i n gc a nc o m p l e m e n tt h ea n a l y s i so fa s s t ra n dy - s t rv e r y e f f i c i e n t l y , e s p e c i a l l yi nc o n r p l e xc a s a ；o f k i n s h i pt e s t i n g k e y w o r d s ：x s t p , f l u o r e s c e n tm u l t i p l e xp c r , p o l y m o r p h i s m 9 中山大學(xué)碩士學(xué)位論文：54 - x s t r 基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多態(tài)性 第1 章引言 微衛(wèi)星d n a 發(fā)現(xiàn)于上世紀(jì)9 0 年代初“l(fā) 。重復(fù)單位2 7b p ，等位基因片段長(zhǎng) 度多在4 0 0 b p 以下，所以又稱(chēng)短片段串聯(lián)重復(fù)序列( s h o r t t a n d e m r e p e a t s t r ) 。 其特征是等位基因靶片段短，p c r 擴(kuò)增檢測(cè)靈敏度高，適用于陳舊、腐敗、微 量材料的鑒定，分型能標(biāo)準(zhǔn)化，能復(fù)合擴(kuò)增聯(lián)合檢測(cè)十幾個(gè)以上的s t r 基因座， 因此，很快就被廣泛應(yīng)用于法醫(yī)上。盡管單核苷酸多態(tài)性( s n p ) 檢測(cè)的d n a 片 段更短，但是其分型技術(shù)尚未得到標(biāo)準(zhǔn)化。因此，可以預(yù)測(cè)在很長(zhǎng)的一段時(shí)期內(nèi) s t r 仍是法醫(yī)學(xué)上使用的主要d n a 遺傳標(biāo)記。 親權(quán)鑒定是法醫(yī)物證鑒定的主要任務(wù)之一。在實(shí)踐工作中，大多數(shù)親權(quán)鑒定 可以使用常染色體遺傳標(biāo)記解決。但是有一部分沒(méi)有父母參與檢驗(yàn)的缺失案，僅 用常染色體檢測(cè)難以排除親權(quán)關(guān)系。因此，近年來(lái)法醫(yī)工作者越來(lái)越關(guān)注研究性 染色體和線(xiàn)粒體d n a ( m t d n a ) 遺傳標(biāo)記，y 染色體s t r 和m t d n a 已被用于排 除父系關(guān)系和母系關(guān)系的隔代親權(quán)鑒定旺羽，而x = s t r 在法醫(yī)學(xué)中應(yīng)用較少。 1 1x 染色體的特性 x 染色體是性染色體，正常的女性有一對(duì)x 染色體，而男性只有一條x 染 色體。女性的核型為4 6 x x ，男性的核型為4 6 x y 。因此，x 染色體特異性的s t r 在分型圖譜上，男性只有一條帶，而女性則可以有一或兩條帶。在遺傳過(guò)程中， 母親的x 染色體既可以遺傳給女兒也可以遺傳給兒子，而父親的x 染色體只能 遺傳給女兒。女性的二條x 染色體是同源的，在減數(shù)分裂過(guò)程中與常染色體一 樣可發(fā)生重組。 男性的x 染色體以單倍型形式存在只能從其母親中得到，且只能遺傳給女 兒，因此同父所生的姐妹在x 染色體s t r 基因座上有1 個(gè)相同的等位基因，孫 女x 染色體基因座有1 個(gè)等位基因與其祖母相同。x 染色體這種獨(dú)特的遺傳方 式，使得x 染色體遺傳標(biāo)記在親權(quán)鑒定中具有特殊的應(yīng)用價(jià)值。在一些雙親缺 失的鑒定中，如姐妹鑒定、同父異母的半姐妹認(rèn)親、隔代認(rèn)親等，更有著常染色 第1 章前言 體遺傳標(biāo)記難以比擬的優(yōu)點(diǎn)。 1 2x 染色體s t r 研究簡(jiǎn)史 x 染色體遺傳標(biāo)記早已被應(yīng)用于親權(quán)鑒定中，如紅細(xì)胞血型x g 和紅細(xì)胞酶型 g 6 p d 。x 染色體上也有不少v n t r ( v a r i a b l en u m b e ro f t a n d e mr e p e a t ) 基因座7 。1 2 1 ， 但法醫(yī)上采用的較少。常染色體s t r 被發(fā)現(xiàn)后不久，x 染色體上也發(fā)現(xiàn)了s t r 【b 1 4 。h u m a r a 和h p r t b ( h y p o x a n t h i n ep h o s p h o r i b o s y lt r a n s f c r a s e ) 是最早用于法醫(yī) 學(xué)的x 染色體特異性s t r ( x - c h r o m o s o m es p e c i f i cs t i lx - s i r ) 基因座“生1 9 1 。1 9 9 9 年e d e l m a n n 和s z i b o r 口o j 報(bào)道d x s 6 8 0 7 的多態(tài)性之后，對(duì)x - s t r 的研究日漸增多。 至今已有數(shù)十個(gè)可應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)檢案的x s t r 基因座。在國(guó)內(nèi)，自竇效傳等報(bào)道 d x s 6 7 9 9 、d x s 6 8 0 4 、d x s 7 1 3 2 和d x s l 0 6 8 旺1 1 ，呂德堅(jiān)等笠1 報(bào)道d x s l 0 1 的多態(tài) 性以后，對(duì)x - s t r 的研究也在不斷增多。 1 3 常用x - s t r 基因座 對(duì)x - s t r 的研究，近年來(lái)發(fā)展迅速。目前已報(bào)道了數(shù)十個(gè)x s t i 灌因座的法 醫(yī)學(xué)應(yīng)用價(jià)值。常用的x s 嗽因座引物序列、擴(kuò)增片段長(zhǎng)度、群體的等位基因 數(shù)目和重復(fù)序列見(jiàn)表1 1 和表1 2 。其中，a r a 是一個(gè)多態(tài)性很高的基因座，但 s z i b o r 等認(rèn)為a r a 基因座和肌肉萎縮癥、精子發(fā)生障礙和腫瘤等多種疾病有關(guān)， 基于倫理上考慮，防止人們對(duì)法醫(yī)d n a 檢驗(yàn)的不信任，建議不要再作為法醫(yī)遺 傳標(biāo)記使用1 。 表1 1 法醫(yī)學(xué)上常用的x s t r 基因座信息 t a b l e1 - 1i n f o r m a t i o no f x - s t rl o c iu s e di nf o r e n s i cp r a c t i s e 2 9 中山大學(xué)碩士學(xué)位論文：5 個(gè)x s 1 r 基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多態(tài)性 d x s 6 8 0 7 g a g c a a t g a t c t c a t i t g c a2 5 1 - 2 7 57g e r m a l l s 2 0 l d x s 9 8 9 8 d x s l l l d x s l o l d x s 7 1 3 2 d x $ 9 8 9 5 g 姒1 7 2 d 0 5 g 小1 6 5 8 1 2 g a e 3 l e 0 8 d x s 8 3 7 7 d x $ 7 1 3 0 k a 4 弧k 雌訊訊缸 島g 椒 o a g c 枷 = i r r c a l l t g c t 硎 c2 5 8 - 2 8 6 g a c 兀1 1 ：憫t c 加略1 舡 g c g a g c a c a o c t a c a a a a g c t 1 8 9 - 2 1 4 t c g a t t a o g t i c g r k c a g g a g t o a a l l 訊 a a a 1 3 7 2 5 7 t g a a a t c 爿r ( 玎 _ r i - r t c 兀1 c r ( 了a 從t c a g t o c a t a t ( 了 1 7 9 - 2 3 3 c 椒c c a d g q c 蛾k 陬矗 g r 咖t a i a 廣r 從t c c c r ( m1 5 4 - 1 9 8 a a g 氏弧k r n g 蛾研o c m l 弧 g 0 0 c 尤幾t r c a r a 瞄a ：i c c 2 7 2 - 3 0 4 a 盯c a g r x 了r r ( ? i t c 1 1 1 1 b g g n 瑚a c c n g t g ：n g t c 玎1 9 0 2 2 2 c t g g c l g c 舳：n 3 豳a a a c a c 0 g a g a 兀1 b a c c r i 訊1 9 5 2 l l a a c t g a g a r ( 而t g o c a c t o a t r a g g c a c 姍g t c c l l o - 1 3 4 a c 從g 從c g a a a c r 0 0 a a c l _ c g g g a 僦 盯r c a a g 加 g a 1 6 扣l 跖 o c r x 玎a a g g a a 兀- a c a a t 玎3 g g t g g g g a c a c a g g1 3 9 - 1 6 1 o z r ( c k t c a a o g 從t t a c a a g a ( 瓢c c m c a o a a a a c c 丌t n 3 g g2 1 9 五4 3 g 毆 x ? 