新版PubMed文獻(xiàn)檢索專業(yè)教育

1、第一節(jié) pubmed pubmed概述概述1pubmed的檢索方法的檢索方法 2pubmed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理 3pubmed的其他工具與鏈接的其他工具與鏈接 4小結(jié)小結(jié)524.1.1 pubmed概述概述3pubmed概述概述v什么是什么是pubmed？vpubmed的發(fā)展過程的發(fā)展過程vpubmed的收錄范圍的收錄范圍vpubmed的記錄來源的記錄來源vpubmed的常用字段的常用字段4什么是什么是pubmed?v生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域應(yīng)用最廣泛也最重要的數(shù)據(jù)庫，生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域應(yīng)用最廣泛也最重要的數(shù)據(jù)庫，由美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院（由美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院（nih）下屬的美國(guó)國(guó)立）下屬的美國(guó)國(guó)

2、立醫(yī)學(xué)圖書館（醫(yī)學(xué)圖書館（nlm）的國(guó)家生物技術(shù)信息中心）的國(guó)家生物技術(shù)信息中心（ncbi）開發(fā)、維護(hù)）開發(fā)、維護(hù)v面向全世界免費(fèi)提供最新的生物醫(yī)學(xué)信息面向全世界免費(fèi)提供最新的生物醫(yī)學(xué)信息v每周每周5天更新數(shù)據(jù)，檢索功能完善，使用方便天更新數(shù)據(jù)，檢索功能完善，使用方便v整合在整合在ncbi的統(tǒng)一檢索平臺(tái)的統(tǒng)一檢索平臺(tái)entrez上，與該平臺(tái)上，與該平臺(tái)其他數(shù)據(jù)庫建立無縫鏈接，可實(shí)現(xiàn)跨庫檢索其他數(shù)據(jù)庫建立無縫鏈接，可實(shí)現(xiàn)跨庫檢索 /pubmed56pubmed發(fā)展過程發(fā)展過程1997-1983-1971-1879-pubmed網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)

3、庫medline光盤數(shù)據(jù)庫光盤數(shù)據(jù)庫medline聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng)聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng)index medicus （im）檢索期刊）檢索期刊6pubmed的收錄范圍的收錄范圍v收錄全世界收錄全世界80多個(gè)國(guó)家多個(gè)國(guó)家5200多種生物醫(yī)學(xué)期刊的多種生物醫(yī)學(xué)期刊的文摘及題錄數(shù)據(jù)文摘及題錄數(shù)據(jù)v絕大部分可回溯至絕大部分可回溯至1948年，最早回溯至年，最早回溯至1865年年v累積了累積了1900多萬條文獻(xiàn)記錄多萬條文獻(xiàn)記錄v部分文獻(xiàn)可直接獲取全文，包括：部分文獻(xiàn)可直接獲取全文，包括： pubmed central (pmc，收錄期刊780余種)：nlm開發(fā)的免費(fèi)生物醫(yī)學(xué)數(shù)字化期刊全文數(shù)據(jù)庫 開放獲?。╫pen

4、access，oa）期刊 部分出版商提供的免費(fèi)文獻(xiàn) v與出版商的電子期刊文獻(xiàn)同步發(fā)布，標(biāo)注為與出版商的電子期刊文獻(xiàn)同步發(fā)布，標(biāo)注為epub ahead of print（先于印刷版期刊發(fā)表的電子文獻(xiàn)）（先于印刷版期刊發(fā)表的電子文獻(xiàn)）或或epub7pubmed的記錄來源的記錄來源v medline：pubmed主體部分主體部分pubmed-indexed for medlinev in-process citations： 尚未進(jìn)行尚未進(jìn)行mesh主題詞主題詞標(biāo)引的最新文獻(xiàn)標(biāo)引的最新文獻(xiàn)pubmed-in processv publisher supplied citations：出版商提供，：

5、出版商提供，但不被但不被medline收錄的文獻(xiàn)收錄的文獻(xiàn)pubmed - as supplied by publisherv oldmedline：部分：部分1966年以前出版且未被年以前出版且未被medline收錄的文獻(xiàn)收錄的文獻(xiàn)pubmed-oldmedline 8pubmed記錄的主要字段記錄的主要字段字段標(biāo)識(shí)：字段名稱字段標(biāo)識(shí)：字段名稱 ab：abstract ad：affiliation all：all field au：authors 1au：first author fau：full author name lastau：last author pmid：pubmed uniq

6、ue identifier cy：country dp：publication date edat：entrez date gs：gene symbol gn：grant number 字段標(biāo)識(shí)：字段名稱字段標(biāo)識(shí)：字段名稱 is：issn la：language mh：mesh terms majr：mesh major topic sh：mesh subheadings pt：publication type so：source ta：journal title ti：title tw：text words uid：unique identifiers nm：substance number

7、 tiab：title/abstract94.1.2 pubmed的檢索方法的檢索方法104.1.2 pubmed的檢索方法的檢索方法v 基本檢索基本檢索 自動(dòng)詞語匹配檢索 著者檢索 期刊檢索 短語精確檢索 截詞檢索 字段限定檢索 布爾邏輯檢索v 高級(jí)檢索高級(jí)檢索 檢索史 組合檢索 檢索限定 索引檢索 主題詞檢索 期刊數(shù)據(jù)庫檢索 單篇引文匹配器 臨床查詢 專類查詢 11pubmed主頁面主頁面基本檢索高級(jí)檢索登錄my ncbi12自動(dòng)詞語匹配檢索自動(dòng)詞語匹配檢索(automatic terms mapping) v輸入有實(shí)際意義的檢索詞，點(diǎn)擊輸入有實(shí)際意義的檢索詞，點(diǎn)擊“search”，系，系

