Gauss計(jì)算步驟

1、1） Chemdraw畫出相應(yīng)結(jié)構(gòu)式，注意方香性分子的結(jié)構(gòu)應(yīng)用“ 表示，分子結(jié)構(gòu)完成之后與正常情況下畫出分子相比較， 看看有沒有 缺少C或者H原子。Cheimical Fomntila; CghlO Chemical Formula:2）確認(rèn)結(jié)構(gòu)無誤后，將芳香性分子粘貼到 Chem3D Ultra 8.0中（ChemBio3D Ultra 12.0中無MOPAC且粘貼后分子容易出錯）3）點(diǎn)擊 MOPAC minimize energyP&F 雪CP 1&O w R C rrpooIjlLTo I Tyye | Th 或?&皿曲1空 General |Frojertii

2、cf Fermati on «GrWi函 NormDipd慰ChargesCo5moi 5 olva.t i on in Wate EL e c tr a s + a.t i c Pot exit i al Molecular Surfaces Spin DensityKyperfine Conplijig ConsCharqi&sNtallikm 4）點(diǎn)擊run之后，得到半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算構(gòu)象5）點(diǎn)擊 Gaussian create input file丁此 TypeJobI Mini mi re Ener©rTh. ory Pf op er 11es | General

3、 |lykEi splay Eayjr Iteritio Eecord I very It erat i <jn Copy FleasuremeRts tcr*' Do lUot CkLcuLat ff Force Const an Calculate Ini till F crce Comt廣 Calculatt Force ConstaiLts Al Each P Use Ti ght 。勺eergene宅 Crite此處計(jì)算的是白由基負(fù)離子所以只能選擇open shell, unrestricted openshell表示分別計(jì)算a和6電子，白由基陰離子net=-1, sp

4、in為2,白旋多重度=2S+1,即單電子數(shù)目加1Jeb Type | Iht oryrrapsrtiss Gan«r«lPr oper tieSCF EruergyElectr on Densi tyKieleul*r SwfteesSpin Demi tyJfrfiixe CupliiQ CamFolriesF ap uJ. at i onpSuAlTkeni6）點(diǎn)擊create之后彈出保存按鈕對話框，保存成.gjf文件7）啟動GaussView5.0, file open打開剛才保存的.gjf文件8)calculat> Gaussian calculation s

5、etupTi tie .ASIbi de-xadical blai onK-eyword.5 Z# tpt=, ta TaIjSIjrji/G-n.d syaim m az >di xk= 1OGE ge o* couxle c *1 b ti t. yh ftjrgfi/Nul t :1 9Jel 7yp* Mkt膈&lilltLink 0| GtiC 二=SBOI m| Selviti on Ad4_ IttpOptin i.能Mi ninmPl Bis RFnI叩1 UTg a Qnidr dii1 i-+Calctlite Force CoristantE Sever.崖

6、| Use tight >2ODLveiggDj2e erltarii化匕處選擇 optimization，收斂標(biāo)準(zhǔn)選擇 use tight convergence criteriaTi tie ；AQIai leradi caJ. mi tn.Ecyweris： #31+g (A, p)1klOCB«owietiriChirm'Mat. ： "1 2JoL Typa盹thudTi tla | Linfe 0 | MBO| Edvadi皿 | Inp目 | Vnr«5Uricl«i V| B3L¥f丘| 項(xiàng)擊站浦f匯iWWhtho

7、4；, D7TE1Sls Set: |A31G G 忙d I，F(xiàn)" )Ch*?/-£ Srin- Diublat _,Method選擇基態(tài)；charge=-1, spin=2;選擇極化函數(shù)+彌散函數(shù)Li tie»AJQIai der idi ca-1 *m obi* “EMt B wih-jll yp/fi*31 frg pl nmyii« ATdi skinGR tr»rnnn*rt i vi tCh 鹽牌/Mil J.1 2Job Type凱腿1Titl*Link 0GussBBOFBC . tSsLwtmn Acd. J珂，Title；U

8、QTnd dt-r wAiV i omJob title用于給文件命名Title iAQlai le i udi cull uaii ujlK.ewoTd.5 I# oift=ti.xil>31Fp/K31 + g Ci, p) n.» synn aiecIi. 1DCB geoBh=c 4iuie ct i in tyChargc/Nult. : 1 WJvlLL-udl.LiiJh QNDO京加| All- I bp:Cipt i OT-E； aaiiiT«iRimriiii，IdlLtZtlqiomt Fala：LimM W-Wc-Specify.Ddr'

