NAMD入門教程(三)[共28頁]

1、 SMD 實(shí)驗(yàn)附加的外力造成的。因此,進(jìn)行 x原子所受的力, 是假想彈簧的形變量。 它等于假原子的位移 vt 減去 SMD 原子的位移, 其中 r 是 SMD 原子的初始位置, 是 SMD 原子的當(dāng)前位置。來,然后根據(jù)牛頓定律計算它的運(yùn)動情況。使用寫字板打開 common 目錄下我們剛剛制作的的內(nèi)容分成幾欄（ column ）： 10 欄數(shù)據(jù),已在圖中標(biāo)注出：（9 ）位置（ Occupancy ） 4.2.1 設(shè)定固定原子（ fixed atom ）和SMD 原子occupancy ）一欄指定哪個原2 、在VMD tk 中輸入以下命令,固定第一個氨基酸殘基的碳：set allatoms ato

2、mselect top allset fixedatom atomselect top$fixedatom set beta 1 set fixedatom atomselect top1 的原子將被牽拉。設(shè)置方法仍然是在$allatoms set occupancy 0set smdatom atomselect top$smdatom set occupancy 10 當(dāng)前pdb 文件中所有原子的“ occupancy ”一set smdatom atomselect top“resid 76 and name CAcommon 中,然后輸入：fixed atom ）,哪一個 圖 固定原子

3、（ Fixed atom ）的設(shè)置7 、8 、9 欄數(shù)值）可能和讀equilibration ）一步中各個原子的 SMD 原子的矢量的方向） 。set fixedpos lindex $fixedatom get x y z 0圖 假想的拉力矢量的坐標(biāo) sample.conf 。文件在ubq_ww_pcv.conf 。現(xiàn)在我們看到的是一個配置文件的樣本 structure ./common/ubq.psf 部分。此外 Force-Field Parameters,Integrator Parameters和PME三項(xiàng)也不需改變。 fixedAtoms ww9 、IMD Settings 一項(xiàng)不

4、需要改變,默認(rèn)是不啟用10 、在Extra Parameters 一部分輸入以下內(nèi)容：NAMD 我們將使用 SMD 原子。 SMD 原子和假原子之間的彈簧彈性常數(shù)為 7 kcal/mol/A(1 kcal/mol = 69.479 pN /A。 一項(xiàng)設(shè)定的就) SMDVel 12 、接下來繼續(xù)輸入：20000 步, 相當(dāng)于 40ps ：,內(nèi)存： 512M 可以在 10min 之內(nèi)完成。 SMD 模擬： 恒力牽拉。 我們?nèi)孕枰潭ㄒ粋€原子并指定4.3.1 設(shè)定固定原子（ fixed atom ）和SMD 原子2 、在VMD tk 中輸入以下命令,固定第一個氨基酸殘基的碳：set allatoms

5、 atomselect top allset fixedatom atomselect top$fixedatom set beta 13 、輸入以下命令,設(shè)定 SMD 原子和拉力的大小：set smdatom atomselect top“resid 76 and namd CA11.54 kcal/mol/A 。相當(dāng)于 800pN （8.0 注 意 n x , n y , n z 三 個 參 數(shù) 就 是 我 們 在 4.2.2 一 節(jié) 求 出 的 矢 量 的 坐 標(biāo)Windows 資源管理器,找到sample.conf ,制作我common 目錄下的 sample.conf 拷貝到 str

6、ucture ./common/ubq.psf一部分。此外Force-Field fixedAtoms ww9 、IMD Settings 一項(xiàng)不需要改變,默認(rèn)是不啟用10 、在Extra Parameters 一部分輸入以下內(nèi)容：./common/ubq_ww_eq2.ref ubq_ww_eq2.ref 文件中。20000 步, 相當(dāng)于 40ps ： ./3-2-pullcf/ubq_ww_pcf.log,內(nèi)存： 512M 可以在 10min 之內(nèi)完成。 3 、單擊播放控制滑塊,將它向右推到第一幀,這時的蛋白還是以 圖：伸展?fàn)顟B(tài)下 VMD 認(rèn)為整個肽鏈都是 loop圖 將播放控制滑塊推到第一幀 , 研究一下在拉伸的過程中哪一種二級結(jié)構(gòu)先消失, 哪一種后unfolding pathway ）我們知道, 除少數(shù)在線粒 4.4.1.3 牽引力 - 時間作圖2 、下面我們將使用一個腳本文件從日志文件中提取NAMD 輸出文件中關(guān)于 SMD 受3-1-pullcv 目錄下,讀者可以輸入ft.tcl 。下面在 tk 中輸入：dir 命令查看當(dāng)前目錄下ft.tcl 。調(diào)用之后,腳本會要求用戶輸入三個值：4.2.2 一節(jié)計算得到的拉力矢量坐標(biāo)（ XY 散點(diǎn)圖,子類型選擇右下角“無數(shù) 100001500