8、統(tǒng)按照自動(dòng)詞語匹配的原理進(jìn)行檢索統(tǒng)按照自動(dòng)詞語匹配的原理進(jìn)行檢索vpubmed最具特色的檢索功能之一最具特色的檢索功能之一 智能化的檢索過程 基本原理：對(duì)輸入的檢索詞，首先在多個(gè)索引詞表進(jìn)行搜索、比對(duì)，并自動(dòng)轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的mesh主題詞、著者或刊名，再將檢索詞在all fields（所有字段）中檢索，并執(zhí)行“or”邏輯運(yùn)算。如有多個(gè)檢索詞或短語詞組，則繼續(xù)將其拆分為單詞后分別在all fields（所有字段）中檢索，單詞之間的邏輯關(guān)系為“and”vsearch details框詳細(xì)顯示自動(dòng)詞語匹配的實(shí)際框詳細(xì)顯示自動(dòng)詞語匹配的實(shí)際檢索式檢索式v有較好的查全率，同時(shí)保證一定的查準(zhǔn)率有較好的查全率，

9、同時(shí)保證一定的查準(zhǔn)率13v例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文獻(xiàn)，最簡(jiǎn)單例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文獻(xiàn)，最簡(jiǎn)單的方法是在檢索框中直接輸入的方法是在檢索框中直接輸入heart attack aspirin三個(gè)詞，系統(tǒng)即進(jìn)行自動(dòng)詞語匹配檢索，三個(gè)詞，系統(tǒng)即進(jìn)行自動(dòng)詞語匹配檢索，detail欄欄目顯示目顯示pubmed實(shí)際執(zhí)行的檢索式為實(shí)際執(zhí)行的檢索式為(myocardial infarctionmesh terms or (myocardialall fields and infarctionall fields) or myocardial infarctionall fields or (

10、heartall fields and attackall fields) or heart attackall fields) and (aspirinmesh terms or aspirinall fields)14著者檢索著者檢索v 在檢索框中輸入著者姓名，在檢索框中輸入著者姓名，pubmed自動(dòng)執(zhí)行著自動(dòng)執(zhí)行著者檢索者檢索v 一般姓在前名在后，姓用全稱，名用首字母一般姓在前名在后，姓用全稱，名用首字母例如，輸入smith sr可檢索出姓為smith，名的首字母為sr的所有著者的文獻(xiàn)v 為提高查準(zhǔn)率，可將著者與著者單位、主題等信為提高查準(zhǔn)率，可將著者與著者單位、主題等信息結(jié)合起來檢索息

11、結(jié)合起來檢索v 2002年以后的文獻(xiàn)，年以后的文獻(xiàn)，pubmed可實(shí)現(xiàn)對(duì)姓名全稱可實(shí)現(xiàn)對(duì)姓名全稱的檢索，而且姓名排列順序不限的檢索，而且姓名排列順序不限例如，輸入smith sr的姓名全稱steven r smith，可檢索出2002年以來該著者被pubmed收錄的文獻(xiàn)。v 通過字段限定檢索及組合檢索可實(shí)現(xiàn)更精確的著通過字段限定檢索及組合檢索可實(shí)現(xiàn)更精確的著者檢索者檢索例如，輸入smith sr 1au可檢索出第一著者為smith sr的所有文獻(xiàn)。 15期刊檢索期刊檢索v 在檢索框中輸入期刊信息，在檢索框中輸入期刊信息，pubmed自動(dòng)檢索出該自動(dòng)檢索出該期刊的文獻(xiàn)：期刊的文獻(xiàn)：刊名全稱：如t

12、he american journal of pathology標(biāo)準(zhǔn)的medline刊名縮寫：如am j pathol期刊的issn號(hào)：如0002-9440， am j pathol issn號(hào)v 當(dāng)刊名與當(dāng)刊名與mesh詞相同時(shí)，詞相同時(shí)，pubmed默認(rèn)將其作為默認(rèn)將其作為mesh詞檢索。為避免誤檢，可采用刊名字段限定詞檢索。為避免誤檢，可采用刊名字段限定檢索檢索例如，cell ta可檢索出在期刊cell被pubmed收錄的所有文獻(xiàn)v 利用利用pubmed的的journals database可查找期刊的可查找期刊的詳細(xì)信息詳細(xì)信息 16短語精確檢索短語精確檢索v 短語精確檢索是將檢索詞加

13、上雙引號(hào)進(jìn)行強(qiáng)制短語精確檢索是將檢索詞加上雙引號(hào)進(jìn)行強(qiáng)制檢索檢索v 短語精確檢索時(shí)，短語精確檢索時(shí)，pubmed關(guān)閉自動(dòng)詞語匹配關(guān)閉自動(dòng)詞語匹配功能，直接將該短語作為一個(gè)檢索詞進(jìn)行檢索，功能，直接將該短語作為一個(gè)檢索詞進(jìn)行檢索，避免了自動(dòng)詞語匹配時(shí)將短語拆分可能造成的避免了自動(dòng)詞語匹配時(shí)將短語拆分可能造成的誤檢，可提高查準(zhǔn)率誤檢，可提高查準(zhǔn)率例如，輸入“metabolic syndrome”, pubmed在所有可檢索字段中查找含有短語詞組metabolic syndrome的文獻(xiàn) 17截詞檢索截詞檢索v 在檢索詞后加在檢索詞后加“*”可實(shí)現(xiàn)截詞檢索，以提高查全可實(shí)現(xiàn)截詞檢索，以提高查全率率v

14、 截詞檢索時(shí)，截詞檢索時(shí)，pubmed關(guān)閉自動(dòng)詞語匹配功能關(guān)閉自動(dòng)詞語匹配功能 例如，輸入immun*可檢索出immun開頭的所有詞語，如immunity, immunology, immune, immunological等18字段限定檢索字段限定檢索v字段限定檢索的形式：檢索詞字段限定檢索的形式：檢索詞 字段標(biāo)識(shí)字段標(biāo)識(shí) 例如，leukemia ti可檢索出篇名中含有l(wèi)eukemia的文獻(xiàn) myocarditis majr可檢索出mesh major topic為myocarditis的文獻(xiàn)v字段限定檢索可提高查準(zhǔn)率字段限定檢索可提高查準(zhǔn)率19布爾邏輯檢索布爾邏輯檢索v 支持支持and，o

