基因檢測服務詳細流程

1、因泰生命科技公司服務流程2018.1.1前言 成都因泰生命科學技術有限公司（以下簡稱：因泰生命）依托四川大學華西醫(yī)院轉化神經(jīng)科學中心神經(jīng)疾病研究室、四川大學華西醫(yī)院遺傳研究室暨生物治療國家重點實驗室疾病基因組學研究室，致力于“打造基于基因技術的個體差異化精準醫(yī)療和健康管理系統(tǒng)”,我們以基因檢測技術、信息工程、移動互聯(lián)網(wǎng)技術和傳統(tǒng)醫(yī)學的治未病為紐帶,秉承“差異化治療"的理念,形成涵蓋“測、防、治”三個方面的完整體系,全面介入服務大眾的大健康產(chǎn)業(yè).總體來說，基因檢測服務是從檢測前咨詢開始:首先要了解受檢者的預期,明確患者的檢測目的，如用藥指導，耐藥后尋找新的方案，是僅檢測一個基因或多個基

2、因突變狀態(tài)等,幫助他們選擇合適的產(chǎn)品。還有更重要的是及時發(fā)現(xiàn)是否有家族遺傳史，保證家庭成員可以及早調整生活方式，作體檢時就密切關注的相關問題。這些都是需要在這部分搞清楚。其次就是樣本的獲取與運輸、DNA制備與文庫構建、質控與上機測序。應該取多少組織樣本，應該采取哪些樣本,這根據(jù)檢測目的不同而不同。血液樣本應該在醫(yī)療機構采集，而唾液、口腔上皮細胞則可以用我們提供的采集盒,按要求要家中自行完成。然后，快遞到華西精準醫(yī)學中心。由專家進行處理，然后進行基因序列的檢測。得出數(shù)據(jù)后，由相關的遺傳學家，分子生物學家進行專業(yè)的數(shù)據(jù)分析，要沒有分析這一步，再多的數(shù)據(jù)也是沒有用的，我們?yōu)槭軝z者做的,就是從大量的數(shù)

3、據(jù)中，找出有用的信息.最后就是解讀了，對受檢者提出風險提示,為臨床醫(yī)生提供,對臨床實踐又何指導,這就是做基因檢測的核心意義。一、基因檢測總體步驟我們目前的服務流程,主要由四個部分組成：檢測前咨詢；實驗室處理；信息分析；臨床解讀.有以下幾個步驟:1、受檢者通過醫(yī)院專科門診醫(yī)生或直接向具有臨床檢測資質的機構提出檢測需求。目前絕大多數(shù)受檢者都是通過醫(yī)院或醫(yī)生的建議送檢，也有少數(shù)自己送檢，這主要是因為目前大眾對基因檢測的認識程度和檢測后續(xù)的指導治療和遺傳咨詢都離不開臨床醫(yī)生。2、醫(yī)生或檢測機構的專業(yè)人員根據(jù)受檢者的實際情況制定最優(yōu)的檢測方案，并將檢測的必要信息(包括服務內容、周期、價格、潛在的風險等）

4、告知受檢者，做到知情同意;3、受檢者簽署知情同意書。4、樣本采集：受檢者在醫(yī)院采集血液樣本,或利用檢測機構提供的樣本采集裝置如唾液采集盒、口腔上皮細胞采集棒等，按照要求采集樣本并郵寄至檢測機構;5、華西精準醫(yī)學中心按照標準流程完成基因檢測;6、華西分子生物學和遺傳學家，對檢測結果進行專業(yè)的分析,出具檢測報告。7、然后將檢測報告發(fā)送給醫(yī)生或直接發(fā)送給受檢者,并協(xié)助醫(yī)生為愛檢者對報告進行解讀，使受檢者能完整、準確地理解檢測結果。8、所需要進一步服務的，可以預約到華西醫(yī)院遺傳室進行進一步咨詢.二、操作規(guī)范1、檢測前咨詢部分1。1患者預期.主治醫(yī)生與患者需要充分溝通,明確該基因檢測的目的,知道檢測技術

5、的局限性，做好患者的預期控制.1。2產(chǎn)品選擇.對于基因檢測產(chǎn)品來說，產(chǎn)品選擇幾乎等同于檢測基因的選擇。哪些基因需要強行檢測、哪些基因推薦檢測、哪些基因有一定的檢測價值，這些需要闡述清楚。實際操作過程中，不應以經(jīng)濟利益為導向，而是根據(jù)患者的經(jīng)濟情況與病情，綜合選擇.1.3臨床信息?；颊叩呐R床信息對于基因檢測報告者有重要意義，信息掌握越全面報告越個性化，咨詢解讀也更有針對性。因此,需要提供完整詳實的臨床申請單。二、實驗部分2.1樣本類型。需要明確一點，能夠運用無創(chuàng)的盡量用無創(chuàng)（唾液與血液)。固體：手術樣本，穿刺樣本，石蠟包埋組織,石蠟切片組織;液體:全血，血清+血細胞,胸水,腹水，唾液。1）手術樣

