如何使用Canoco軟件對(duì)DGGE圖譜數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分PCA分析

1、如何使用Canoco軟件對(duì)DGGE圖譜數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分PCA分析已有3397次閱讀2013-7-23 00:59|系統(tǒng)分類：科研筆記|關(guān)鍵詞:Canoco DGGE PCA第1步，DGGE圖譜數(shù)據(jù)的整理簡(jiǎn)單明了些，將Quantityone或者類似軟件分辨匹配后得出的DGGE條帶的相對(duì)百分亮度數(shù)據(jù)整理到excel表格中。格式如下圖，即縱向從上往下為樣品編號(hào)，條帶編號(hào)則在第一行從左往右，表格中填入對(duì)應(yīng)條帶的相對(duì)百分亮度值。比如，條帶3在泳道1中的亮度為0.591841.此表是本人某論文的原始數(shù)據(jù)的一部分。0幽1別1 1S5230Z 或440<1W7M* 1.00 躬、即紅C0*3前4faC 4

2、21524 0 SI 159) C MJ3*1Wili 山咖獅算 1 QI2J0Me0OifOi 19fiW775?»011Vfl WJ33S2 35T7UQ3»03me9f7SIJSJ1 11444汕】洛13e曲i wjmfl1a©aa1«<s。的測(cè)2 34 H9s 7?>yi*0*n黑仔翊1151咖4 122SK2c2&um23i科1列凸厘T”；如t1*-Qfl0A30A&TIWr?tj411】賀rm<)©第2步，DGGE圖譜數(shù)據(jù)的導(dǎo)入。使用Canoco軟件進(jìn)行相關(guān)分析。Canoco在不少論壇，比如普蘭塔等

3、，都有破解版下載。大家運(yùn)行的時(shí)候只要調(diào)整下電腦系統(tǒng)時(shí)間到2002年以前即可（最新破解版似乎不需要這么麻煩了）。Canoco不能直接識(shí)別excel格式的數(shù)據(jù)。必須將 DGGE圖譜的條帶數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為 能識(shí)別的.dta后綴的文件才可以進(jìn)行后續(xù)的PCA等相關(guān)分析。具體操作如下：在excel表格中，將條帶數(shù)據(jù)連同樣品編號(hào)和條帶編號(hào)一起鼠標(biāo)選擇，Ctrl + C拷貝。然后“開始”-“程序”下找到Canoco的子程序 Weanolmp，這個(gè)子程序是專門導(dǎo)入數(shù)據(jù)的。程序會(huì)彈出如下 對(duì)話框：HOW ro USE THr$ PRC1spcsadshee“ Ccpjf >wj 也話 uHt to the dpt

4、Murd-4<矽吐muH benRuH / Ccirmi 1 2ttiw 0p(iorti below And SaveaPTIQWSE «h CiJiumn is 4 SrtfJeGenei4i« tebel： FoirSipOOOl«fc Jr SpeciBt / Erw. V4MMex r/vOOOl VaCtlP |7 Saw in Candenced FonndiSawE»r時(shí)丨如果你的條帶矩陣數(shù)據(jù)有很多0值，可以將最后的"Save in Condensed Format ”勾上，至于為什么，沒有太深究。不過不勾上，似乎不影響分

5、析結(jié)果。點(diǎn)擊"Save”，彈出如下對(duì)話框：這個(gè)時(shí)候，要自己選擇條帶數(shù)據(jù)矩陣的保存路徑，并給該文件命名。如，我將此文件保存到“PCA教程”文件夾下，命名為spe.dta，注意這個(gè)“ spe.dta ”是我自己打出來的。 點(diǎn)擊"保 存”，彈出如下對(duì)話框：點(diǎn)擊最左邊的符號(hào)“”，彈出如下對(duì)話框:點(diǎn)擊"OK”系統(tǒng)會(huì)提示你成功生成文件。 這個(gè)文件就是我們后續(xù) PCA分析所需要的Canoco 軟件可識(shí)別的條帶組成數(shù)據(jù)。這個(gè)spe.dta文件就保存在PCA教程”文件夾下。當(dāng)然，我們還可以對(duì)理化因子數(shù)據(jù)進(jìn)行同樣的操作。如果對(duì)物種生存環(huán)境對(duì)生物的影響方面的研究感興趣，可以進(jìn)行RDA，

6、CCA等分析，這個(gè)就需要物種和環(huán)境兩個(gè)數(shù)據(jù)矩陣了。第3步，Canoco軟件進(jìn)行PCA數(shù)據(jù)分析。接下來我們就可以使用 Canoco軟件對(duì)我們的spe.dta文件記性PCA分析了。 在"開始"-“程序"下找到 Canoco for Windows 4.5 （當(dāng)然你我版本可能不同）。Close Canoco軟件彈出的小廣告。就進(jìn)入 Canoco的分析界面:我們只有條帶（即物種species）數(shù)據(jù)，所以只能選擇最上面的 "Only species dataavailable ; 如果你有物種數(shù)據(jù)、物種所在環(huán)境的理化參數(shù)數(shù)據(jù)或者其他輔助數(shù)據(jù)，可以選擇對(duì)應(yīng)的選項(xiàng)。不

