(分子生物學(xué)本科生課件)生物軟件概述

1、( (分子生物學(xué)本科分子生物學(xué)本科生課件生課件) )生物軟件生物軟件概述概述通常研究階段通常研究階段資料資料收集收集整理整理序列分析、序列分析、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)模擬階段模擬階段實(shí)驗(yàn)操作實(shí)驗(yàn)操作和數(shù)據(jù)分和數(shù)據(jù)分析階段析階段文章寫文章寫作和結(jié)作和結(jié)果發(fā)表果發(fā)表資料整理階段Reference Manager 9.5n在線查找PubMed和609個(gè)Z39.50數(shù)據(jù)庫的專業(yè)資料，保存為本地文件；n與word整合，直接在word中查找資料，插入引用，并對(duì)參考文獻(xiàn)進(jìn)行相應(yīng)雜志引用格式要求的格式化；n強(qiáng)大的資料管理功能；序列分析、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)模擬階段序列分析、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)模擬階段Vector NTI Suite 7.

2、1限制酶分析限制酶分析引物分析引物分析序列對(duì)比序列對(duì)比質(zhì)粒作圖質(zhì)粒作圖結(jié)構(gòu)域（結(jié)構(gòu)域（motifmotif）查找查找RNARNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析克隆策略圖譜克隆策略圖譜三維結(jié)構(gòu)顯示三維結(jié)構(gòu)顯示Vector NTI Suite 7.1n特有良好的數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)；n大部分分析可在數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行 選定（數(shù)據(jù)）分析結(jié)果（顯示、保存和入庫）n對(duì)核酸蛋白酶分子進(jìn)行限制酶分析、結(jié)構(gòu)域查找等多種分析操作；n生成重組分子策略和實(shí)驗(yàn)方法、進(jìn)行限制酶片段的虛擬電泳；n輸入各種格式的分子數(shù)據(jù)、加以注釋、輸出高質(zhì)量的圖像功能簡(jiǎn)介n3DMol顯示PDB格式分子三維結(jié)構(gòu)nAlignX序

3、列相似性比較nAlign Xblocks序列局部完全相同比較nBioPlot幾十種核酸蛋白序列分析、理化分析nContigExpress將小片段拼裝成長(zhǎng)序列nGCGConverterGCG格式文件轉(zhuǎn)換成NTI格式nPubMed/Entrez Search搜索PubMed、PDB、GenBanknBack Translation核酸反向翻譯工具nMatrix Editor矩陣數(shù)據(jù)編輯DNAsisDNAsis 限制性內(nèi)切酶分析DNAsis 質(zhì)粒作圖DNAsis 翻譯分析DNAsis 引物設(shè)計(jì)DNAsis RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)DNAsis DNA測(cè)序策略構(gòu)建DNAsis 多序列比較以及進(jìn)化樹分析DNA

4、sis 蛋白2D結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)Primer Premier 5.0Primer Premier 5.0自動(dòng)搜索引物Primer Premier 5.0強(qiáng)大功能GeneDoc 3.23 亮麗的序列對(duì)比Gene Construction kit 2.5最好的克隆策略與質(zhì)粒作圖軟件本階段的其他相關(guān)軟件n各種軟件不同數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換軟件Seqverter 1.3n三維結(jié)構(gòu)顯示RasMol 2.7nRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析RNAdraw實(shí)驗(yàn)操作和數(shù)據(jù)分析階段實(shí)驗(yàn)操作和數(shù)據(jù)分析階段BandScan 4.5 分析流程BandScan 4.5統(tǒng)計(jì)分析nSAS (Statistical Analysis System)nSig

5、maPlot 2000nExcelMotic Fluoscense顯微照片分析軟件多種圖象分析功能通常的流式細(xì)胞儀周期分析系統(tǒng)OVSXX/SO+AV+AS+AX+AX/S+A 0.00%10.00%20.00%30.00%40.00%50.00%60.00%70.00%80.00%Apoptotic Cellsno-ADR6.18%4.53%4.06%62.60% 6.83%90uM ADR 23.10% 29.30% 18.80% 71.50% 49.20%OVSXX/S顯微鏡系統(tǒng)細(xì)胞周期分析系統(tǒng)n依據(jù)顯微鏡照片對(duì)視野的細(xì)胞數(shù)進(jìn)行計(jì)數(shù)依據(jù)顯微鏡照片對(duì)視野的細(xì)胞數(shù)進(jìn)行計(jì)數(shù)（Quantifyin

6、g cell mono-layer cultures by video imaging）n原位熒光分析進(jìn)行單細(xì)胞原位熒光分析進(jìn)行單細(xì)胞DNA定量（定量（To test the feasibility of in situ DNA quantitation of adherent cells nuclei by fluorescence imaging）n處理獲得的數(shù)據(jù)，對(duì)細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞周期分析處理獲得的數(shù)據(jù)，對(duì)細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞周期分析Computer-assisted Detection of ApoptosisnAnal Quant Cytol Histol. 1999 Dec;21(6):489-97. nRelated Articles, Links nDNA content by in situ fluorescence imaging and S-phase detection, with chromatin structure preserved.Chassoux D, Franchi J, Cao TT, Debey P.Institut National de la Recherche Agronomique Unite 806/Equipe Associee 2703 Museum National dHistoire Naturelle, Paris, F