ImageLab中文操作手冊

1、Image Lab 中文操作手冊Fast and ReliableImage Lab全自動圖像獲取和分析軟件用于Molecular Imager ChemiDoc XRS+、Molecular Imager Gel Doc XR+ 和 Criterion Stain FreeTM 成像系統(tǒng)，可應(yīng)用于凝膠電泳和轉(zhuǎn)印膜的數(shù)字成像和分析，而自動化的工作流程能加速圖像獲取步驟及參數(shù)優(yōu)化，并針對調(diào)整好的凝膠或轉(zhuǎn)印膜影像進(jìn)行系統(tǒng)性分析，進(jìn)而得到所需的分析數(shù)據(jù)結(jié)果。一、軟件操作界面啟動精靈程序桌面主窗口工具列分析工具列狀態(tài)列1. 主窗口工具列 檔案管理 分析數(shù)據(jù)Results Data2. 顯示工具列轉(zhuǎn)換3

2、D成模式像亮度明暗度轉(zhuǎn)換改變圖像色彩全窗口大小放大縮小圖像顯示設(shè)定圖像信息3. 分析工具列（1）圖像工具（Image Tools）（2）泳道及條帶工具（Lane and Band Tools）（3）分子量工具（MW Molecular Weight）（4）自動定量工具（Quantity Tools）（5）注釋工具（Annotation Tools）（6）手動定量工具（Volume Tools） 二、使用Image Lab 軟件進(jìn)行化學(xué)發(fā)光圖像獲取流程1. 建立圖像獲取程序：在凝膠成像（Gel Imaging）對話框中選擇Chemi（化學(xué)發(fā)光）應(yīng)用程序(1) 在成像區(qū)域（Imaging Area

3、）對話框中的下拉式選單中選擇合適的樣品大?。ǚ潜匦?，可之后通過Position Gel選擇）(2) 選擇成像曝光（Image Exposure）方法，可以人為評估曝光時(shí)間并以手動設(shè)定（Manual Exposure），或是使用信號累積模式（Signal Accumulation Mode，SAM）來進(jìn)行操作。在建立一個(gè)化學(xué)發(fā)光的程序時(shí)最難的任務(wù)就是圖像曝光的確定，因?yàn)槟氆@得一個(gè)充分利用了相機(jī)大的動態(tài)范圍的圖像。過短的圖像曝光時(shí)間可能使高于膜背景的微弱信號不能被識別；過長的圖像曝光時(shí)間能夠使得某些條帶飽和（也就是說，超出了相機(jī)準(zhǔn)確報(bào)告信號的能力）。如果這是您第一次用ChemiDoc XRS+分

4、析化學(xué)發(fā)光樣品，您需要在使用手控或信號累積模式（SAM）之前決定一個(gè)合適的成像時(shí)間框架。獲得這個(gè)信息的最好的方式是取得一個(gè)相對短的手工曝光并利用Image Lab里的工具估計(jì)最適的曝光時(shí)間。2. 手動曝光(1) 選擇手動設(shè)定曝光時(shí)間（Manually set exposure time）并在讀秒框中輸入10秒。(2) 選擇Highlight saturated pixels 。(3) 把膠置于透射箱的中心位置。(4) 在程序窗口中點(diǎn)擊按鈕。(5) 觀察顯示器中樣品的實(shí)時(shí)圖像，打開照膠系統(tǒng)的門并移動樣品直到位于視野的中心區(qū)域。(6) 可利用照相機(jī)的變焦滑板調(diào)節(jié)成像區(qū)域的大小。(7) 選擇按鈕獲得

5、你的第一個(gè)圖像。若所需的圖像出現(xiàn)在計(jì)算機(jī)的顯示器上，確認(rèn)圖像中是否包含紅色的飽和區(qū)域。若有飽和區(qū)域存在，請重新以較短的曝光時(shí)間來獲取圖像。若無飽和區(qū)域存在，則可移動鼠標(biāo)置于最暗的條帶之上，在較低的右下角Image Lab窗口中觀察信號的強(qiáng)度數(shù)值。如圖中顯示強(qiáng)度為1994，照相機(jī)能記錄的最大值的32分之一（最大值為65,535）。用你的最初的10秒曝光再乘以30就可在照相機(jī)的最大動態(tài)范圍附近成像你的樣品。若你只需針對單一圖像的成像時(shí)間進(jìn)行評估，可直接在手動曝光區(qū)域中輸入300。3. 信號累積模式（Signal Accumulation Mode，SAM）如果預(yù)估方法不足以精確滿足您的目的，請選擇

