質(zhì)譜培訓(xùn)教材

1、The world leader in serving scienceThermo Scientific China- Demo Center -LTQ 液質(zhì)聯(lián)用儀液質(zhì)聯(lián)用儀培訓(xùn)教材培訓(xùn)教材The world leader in serving science質(zhì)譜基本常識(shí)質(zhì)譜基本常識(shí)第一章第一章3“The basis in MS (mass spectrometry) is the production of ions, that are subsequently separated or filtered according to their mass-to-charge (m/z) rat

2、io and detected. The resulting mass spectrum is a plot of the (relative) abundance of the produced ions as a function of the m/z ratio.”（質(zhì)譜的基礎(chǔ)是產(chǎn)生離子，這些離子隨后按質(zhì)荷比大小被分離過(guò)濾并被檢測(cè)。得到的質(zhì)譜圖是產(chǎn)生離子質(zhì)荷比的相對(duì)豐度圖譜。）Niessen, W. M. A.; Van der Greef, J., Liquid ChromatographyMass Spectrometry: Principles and Applications,

3、1992, Marcel Dekker, Inc., New York, p. 29.什么是質(zhì)譜？什么是質(zhì)譜？4 怎樣理解質(zhì)譜怎樣理解質(zhì)譜5LC-MS & LC-MSnTime 時(shí)間Response 響應(yīng)Chromatogram 離子流圖m/zm/zMSMS-MS6總離子流圖總離子流圖7Mass Spectrometry “Simplified” (GMSD)GenerateIon ProductionIon OpticsLinear Ion TrapElectron MultiplierMoveSelectDetect8GenerateIons（產(chǎn)生離子）Move Ions（離子傳輸

4、）SelectIons（選擇離子）DetectIons（檢測(cè)離子）Sample In(樣品引入)Data Out（數(shù)據(jù)輸出） 質(zhì)譜簡(jiǎn)化流程質(zhì)譜簡(jiǎn)化流程9Atmospheric Pressure Ionization大氣壓下離子化離子源類型:lElectrospray Ionization (ESI) 電噴霧電離電噴霧電離 大多數(shù)情況下是液態(tài)過(guò)程lAPCI (Atmospheric Pressure Chemical Ionization) 大氣壓下化學(xué)電大氣壓下化學(xué)電離離 氣相過(guò)程lAPPI (Atmospheric Pressure Photo-Ionization) 大氣壓下光離子化大氣壓

5、下光離子化- 氣相過(guò)程離子源作用:lDesolvate sample flow for introduction into mass spectrometer. 去溶劑lBaffle the first vacuum region of the MS from atmospheric pressure in the source. 真空過(guò)渡lIonize the analyte or transport ion in solution to the gas phase. 離子化1.Pump away neutrals and opposite charged ions which would

6、otherwise interfere with the analysis of the desired polarity. 去除干擾離子產(chǎn)生離子產(chǎn)生 (API)10Chemistry Considerations 化學(xué)考慮化學(xué)考慮ESI:離子在液相產(chǎn)生有益于熱不穩(wěn)定化合物的分析有益于中等到高極性化合物分析 有益于大分子（蛋白 / 多肽）APCI/APPI:離子在氣態(tài)產(chǎn)生 不利于熱不穩(wěn)定化合物的分析 有益于低極性到中等極性化合物分析 適合小分子 (steroids-類固醇，甾體化合物) 適合含有發(fā)色基團(tuán)的化合物 (APPI)11Electrospray - Basic LayoutIon Tr

7、ansfer Tube 金屬毛細(xì)管ESI Needle+/- 5 kVTaylor Cone 泰勒錐Solvent evaporation and Ion desolvation 溶劑蒸發(fā)和去溶劑溶劑蒸發(fā)和去溶劑電噴霧電離過(guò)程電噴霧電離過(guò)程12Auxiliary Gas輔助氣輔助氣噴霧束噴霧束5kVESI 噴嘴橫截面噴嘴橫截面噴嘴噴針13w 堿性分子 M+H+ (-NH2) w 酸性分子M-H- (-COOH, -OH) 正負(fù)離子掃描選擇正負(fù)離子掃描選擇練習(xí)：請(qǐng)為這兩個(gè)化合物選擇合適的掃描方式練習(xí)：請(qǐng)為這兩個(gè)化合物選擇合適的掃描方式14Atmospheric Pressure Chemical

8、 Ionization (APCI) 大氣壓下化學(xué)電離大氣壓下化學(xué)電離 通過(guò)電暈放電達(dá)到氣相電離電離過(guò)程分以下三步1. 高壓電暈針作用于載氣高壓電暈針作用于載氣(N2)和揮發(fā)的和揮發(fā)的HPLC溶劑，產(chǎn)生初級(jí)離子。溶劑，產(chǎn)生初級(jí)離子。 O2 + e- O2+. + 2e- N2 + e- N2+. + 2e-2. 通過(guò)一系列復(fù)雜反應(yīng)，初級(jí)離子和溶劑分子產(chǎn)生溶劑離子，如通過(guò)一系列復(fù)雜反應(yīng)，初級(jí)離子和溶劑分子產(chǎn)生溶劑離子，如 H3O+ ， OH- 。3. 溶劑離子和分析物反應(yīng)產(chǎn)生正離子模式下的溶劑離子和分析物反應(yīng)產(chǎn)生正離子模式下的 (M+H)+ 或負(fù)離子模式下的或負(fù)離子模式下的 (M-H)- 。 H

9、3O+ + Analyte (Analyte + H)+ + H2O OH- + Analyte (Analyte H)- + H2O15Atmospheric Pressure Chemical Ionization (APCI) 大氣壓下化學(xué)電離大氣壓下化學(xué)電離 2004 Dr. Paul Gates, University of Bristol16Atmospheric Pressure Photo-Ionization (APPI) 大氣壓下光離子化電離大氣壓下光離子化電離利用APCI探針去溶劑通過(guò)UV光源離子化電離過(guò)程有以下兩步1. 分析物分子與分析物分子與UV光源作用（氪燈產(chǎn)生光源

