生物信息學(xué)考試重點(diǎn)

1、Made by Kim 2008 級基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)1在進(jìn)行序列局部比對的時候，能不能在同一位置插入雙gap?為什么？不能，因為如果能在同一位置插入雙 gap 的話，就能在兩條序列的任何位置插入雙gap，得出的對比結(jié)果都是一樣的，沒有統(tǒng)計學(xué)意義。2解釋生物信息名詞 BLAST CDS（ GBFF格式中的特性關(guān)鍵詞）、NCBI、UPGMA EBI。BLAST：Basic Local Alignment Search Tool基本局部相似性對比搜索工具；CDS：Coding sequence 蛋白編碼區(qū)信息；NCBI ：National Center of Biotechnology Informatio

2、n美國國立生物技術(shù)信息中心；UPGMA： unweighted pair group method with arithmetic mean非加權(quán)算術(shù)平均組對法；EBI ：European Bioinformatics Institute歐洲生物信息學(xué)中心。， tblastx ，請分別說明每個程序解決的問題。用核酸序列搜索核算數(shù)據(jù)庫； 用蛋白質(zhì)序列搜索蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫；：用核酸序列搜索蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可庫 （先將核酸序列按 6 個可讀框翻譯成蛋白質(zhì)序列）：用蛋白質(zhì)序列搜索核算數(shù)據(jù)庫 （先將核酸數(shù)據(jù)庫的序列按 6 個可讀框翻譯成蛋白3 NCBI 的 BLAST工具有 5 個基本程序，分別為nucleoti

3、deblast ，proteinblast，blastx，tblastnBlastn:Blastp:BlastxTblastn質(zhì)序列）；Tblastx: 將查詢序列和數(shù)據(jù)庫里的核酸序列都按 6個可讀框翻譯成蛋白質(zhì)序列再對比,每 兩條序列進(jìn)行 36 次對比。4如果我們想知道一個基因組DNA數(shù)據(jù)庫中是否有某個蛋白的直系同源物，該采用什么樣的序列分析工具。采用 tblastn 序列分析工具。5通過BLAST比對，發(fā)現(xiàn)兩個序列相似度是90%能不能認(rèn)定兩個序列同源性是90%為什么。而相似性或者一致性是一個序列不能，因為同源性是序列同源或者不同源的一種論斷， 相關(guān)性的量化，是兩個不同的概念。5在NCBI中

4、檢索的時候，在檢索框中輸入“AAO41714ACCN”能返回一個怎樣的結(jié)果?返回唯一一條序列號為 AA41714的相關(guān)信息。6對核酸序列進(jìn)行 BLAST的時候，選擇的字（WORD越長精度越高還是越短精度越高，為什 么？搜索速度跟字長有什么關(guān)系？字越長精度越高。 因為 blast 程序在進(jìn)行序列數(shù)據(jù)庫相似性搜索時， 查詢序列可選擇過濾 掉低復(fù)雜度的區(qū)域，然后按字長參數(shù)（ DNA序列一般為11,蛋白質(zhì)一般為3）將序列分解成 小的字串。 然后程序再找出查詢序列和目標(biāo)序列間所有單個或多個連續(xù)匹配的字串。字串越長,所要求匹配的序列越長,所要求序列的匹配度越高,所以越精確。增加字長可以提高搜索的特異性和速

5、度。7 這是某蛋白質(zhì)的一個 pattern ：GXWYFEAIVLM ，請說明其含義 。 Gly-any-Trp-Tyr or Phe-Glu or Ala-Ile or Val or Leu or Metbut Glu or AspPA AC-x-V-x(4)-ED： Ala or Cys-any-Val-any-any-any-any-anyPA gi|24646620|ref|NM_057587.3| Droso phila mela nogaster RNA-bi nding p rotein4CG9654-RA,tran scri ptvaria ntA(Rb p4), mRNAGG

6、ATTTTCTTGCCTGTCATTCAATTTGTGGTTGGCTTCACCTGAGTGCTGTAGT? A. DNA序列? C.蛋白質(zhì)序列B. RNA序列D.基因27、 ExPASy上的工具軟件ProtParam提供的是哪種類型的服務(wù)？(蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)分析蛋白質(zhì)序列理化性質(zhì)預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析跨膜結(jié)構(gòu)分析A.B.C.D.28、假如你有兩條遠(yuǎn)相關(guān)的蛋白，為了比較它們，最好使用下列哪個記分矩陣(A. BLOSUM45 或 PAM25B. BLOSUM45或 PAM1C. BLOSUM80或 PAM250 D. BLOSUM10 或 PAM1構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，應(yīng)使用A. BLASTB. FAST

7、AC. UP GMAD. Entrez30、下面這段蛋白質(zhì)序列是什么格式？()? gi|4506183|ref|NP_002779.1|p roteasomealp ha329、Homosa pie nsMSSIGTGYDLSASTFS PDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGWFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVR PF GCSFMLGS o o o o o? A. GBFF B. TEXT? C. PDBD. FASTA31、直系同源物定義為（）不同物種中具有共同祖先的同源序列 具有較小的氨基酸一致性但是有較大的結(jié)構(gòu)相似性的同源序列 同一物種中由基因復(fù)制產(chǎn)生的同源序列 同一物種中具有相似的并且通常是冗余功能的同源序列ABCD32、美國NIH維護(hù)提供的DNA序列數(shù)據(jù)庫是：A. GenBankB. ProteinC. dbEST D. dbSNP33、高分配對片段的英文縮寫為（A. HSPB. HMPC. HCPD. HDPBLAST比對結(jié)果報告中有一統(tǒng)計數(shù)值A(chǔ). 值越小說明匹配度越低B. 值越小說明匹配度越高C. 兩者無內(nèi)在關(guān)系D. 以上說法都不對34、 NCBI 提供了大量的序列分析工具，其中用來尋找是：（）? A. OR