15、r，not布爾邏輯運(yùn)算布爾邏輯運(yùn)算v 邏輯運(yùn)算符要大寫邏輯運(yùn)算符要大寫v 直接輸入幾個(gè)檢索詞，系統(tǒng)默認(rèn)詞之間是直接輸入幾個(gè)檢索詞，系統(tǒng)默認(rèn)詞之間是and的邏輯組配關(guān)系的邏輯組配關(guān)系v 可以輸入檢索式的序號(hào)進(jìn)行布爾邏輯運(yùn)算，如可以輸入檢索式的序號(hào)進(jìn)行布爾邏輯運(yùn)算，如#1 and #3 20pubmed高級(jí)檢索頁面高級(jí)檢索頁面檢索史組合檢索檢索限定索引檢索臨床咨詢、專題咨詢、主題詞檢索、期刊檢索、單篇引文匹配器21檢索史（檢索史（search history）v點(diǎn)擊點(diǎn)擊search history，顯示檢索史，包括檢索式，顯示檢索史，包括檢索式序號(hào)、檢索提問式、檢索時(shí)間及檢索結(jié)果數(shù)序號(hào)、檢索提問式

16、、檢索時(shí)間及檢索結(jié)果數(shù)v單擊檢索式序號(hào)，顯示單擊檢索式序號(hào)，顯示options選項(xiàng)，可執(zhí)行選項(xiàng)，可執(zhí)行and, or, not、delete（刪除檢索式）、（刪除檢索式）、go（直接檢索）、（直接檢索）、details（顯示檢索式詳情）、（顯示檢索式詳情）、save in my ncbi（把檢索式保存在（把檢索式保存在my ncbi）等不同操作等不同操作v檢索史最多保留檢索史最多保留8小時(shí)小時(shí) 22pubmed高級(jí)檢索的檢索史高級(jí)檢索的檢索史點(diǎn)擊檢索式序號(hào)，顯示options選項(xiàng)23組合檢索（組合檢索（search by author，journal，publication date，and

17、more）v組合檢索可以實(shí)現(xiàn)多個(gè)字段的邏輯組配檢索組合檢索可以實(shí)現(xiàn)多個(gè)字段的邏輯組配檢索v默認(rèn)在最近一次檢索式的基礎(chǔ)上進(jìn)行字段限定檢默認(rèn)在最近一次檢索式的基礎(chǔ)上進(jìn)行字段限定檢索，以提高查準(zhǔn)率索，以提高查準(zhǔn)率v檢索時(shí)，先選擇檢索字段，輸入檢索詞（點(diǎn)擊檢索時(shí)，先選擇檢索字段，輸入檢索詞（點(diǎn)擊index顯示該檢索詞的索引，幫助選詞），再確顯示該檢索詞的索引，幫助選詞），再確定檢索詞的邏輯關(guān)系，默認(rèn)為定檢索詞的邏輯關(guān)系，默認(rèn)為all of these（and），也可以選），也可以選any of these （or），點(diǎn)），點(diǎn)擊擊search，完成檢索，完成檢索 24舉例：舉例：通過組合檢索查找通過組合

18、檢索查找2000年以來美國(guó)路易斯安州年以來美國(guó)路易斯安州pennington biomedical research center的的smith sr在在diabetes上發(fā)表的文獻(xiàn)上發(fā)表的文獻(xiàn) 多個(gè)字段的組合檢索，提高查準(zhǔn)率點(diǎn)擊index可幫助選詞25檢索限定（檢索限定（limit by topics，languages, and journal groups）v檢索限定可以對(duì)檢索結(jié)果進(jìn)行精確的限定，包括：檢索限定可以對(duì)檢索結(jié)果進(jìn)行精確的限定，包括： full text, free full text, and abstracts（限定檢索結(jié)果含全文鏈接、免費(fèi)全文或摘要） human or

19、animals（研究對(duì)象） gender（性別） language（語種） type of article（文獻(xiàn)類型） ages（年齡） subsets（子集，可以按journal groups、topics等劃分）v注意：檢索限定一經(jīng)選定，會(huì)保持激活狀態(tài)而在此注意：檢索限定一經(jīng)選定，會(huì)保持激活狀態(tài)而在此后的檢索中持續(xù)起作用后的檢索中持續(xù)起作用 26舉例：檢索舉例：檢索“羅格列酮治療羅格列酮治療老年人老年人糖尿病的糖尿病的隨機(jī)對(duì)照臨床試驗(yàn)隨機(jī)對(duì)照臨床試驗(yàn)的的英文英文文文獻(xiàn)獻(xiàn)”，可輸入，可輸入 diabetes mellitus rosiglitazone，再進(jìn)行檢索限，再進(jìn)行檢索限定定文獻(xiàn)類型

20、選“隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)（rct）”語種選“英語”年齡選“老年人”27索引檢索（索引檢索（index of fields and field values）v索引檢索主要用于正確選擇檢索詞索引檢索主要用于正確選擇檢索詞v先選擇檢索字段，輸入檢索詞后點(diǎn)擊先選擇檢索字段，輸入檢索詞后點(diǎn)擊index，可，可顯示該詞的相關(guān)索引詞，選定檢索詞后點(diǎn)擊顯示該詞的相關(guān)索引詞，選定檢索詞后點(diǎn)擊and、or或或not，可以與最近一次的檢索式進(jìn)行布爾，可以與最近一次的檢索式進(jìn)行布爾邏輯運(yùn)算邏輯運(yùn)算 28pubmed的索引檢索的索引檢索myocardial infarction的所有索引詞選定檢索詞后進(jìn)行布爾邏輯運(yùn)算29me