10、作用（氪燈產(chǎn)生10和和10.6ev光子）。如光子）。如果分析物的電離勢(shì)能低于光子能量果分析物的電離勢(shì)能低于光子能量hv，分析物分子分析物分子M被電離成被電離成分子離子分子離子M+ 。 M + hv M+ + e-2. 分析物離子有可能從質(zhì)子溶劑（如果存在）那得到質(zhì)子形成分析物離子有可能從質(zhì)子溶劑（如果存在）那得到質(zhì)子形成離子離子M+H+ 。 M+ + S M+H+ + S-H17 靈敏度 圖譜質(zhì)量 速度“3D”“3D” vs. “2D” 線性離子阱線性離子阱18LTQ 二維線性離子阱二維線性離子阱60 m3/hr300L/sec400L/sec15 L/sec三端 口的分子渦輪泵Probe離子

11、透鏡離子透鏡線性離子阱線性離子阱Detector 1Detector 219可互換的離子源探針 (圖中所示是ESI探針)離子源探針位置調(diào)節(jié)器APPI 探針入口Ion Max 源源20Ion Max 離子源離子源離子傳輸毛細(xì)管離子傳輸毛細(xì)管入口電噴霧噴針離子傳輸毛細(xì)管離子傳輸毛細(xì)管入口電噴霧噴針 ESI噴嘴噴嘴 ESI 探針探針電噴霧針離子傳輸毛細(xì)管ESI噴嘴ESI探針21Ion Max 源設(shè)計(jì)源設(shè)計(jì) : ESI 探針探針ESI探針特征： 固定的噴射角度（60度） 增加鞘液接口（精確質(zhì)量測(cè)定和柱后修飾應(yīng)用） X, Y, Z 方向調(diào)節(jié)更加便于優(yōu)化液相 入口鞘液入口 ESI 噴針22樣品管外壁聚酰亞

12、胺涂層會(huì)吸收某些溶劑而變長(zhǎng)樣品管截面要平齊以保證好的噴霧狀態(tài)樣品管縮進(jìn)ESI噴針里1mm處得到最好噴霧效果鞘氣ESI NeedleESI Needle樣品聚酰亞胺聚酰亞胺石英管石英管ESI 噴針ESI NeedleESI Needle樣品聚酰亞胺聚酰亞胺石英管石英管ESI 噴針ESI 噴針鞘氣鞘氣鞘氣ESI 噴針樣品管延長(zhǎng)樣品管延長(zhǎng)23石英毛細(xì)管吸收溶劑溶脹圖例石英毛細(xì)管吸收溶劑溶脹圖例24 ESI探頭探頭 切面圖切面圖噴嘴ESI 噴針熔融石英毛細(xì)管噴嘴ESI 噴針金屬針 1 mm 1 mm25Metal Needle KitStainless Steel Needle SizeTypeSol

13、vent Flow Rate(mL/min)Part No 34-Gauge(30 mM ID)Low flow0.5 - 1070111-6208032-Gauge(50 mM ID)High flow5 - 40070111-6201326 ESI探頭探頭 切面圖切面圖噴嘴ESI 噴針熔融石英毛細(xì)管噴嘴ESI 噴針金屬針 1 mm 1 mm27Spray Voltage : 4 5 kV“Ion Max” ESI 源操作條件源操作條件28APCI 探針探針29Ion Max 離子源設(shè)計(jì)離子源設(shè)計(jì) : APCI 探針探針離子傳輸毛細(xì)管離子傳輸毛細(xì)管APCI探針探針電暈針電暈針離子傳輸毛細(xì)管離

14、子傳輸毛細(xì)管離子源接口離子源接口30Ion Max 離子源設(shè)計(jì)離子源設(shè)計(jì) : APCI 探頭探頭APCI 探頭特征探頭特征 : 可移動(dòng)噴霧器可移動(dòng)噴霧器 新陶瓷加熱器新陶瓷加熱器 自我清潔功能自我清潔功能 內(nèi)表面溫度超過(guò)內(nèi)表面溫度超過(guò)1000C 外置熱電偶外置熱電偶 源室沒(méi)有塑料材料源室沒(méi)有塑料材料 噴嘴組件易于更換噴嘴組件易于更換 X, Y, Z 三維可調(diào)三維可調(diào)液相入口液相入口陶瓷氣化器陶瓷氣化器氣化器氣化器電源接頭電源接頭 31“Ion Max” APCI 源源 操作條件操作條件液體流速 (mL/min)離子傳輸管溫度. (C)*鞘氣壓力 (arb)輔助氣壓力(arb)蒸發(fā)室溫度 (C)

15、電暈針?lè)烹婋娏?(mA)200250255350+4 (-10*)1000250455450+4 (-10*) 當(dāng)你改變離子傳輸毛細(xì)管（或金屬毛細(xì)管）的溫度時(shí)一定要優(yōu)化透鏡電壓當(dāng)你改變離子傳輸毛細(xì)管（或金屬毛細(xì)管）的溫度時(shí)一定要優(yōu)化透鏡電壓* 負(fù)離子模式負(fù)離子模式32APCI 操作注意事項(xiàng)操作注意事項(xiàng) 確保APCI探針的蒸發(fā)溫度足夠大，噴霧區(qū)域沒(méi)有液滴沉降 蒸發(fā)溫度： 400-450C （針對(duì)流速為400-1000uL/min) 可以適當(dāng)降低金屬毛細(xì)管的溫度 仔細(xì)檢查鞘氣流速 輔助氣流量可以先設(shè)到0 進(jìn)高濃度的樣品可能會(huì)導(dǎo)致污染和記憶效應(yīng) 定期加熱離子源（自動(dòng)清洗）33APCI Summary

16、 - 小結(jié)小結(jié)分析物性質(zhì)分析物性質(zhì): * 低到中等極性* 高質(zhì)子親和力* 高氣相酸度* 1200 da典型流速典型流速 : 0.2 - 2.0 ml/min比ESI更能容忍緩沖鹽僅產(chǎn)生單電荷離子！軟電離技術(shù)典型應(yīng)用：藥物，農(nóng)藥，類固醇及含氮染料34Comparison of ESI and APCI 二者比較二者比較35Comparison of ESI and APCI 二者比較二者比較36PAHs APPI 質(zhì)譜圖質(zhì)譜圖 37金屬毛細(xì)管正常位置取出金屬毛細(xì)管真空鎖定小球真空鎖定真空鎖定38Ion Max 離子源室設(shè)計(jì)離子源室設(shè)計(jì)改進(jìn)排出口設(shè)計(jì)，便于大氣壓電離廢氣排出電暈放電鞘 陶瓷和不銹鋼