7、同的選項(xiàng)，后續(xù)的操作略有不同， 可以進(jìn)行不同的分析。 比如,"Species and environmental data available "，我們可以進(jìn)行計(jì)算不同環(huán)境因子對(duì)物種組成影響的RDA, CCA等分析。感興趣，可以查閱下文獻(xiàn)。選擇“下一步”：Browse "，瀏覽選擇上步生成的“ spe.dta ”數(shù)據(jù)。如下:點(diǎn)擊最左邊的符號(hào)“”，彈出如下對(duì)話框:然后在"Canoco solution file name ” 一欄中，將"spe.dta ”數(shù)據(jù)的保存路徑復(fù)制過來。舉 例，我這次就將下圖的藍(lán)色選擇部分復(fù)制，然后拷貝到" C

8、a noco solution file name ”下面, 自己再后面鍵盤敲進(jìn)去將來要生成的solution文件的名稱，比如 PCA.sol,注意后綴一定是.sol。這一步比較重要。選擇“下一步選擇“ Lin ear ”線性的分析模式下的PCA, “下一步Speaet KoitiDo nd patl-iraxsoFinS><Trnrtnc痢肋默認(rèn)，下一步:如果你的不同條帶數(shù)據(jù)差異巨大，比如，最大的100 ,最小的0.1，你可以選擇開平方處理下。默認(rèn)，下一步：默認(rèn)，下一步:默認(rèn)，下一步:選擇"完成”，OK, Canoco軟件分析完成了。彈出如下對(duì)話框:.con 。在“文件

9、名” 一欄中，敲進(jìn)去“ PCA.con”。如下圖。當(dāng)然，名字你隨便起，后綴最好是F面就要看分析結(jié)果和繪圖了。第4步，Canoco PCA 數(shù)據(jù)分析結(jié)果及繪圖。上一步在選擇“保存”后，彈出如下對(duì)話框:選擇"Analyze ”對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析31.3%的物種組我們可以看到PCA的大體分析結(jié)果，如下圖，我們可以看到第一軸解釋了 成變化，第二軸解釋了 46.9-31.3=15.6% 的物種組成。Total stemdudin species data TAU =4 ,02126SummryAxe?1 234Total varianceE ig fiv亠-0.313a.ISC0.0990.079

10、ROODCumulative peEcanta varianceof specie dat»*31*34«+956.9*0Sun of nileigenvaluesl + 00DUed Jul 10 09:52:0"72002 CMMOCO caXlaucceedtd這個(gè)時(shí)候該繪圖了！選擇" CanoDraw ”按鈕，彈出如下對(duì)話框，命名PCA.cdw然后“保存”。然后就可以輸出圖了，先關(guān)掉如下的Canoco小廣告。我們可以看到這樣的操作界面:在"Create ”菜單下選擇"Scatter plots ”一" samples

11、 ”或者"species "，就可以得到樣 點(diǎn)或者物種組成的 PCA圖了。如下圖:BEli這個(gè)圖是最原始的圖，我們可以進(jìn)行相關(guān)的編輯。比如，鼠標(biāo)右鍵，可以調(diào)整PCA圖的軸大小。我覺得第一軸，即水平軸的右邊范圍太大了，可以適當(dāng)縮小，由2.5更改為22得出新圖，如下:我們可以用鼠標(biāo)拖動(dòng)上面的數(shù)字，因?yàn)橛兄丿B之類的問題，不太好看。拖動(dòng)后，如下圖，這 樣好看一點(diǎn)哦。-1,022另外，鼠標(biāo)右鍵有幾項(xiàng)命令，比如 zoom，可以放大圖譜，使我們看的更清晰些。我們還可以對(duì)樣點(diǎn)的顯示符號(hào)、文字及大小進(jìn)行編輯。比如，本PCA圖，樣品1-12，,1-24, 25-36分別為3個(gè)處理。我想用不同的符號(hào)來直觀的區(qū)別他們，可以，操作是這樣的：按著Ctrl鍵，依次選擇13-24號(hào)對(duì)應(yīng)的圈圈符號(hào)，然后按 F5,就可以打開“ Properties ”對(duì)話框，可 以對(duì)顏色、線條、填充及符號(hào)類型及大小進(jìn)行編輯。當(dāng)然，只要你選擇了任何對(duì)象，都可以F5,對(duì)其特性進(jìn)行編輯。2317O3021