21、sh主題詞檢索（主題詞檢索（mesh） vmesh主題詞檢索是主題詞檢索是pubmed最具特色的檢索功能最具特色的檢索功能之一，能保證較好的查全率和查準(zhǔn)率之一，能保證較好的查全率和查準(zhǔn)率 主題詞對(duì)同一概念的不同表達(dá)方式進(jìn)行了規(guī)范 主題詞可以組配相應(yīng)的副主題詞，使檢索結(jié)果更加專指 主題詞的樹狀結(jié)構(gòu)表：系統(tǒng)默認(rèn)對(duì)含有下位概念的主題詞進(jìn)行擴(kuò)展檢索（點(diǎn)選do not explode this term則不進(jìn)行擴(kuò)檢） 應(yīng)用major topic（主要主題詞）檢索，可以使檢索結(jié)果更加準(zhǔn)確v注意：用注意：用mesh詞檢索時(shí)，只檢索來源于詞檢索時(shí)，只檢索來源于medlilne的文獻(xiàn)，不檢索的文獻(xiàn)，不檢索pub

22、med其他來源的文其他來源的文獻(xiàn)（包括獻(xiàn)（包括in-process， supplied by publisher, oldmedline等）等） 30舉例：用舉例：用mesh主題詞檢索有關(guān)艾滋病流行病學(xué)的文獻(xiàn)主題詞檢索有關(guān)艾滋病流行病學(xué)的文獻(xiàn)v檢索步驟檢索步驟1. 進(jìn)入mesh database主頁面，在檢索框中輸入aids，點(diǎn)擊go，系統(tǒng)提供與aids相關(guān)的所有主題詞及其含義2. 瀏覽選詞，確定aids的規(guī)范化mesh主題詞為acquired immunodeficiency syndrome，點(diǎn)擊進(jìn)入主題詞細(xì)覽頁面，包括主題詞定義，副主題詞(subheadings)，入口詞或款目詞(ent

23、ry terms)，相關(guān)參照(see also)，樹形結(jié)構(gòu)(mesh tree)3. 在subheadings中點(diǎn)選epidemiology（流行病學(xué)）4. 點(diǎn)選restrictions search to major topic headings only（檢索結(jié)果限定為主要主題詞）5. 在sent to下拉菜單中點(diǎn)選search box with and，檢索框中出現(xiàn)檢索式acquired immunodeficiency syndrome /epidemiologymajr，點(diǎn)擊search pubmed，可得檢索結(jié)果 31mesh主題詞檢索主頁面主題詞檢索主頁面輸入入口詞aidsaid

24、s的規(guī)范化主題詞及含義aids的相關(guān)主題詞32mesh主題詞細(xì)覽頁面主題詞細(xì)覽頁面選擇副主題詞“流行病學(xué)”限定檢索結(jié)果為主要主題詞（major topic）確定主題詞及副主題詞后，點(diǎn)選search box with and點(diǎn)擊search pubmed完成檢索33mesh主題詞的其他信息主題詞的其他信息mesh主題詞的入口詞或款目詞mesh主題詞的相關(guān)參照mesh主題詞的樹形結(jié)構(gòu)34期刊數(shù)據(jù)庫檢索（期刊數(shù)據(jù)庫檢索（journals）v期刊數(shù)據(jù)庫檢索可查詢期刊數(shù)據(jù)庫檢索可查詢pubmed及及entrez平臺(tái)其平臺(tái)其他數(shù)據(jù)庫所收錄的期刊信息他數(shù)據(jù)庫所收錄的期刊信息v提供提供topic、刊名全稱、刊

25、名全稱、medline刊名縮寫、刊名縮寫、issn等檢索途徑，也可以按學(xué)科（等檢索途徑，也可以按學(xué)科（subject terms）進(jìn)行瀏覽）進(jìn)行瀏覽v在在journal database主頁面主頁面 點(diǎn)擊limits可以按語種、不同子集及其他字段進(jìn)行期刊檢索 點(diǎn)擊lists of all entrez journals，鏈接到entrez平臺(tái)所收錄期刊一覽表（包括pubmed收錄的所有期刊） 點(diǎn)擊links to full-text web sites，可鏈接到linkout journal lists頁面，了解能提供期刊全文的web站點(diǎn) 35舉例：查詢舉例：查詢pubmed收錄了哪些生理學(xué)方

26、面的期刊？收錄了哪些生理學(xué)方面的期刊？輸入刊名關(guān)鍵詞”生理學(xué)”某種期刊的詳細(xì)信息期刊的基本信息36單篇引文匹配器（單篇引文匹配器（single citation matcher）v單篇引文匹配器主要用于查找某一篇文獻(xiàn)的準(zhǔn)確單篇引文匹配器主要用于查找某一篇文獻(xiàn)的準(zhǔn)確信息信息v點(diǎn)擊點(diǎn)擊journal citation matcher，在系統(tǒng)給出的，在系統(tǒng)給出的選項(xiàng)中輸入已知信息，點(diǎn)擊選項(xiàng)中輸入已知信息，點(diǎn)擊go，返回符合要求的，返回符合要求的文獻(xiàn)信息文獻(xiàn)信息 journal：輸入刊名的任何有效信息，系統(tǒng)會(huì)主動(dòng)給出提示，幫助選擇正確的刊名 date：輸入期刊的出版日期 volume、issue、fi

27、rst page：輸入期刊的卷、期、起始頁碼 author name：輸入著者 title works中：輸入文獻(xiàn)篇名中的任意詞37舉例：已知舉例：已知2008年年circulation上有關(guān)于心源性休克的綜述文獻(xiàn)，查詢?cè)撈纳嫌嘘P(guān)于心源性休克的綜述文獻(xiàn)，查詢?cè)撈墨I(xiàn)的準(zhǔn)確信息獻(xiàn)的準(zhǔn)確信息輸入刊名、年份、題名中的詞等已知信息38臨床查詢（臨床查詢（clinical queries）v臨床查詢是專門為臨床醫(yī)生設(shè)計(jì)的檢索服務(wù)，包臨床查詢是專門為臨床醫(yī)生設(shè)計(jì)的檢索服務(wù)，包括括 search by clinical study category 查找疾病的etiology、diagnosis、ther