17、陶瓷和不銹鋼; 垂直置于壁 上氣化溶劑冷卻后不被凝結(jié)所改進(jìn)的不銹鋼的廢液所改進(jìn)的不銹鋼的廢液排出部件探針垂直安裝液滴直接進(jìn)入廢液排出口，即使氮?dú)庥猛?，也不?huì)在腔室內(nèi)累積溶劑。也不會(huì)在腔室內(nèi)累積溶劑。非塑料外殼非塑料外殼便于觀看的兩個(gè)視角39鈦制成的新型鈦制成的新型Skimmers :直徑較大，提高靈敏度 鈦材料更有利于保持skimmer的熱平衡，不銹鋼材料會(huì)逐漸冷卻所以可作為加熱器Ion Max 源源 : Skimmer40離子吹掃口離子傳輸管無(wú)需工具裝配/拆卸Tube Lens-管路透鏡鈦制skimmerL0Q00Sweep Gas吹掃氣接口Q0API Stack 裝配示意圖裝配示意圖The

18、 world leader in serving scienceLC-MS條件優(yōu)化條件優(yōu)化第二章第二章42 Sample concentration 樣品濃度 Choice of column and solvents 柱子型號(hào)和溶劑 Flow rates and their effects 流速及影響 LC/MS 條件優(yōu)化條件優(yōu)化 43樣品信息樣品信息 你需要得到盡可能多的樣品信息！你需要得到盡可能多的樣品信息！目標(biāo)分析物的信息包括以下目標(biāo)分析物的信息包括以下分子式, 結(jié)構(gòu) (官能團(tuán))分子量溶解性, pKa穩(wěn)定性, 儲(chǔ)存是否有標(biāo)準(zhǔn)品濃度水平和范圍基質(zhì)信息基質(zhì)信息:類型, 狀態(tài) (液體, 固體

19、)溶解性不同成份44樣品預(yù)處理樣品預(yù)處理 提高靈敏度提高靈敏度 去除基質(zhì)干擾 離子抑制 建立去除基質(zhì)干擾的方法 (SPE, 萃取, 過(guò)濾等) 進(jìn)樣濃度 與進(jìn)樣量和柱內(nèi)徑有關(guān)45l1 L/min - 1mL/minl最佳使用流速最佳使用流速: 200 L/minl一般來(lái)說(shuō)一般來(lái)說(shuō), 高流速需要高的毛細(xì)管溫度和氣體流速。高流速需要高的毛細(xì)管溫度和氣體流速。l200 m mL/min - 2mL/minlOptimal Flow Rate: 500 L/min 一般來(lái)說(shuō)，高流速需要更高的鞘氣和輔助氣流量，但不需要提一般來(lái)說(shuō)，高流速需要更高的鞘氣和輔助氣流量，但不需要提高毛細(xì)管溫度高毛細(xì)管溫度LC 建

20、議流速建議流速46液相柱液相柱(標(biāo)準(zhǔn)裝柱填料直徑標(biāo)準(zhǔn)裝柱填料直徑 5.0m mm)最適合的流速最適合的流速 (線性速度線性速度)流速流速 柱子直徑柱子直徑1.0 mL/min 4.6 mm 0.5 mL/min 3.0 mm 0.2 mL/min 2.1 mm 50 mL/min 1.0 mm 10 mL/min 毛細(xì)管4720使用窄內(nèi)徑的柱子可以提高分離效果使用窄內(nèi)徑的柱子可以提高分離效果48LC 添加劑添加劑 酸酸l 不要使用無(wú)機(jī)酸 (可能會(huì)導(dǎo)致腐蝕)l 推薦使用醋酸和甲酸 堿堿l 不要使用堿金屬堿 (可能會(huì)導(dǎo)致腐蝕)l 推薦使用氫氧化銨和氨水 表面活性劑表面活性劑 清潔劑和其他表面活性劑

21、會(huì)產(chǎn)生離子抑制 三氟醋酸三氟醋酸(TFA)l 可以提高液相的分離度，但是在質(zhì)譜正負(fù)離子模式下會(huì)產(chǎn)生離子抑制作用 三乙胺三乙胺/三甲胺三甲胺 (TEA/TMA)l 有助于形成負(fù)離子49增加增加TFA用量用量(乙腈乙腈:水水=50:50) 對(duì)質(zhì)譜信號(hào)強(qiáng)度的影響對(duì)質(zhì)譜信號(hào)強(qiáng)度的影響0.000.050.100.150.200.250.30020406080100% of Control Response% TFA本結(jié)果是兩次實(shí)驗(yàn)的平均值. *注: 不加TFA的結(jié)果是不確定的，因?yàn)樵谌芤簾o(wú)法肽段質(zhì)子化。對(duì)照樣品是 50/50/0.1, 甲醇/水/甲酸(N=6, 平均信號(hào)強(qiáng)度 = 1.10 x106 co

22、unts.* S. Baldwin, K. Stoney, K. Wheeler, I. Mychreest. “Low pH Solvent Alternatives to TFA Solvents and Their Effect on HPLC/ESI-MS of Peptides”, Poster Paper Presented at ASMS 96.50液質(zhì)聯(lián)用中緩沖鹽使用的注意事項(xiàng)液質(zhì)聯(lián)用中緩沖鹽使用的注意事項(xiàng) (pH)l 當(dāng)使用非揮發(fā)性的鹽時(shí), 一定要使用吹掃擋錐（sweep cone）。 l 盡量避免使用如下的非揮發(fā)性鹽 堿金屬磷酸鹽 硼酸鹽 檸檬酸鹽l 經(jīng)常使用緩沖鹽需要定期