6、本：（腫瘤組織50mg，癌旁正常組織25mg,收到組織后立即用至少5倍體積的10%中性福爾馬林固定液固定），切片25張以上,厚度5 m，腫瘤細胞占比50%，壞死組織區(qū)域<10%,48且24h內送達實驗室.2）穿刺樣本：穿刺一針以上,腫瘤細胞占比50，壞死組織區(qū)域<10，48且24h內送達實驗室。3）石蠟包埋組織:常溫保存運輸即可，最好是1年以內。4)石蠟切片組織：常溫保存運輸即可，最好是6周以內。5)全血:6ml-10ml for NGS （Streck管，含有保存液,負壓真空抽滿），輕輕垂直平面90°旋轉10次，625（常溫）運輸，3(7）日內送達，可用干冰/制熱劑制造

7、維持環(huán)境溫度.6）血漿+血細胞 （普通試管):抽血后 2h 內將全血4 1600g離心 10min，分別收集上清和沉淀至離心管中;上清再 4°C 16000g 離心 10min，收集上清血漿轉移至 15mL 離心管中。血漿+血細胞樣品，均封口膜封口,干冰運輸.2.2：質量控制。質控不合格,只有重新采樣.標準流程只需要0。11g DNA，DNA的OD 260/280在1。82。0之間，RNA的RIN值8.0。實驗中發(fā)現(xiàn),只要RIN值大于7，就可以獲得比較滿意的結果。(RIN:RNA完整值）?？偟膩碚f，質控兩個指標：足夠的DNA量和完整的DNA基因組。這個步驟在構建文庫后上機測序前完成。

8、2。3：文庫構建.這步是為獲取足夠量的/目的的/前期適合上機測序而標準處理的DNA。其程序主要有：片段化，連接,擴增.2。4：上機測序。我們把采集到的樣品分離提純成需要的基因組DNA，再把這些DNA打成小片段，然后再在這些DNA小片段兩頭接上識別標記和測序接頭，最后再通過基因捕獲技術篩選出目的DNA，根據(jù)需求PCR擴增.然后，就可以上機測序了。上機測序的過程就是讀取這些DNA小片段的序列,如ATCTGGCTT。.（160bp）,這樣萬級、億級的DNA片段個數(shù)。三、信息分析部分3.1:下機數(shù)據(jù)識別。每個患者都有數(shù)以億計的DNA小片段，10到90G的數(shù)據(jù)量，每次又會同時做幾個到幾十個，這時就必須將

9、不同患者的DNA小片段進行分類。在構建文庫的加接頭步驟時，都加上了Barcode序列，同一個患者使用同一個Barcode，不同的患者使用不同的Barcode，那么計算機通過這個Barcode就可以識別出不同受檢者的數(shù)據(jù)，然后分類.3。2:圖像轉換。下機的時候那些DNA片段最初其實是圖像格式的，例如紅色表示堿基A，綠色表示堿基T，借助計算機將圖像轉換成基因序列.3。3：比對到基因圖上.將這些上以億級的DNA小片段歸位,當然每個染色體上的每個位置下面一般不止一條DNA片段,這就是測序深度,如果測序深度為10000，那么理論上該位置下面就應該有10000條DNA片段。這也是在上機之前構建文庫時，通過

10、調節(jié)PCR擴增來實現(xiàn)。這一步就是將散亂的DNA小片段比對到參考基因組上，從而實現(xiàn)它們的定位. 3。4：計算突變頻率。假如1號染色體的500位到第650位有10000個DNA片段，那么測序深度就真的是10000嗎？在這里需要做一個辨別，如果這10000條DNA片段有9000條是一模一樣的，那么我們認為這是一條DNA片段PCR擴增出來的,這9000條只能算作1條，這時候有效測序深度為1001。在某個特定的位點，如果這1001條DNA片段有100條發(fā)生同樣的與參考基因組不一樣的變化，我們就認為該點的突變頻率為10。這10的突變頻率（血液腫瘤驅動基因突變?yōu)槔┮馕吨貉褐械腸fDNA有10是ctDNA,從而反應患者的腫瘤病灶有一部分癌細胞發(fā)生了該突變,若有針對該位點的靶向藥，那么可根據(jù)情況推薦使用.3。5：1）原始數(shù)據(jù)過濾；2）數(shù)據(jù)比對BWA；3）比對文件處理;4）去除PCR重復dedup；5）mpileup文件生成samtools;6)體細胞SNV、Indel變異檢測；7)體細胞Fusion檢測;8）體細胞SNV、Ind