通 強(qiáng)k 3 q 0 吼g 礬k t c a g a g g a a 從g a a g t g a c a t c t1 7 8 _ 2 0 2 n c t c l c c 抽c r 呱c 島a 礬c k t r c c c r ( 叮c n ：( ) c “冊(cè)t c t2 4 5 2 8 l 繾純i c q c c k k k h c c a g 通 t a g l 粥t g k 啊舊t 瑚a c a g1 0 8 1 3 6 a 附 m a a a g c c c g g ：i r c m 啪t r c 觚a t c a 1 a 兀) c g1 1 7 1 4 1 t d u u u ：n 1 t c c “訂u t 觸r g c a g g g g a g a g g ( 烈g a 盯g a2 2 i _ 獅 c a g i 邢a c a g a g c a c a g a g a c a c 九 = r x ；( t r a o c a c a g2 l m 猁 g 舢) c m k k 軸讞婚1 3 程 g t l l - r c c r 1 a r ( 1 d o c a a c1 7 5 1 9 5 1 a g c r n “x ：g c c n 3 g c a c 觸 g 丸伽h 椰a c a g g 從1 0 5 - 1 2 8 c a a a a a g q g k 峨訊g c t ：r t c 飛g c k n 3 已c k m q g 文t a a1 6 8 二如 j a p e n e s e 嘲 g e r m a n s ，q 7k o r e a n t 2 ，】 7 g e r m a n s 嘲 t c ( 1 a g g a c r ( 粥g 從a g g a c 第1 章前言 表1 - 2x - s t r 基因座的重復(fù)序列結(jié)構(gòu) t a b l e1 - 2c o r es e q u e n c eo f x - s t rl o c u s a r a h p r t b d x s 6 8 0 7 d x s 9 8 9 8 d x s l i l d x s l 0 1 d x 蹦琳 d x s 7 1 3 2 d x s 6 8 d x s 8 3 7 8 d x $ 9 8 9 5 d x s 6 8 1 0 d x s 9 8 l ( g c l ) ”( g c 耽 ( a g a t ) h ( g a t a ) 1 g t a a t g ( g a t a ) 2 g a c ( g a t a ) a ( t a t c ) 2 ( a t c ) ( t a t c ) 。 ( t a t c ) 2 ( a t c ) ( t a t c ) ( a t c ) ( t a t c ) ( g a a a ) u g a a g g a a a ( g g a a ) , ( a g a a ) i “l(fā) 】 l 蝴 b q l 硼 嗍 g a a a g a ( g a a a ) t _ 3 a g a ( g a a a ) , g a a g g a a a ( g g a a ) 4 ( a g a a ) 3 ( a “a 兀) 4 2 1 ，7 _ 髭男翻粥拓，爿冗品唧 ( t c t a ) 嘲 ( t a g a ) 。c a ( g a t a ) l g a t ( g a t a ) y g g ( t a g a ) 3 t c ( g a t a ) 3 嘲 (ctat)。竭 ( a g a l m ( a g 帥。 