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文檔簡(jiǎn)介
1、Made by Kim 2008 級(jí)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)1在進(jìn)行序列局部比對(duì)的時(shí)候,能不能在同一位置插入雙gap?為什么?不能,因?yàn)槿绻茉谕晃恢貌迦腚p gap 的話(huà),就能在兩條序列的任何位置插入雙gap,得出的對(duì)比結(jié)果都是一樣的,沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。2解釋生物信息名詞 BLAST CDS( GBFF格式中的特性關(guān)鍵詞)、NCBI、UPGMA EBI。BLAST:Basic Local Alignment Search Tool基本局部相似性對(duì)比搜索工具;CDS:Coding sequence 蛋白編碼區(qū)信息;NCBI :National Center of Biotechnology Informatio
2、n美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心;UPGMA: unweighted pair group method with arithmetic mean非加權(quán)算術(shù)平均組對(duì)法;EBI :European Bioinformatics Institute歐洲生物信息學(xué)中心。, tblastx ,請(qǐng)分別說(shuō)明每個(gè)程序解決的問(wèn)題。用核酸序列搜索核算數(shù)據(jù)庫(kù); 用蛋白質(zhì)序列搜索蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù);:用核酸序列搜索蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可庫(kù) (先將核酸序列按 6 個(gè)可讀框翻譯成蛋白質(zhì)序列):用蛋白質(zhì)序列搜索核算數(shù)據(jù)庫(kù) (先將核酸數(shù)據(jù)庫(kù)的序列按 6 個(gè)可讀框翻譯成蛋白3 NCBI 的 BLAST工具有 5 個(gè)基本程序,分別為nucleoti
3、deblast ,proteinblast,blastx,tblastnBlastn:Blastp:BlastxTblastn質(zhì)序列);Tblastx: 將查詢(xún)序列和數(shù)據(jù)庫(kù)里的核酸序列都按 6個(gè)可讀框翻譯成蛋白質(zhì)序列再對(duì)比,每 兩條序列進(jìn)行 36 次對(duì)比。4如果我們想知道一個(gè)基因組DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中是否有某個(gè)蛋白的直系同源物,該采用什么樣的序列分析工具。采用 tblastn 序列分析工具。5通過(guò)BLAST比對(duì),發(fā)現(xiàn)兩個(gè)序列相似度是90%能不能認(rèn)定兩個(gè)序列同源性是90%為什么。而相似性或者一致性是一個(gè)序列不能,因?yàn)橥葱允切蛄型椿蛘卟煌吹囊环N論斷, 相關(guān)性的量化,是兩個(gè)不同的概念。5在NCBI中
4、檢索的時(shí)候,在檢索框中輸入“AAO41714ACCN”能返回一個(gè)怎樣的結(jié)果?返回唯一一條序列號(hào)為 AA41714的相關(guān)信息。6對(duì)核酸序列進(jìn)行 BLAST的時(shí)候,選擇的字(WORD越長(zhǎng)精度越高還是越短精度越高,為什 么?搜索速度跟字長(zhǎng)有什么關(guān)系?字越長(zhǎng)精度越高。 因?yàn)?blast 程序在進(jìn)行序列數(shù)據(jù)庫(kù)相似性搜索時(shí), 查詢(xún)序列可選擇過(guò)濾 掉低復(fù)雜度的區(qū)域,然后按字長(zhǎng)參數(shù)( DNA序列一般為11,蛋白質(zhì)一般為3)將序列分解成 小的字串。 然后程序再找出查詢(xún)序列和目標(biāo)序列間所有單個(gè)或多個(gè)連續(xù)匹配的字串。字串越長(zhǎng),所要求匹配的序列越長(zhǎng),所要求序列的匹配度越高,所以越精確。增加字長(zhǎng)可以提高搜索的特異性和速
5、度。7 這是某蛋白質(zhì)的一個(gè) pattern :GXWYFEAIVLM ,請(qǐng)說(shuō)明其含義 。 Gly-any-Trp-Tyr or Phe-Glu or Ala-Ile or Val or Leu or Metbut Glu or AspPA AC-x-V-x(4)-ED: Ala or Cys-any-Val-any-any-any-any-anyPA gi|24646620|ref|NM_057587.3| Droso phila mela nogaster RNA-bi nding p rotein4CG9654-RA,tran scri ptvaria ntA(Rb p4), mRNAGG
6、ATTTTCTTGCCTGTCATTCAATTTGTGGTTGGCTTCACCTGAGTGCTGTAGT? A. DNA序列? C.蛋白質(zhì)序列B. RNA序列D.基因27、 ExPASy上的工具軟件ProtParam提供的是哪種類(lèi)型的服務(wù)?(蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)分析蛋白質(zhì)序列理化性質(zhì)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析跨膜結(jié)構(gòu)分析A.B.C.D.28、假如你有兩條遠(yuǎn)相關(guān)的蛋白,為了比較它們,最好使用下列哪個(gè)記分矩陣(A. BLOSUM45 或 PAM25B. BLOSUM45或 PAM1C. BLOSUM80或 PAM250 D. BLOSUM10 或 PAM1構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù),應(yīng)使用A. BLASTB. FAST
7、AC. UP GMAD. Entrez30、下面這段蛋白質(zhì)序列是什么格式?()? gi|4506183|ref|NP_002779.1|p roteasomealp ha329、Homosa pie nsMSSIGTGYDLSASTFS PDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGWFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVR PF GCSFMLGS o o o o o? A. GBFF B. TEXT? C. PDBD. FASTA31、直系同源物定義為()不同物種中具有共同祖先的同源序列 具有較小的氨基酸一致性但是有較大的結(jié)構(gòu)相似性的同源序列 同一物種中由基因復(fù)制產(chǎn)生的同源序列 同一物種中具有相似的并且通常是冗余功能的同源序列ABCD32、美國(guó)NIH維護(hù)提供的DNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)是:A. GenBankB. ProteinC. dbEST D. dbSNP33、高分配對(duì)片段的英文縮寫(xiě)為(A. HSPB. HMPC. HCPD. HDPBLAST比對(duì)結(jié)果報(bào)告中有一統(tǒng)計(jì)數(shù)值A(chǔ). 值越小說(shuō)明匹配度越低B. 值越小說(shuō)明匹配度越高C. 兩者無(wú)內(nèi)在關(guān)系D. 以上說(shuō)法都不對(duì)34、 NCBI 提供了大量的序列分析工具,其中用來(lái)尋找是:()? A. OR
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