28、apy、prognosis及clinical predictions guides文獻(xiàn)，綜合考慮檢索結(jié)果的敏感性（broad，sensitive search，查全率較高）與特異性（narrow，specific search，查準(zhǔn)率較高） finding systematic reviews 提供systematic reviews、meta analysis、reviews of clinical trials、guidelines等循證醫(yī)學(xué)文獻(xiàn) medical genetics searches 查詢疾病的遺傳學(xué)文獻(xiàn)，有all 、diagnosis、differential diagno

29、sis、clinical description、management、genetics counseling、molecular genetics、genetics testing等選項(xiàng)39pubmed的臨床查詢（的臨床查詢（clinical queries）頁面）頁面檢索系統(tǒng)評(píng)價(jià)等循證醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索疾病的遺傳學(xué)文獻(xiàn)查找疾病的病因、診斷、治療、預(yù)后等信息40專題查詢（專題查詢（special queries）v專題查詢匯總整合了專題查詢匯總整合了pubmed提供的其他專題檢索提供的其他專題檢索功能（功能（directory of topic-specific pubmed queries），并

30、提供相應(yīng)的鏈接，包括：），并提供相應(yīng)的鏈接，包括： 不同的學(xué)科專題（subjects）設(shè)立的子集（subsets）：如aids，toxicology、cancer、history of medicine等 不同的期刊專輯（journal collections） 414.1.3 pubmed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理42檢索結(jié)果顯示檢索結(jié)果顯示vpubmed檢索結(jié)果顯示默認(rèn)為檢索結(jié)果顯示默認(rèn)為summary格式，包格式，包括：括： 篇名 著者 刊名 出版年月及卷期頁碼 pmid號(hào) 記錄狀態(tài)（indexed for medline; in process；) 相關(guān)文獻(xiàn)（related arti

31、cles）鏈接 如有免費(fèi)全文，則有free article鏈接43vsummary顯示格式的頁面右側(cè)有多個(gè)欄目，主顯示格式的頁面右側(cè)有多個(gè)欄目，主要包括：要包括： limits activated：處于激活狀態(tài)的檢索限定點(diǎn)擊，remove去除限定，change更改限定 filter your results：結(jié)果過濾，包括綜述、免費(fèi)全文等 titles with your search terms：提供20條篇名中包含了檢索詞的文獻(xiàn)記錄（密切相關(guān)文獻(xiàn)） free full-text articles in pubmed central：在pubmed central中能直接獲取全文的文獻(xiàn) fi

32、nd related data：鏈接到ncbi其他數(shù)據(jù)庫中檢索 search details：詳細(xì)顯示pubmed實(shí)際完成的檢索式 recent activity：顯示最近8小時(shí)內(nèi)在ncbi的操作記錄 44pubmed檢索結(jié)果的檢索結(jié)果的summary顯示格式顯示格式處于激活狀態(tài)的檢索限定檢索結(jié)果濾過（綜述、免費(fèi)全文）篇名中包含了檢索詞的密切相關(guān)文獻(xiàn)pubmed central中的免費(fèi)全文點(diǎn)擊display setting可更改顯示格式、每頁顯示條數(shù)及排序方式相關(guān)文獻(xiàn)及免費(fèi)全文鏈接45pubmed檢索結(jié)果的檢索結(jié)果的abstract顯示格式顯示格式出版類型、mesh主題詞出版商的全文鏈接保存及

33、輸出格式pmid號(hào)及記錄狀態(tài)最近的操作記錄46檢索結(jié)果保存及輸出檢索結(jié)果保存及輸出v 點(diǎn)擊檢索結(jié)果顯示頁面的點(diǎn)擊檢索結(jié)果顯示頁面的send to下拉菜單，下拉菜單，pubmed提供了以下保存及輸出方式，包括：提供了以下保存及輸出方式，包括：1. file：選中文獻(xiàn)記錄以文件的形式保存（ 用medline格式保存文件可以將結(jié)果直接轉(zhuǎn)入endnote等文件管理軟件）2. clipboard（剪貼板）：瀏覽、選擇選所需文獻(xiàn)，在send to中選擇clipboard，點(diǎn)選add to clipboard，選中文獻(xiàn)用綠色提示“item in clipboard” 。剪貼板中最多可保存500條記錄，保存時(shí)

34、間為8小時(shí)。點(diǎn)擊clipboard鏈接，顯示所有暫存文獻(xiàn)，再集中進(jìn)行處理473. collections：注冊(cè)了my ncbi的用戶可以選擇collections將檢索結(jié)果保存在my ncbi中，特別是對(duì)那些尚不確定是否相關(guān)的檢索結(jié)果，可以先保存在collections中，以后再登錄my ncbi對(duì)這些文獻(xiàn)記錄進(jìn)行瀏覽、刪除、排序4. email：將選中的檢索結(jié)果直接發(fā)送到指定的電子郵箱中。一次最多發(fā)送200條文獻(xiàn)記錄485. order：如果用戶無法獲取選中文獻(xiàn)的全文，可用order選項(xiàng)通過loansomedoc文獻(xiàn)傳遞系統(tǒng)向nlm訂購(gòu)全文，這項(xiàng)服務(wù)需支持一定的費(fèi)用6. rss feed：點(diǎn)

35、擊rss圖標(biāo)，再點(diǎn)擊create rss即可訂閱，隨時(shí)瀏覽追蹤這一檢索策略的最新檢索結(jié)果 494.1.4 pubmed的其他工具與鏈接的其他工具與鏈接50my ncbi（我的（我的ncbi）vmy ncbi：提供個(gè)性化服務(wù)，非常實(shí)用的文獻(xiàn)管：提供個(gè)性化服務(wù)，非常實(shí)用的文獻(xiàn)管理工具理工具vpubmed主頁的右上方有登錄主頁的右上方有登錄my ncbi 按鈕按鈕v用戶注冊(cè)并建立用戶注冊(cè)并建立my ncbi賬號(hào)后，可以管理在賬號(hào)后，可以管理在ncbi所有數(shù)據(jù)庫的檢索過程及檢索結(jié)果，追蹤了所有數(shù)據(jù)庫的檢索過程及檢索結(jié)果，追蹤了解所在研究領(lǐng)域的最新進(jìn)展解所在研究領(lǐng)域的最新進(jìn)展 51v my ncbi的主

