蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

1、會(huì)計(jì)學(xué)1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).-Gly-Ala-Glu-Phe-.FUNCTION.-Gly-Ala-Glu-Phe-.FUNCTION?.-Gly-Ala-Glu-Phe-.FUNCTION！QLMGERIRARRKKLKQLMGAERIRARRKKLK結(jié)構(gòu)？結(jié)構(gòu)？提取樣本提取樣本聚類(lèi)分析聚類(lèi)分析學(xué)習(xí)分類(lèi)規(guī)則學(xué)習(xí)分類(lèi)規(guī)則預(yù)測(cè)預(yù)測(cè).-Gly-Ala-Glu-Phe-.延伸 成核區(qū) 延伸延伸 螺旋核 延伸54321105 . 7jjjjffff序列窗口序列窗口 中心殘基中心殘基窗口中各個(gè)殘基對(duì)中心殘基二級(jí)結(jié)構(gòu)的支持程度窗口中各個(gè)殘基對(duì)中心殘基二級(jí)結(jié)構(gòu)的支持程度)(/ )|(log);(S

2、PRSPRSI390/150390/2401830/10501830/780, ,AHAHHHffff7650. 0)1830/780/()1830/1050log()390/150/()390/240log()/log(/log();(, ,HHAHAHffffAHI） 螺旋的形成規(guī)律：螺旋的形成規(guī)律：在一段序列中發(fā)現(xiàn)第在一段序列中發(fā)現(xiàn)第i、i+3、i+4位（如位（如1、4、5）是疏水殘基時(shí)，這一片段就被）是疏水殘基時(shí)，這一片段就被預(yù)測(cè)為預(yù)測(cè)為螺旋；螺旋； 當(dāng)發(fā)現(xiàn)第當(dāng)發(fā)現(xiàn)第i、i+1、i+4位（如位（如7，8，11）為疏水殘基時(shí)，這一片段也被預(yù)測(cè)為為疏水殘基時(shí)，這一片段也被預(yù)測(cè)為螺螺旋。旋。

3、對(duì)于對(duì)于折疊的形成規(guī)律：折疊的形成規(guī)律： 對(duì)于對(duì)于折疊，也存在著一些特征的親疏水折疊，也存在著一些特征的親疏水殘基間隔模式，埋藏的殘基間隔模式，埋藏的折疊通常由連續(xù)折疊通常由連續(xù)的疏水殘基組成，一側(cè)暴露的的疏水殘基組成，一側(cè)暴露的折疊則通折疊則通常具有親水常具有親水-疏水的兩殘基重復(fù)模式。疏水的兩殘基重復(fù)模式。原則上，通過(guò)在序列中搜尋特殊的親疏水原則上，通過(guò)在序列中搜尋特殊的親疏水殘基間隔模式，就可以預(yù)測(cè)殘基間隔模式，就可以預(yù)測(cè)螺旋和螺旋和折疊折疊。 點(diǎn)模式方法：點(diǎn)模式方法： 將將20種氨基酸殘基分為親水、疏水以及兩性殘種氨基酸殘基分為親水、疏水以及兩性殘基三類(lèi)基三類(lèi) 用八殘基片段表征親疏水間

4、隔模式用八殘基片段表征親疏水間隔模式 以一個(gè)二進(jìn)制位代表一個(gè)殘基，疏水為以一個(gè)二進(jìn)制位代表一個(gè)殘基，疏水為1，親，親水為水為0，共八位。，共八位。 這樣，八殘基片段的親疏水模式可用這樣，八殘基片段的親疏水模式可用0 255的的數(shù)值來(lái)表示數(shù)值來(lái)表示 螺旋的特征模式對(duì)應(yīng)的值為：螺旋的特征模式對(duì)應(yīng)的值為：9，12，13，17，201，205，217，219，237。 折疊的特征模式：折疊的特征模式： 由連續(xù)的由連續(xù)的1或交替的或交替的01構(gòu)成。構(gòu)成。疏水性定量計(jì)算疏水性定量計(jì)算 待預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸片段待預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸片段U=ATSGVFL序列比對(duì)：序列比對(duì)：T = S T N G I Y WU = A T S G V F L直接將直接將T的構(gòu)象態(tài)賦予的構(gòu)象態(tài)賦予U RNA的結(jié)構(gòu)可以分為三個(gè)層次 一級(jí)結(jié)構(gòu) 二級(jí)結(jié)構(gòu) 空間結(jié)構(gòu).-Gly-Ala-Glu-Phe-.FUNCTION！ 螺旋的特征模式對(duì)應(yīng)的值為：螺旋的特征模式對(duì)應(yīng)的值為：9，12，13，17，201，205，217，219，237。 折疊的特征模式：折疊的特征模式： 由連續(xù)的由連續(xù)的1或交替的或交替的01構(gòu)成。構(gòu)成。待預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸片段待預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸片