基因檢測服務(wù)詳細(xì)流程圖（精編版）

1、1 / 7 因泰生命科技公司服務(wù)流程2018.1.1 前言因泰生命科學(xué)技術(shù) 以下簡稱： 因泰生命 依托大學(xué)華西醫(yī)院轉(zhuǎn)化神經(jīng)科學(xué)中心神經(jīng)疾病研究室、 大學(xué)華西醫(yī)院遺傳研究室暨生物治療國家重點實驗室疾病基因組學(xué)研究室，致力于“打造基于基因技術(shù)的個體差異化精準(zhǔn)醫(yī)療和健康管理系統(tǒng)，我們以基因檢測技術(shù)、 信息工程、移動互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)和傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的治未病為紐帶，秉承“差異化治療的理念，形成涵蓋“測、防、治三個方面的完整體系，全面介入服務(wù)大眾的大健康產(chǎn)業(yè)?？傮w來說， 基因檢測服務(wù)是從檢測前咨詢開始：首先要了解受檢者的預(yù)期，明確患者的檢測目的， 如用藥指導(dǎo)，耐藥后尋找新的方案，是僅檢測一個基因或多個基因突變狀態(tài)等，

2、幫助他們選擇適宜的產(chǎn)品。還有更重要的是與時發(fā)現(xiàn)是否有家族遺傳史，保證家庭成員可以與早2 / 7 調(diào)整生活方式， 作體檢時就密切關(guān)注的相關(guān)問題。這些都是需要在這局部搞清楚。其次就是樣本的獲取與運輸、dna 制備與文庫構(gòu)建、質(zhì)控與上機(jī)測序。應(yīng)該取多少組織樣本，應(yīng)該采取哪些樣本，這根據(jù)檢測目的不同而不同。血液樣本應(yīng)該在醫(yī)療機(jī)構(gòu)采集，而唾液、口腔上皮細(xì)胞那么可以用我們提供的采集盒，按要求要家中自行完成。 然后，快遞到華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心。 由專家進(jìn)展處理， 然后進(jìn)展基因序列的檢測。得出數(shù)據(jù)后， 由相關(guān)的遺傳學(xué)家，分子生物學(xué)家進(jìn)展專業(yè)的數(shù)據(jù)分析，要沒有分析這一步， 再多的數(shù)據(jù)也是沒有用的，我們?yōu)槭軝z者做的，

3、就是從大量的數(shù)據(jù)中，找出有用的信息。最后就是解讀了，對受檢者提出風(fēng)險提示，為臨床醫(yī)生提供，對臨床實踐又何指導(dǎo)，這就是做基因檢測的核心意義。一、基因檢測總體步驟我們目前的服務(wù)流程，主要由四個局部組成：檢測前咨詢；實驗室處理；信息分析；臨床解讀。有以下幾個步驟：1、受檢者通過醫(yī)院?？崎T診醫(yī)生或直接向具有臨床檢測資質(zhì)的機(jī)構(gòu)提出檢測需求。 目前絕大多數(shù)受檢者都是通過醫(yī)院或醫(yī)生的建議送檢，也有少數(shù)自己送檢， 這主要是因為目前大眾對基因檢測的認(rèn)識程度和檢測后續(xù)的指導(dǎo)治療和遺傳咨詢都離不開臨床醫(yī)生。3 / 7 2、醫(yī)生或檢測機(jī)構(gòu)的專業(yè)人員根據(jù)受檢者的實際情況制定最優(yōu)的檢測方案，并將檢測的必要信息包括服務(wù)容、

4、周期、價格、潛在的風(fēng)險等告知受檢者，做到知情同意；3、受檢者簽署知情同意書。4、樣本采集：受檢者在醫(yī)院采集血液樣本，或利用檢測機(jī)構(gòu)提供的樣本采集裝置如唾液采集盒、口腔上皮細(xì)胞采集棒等， 按照要求采集樣本并郵寄至檢測機(jī)構(gòu)；5、華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心按照標(biāo)準(zhǔn)流程完成基因檢測；6、華西分子生物學(xué)和遺傳學(xué)家，對檢測結(jié)果進(jìn)展專業(yè)的分析，出具檢測報告。7、然后將檢測報告發(fā)送給醫(yī)生或直接發(fā)送給受檢者，并協(xié)助醫(yī)生為愛檢者對報告進(jìn)展解讀， 使受檢者能完整、準(zhǔn)確地理解檢測結(jié)果。8、所需要進(jìn)一步服務(wù)的，可以預(yù)約到華西醫(yī)院遺傳室進(jìn)展進(jìn)一步咨詢。二、操作 規(guī)1、檢測前咨詢局部4 / 7 1.1 患者預(yù)期 。主治醫(yī)生與患者需要

5、充分溝通，明確該基因檢測的目的，知道檢測技術(shù)的局限性，做好患者的預(yù)期控制。1.2 產(chǎn)品選擇。 對于基因檢測產(chǎn)品來說， 產(chǎn)品選擇幾乎等同于檢測基因的選擇。哪些基因需要強(qiáng)行檢測、哪些基因推薦檢測、哪些基因有一定的檢測價值，這些需要闡述清楚。實際操作過程中，不應(yīng)以經(jīng)濟(jì)利益為導(dǎo)向，而是根據(jù)患者的經(jīng)濟(jì)情況與病情，綜合選擇。1.3 臨床信息 ?；颊叩呐R床信息對于基因檢測報告者有重要意義，信息掌握越全面報告越個性化，咨詢解讀也更有針對性。因此，需要提供完整詳實的臨床申請單。二、實驗局部2.1 樣本類型。 需要明確一點，能夠運用無創(chuàng)的盡量用無創(chuàng)唾液與血液。固體：手術(shù)樣本，穿刺樣本，石蠟包埋組織， 石蠟切片組織

6、；液體：全血，血清 +血細(xì)胞，胸水，腹水，唾液。1手術(shù)樣本：腫瘤組織50mg ，癌旁正常組織 25mg ，收到組織后立即用至少 5 倍體積的 10% 中性福爾馬林固定液固定，切片25以上，厚度 5 m ，腫瘤細(xì)胞占比 50% ，壞死組織區(qū)域 10% ，4-8且 24h 送達(dá)實驗室。2 穿刺樣本：穿刺一針以上，腫瘤細(xì)胞占比 50% ， 壞死組織區(qū)域 10% ，4-8且 24h 送達(dá)實驗室。5 / 7 3石蠟包埋組織：常溫保存運輸即可，最好是1 年以。4石蠟切片組織：常溫保存運輸即可，最好是6 周以。5全血：6ml-10ml for ngs (streck管，含有保存液，負(fù)壓真空抽滿)，輕輕垂直平

7、面 90旋轉(zhuǎn) 10 次，6-25常溫運輸， 37日送達(dá)，可用干冰 /制熱劑制造維持環(huán)境溫度。6血漿+血細(xì)胞 普通試管：抽血后 2h 將全血 4 1600g 離心10min，分別收集上清和沉淀至離心管中；上清再 4 c 16000g 離心10min，收集上清血漿轉(zhuǎn)移至 15ml 離心管中。血漿 +血細(xì)胞樣品，均封口膜封口，干冰運輸。2.2 ：質(zhì)量控制 。質(zhì)控不合格， 只有重新采樣。 標(biāo)準(zhǔn)流程只需要 0.1-1g dna ，dna 的 od 260/280 在 1.8-2.0之間， rna的 rin值 8.0 。實驗中發(fā)現(xiàn)，只要 rin值大于 7， 就可以獲得比擬滿意的結(jié)果。rin：rna 完整值

8、?？偟膩碚f，質(zhì)控兩個指標(biāo)： 足夠的 dna 量和完整的 dna基因組 。這個步驟在構(gòu)建文庫后上機(jī)測序前完成。2.3 ：文庫構(gòu)建 。這步是為獲取足夠量的/ 目的的/ 前期適合上機(jī)測序而標(biāo)準(zhǔn)處理的 dna 。其程序主要有：片段化，連接，擴(kuò)增。2.4 ： 上機(jī)測序。我們把采集到的樣品別離提純成需要的基因組dna ，再把這些 dna 打成小片段，然后再在這些 dna 小片段兩頭接上識別標(biāo)記和測序接頭，最后再通過基因捕獲技術(shù)篩選出目的dna ，根據(jù)需求pcr 擴(kuò)增。然后，就可以上機(jī)測序了。上機(jī)測序的過程就是讀取這些6 / 7 dna 小片段的序列，如atctggctt.(160bp) ，這樣萬級、億級的

9、dna 片段個數(shù) 。三、信息分析局部3.1 ： 下機(jī)數(shù)據(jù)識別。每個患者都有 數(shù)以億計的 dna 小片段，10到 90g的數(shù)據(jù)量，每次又會同時做幾個到幾十個，這時就必須將 不同患者的dna 小片段進(jìn)展分類。在構(gòu)建文庫的加接頭步驟時， 都加上了 barcode序列，同一個患者使用同一個barcode，不同的患者使用不同的barcode，那么計算機(jī)通過這個barcode 就可以識別出不同受檢者的數(shù)據(jù)，然后分類。3.2 ：圖像轉(zhuǎn)換。 下機(jī)的時候那些 dna 片段最初其實是圖像格式的，例如紅色表示堿基a，綠色表示堿基t，借助計算機(jī)將 圖像轉(zhuǎn)換成基因序列。3.3 ：比對到基因圖上。 將這些上以億級的dna

10、 小片段歸位，當(dāng)然每個染色體上的每個位置下面一般不止一條dna 片段，這就是測序深度，如果測序深度為 10000， 那么理論上該位置下面就應(yīng)該有10000條dna片段。這也是在上機(jī)之前構(gòu)建文庫時，通過調(diào)節(jié)pcr 擴(kuò)增來實現(xiàn)。這一步就是 將散亂的 dna 小片段比對到參考基因組上， 從而實現(xiàn)它們的定位。 3.4 ：計算突變頻率。 假設(shè) 1 號染色體的 500 位到第 650位有 10000個 dna 片段，那么測序深度就真的是10000嗎？在這里需要做一個區(qū)7 / 7 分，如果這 10000 條 dna 片段有 9000 條是一模一樣的，那么我們認(rèn)為這是一條 dna 片段 pcr 擴(kuò)增出來的，這

11、 9000 條只能算作 1 條，這時候有效測序深度 為 1001。在某個特定的位點，如果這1001條 dna片段有 100條發(fā)生同樣的與參考基因組不一樣的變化，我們就認(rèn)為該點的突變頻率 為 10% 。這 10% 的突變頻率血液腫瘤驅(qū)動基因突變?yōu)槔馕吨?：血液中的 cfdna有 10% 是 ctdna，從而反響患者的腫瘤病灶有一局部癌細(xì)胞發(fā)生了該突變，假設(shè)有針對該位點的靶向藥， 那么可根據(jù)情況推薦使用。3.5 ：1原始數(shù)據(jù)過濾； 2數(shù)據(jù)比對 bwa ；3比對文件處理； 4去除 pcr 重復(fù) dedup； 5 mpileup 文件生成 samtools ； 6 體細(xì)胞 snv 、indel 變異檢測； 7體細(xì)胞 fusion 檢測； 8體細(xì)胞 snv