36、要功能：的主要功能：1. 保存檢索策略及email定期自動(dòng)更新檢索結(jié)果完成檢索后，點(diǎn)擊save search，進(jìn)入my ncbi的my saved data頁面，在name of search欄中輸入檢索策略的名稱，點(diǎn)擊save，系統(tǒng)自動(dòng)提示是否需要通過email定期自動(dòng)發(fā)送新的檢索結(jié)果，以及發(fā)送的頻率、格式保存檢索策略后，登錄my ncbi主頁面，點(diǎn)擊saved searches子欄目下已保存的各個(gè)檢索策略，即可完成檢索點(diǎn)擊saved searches子欄目下的manage按鈕，可以對(duì)保存的多個(gè)檢索策略進(jìn)行排序、刪除、更改522. 保存檢索結(jié)果 瀏覽并選定檢索結(jié)果后，在send to菜單中選

37、擇collections，即進(jìn)入my ncbi中的collections子頁面 默認(rèn)為建立一個(gè)新文件保存選定的檢索結(jié)果，輸入文件名，系統(tǒng)自動(dòng)提示保存了多少條記錄；也可以將檢索結(jié)果添加到已有的文件記錄中 保存檢索結(jié)果后，只要登錄my ncbi主頁面， 點(diǎn)擊collections子欄目下的文件名，即可顯示已保存的檢索結(jié)果 點(diǎn)擊collections子欄目下的manage按鈕，可以對(duì)保存的檢索結(jié)果進(jìn)行刪除、排序、重命名、合并、共享等操作 533.過濾檢索結(jié)果 my ncbi的過濾器（filter）提供了個(gè)性化的檢索結(jié)果過濾功能在my ncbi主頁面，點(diǎn)擊左欄的search filters，點(diǎn)選pub

38、med，進(jìn)入pubmed filters，點(diǎn)擊frequently requested filters可對(duì)檢索結(jié)果進(jìn)行過濾，有綜述、臨床試驗(yàn)、免費(fèi)全文、全文、最近5年的文獻(xiàn)、英文、人類、有摘要等多個(gè)選項(xiàng)，勾選所需的項(xiàng)目，即可完成檢索結(jié)果過濾的設(shè)置。以后只要登錄my ncbi后檢索pubmed，檢索結(jié)果顯示頁面右側(cè)會(huì)顯示已設(shè)定的過濾結(jié)果，方便用戶瀏覽選擇4.建立個(gè)人書目記錄（my bibliography）以及其他感興趣著者的文獻(xiàn)記錄（other citations）5.my ncbi頁面的recent activity可以顯示最近6個(gè)月用戶的檢索記錄，包括檢索時(shí)間、檢索的數(shù)據(jù)庫、檢索結(jié)果、瀏覽

39、的文獻(xiàn)等 54pubmed中中my ncbi主頁面主頁面my ncbi中保存的數(shù)據(jù)（檢索策略、檢索結(jié)果、個(gè)人書目及操作記錄）設(shè)置檢索結(jié)果過濾55在在my ncbi中保存及管理中保存及管理檢索結(jié)果及檢索策略檢索結(jié)果及檢索策略點(diǎn)擊manage進(jìn)入檢索結(jié)果管理頁面點(diǎn)擊edit對(duì)檢索結(jié)果進(jìn)行編輯（刪除、排序、共享、重命名等）點(diǎn)擊setting可設(shè)置email定期發(fā)送檢索結(jié)果點(diǎn)擊manage進(jìn)入檢索策略管理頁面56外部鏈接（外部鏈接（linkout）vpubmed主頁主頁more resources欄目下有欄目下有l(wèi)inkout外部鏈接外部鏈接vpubmed及及ncbi的其他數(shù)據(jù)庫通過的其他數(shù)據(jù)庫通過l

40、inkout與其與其他外部資源與服務(wù)建立鏈接，包括在線全文數(shù)據(jù)他外部資源與服務(wù)建立鏈接，包括在線全文數(shù)據(jù)庫、生物學(xué)數(shù)據(jù)庫、圖書館館藏信息、消費(fèi)者健庫、生物學(xué)數(shù)據(jù)庫、圖書館館藏信息、消費(fèi)者健康信息、研究工具等康信息、研究工具等57批量引文匹配器（批量引文匹配器（batch citation matcher）v點(diǎn)擊點(diǎn)擊pubmed主頁的主頁的pubmed tools欄目下的欄目下的batch citation matcher，進(jìn)入批量引文匹配器，進(jìn)入批量引文匹配器，主要用于批量核對(duì)文獻(xiàn)信息主要用于批量核對(duì)文獻(xiàn)信息v檢索時(shí)輸入的格式為：檢索時(shí)輸入的格式為： 刊名年卷起始頁碼著者核對(duì)文獻(xiàn)的標(biāo)識(shí) 返回的

41、結(jié)果含有文獻(xiàn)記錄的唯一識(shí)別碼pmidv用用batch citation matcher一次可核對(duì)不超過一次可核對(duì)不超過100條文獻(xiàn)，檢索結(jié)果可通過條文獻(xiàn)，檢索結(jié)果可通過email發(fā)送或直接存入發(fā)送或直接存入文件中文件中 58臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫（臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫（clinical trials）v點(diǎn)擊點(diǎn)擊pubmed主頁主頁more resources欄目下的欄目下的clinical trials，進(jìn)入美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館研制開，進(jìn)入美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館研制開發(fā)的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫發(fā)的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫 /vclinical trials收錄了美國(guó)及全世界收錄了美國(guó)