嘲 ( a g a t ) , ：a t ( a g a t ) , , , a ( a g a t ) 3 ( c t g q l ( c t a t ) 2 ( c t g t h ( c t a t ) e c a t ( c t a t ) l 叻 1 t n l l ( t a t c k 嘲 越1 哪n s l ( t a t c ) , , ( a t c x t a t c ) l d x s 6 7 9 7 ( a t c t ) m n l 2 s ( a t c i k 嘲 g a t a l 7 2 d 0 5 ( t a g a ) u 1 3 習(xí) g a t a l 6 5 8 1 2 a g a t ) b 唧 4 9 中山大學(xué)碩士學(xué)位論文：5 個(gè)x s 1 r 基因座熒光復(fù)合擴(kuò)增體系的建立及多志性 1 4 x 染色體s t r 作圖 對(duì)位于同一染色體上的遺傳標(biāo)記，必須考慮到它們之間的連鎖和連鎖不平 衡。遺傳標(biāo)記之間是否存在連鎖，可以通過(guò)基因組作圖( g e n o m em a p p i n g ) 來(lái)了解。 基因組作圖的方法有： ( 1 ) 遺傳作圖( g e n e t i cm a p p i n g ) ，它采用雜交育種( c r o s s - b r o o d i n g ) 實(shí)驗(yàn)、分 析家族史 系譜( p e d i g r e e ) 等，基于遺傳連鎖( g e n e t i cl i n k a g e ) 的遺傳學(xué)技術(shù)，構(gòu)建 能顯示基因或序列特征在基因組上位置的圖( m a p ) 。遺傳作圖能顯示遺傳標(biāo)記之 間的遺傳距離( g e n e t i cd i s t a n c e ) ，其單位為厘摩( c e n t i - m o r g a n ，c m ) ，表示兩個(gè)遺 傳標(biāo)記之間在1 0 0 次減數(shù)分裂中發(fā)生一次重組的距離。 ( 2 ) 物理作鷹 ( p h y s i c a lm a p p i n g ) ，它應(yīng)用雜交分析、p c r 等分子生物學(xué)技術(shù) 直接分析d n a 分子，對(duì)有顯著特征的序列進(jìn)行定位，構(gòu)建能顯示基因、序列特 征在基因組上位置的圖。物理作圖可顯示兩個(gè)遺傳標(biāo)記之間的物理距離( p h y s i c a l d i s t a n c e ) ，其單位為b p ( b a s ep a i r ) 。 一般情況下，兩個(gè)遺傳標(biāo)記之間小于2 5 m b 時(shí)，1 m b 物理距離相當(dāng)于l c m 遺傳 距離，但是物理距離和遺傳距離之間的相關(guān)性并不嚴(yán)格，遺傳標(biāo)記連鎖與否不能 簡(jiǎn)單地按基因組作圖來(lái)判定，需要通過(guò)其它方法，如家系分析、連鎖平衡分析來(lái) 驗(yàn)證。 遺傳作圖和物理作圖也包括了將遺傳標(biāo)記定位于染色體上，即染色體作圖 墨! 蘭重塹童 ( c h r o m o s o m em a p p i n g ) ，染色體作圖是判斷連鎖的簡(jiǎn)便方法之一。 在染色體作圖中，常以距染色體短臂末端的距離來(lái)定位遺傳標(biāo)記在染色體上 的位置b 3 1 。法醫(yī)學(xué)上常用x 染色體s t r 遺傳標(biāo)記的染色體定位可參考網(wǎng)站： h t t p ：w w w c h r x - s t r o r g 。 表卜3x - s t r 的物理和遺傳學(xué)定位 t a b l e1 - 3p h y s i c a ll o c a l i s a t i o na n dg e n e t i cl o c a l i s a t i o no f t h ex - s t rl o c i p h y s i c a l l o c a l i s a t i o n p h y s i c a l l o c a l i s a t i o ng e n e t i c c h r o m o s o m e l o c u $ b p s 】( c e l e r a ) b p s ( n c b d l o c a l i s a t i o n l o c a t i o n s t a r t s t o p s t a r t s t o p 【c l 哪 a r a6 6 5 4 9 0 8 66 6 5 4 9 5 5 9 x q l l 2 - q 1 2 球m1 3 3 3 4 0 帥51 3 3 ，4 0 5 6 7 x q 2 6 嘣8 0 7 4 6 0 3 l1 846 0 33 “4 3 9 x p 2 2 3 2 d x s 9 8 9 88 7 5 9 2 5 6 48 7 6 1