23、清洗金屬毛細(xì)管51質(zhì)子給體質(zhì)子受體提高色譜分離形成負(fù)離子時(shí)提高色譜分離緩沖液乙酸甲酸氫氧化銨氨水溶液三氯乙酸 ( 0.02% v/v)三氟乙酸 ( 0.02% v/v)三乙胺( 0.02% v/v)三甲銨 ( Mass Lists；2. 添加 Reject masses；輸入 Reject masses (用一級(jí)全掃描模式采集一個(gè)空白數(shù)據(jù)，在Qual Browser里查看該數(shù)據(jù)得到)185Building Double Play: Scan Event Two選擇Scan Event Activation2. 設(shè)定 Activation Type，Default Charge State， I

24、solation Width和 Normalized Collision Energy186Building Double Play: Scan Event Two選擇 Scan Event Current Scan Event設(shè)定 Minimum signal threshold (counts，絕對(duì)強(qiáng)度)；用一級(jí)全掃描模式采集一個(gè)空白數(shù)據(jù)，在Qual Browser里查看該數(shù)據(jù)得到；確定兩處均設(shè)為1；187實(shí)驗(yàn)總結(jié)實(shí)驗(yàn)總結(jié)188常用常用 Data Dependent LCQ Experiments 設(shè)定Big 3:步驟:一級(jí)全掃描 對(duì)最強(qiáng)的離子，第二強(qiáng)的離子以及第三強(qiáng)的離子做數(shù)據(jù)相關(guān)Dat

25、a Dependent (dd) MS2優(yōu)點(diǎn)/缺點(diǎn):MS2花費(fèi)時(shí)間很長(zhǎng)能采到峰頂點(diǎn)位置的信號(hào)Double Play with Dynamic Exclusion:步驟:一級(jí)全掃描 啟用Dynamic Exclusion，對(duì)最強(qiáng)的離子做數(shù)據(jù)相關(guān)Data Dependent (dd) MS2 優(yōu)點(diǎn)/缺點(diǎn):為分析共流出物提供可能可能丟失出峰的頂點(diǎn)位置189Dynamic Exclusion 共流出物的共流出物的MS & MS2190Dynamic Exclusion1. 選擇 Global Dynamic Exclusion2. 設(shè)定 Repeat count, Repeat duratio

26、n, Exclusion list size, Exclusion duration和 Exclusion mass width *以上設(shè)置導(dǎo)致以上設(shè)置導(dǎo)致0.2分鐘內(nèi)采集了三分鐘內(nèi)采集了三次次 MS/MS 圖譜，圖譜，0.3分鐘后該排分鐘后該排除離子獲得釋放除離子獲得釋放 *Exclusion Mass Width中中Low和和High的設(shè)置可以是不對(duì)稱的，的設(shè)置可以是不對(duì)稱的，High的設(shè)定較寬，可以包含同位的設(shè)定較寬，可以包含同位素峰素峰191Divert Valve 操作操作192方法總結(jié)方法總結(jié)193Data Dependent Triggers數(shù)據(jù)相關(guān)采集系列數(shù)據(jù)相關(guān)采集系列Dat

27、a Dependent MS/MSFull scan MS followed by MS/MS of the most intense ion fragmentNth Order Double Play Perform MS/MS on the top “N” most intense ions (up to 199)Dynamic Exclusion Prevent an ion from triggering a subsequent data dependent scan for a pre-selected length of timeData Dependent Triple Pla

28、yFull scan MS followed by Zoom scan and MS/MS of the most intense ion. Nth Order Triple PlayPerform Triple Play experiment on the top “N” most intense ionsData Dependent Neutral Loss MS3 Trigger MS3 scan on only the MS/MS product ions with the pre-defined neutral lossData Dependent Ion TreePerform M

29、Sn on up to 25 species to any level between MS2 and MS10Ion Mapping Automatically generate a 3-D MS/MS map of the fragmentation pathwayData Dependent Zoom MapPerform MS/MS on the precursor ions with intensities above the threshold in an MS ZoomScan Isotopic Data Dependent Scan Trigger a scan if isot

30、ope mass difference and intensity ratio criteria are satisfied Charge State ScreeningSpecify the charge state of the ion of interest for the data dependent scanThe world leader in serving science第九章第九章Xcalibur - - Sequence Setup195Xcalibur Home Page Sequence Setup打開(kāi)打開(kāi) Sequence Setup, 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 View Seque

31、nce Setup View 也可點(diǎn)擊也可點(diǎn)擊 Sequence Setup196創(chuàng)建序列創(chuàng)建序列1. 雙擊添加雙擊添加 Instrument Method2. 如果此路徑下沒(méi)有該文如果此路徑下沒(méi)有該文件夾件夾, 你可以輸入文件夾名，你可以輸入文件夾名，該文件夾將會(huì)創(chuàng)建該文件夾將會(huì)創(chuàng)建3. 設(shè)定設(shè)定File Name (無(wú)無(wú)空格空格), Position和和 Inj Vol如果你的樣品數(shù)比較少，從如果你的樣品數(shù)比較少，從 Sequence Setup 主頁(yè)建序列更方便主頁(yè)建序列更方便運(yùn)行序列需要提供的基本信息運(yùn)行序列需要提供的基本信息: : File Name, Path, Inst Meth

32、, Position, Inj Vol197創(chuàng)建序列創(chuàng)建序列熱鍵熱鍵 F2 ，可以編輯該文本，可以編輯該文本右擊并選擇右擊并選擇 Open File可可以打開(kāi)以打開(kāi)Instrument File198用新序列模板創(chuàng)建序列用新序列模板創(chuàng)建序列如果你需要運(yùn)行大量的樣品如果你需要運(yùn)行大量的樣品, 使用使用 New Sequence Template 創(chuàng)建序列會(huì)比較方便創(chuàng)建序列會(huì)比較方便1.點(diǎn)擊點(diǎn)擊 New199新序列模板新序列模板1. 選擇選擇Base File Name, Path, & Instrument Method3. 選擇起始的選擇起始的 Vial Position2. 輸入輸入