42、及全世界170多個(gè)國(guó)家多個(gè)國(guó)家經(jīng)注冊(cè)登記的經(jīng)注冊(cè)登記的8萬多個(gè)臨床試驗(yàn)的詳細(xì)信息，目萬多個(gè)臨床試驗(yàn)的詳細(xì)信息，目前包含有前包含有8萬多條，是十分重要的循證醫(yī)學(xué)萬多條，是十分重要的循證醫(yī)學(xué)信息信息資源資源594.1.4 pubmed小結(jié)小結(jié)60 pubmed的自動(dòng)詞語匹配檢索一般適合檢索經(jīng)驗(yàn)有限的初級(jí)用戶，也適合對(duì)課題做初步檢索。檢索經(jīng)驗(yàn)豐富的用戶，或者對(duì)查全率查準(zhǔn)率有較高要求的檢索課題，需要仔細(xì)分析課題，編制比較完備的檢索策略，綜合運(yùn)用pubmed提供的各種高級(jí)檢索功能 主題詞檢索是pubmed最具特色的功能之一，能保證較好的查準(zhǔn)率及查準(zhǔn)率。主題詞組配副主題詞使檢索結(jié)果更為專指，限定在主要主題

43、詞檢索能使結(jié)果更準(zhǔn)確。但是主題詞檢索也有一些固有的缺陷，比如很多專指的概念沒有相應(yīng)的主題詞，一些新出現(xiàn)的概念要幾年后才收錄為主題詞。這種情況下，采用字段限定檢索等方法也能得到較好的查準(zhǔn)率。此外，主題詞檢索還可能會(huì)漏掉一些最新的文獻(xiàn)（in process citations） 熟練運(yùn)用pubmed 的檢索限定、臨床查詢、引文匹配等工具，能大大提高檢索效率。此外，個(gè)性化服務(wù)工具my ncbi功能強(qiáng)大，能保存、管理在pubmed中的所有檢索過程及檢索結(jié)果 61第二節(jié) embase 62一、概一、概 況況 v荷蘭荷蘭elsevier（愛思唯爾）出版公司出版。（愛思唯爾）出版公司出版。v生命科學(xué)領(lǐng)域最重

44、要的四種文獻(xiàn)檢索工具之一。生命科學(xué)領(lǐng)域最重要的四種文獻(xiàn)檢索工具之一。 v收錄來自收錄來自70多個(gè)國(guó)家的多個(gè)國(guó)家的7200多種同行評(píng)審期刊，多種同行評(píng)審期刊，數(shù)據(jù)每日更新，每年新增大約數(shù)據(jù)每日更新，每年新增大約60多萬篇文獻(xiàn)。多萬篇文獻(xiàn)。v學(xué)科覆蓋范圍涉及廣泛。學(xué)科覆蓋范圍涉及廣泛。v提供提供emtree主題詞表輔助檢索，詞表整合了主題詞表輔助檢索，詞表整合了nlm的的mesh詞表，共計(jì)包括詞表，共計(jì)包括5.5萬多個(gè)藥物、萬多個(gè)藥物、生物醫(yī)學(xué)和生物學(xué)術(shù)語，生物醫(yī)學(xué)和生物學(xué)術(shù)語，22萬多個(gè)同義詞，大約萬多個(gè)同義詞，大約2萬個(gè)萬個(gè)cas化學(xué)物質(zhì)登記號(hào)?；瘜W(xué)物質(zhì)登記號(hào)。63二、檢索運(yùn)算符與運(yùn)算規(guī)則二、

45、檢索運(yùn)算符與運(yùn)算規(guī)則v布爾邏輯運(yùn)算符：布爾邏輯運(yùn)算符：and、or和和notv鄰近度算符：鄰近度算符：near/n和和next/nv截詞符：截詞符：*號(hào)和號(hào)和?號(hào)號(hào)v短語檢索：詞組或短語必須加上引號(hào)短語檢索：詞組或短語必須加上引號(hào)v字段限定符：主要包括字段限定符：主要包括“：”號(hào)和號(hào)和“/”號(hào)號(hào)v多種運(yùn)算符的聯(lián)用：多種運(yùn)算符的聯(lián)用：(symptom* near/5 (headache* or head ache):ti,ab 64三、檢索方法與技巧三、檢索方法與技巧v快速檢索快速檢索v高級(jí)檢索高級(jí)檢索v藥物檢索藥物檢索v疾病檢索疾病檢索v文章檢索文章檢索vemtree主題詞表輔助檢索主題詞表輔

46、助檢索v期刊瀏覽期刊瀏覽v著者檢索著者檢索65（一）快速檢索（一）快速檢索（quick search）v對(duì)輸入的檢索式進(jìn)行全文檢索，即在全字段范圍對(duì)輸入的檢索式進(jìn)行全文檢索，即在全字段范圍內(nèi)的檢索。內(nèi)的檢索。v可輸入任意的單詞、詞組或檢索表達(dá)式，可進(jìn)行可輸入任意的單詞、詞組或檢索表達(dá)式，可進(jìn)行布爾邏輯檢索、鄰近度檢索、截詞檢索和字段限布爾邏輯檢索、鄰近度檢索、截詞檢索和字段限定檢索。定檢索。vautocomplete功能利用后臺(tái)詞表為用戶指引功能利用后臺(tái)詞表為用戶指引推薦合適的主題詞，供用戶選擇。推薦合適的主題詞，供用戶選擇。v勾選輸入框下的勾選輸入框下的extensive search選項(xiàng)，

47、系統(tǒng)選項(xiàng)，系統(tǒng)將對(duì)檢索式進(jìn)行擴(kuò)詞檢索。將對(duì)檢索式進(jìn)行擴(kuò)詞檢索。66（一）快速檢索（一）快速檢索（quick search）快速檢索界面67（二）高級(jí)檢索（二）高級(jí)檢索（advanced search）v檢索表達(dá)式的編制方法與規(guī)則與快速檢索相同。檢索表達(dá)式的編制方法與規(guī)則與快速檢索相同。v提供多種對(duì)檢索式進(jìn)行修飾和限定的方法。提供多種對(duì)檢索式進(jìn)行修飾和限定的方法。v提供五種檢索式的修飾方法。提供五種檢索式的修飾方法。map to preferred terminology（匹配主題詞檢索）also search as free text（還作自由詞檢索）include sub-terms/der