6、SAM按鈕，然后按Setup按鈕。一個(gè)新的對話框會跳出來，其包含有可輸入細(xì)分的成像時(shí)間的領(lǐng)域。在這個(gè)例子中，我們已經(jīng)輸入了小于和大于我們原始的300秒曝光估計(jì)時(shí)間，因?yàn)槲覀冇欣碛上嘈艤?zhǔn)確的成像時(shí)間將會在這些時(shí)間之中。我們總共想要5個(gè)成像，推測其中一個(gè)將會與最佳成像極為接近。一個(gè)您的SAM設(shè)定的圖像顯示出現(xiàn)在對話框里。而SAM設(shè)定的影像顯示對話窗口，在您選擇按鈕后再點(diǎn)選按鈕，窗口會顯示相關(guān)進(jìn)度圖標(biāo)來說明整體圖像獲取的時(shí)間。在250秒獲取第一個(gè)圖像，同時(shí)一個(gè)小的縮略圖會出現(xiàn)在窗口的下方，以此類推整個(gè)過程將持續(xù)到獲取所有的圖像。就像前面做過的那樣，通過移動鼠標(biāo)在圖像上，您能判定強(qiáng)度值。您也可以通過使

7、用位于程序窗口左邊的圖像轉(zhuǎn)換窗口（Image Transform）中的調(diào)節(jié)劃片改變圖像的表觀。在SAM程序中的任何地方您都能通過點(diǎn)擊縮略圖查看圖像。若確定調(diào)整到符合您要求的圖像時(shí)，點(diǎn)擊 按鈕舍棄其它不適合的圖像來完成獲取圖像的程序。也可在SAM獲取圖像的過程中或之后來保存需要的所有圖像，直接點(diǎn)選右鍵單點(diǎn)縮圖窗口內(nèi)的圖像即可進(jìn)行存盤保留下來。在決定獲取圖像的數(shù)量時(shí)，記住增加SAM圖像會導(dǎo)致背景信號的平均。當(dāng)較多的圖像被獲得時(shí)，在背景強(qiáng)度水平附近的弱的信號將會變得難以識別。如果辨別最弱的信號很重要，我們推薦在合適的時(shí)間下獲得單一的成像。三、建立全自動圖像獲取及分析程序（Creating Proto

8、cols）1. 啟動分析精靈窗口 - STEP 1. GEL IMAGING（1）按照應(yīng)用（NucleicAcid/Protein/Blots）選擇相關(guān)的程序（Choose an application）（2）選擇成像區(qū)域（Choose the Imaging Area）（3）選擇成像曝光時(shí)間（Choose Image Exposure Time）（4）選擇顯示設(shè)定（ Choose Display Options , Highlight saturated pixels and Image Color）2. 圖像自動分析（Analyze Image）- STEP 2. DETECT LANES

9、 AND BANDS 設(shè)定DETECT LANES AND BANDS的參數(shù)（Low Band Detection Sensitivity（Low sensitivity = 25）、High Band Detection Sensitivity（High sensitivity = 75）或自行設(shè)定靈敏度。 3. 分子量分析（Analyze Molecular Weight ）-STEP 3. ANALYZE MOLECULAR WEIGHT 設(shè)定Analyze Molecular Weight Settings的分子量標(biāo)準(zhǔn)品（Molecular Weight Standard）類型，所有B

10、io-Rad的各類標(biāo)準(zhǔn)品（包括核酸、蛋白）均已預(yù)存。當(dāng)然，您也可以根據(jù)您的實(shí)驗(yàn)設(shè)置您自定義的分子量標(biāo)準(zhǔn)品。并同時(shí)設(shè)定分子量標(biāo)準(zhǔn)品的泳道及回歸方式。4. 報(bào)告輸出設(shè)定（Report Settings）- STEP 4. SPECIFY CONTENT OF REPORTS5. 結(jié)果（Results Overview）及報(bào)告（Report） （1）數(shù)據(jù)顯示信息（Displaying Data）（2）分析表格設(shè)定（Analysis Table Options） （3）Lane 信息（Lane Profile）（4）標(biāo)準(zhǔn)曲線（Standard Curve） 四、建立圖像分析程序（Creating Im