33、 unknown 樣品的樣品的個(gè)數(shù)個(gè)數(shù)4. 如果你已經(jīng)有如果你已經(jīng)有 Processing Method, 在上面指定好，在上面指定好， 你可你可以添加以添加Standards, Blanks 以及以及 QCs。會(huì)自動(dòng)生成包括。會(huì)自動(dòng)生成包括processing method相關(guān)信息相關(guān)信息的序列的序列200新序列模板新序列模板一旦你在一旦你在New Sequence Template界面點(diǎn)擊界面點(diǎn)擊 OK , 文件名會(huì)自動(dòng)根據(jù)文件名會(huì)自動(dòng)根據(jù)Base File Name自動(dòng)往下遞增自動(dòng)往下遞增201新序列模板新序列模板If you want to type a new File Name:2

34、. 選擇選擇 Edit 點(diǎn)點(diǎn)擊擊 Fill Down1. 輸入輸入 File name202改變序列中改變序列中 Column Arrangement1.選擇選擇Change 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Column Arrangement2. 從左邊的從左邊的Available Columns選擇需要的內(nèi)容選擇需要的內(nèi)容4. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Move Up 或或者者Down改變顯示次改變顯示次序序3. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Add203改變用戶標(biāo)簽改變用戶標(biāo)簽1. 選擇選擇 Change 并點(diǎn)擊并點(diǎn)擊 User Labels2. 改變改變 labels204改變改變 Tray 當(dāng)前配置的自動(dòng)進(jìn)樣器能夠使用的當(dāng)前配置的自動(dòng)進(jìn)樣器

35、能夠使用的所有進(jìn)樣架列表所有進(jìn)樣架列表1. 選擇選擇 Change 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Tray Name2. 選擇使用的選擇使用的Tray型號(hào)型號(hào)205將序列輸出到將序列輸出到Excel1. 選擇選擇 File，點(diǎn)擊，點(diǎn)擊Export Sequence206將序列輸出到將序列輸出到Excel1. 選擇需要輸出的選擇需要輸出的內(nèi)容并點(diǎn)擊內(nèi)容并點(diǎn)擊Browse2. 命名該文件命名該文件3. 序列文件將輸出序列文件將輸出為為 .csv格式格式207輸出序列示例輸出序列示例確保重新將該序列導(dǎo)入確保重新將該序列導(dǎo)入Xcalibur, 第一行必須包含文本第一行必須包含文本 Bracket Type=n where

36、 n=1-4. 每個(gè)數(shù)字代每個(gè)數(shù)字代表特定的表特定的 bracket 類型類型:1= Overlapped, 2= None, 3= Non-overlapped, 4= Open208從從Excel中導(dǎo)入序列中導(dǎo)入序列2. 選擇你需要輸入選擇你需要輸入的內(nèi)容，點(diǎn)擊的內(nèi)容，點(diǎn)擊 Browse 找到輸入找到輸入文件文件1. 選擇選擇 File 并點(diǎn)擊并點(diǎn)擊 Import Sequence209運(yùn)行序列運(yùn)行序列1. 可以選擇可以選擇 Run One Sample 或或 Run Sequence210運(yùn)行序列運(yùn)行序列顯示在顯示在Instrument Configuration界面配置的所有儀器界面配

37、置的所有儀器允許自動(dòng)處理樣品數(shù)據(jù)允許自動(dòng)處理樣品數(shù)據(jù)如果沒(méi)選如果沒(méi)選, 序列將不序列將不會(huì)運(yùn)行，除非你點(diǎn)會(huì)運(yùn)行，除非你點(diǎn)擊擊 Actions Start Analysis確認(rèn)這些行是待運(yùn)行的確認(rèn)這些行是待運(yùn)行的可以優(yōu)先運(yùn)行提交的序列可以優(yōu)先運(yùn)行提交的序列選擇在序列運(yùn)行前選擇在序列運(yùn)行前或后儀器的運(yùn)行方或后儀器的運(yùn)行方法法211信息條信息條Acquisition Queue-Sequence ProgressStatus通過(guò)點(diǎn)擊通過(guò)點(diǎn)擊 View and unchecking Info View打開(kāi)或關(guān)閉打開(kāi)或關(guān)閉Info View Status 鍵顯示所有鍵顯示所有配置儀器的狀態(tài)配置儀器的狀態(tài)

38、提交序列后提交序列后, 就會(huì)出現(xiàn)在就會(huì)出現(xiàn)在Acquisition Queue。點(diǎn)擊。點(diǎn)擊Sample旁邊的方框，框內(nèi)打勾，旁邊的方框，框內(nèi)打勾，鍵盤上再點(diǎn)擊鍵盤上再點(diǎn)擊Delete鍵即可刪鍵即可刪除該樣品除該樣品212實(shí)時(shí)圖譜查看實(shí)時(shí)圖譜查看1. 選擇選擇 View ，點(diǎn)擊，點(diǎn)擊 Real Time Plot View如果你更改了該頁(yè)面的一些設(shè)定如果你更改了該頁(yè)面的一些設(shè)定, 點(diǎn)擊點(diǎn)擊解鎖鍵，重新監(jiān)測(cè)實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)采集解鎖鍵，重新監(jiān)測(cè)實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)采集The world leader in serving science第十章第十章Qual Browser定性瀏覽器定性瀏覽器214打開(kāi)打開(kāi) Qual B

39、rowser, 你可以在你可以在 Xcalibur Homepage右擊右擊 Qual Browser , 打開(kāi)原始數(shù)據(jù)或序列打開(kāi)原始數(shù)據(jù)或序列打開(kāi)打開(kāi)Qual Browser215Qual Browser 主界面主界面Info Bar放大按鈕，可以放大色譜圖或質(zhì)譜中某段區(qū)域放大按鈕，可以放大色譜圖或質(zhì)譜中某段區(qū)域主要工具主要工具最多每個(gè)窗口一次最多每個(gè)窗口一次可以顯示可以顯示 16 個(gè)個(gè)cells， 每個(gè)每個(gè)cell 最多包含最多包含 8個(gè)個(gè) plots右上角有右上角有Cell的標(biāo)志的標(biāo)志216在在 Qual Browser界面打開(kāi)文件界面打開(kāi)文件2. 選擇選擇 replace (當(dāng)前當(dāng)前