9、; t e e1Z5|如匕.|/ full PathDhDi' t 亦#Eje±i£y.|7| 4SL-bli el ?i oceisdi: s此處memory limit用于指定計(jì)算所占內(nèi)存大小，高斯使用默認(rèn)的內(nèi)存48M , 1MW=8 MB ; shared processors于指定多核處理器，本實(shí)驗(yàn)室計(jì)算工作站可以選擇4,高斯默認(rèn)為1.般進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化以及頻率計(jì)算的時候不保存chkpoint file 文件，等單點(diǎn)能以及激發(fā)態(tài)計(jì)算的時候才保存chkpoint file文件。Title：AQImideradi c«l aninKeywords :# o

10、pt=t.i glfct ub31yp/B-3H-g(A, p)Char孕/亦l(xiāng)it, ； T 2Metho d TitleJol> Typeno synn Biajcdi s!k=1 0GBCuesEPBCGolvati. on.Add. Inp.GeneralMIIIIUJI IIIBIIIIHiHIIIIIWIII mm Illi. Hill mil IIMilllllia Jllliaillll Milllll.BJIHJEtvsgi cially C cuxver ggnt 5CF !'U IlbU 111 ll&dd !. auilIIS1 U1-1 !：!|

11、 出ddi t iFr intUse IMod.i £i ed RedurL>l：=iiiLt Coor dmat es7 Ignore SymmetryCompute polar izaibili tiesE Irite rSB DaUWrite Gaussian fragment DataJ Use Wa3-Di sk=10GB般ignore symmetry,即忽略分子對稱性，因?yàn)橛袝r計(jì)算結(jié)果分子對稱性會發(fā)生變化；Use Maxdisk用于指定計(jì)算所用硬盤大小，默認(rèn)2G,般都設(shè)置的比較大一點(diǎn)，要不然計(jì)算可能出錯,我一般用10G或者20G.再后面的 Guess （初始猜測）

12、、NBO（成鍵軌道分析）和Solvation （溶劑化）不用管。9）參數(shù)設(shè)置完成，在檢查一遍無錯誤后，點(diǎn)擊editsave 即保存Gaussian optimizationW input 文件，文件類型 Gaussian input file。10）點(diǎn)擊save會彈出一個寫字板文件信息，上面分別記載了計(jì)算的一 些設(shè)置以及原子坐標(biāo)信息11）關(guān)閉寫字板文件，會彈出一個提交Gaussian計(jì)算的對話框，點(diǎn)擊cancelo12）啟動 Gaussian 09, file open打開剛才保存的 Gaussian input file文件，再次確認(rèn)計(jì)算指令信息無誤后點(diǎn)擊軟件右上角的run按鈕，即可進(jìn)入計(jì)算

13、程序進(jìn)行構(gòu)象優(yōu)化。13）計(jì)算結(jié)束，得到高斯計(jì)算結(jié)果Gaussian Output File,構(gòu)象優(yōu)化是計(jì)算最耗時部分，一般大于10個小時。14）打開 Gaussview, file open 打開構(gòu)象優(yōu)化得到的 Gaussian OutputFile 文件，calculate Gaussian calculation setup 進(jìn)行下一步頻率計(jì)算的參數(shù)設(shè)置。Title：AQlHi de'iradi cal ui dh. fr e UieiicyKftywcrds： * freq, ub31y!i/5_31t j） nosymo oaxdi 51=10GB ceoiReoiuLect

14、i va tyCharg/Mult. : -1 2jJob Type： MethodTitie Link 0 General Guess H30 FEC Salvation Add. lap.Frequency .Ccejiutt Ran皿 Dtfaull 匚Cwnpu捉 VCD Savi BWiwil ModtsCompute RCA N* 刁 Red Incident Lidit Freis Default Skip djiag. o£ full matrix Select Normal Mod« M?des：Atoms：kfiitiLE-fwijniq CoE'riEClLiLin5Specifyc Mud«&.Compute projected frequeueiesJob type選擇frequency,其他選擇默認(rèn)不進(jìn)行改動，注意頻率計(jì)算必 須和構(gòu)象優(yōu)化使用同一基組，要不然頻率計(jì)算將失去意義。15）同構(gòu)象優(yōu)化一樣，參數(shù)設(shè)置完畢，點(diǎn)擊edit,保存文件為Gaussian input file ,按照構(gòu)象優(yōu)化相同程序進(jìn)入頻率計(jì)算。16)頻率計(jì)算結(jié)束后，輸出文件是