11、ages Analyzing Protocols）1. 圖像分析（Analyzing Images）（1）分析工具Analysis Tool Box（A）自動分析（Auto Analysis） 點(diǎn)選進(jìn)入Detection Settings窗口 設(shè)定Detect lanes and bands的參數(shù)（Low Band Detection Sensitivity（Low sensitivity = 25）、High Band Detection Sensitivity（High sensitivity = 75）或自行設(shè)定靈敏度），接著再設(shè)定 Molecular Weight Analysis S

12、ettings的Molecular Weight Standard、Standard Lanes及Regression Method參數(shù)。2. 圖像工具（Image Tools） 可進(jìn)行水平或垂直翻轉(zhuǎn)、左右旋轉(zhuǎn)90或自由旋轉(zhuǎn)（Rotate）、裁剪（Crop）、反轉(zhuǎn)（Invert Data）及迭合（Merge）。3. Lanes及Bands工具（Lane and Band Tools） （1）Lane Tab 使用自動（Automatic）或手動（Manual）搜尋Lane功能（A）針對所有的Lanes（All Lanes）進(jìn)行大小調(diào)整（Resize）、（Adjust）及 刪除（Delete）等

13、參數(shù)調(diào)整。（B）針對單一Lane（Single Lane）進(jìn)行增加（Add）、彎曲（Bend）、移動（Move）、寬度（Width）及刪除（Delete）等參數(shù)調(diào)整。（C）利用Lane Background Subtraction進(jìn)行背景值的扣抵，并可點(diǎn)選（Apply to selected Lane）針對單一Lane進(jìn)行調(diào)整。- 可以藉由Rolling Disk參數(shù)設(shè)定（1-99 mm）來去除背景值。（2）Bands Tab 通過Detect Bands進(jìn)行自動搜尋Bands功能或手動進(jìn)行增加（Add）、刪除（Delete）及（Adjust）等參數(shù)調(diào)整。4. 分子量分析工具（Molecula

14、r Weight Analysis Tools） 此工具可由已知的標(biāo)準(zhǔn)品測算相對的分子量或堿基對（base pairs）。5. 定量工具（Quantity Tools） （1）相對定量（Relative Quantity Tab） 從圖像中選擇已知的標(biāo)準(zhǔn)品（reference band）及其標(biāo)準(zhǔn)品濃度（以綠色R表示），其分析結(jié)果可從Analysis table觀察。（2）絕對定量（Absolute Quantity Tab） 通過選擇已知標(biāo)準(zhǔn)品濃度的bands（至少兩個(gè)以上,以R表示），并設(shè)定合適的回歸參數(shù)計(jì)算所得之標(biāo)準(zhǔn)曲線來推算目標(biāo)bands的絕對濃度（回歸參數(shù)設(shè)定如Linear(較常用)、

15、Point-to-Point或Cubic spline）。Regression MethodMinimum number of standard bandsMinimum number with Force Through OptionLinear21Point-to-Point21Cubic Spline546. 注釋工具（Annotation Tools） 可以通過Add Annotations工具增加文字批注及箭頭批注，并可調(diào)整批注相對位置（Alignment）、文字屬性、顏色及旋轉(zhuǎn)方向等參數(shù)7. 定量工具（Volume Tools） 按下選擇較適合的Band型態(tài), 選取想要定量分析的Band位置, 并在Band上點(diǎn)擊左鍵兩下可將樣品定義為標(biāo)準(zhǔn)品、未知樣品或背景空白, 并分別定義其定量依據(jù)（如kb，ppm，mg/ml）建議用Rect Tool方形，先框出適當(dāng)?shù)姆叫?，并用?fù)制方式將分析的Band框出（Ctrl+C+左鍵/即可復(fù)制，或Ctrl+C復(fù)制/Ctrl+V粘貼）。 在Band上點(diǎn)擊左鍵兩下可將