40、window, cell 或或 plot), add a new window or plot (默認(rèn)是增加一個(gè)新窗口默認(rèn)是增加一個(gè)新窗口), 選擇輸出的選擇輸出的Layout1. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 File 選擇選擇 Open (也可以打開(kāi)也可以打開(kāi)序列或結(jié)果文序列或結(jié)果文件件)217The Info BarThe Cell Info 頁(yè)頁(yè)面提供對(duì)應(yīng)面提供對(duì)應(yīng)Cell中中每個(gè)每個(gè)Plot 信息信息 如果你打開(kāi)的是序如果你打開(kāi)的是序列或結(jié)果文件，將列或結(jié)果文件，將分別出現(xiàn)在分別出現(xiàn)在Info Bar的第二頁(yè)和第的第二頁(yè)和第三頁(yè)三頁(yè)當(dāng)你對(duì)色譜峰進(jìn)行積當(dāng)你對(duì)色譜峰進(jìn)行積分時(shí)，會(huì)出現(xiàn)分時(shí)，會(huì)出現(xiàn)Integr

41、ation頁(yè)面。頁(yè)面。 你你可以改變積分參數(shù)獲可以改變積分參數(shù)獲得合理的積分得合理的積分218The Info Bar Elemental Composition2. 設(shè)定分子式的限定條件設(shè)定分子式的限定條件3. 改變使用的元素改變使用的元素, 右擊選擇右擊選擇 Add Isotopes，直接從元素周期表界面進(jìn)，直接從元素周期表界面進(jìn)行選擇行選擇1. 輸入質(zhì)量數(shù)或在質(zhì)譜圖某個(gè)質(zhì)量數(shù)上輸入質(zhì)量數(shù)或在質(zhì)譜圖某個(gè)質(zhì)量數(shù)上右擊，選擇右擊，選擇 Generate Formula from Mass4. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊Calculate ，表格中即，表格中即出現(xiàn)分子式信息出現(xiàn)分子式信息Info Bar之之Ele

42、mental Composition幫助你計(jì)算最符合某個(gè)質(zhì)量數(shù)（來(lái)自于質(zhì)幫助你計(jì)算最符合某個(gè)質(zhì)量數(shù)（來(lái)自于質(zhì)譜圖）的化學(xué)分子式譜圖）的化學(xué)分子式219Isotope Simulator同位素?cái)M合同位素?cái)M合同位素?cái)M合頁(yè)面允許用戶建立一個(gè)化學(xué)分子式同位素分布質(zhì)譜圖 定性瀏覽器信息欄定性瀏覽器信息欄220Isotope Simulator 同位素?cái)M合同位素?cái)M合allows you to create a simulated spectrum for a chemical formula enteredThe Info Bar Isotope Simulator2. 設(shè)定參數(shù)設(shè)定參數(shù) 輸入化學(xué)分輸入化

43、學(xué)分子式子式3. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊new4. 出現(xiàn)該化學(xué)分子式的精出現(xiàn)該化學(xué)分子式的精確質(zhì)量數(shù)，確質(zhì)量數(shù)， 擬合的圖譜出擬合的圖譜出現(xiàn)在新的窗口現(xiàn)在新的窗口221Info Bar MSn Browser 頁(yè)面顯示并幫助你分析頁(yè)面顯示并幫助你分析 MSn 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)The Info Bar MSn Browser2. 點(diǎn)擊顯示隱點(diǎn)擊顯示隱藏信息藏信息1. 如果如果MSn browser頁(yè)面頁(yè)面不顯示任何數(shù)據(jù)不顯示任何數(shù)據(jù) ，激活質(zhì)，激活質(zhì)譜圖譜圖3. 可以雙擊得到平均可以雙擊得到平均（Average）或復(fù)合的質(zhì)）或復(fù)合的質(zhì)譜圖譜圖(Composite Spectrum)4. 也可以右鍵選擇也可以右

44、鍵選擇 Include individual scans222Qual Browser Layouts2. 保存保存Layout或?qū)⒃摶驅(qū)⒃揕ayout設(shè)置為默認(rèn)格式設(shè)置為默認(rèn)格式1. 根據(jù)需要設(shè)定好根據(jù)需要設(shè)定好 cells, plots, integration等等。等等。3. 選擇選擇Layout格式打開(kāi)格式打開(kāi)后續(xù)文件后續(xù)文件223放大放大1. 激活激活cell2. 平行平行X軸或軸或Y軸拖動(dòng)鼠軸拖動(dòng)鼠標(biāo)或在目標(biāo)區(qū)域拖動(dòng)成標(biāo)或在目標(biāo)區(qū)域拖動(dòng)成方框方框224將色譜圖中某個(gè)峰取平均質(zhì)譜圖將色譜圖中某個(gè)峰取平均質(zhì)譜圖1. 激活質(zhì)譜激活質(zhì)譜圖圖2. 鼠標(biāo)拖過(guò)對(duì)應(yīng)色譜峰鼠標(biāo)拖過(guò)對(duì)應(yīng)色譜峰 得到平

45、均質(zhì)譜圖得到平均質(zhì)譜圖3. AV 告訴你幾次掃描的平均告訴你幾次掃描的平均 (如：如： AV: 7 = 七次掃描的平均質(zhì)譜圖七次掃描的平均質(zhì)譜圖)225從色譜圖中提取某個(gè)離子從色譜圖中提取某個(gè)離子1. 激活色譜圖激活色譜圖2. 也可以直接鼠標(biāo)拖過(guò)質(zhì)譜峰得到也可以直接鼠標(biāo)拖過(guò)質(zhì)譜峰得到鼠標(biāo)拖動(dòng)質(zhì)量范圍的鼠標(biāo)拖動(dòng)質(zhì)量范圍的EIC或者鼠標(biāo)或者鼠標(biāo)點(diǎn)擊質(zhì)譜峰得到該質(zhì)量數(shù)的提取離點(diǎn)擊質(zhì)譜峰得到該質(zhì)量數(shù)的提取離子流圖。窗口大小根據(jù)子流圖。窗口大小根據(jù)chromatogram里里Ranges中中Mass Tolerance的設(shè)定自動(dòng)調(diào)整的設(shè)定自動(dòng)調(diào)整226右擊右擊Chromatogram -Peak Det