48、ivatives（擴(kuò)展下位詞和派生詞檢索）search terms must be of major focus in articles found（主題詞加權(quán)檢索）search also for synonyms, explosion on preferred terminology（還檢索同義詞及主題詞擴(kuò)展檢索）v提供多種檢索式的限定檢索方法提供多種檢索式的限定檢索方法 。68（一）快速檢索（一）快速檢索（quick search）快速檢索界面高級(jí)檢索界面69（三）藥物檢索（三）藥物檢索（drug search）v專為檢索藥物信息而設(shè)計(jì)的檢索途徑，檢索界面、專為檢索藥物信息而設(shè)計(jì)的檢索途徑

49、，檢索界面、檢索式修飾和限定方法與高級(jí)檢索基本相同。檢索式修飾和限定方法與高級(jí)檢索基本相同。v針對(duì)藥物檢索增設(shè)針對(duì)藥物檢索增設(shè)17種藥物副主題詞和種藥物副主題詞和47種給種給藥途徑的限定選擇。藥途徑的限定選擇。v可輸入藥物屬名、專利商品名，實(shí)驗(yàn)室代碼和化可輸入藥物屬名、專利商品名，實(shí)驗(yàn)室代碼和化學(xué)名來檢索藥物信息，如學(xué)名來檢索藥物信息，如claritin、loratadine、sch 29851等。等。v輸入的檢索詞會(huì)強(qiáng)制轉(zhuǎn)換匹配輸入的檢索詞會(huì)強(qiáng)制轉(zhuǎn)換匹配emtree藥物主題藥物主題詞進(jìn)行檢索。詞進(jìn)行檢索。70藥物檢索界面71（四）疾病檢索（四）疾病檢索（disease search）v專為檢

50、索疾病信息而設(shè)計(jì)的檢索途徑，檢索界面、專為檢索疾病信息而設(shè)計(jì)的檢索途徑，檢索界面、檢索式修飾和限定方法與高級(jí)檢索基本相同。檢索式修飾和限定方法與高級(jí)檢索基本相同。v針對(duì)疾病檢索的需要增設(shè)針對(duì)疾病檢索的需要增設(shè)14種疾病副主題詞的限種疾病副主題詞的限定選擇，如定選擇，如complication、congenital d i s o r d e r 、 d i a g n o s i s 、 d i s e a s e management等，這樣可以增強(qiáng)疾病檢索深度，等，這樣可以增強(qiáng)疾病檢索深度，提高查準(zhǔn)率。提高查準(zhǔn)率。v輸入的疾病名稱檢索詞會(huì)強(qiáng)制轉(zhuǎn)換匹配輸入的疾病名稱檢索詞會(huì)強(qiáng)制轉(zhuǎn)換匹配emt

51、ree疾病主題詞進(jìn)行檢索。疾病主題詞進(jìn)行檢索。72疾病檢索界面73（五）文章檢索（五）文章檢索（article search）v利用某些已知信息檢索某篇或某類文獻(xiàn)的檢索途利用某些已知信息檢索某篇或某類文獻(xiàn)的檢索途徑。徑。v文章檢索提供作者、期刊名稱、刊名縮寫、期刊文章檢索提供作者、期刊名稱、刊名縮寫、期刊分類編號(hào)、分類編號(hào)、issn號(hào)碼、期刊卷、期號(hào)及文章起號(hào)碼、期刊卷、期號(hào)及文章起始頁等多個(gè)字段檢索，并可進(jìn)行出版日期范圍限始頁等多個(gè)字段檢索，并可進(jìn)行出版日期范圍限制，對(duì)刊名和刊名縮寫字段還能進(jìn)行精確查找。制，對(duì)刊名和刊名縮寫字段還能進(jìn)行精確查找。74文章檢索界面75（六）（六）emtree主

52、題詞表輔助檢索主題詞表輔助檢索vemtree是是embase數(shù)據(jù)庫提供用戶對(duì)生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫提供用戶對(duì)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)進(jìn)行主題分析、標(biāo)引和檢索時(shí)使用的權(quán)威性文獻(xiàn)進(jìn)行主題分析、標(biāo)引和檢索時(shí)使用的權(quán)威性主題詞表。主題詞表。 v利用系統(tǒng)內(nèi)嵌的利用系統(tǒng)內(nèi)嵌的emtree主題詞表，提供用戶瀏主題詞表，提供用戶瀏覽探索該詞表、選擇最合適的主題詞、查核主題覽探索該詞表、選擇最合適的主題詞、查核主題詞的用詞范圍、瀏覽主題詞樹結(jié)構(gòu)并最終構(gòu)建一詞的用詞范圍、瀏覽主題詞樹結(jié)構(gòu)并最終構(gòu)建一個(gè)有效的主題詞檢索策略的過程。個(gè)有效的主題詞檢索策略的過程。 v提供兩種查詢?yōu)g覽主題詞的方法：提供兩種查詢?yōu)g覽主題詞的方法： 查找主題詞（find term） 按類瀏覽主題詞（browse by facet）76emtree主題詞表輔助檢索界面，在find term后輸入檢索詞，查找主題詞。77主題詞查詢結(jié)果，use：后為規(guī)范主題詞，前面則為款目詞。78主題詞樹狀結(jié)構(gòu)表，以及擴(kuò)展檢索和主要主題詞檢索選項(xiàng)添加到檢索框進(jìn)行檢索79按類瀏覽主題詞（browse by facet） 80（七）期刊瀏覽（七）期刊瀏覽（journals）v提供用戶按刊名字順瀏覽期刊（提供用戶按刊名字順瀏覽期刊（browse journals），按字順找到相關(guān)