46、ection1. 右擊右擊 chromatogram 選擇選擇 Peak Detection2. 選擇選擇 Toggle Detection in This Plot 或或in All Plots3. Info Bar 顯示積分參數(shù)顯示積分參數(shù)227右擊右擊Chromatogram -AutoFilterAutoFilter 可以自動(dòng)顯示可以自動(dòng)顯示 scan filters (目標(biāo)物分析有用目標(biāo)物分析有用)，第一張圖，第一張圖(上上) 沒(méi)有任何沒(méi)有任何Scan Filter。 其他圖其他圖對(duì)應(yīng)在方法里設(shè)定的對(duì)應(yīng)在方法里設(shè)定的 scan filters (最最多同時(shí)顯示多同時(shí)顯示 8 張圖張圖

47、)228右擊右擊Chromatogram - Chromatogram Ranges1. 右擊右擊 chromatogram 選擇選擇 Ranges229右擊右擊Chromatogram -Chromatogram Ranges點(diǎn)擊添加點(diǎn)擊添加 plots (最最多多8個(gè)個(gè))點(diǎn)擊選擇文件點(diǎn)擊選擇文件改變檢測(cè)器改變檢測(cè)器, 積分算法和積分算法和延遲時(shí)間延遲時(shí)間230Chromatogram Ranges Scan Filter點(diǎn)擊向下箭頭選擇任何更加特點(diǎn)擊向下箭頭選擇任何更加特定的定的Scan Filter可以在此輸入可以在此輸入Scan Filter (如，如， Full ms, Full m

48、s2, Full ms3等。等。 依次逐個(gè)依次逐個(gè)顯示所有顯示所有 MS, MS2和和MS3掃描掃描)。layout 可以保存為默認(rèn)格式，這樣即使可以保存為默認(rèn)格式，這樣即使 scan ranges 改變改變, 也沒(méi)有必要改變也沒(méi)有必要改變Scan Filter。 如果如果Scan Filter處是空白處是空白, 將顯示采集的所有掃描，不管是將顯示采集的所有掃描，不管是 MS，還是，還是 MSn)231Chromatogram Ranges Plot Types1. 點(diǎn)擊更換點(diǎn)擊更換 Plot typeTIC 每次每次Scan所有離子疊加的色譜圖所有離子疊加的色譜圖Base Peak 每次每次

49、Scan最強(qiáng)離子提取的色譜圖最強(qiáng)離子提取的色譜圖Base Peak色譜圖會(huì)使色譜圖會(huì)使 Full ms 數(shù)據(jù)通常看起來(lái)更好一些，數(shù)據(jù)通?？雌饋?lái)更好一些， 因?yàn)榇罅康脑胍舯蝗コ驗(yàn)榇罅康脑胍舯蝗コ?32Chromatogram Ranges Extracted Ion Chromatogram1. Scan filter選為選為 Full ms或者刪除或者刪除 Scan filter 查看所有查看所有Scan3. 在在 Range(s) 框輸入質(zhì)量數(shù)或質(zhì)量數(shù)范圍。如果需要輸入多個(gè)質(zhì)量數(shù)，范圍將根據(jù)框輸入質(zhì)量數(shù)或質(zhì)量數(shù)范圍。如果需要輸入多個(gè)質(zhì)量數(shù)，范圍將根據(jù)Automatic processing

50、里里mass tolerance的設(shè)定來(lái)決定的設(shè)定來(lái)決定2. 可以選擇可以選擇Mass Range (TIC) 或或 Base Peak在在Chromatogram Ranges界面有多種方式可以提取離子界面有多種方式可以提取離子233Chromatogram Ranges Neutral Fragment1. 刪除刪除 Scan filter2. 選擇選擇 Neutral Fragment3. 輸入輸入 Neutral Fragment 質(zhì)量數(shù)質(zhì)量數(shù)Neutral Fragment Plot type將顯示所有符合你設(shè)定中性丟失的碎片離將顯示所有符合你設(shè)定中性丟失的碎片離子子 ( (從從MS

51、 到到 MS2) )234Chromatogram Ranges Automatic Processing1.對(duì)色譜圖對(duì)色譜圖施加平滑參數(shù)施加平滑參數(shù)平滑點(diǎn)數(shù)必須是奇數(shù)平滑點(diǎn)數(shù)必須是奇數(shù)235右擊右擊Chromatogram -Display 選項(xiàng)選項(xiàng)1. 右擊右擊 chromatogram 并選并選擇擇 Display Options Display 選項(xiàng)可以修改色譜圖顯示外觀選項(xiàng)可以修改色譜圖顯示外觀 (如如Style, Color, Labels, Axis & Normalization)Xcalibur 當(dāng)前設(shè)定的顯示當(dāng)前設(shè)定的顯示結(jié)果結(jié)果236右擊右擊Spectrum -S

52、pectrum List（質(zhì)譜圖列表）（質(zhì)譜圖列表） Spectrum List包括質(zhì)譜包括質(zhì)譜圖中每個(gè)離子的圖中每個(gè)離子的 m/z, 絕對(duì)絕對(duì)強(qiáng)度和相對(duì)強(qiáng)度強(qiáng)度和相對(duì)強(qiáng)度237右擊右擊Spectrum - Scan Header Scan Header允許查看信息允許查看信息如如 scan mode, ion injection time, scan time等，和色譜等，和色譜上的每一次上的每一次Scan相關(guān)聯(lián)相關(guān)聯(lián) （使（使用主工具欄上的箭頭瀏覽每次用主工具欄上的箭頭瀏覽每次Scan的信息）的信息）238右擊右擊Spectrum -Tune and Instrument MethodsT

53、une 和和 Instrument 方法方法包含在包含在Raw File中。當(dāng)選中。當(dāng)選擇擇 Instrument Method，首先顯示的是質(zhì)譜方法，首先顯示的是質(zhì)譜方法， 點(diǎn)擊鍵盤上的向下鍵或主點(diǎn)擊鍵盤上的向下鍵或主工具欄工具欄 鍵瀏覽液相鍵瀏覽液相泵和自動(dòng)進(jìn)樣器的方法泵和自動(dòng)進(jìn)樣器的方法239右擊右擊Spectrum -Spectral Subtraction1. 對(duì)目標(biāo)峰取平均質(zhì)譜圖對(duì)目標(biāo)峰取平均質(zhì)譜圖2. 右擊右擊 spectrum 選選擇擇 Subtract Spectra - 2 Ranges3. 在該峰前后拖動(dòng)鼠標(biāo)選擇被扣除的區(qū)域在該峰前后拖動(dòng)鼠標(biāo)選擇被扣除的區(qū)域240右擊右擊

54、Spectrum - Spectrum Ranges1. 右擊右擊 spectrum 選選擇擇 Ranges241右擊右擊Spectrum -Spectrum Ranges這里同樣可以設(shè)定這里同樣可以設(shè)定Subtract Spectrum242在圖譜中添加備注在圖譜中添加備注1. 添加文本添加文本, 點(diǎn)點(diǎn)擊擊 Display ，選，選擇擇 Annotate2. 輸入備注文輸入備注文本框本框3. 點(diǎn)擊激活的點(diǎn)擊激活的Cell添添加該文本框加該文本框243Chromatogram 拷貝拷貝1. 到到 Edit Copy Cell 拷拷貝當(dāng)前激活的貝當(dāng)前激活的Cell2.Cell 可以貼到其他的可以

55、貼到其他的 Office程序程序 (Microsoft Word, Powerpoint, Excel, etc.)The world leader in serving science第十一章第十一章定量處理流程定量處理流程245定量數(shù)據(jù)處理定量數(shù)據(jù)處理 Quantitative Processing1.數(shù)據(jù)處理方法建立數(shù)據(jù)處理方法建立Processing Setup輸入已知化合物用來(lái)識(shí)別設(shè)定峰檢測(cè)/積分參數(shù)選擇校準(zhǔn)/質(zhì)量控制類型，水平，重量選擇先前色譜峰處理2.樣品序列處理樣品序列處理/重新處理重新處理Sample Processing/Reprocessing輸入新的序列方法參數(shù)確定校準(zhǔn)

56、文件和定標(biāo)類型處理/重新處理數(shù)據(jù)3.定量瀏覽器定量瀏覽器Quan Browser查看定量結(jié)果評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)曲線，質(zhì)量控制和標(biāo)識(shí)使用不同參數(shù)重新計(jì)算峰面積分析詳細(xì)定量信息246定量處理建立定量處理建立Xcalibur Homepage 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Processing Setup 按鈕開(kāi)始按鈕開(kāi)始設(shè)置定量處理方法設(shè)置定量處理方法247定量選項(xiàng)定量選項(xiàng)1. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Options3. 選擇選擇 LC4. 選擇選擇 Calibration Options5. 選擇實(shí)驗(yàn)是內(nèi)標(biāo)法還是選擇實(shí)驗(yàn)是內(nèi)標(biāo)法還是外標(biāo)法外標(biāo)法2. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Chromatography By248打開(kāi)一個(gè)原始數(shù)據(jù)幫助建立定量處理方法打開(kāi)

57、一個(gè)原始數(shù)據(jù)幫助建立定量處理方法1. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 File2. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Open Raw File249定量處理定量處理 Identification1.選擇選擇 并輸并輸入組分名入組分名2. 選擇選擇Detector type和和Peak Detection algorithm積分算積分算法法3. 選擇選擇 scan filter 和和trace type4. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 OK 更新更新 chromatogramChromatogram 根據(jù)根據(jù) scan filter和和trace type 更新更新250定量處理定量處理 Identification1. 輸入輸入 Expected RT

58、(min)Window (sec) = 組分洗脫允許的組分洗脫允許的RT窗口范圍窗口范圍如果有內(nèi)標(biāo)，你可以把內(nèi)標(biāo)作為如果有內(nèi)標(biāo)，你可以把內(nèi)標(biāo)作為RT Reference*注注: 如果你使用的內(nèi)標(biāo)法如果你使用的內(nèi)標(biāo)法, ISTD 必須首先設(shè)定，因?yàn)槠渌繕?biāo)組分要參考該內(nèi)標(biāo)。必須首先設(shè)定，因?yàn)槠渌繕?biāo)組分要參考該內(nèi)標(biāo)。 對(duì)于其他的組分對(duì)于其他的組分, 你可以選擇你可以選擇 Adjust using 并并 選擇選擇 ISTD 名稱名稱.2. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 OK更新更新色譜圖色譜圖251定量處理定量處理 Detection1. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Detection2. 改變積分參數(shù)得到改變積分參數(shù)得到滿意的積分效

59、果滿意的積分效果3. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊OK 更新更新色譜圖色譜圖252定量處理定量處理 - Calibration 內(nèi)標(biāo)建立內(nèi)標(biāo)建立1. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Calibration2. 選擇選擇 ISTD3. 輸入內(nèi)標(biāo)輸入內(nèi)標(biāo)數(shù)量和單位，數(shù)量和單位，也可忽略不也可忽略不設(shè)此項(xiàng)設(shè)此項(xiàng)253定量處理定量處理 - Calibration 目標(biāo)物建立目標(biāo)物建立1. 選擇選擇Target compound如果使用如果使用 ISTD, 在此選擇內(nèi)標(biāo)在此選擇內(nèi)標(biāo)2. 選擇校正曲線的權(quán)重選擇校正曲線的權(quán)重3. 對(duì)于校正曲線原點(diǎn)的處理對(duì)于校正曲線原點(diǎn)的處理254定量處理定量處理 Levels1. 點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Levels2. 輸入

60、每個(gè)校輸入每個(gè)校正正Level的名稱的名稱3. 輸入每個(gè)校正輸入每個(gè)校正Level的的具體量具體量4. 輸入每個(gè)質(zhì)控輸入每個(gè)質(zhì)控QC level的名的名稱稱name ， amount和和% Test 255Copying Levels to All Target Compounds Levels頁(yè)面只需輸入一個(gè)目標(biāo)組分的信息。右擊頁(yè)面只需輸入一個(gè)目標(biāo)組分的信息。右擊并選擇并選擇 Copy Levels to All Target Components可以將可以將Level的信息拷貝到其他組分的信息拷貝到其他組分256定量批處理定量批處理點(diǎn)擊點(diǎn)擊 Sequence Setup 按鈕打開(kāi)序列按鈕打開(kāi)序列文件并在批處理前添文件并在批處