實(shí)用生物信息技術(shù)期中考試(二班)

1、1 / 4 實(shí)用生物信息技術(shù)期中考試（二班） 農(nóng)科院研究生院 2007 年 11 月 18 日 姓名 _ 座位號(hào) CAAS07F2 _ 得分 _ 矚慫潤(rùn)厲釤瘞睞櫪廡賴賃軔。 寫出實(shí)現(xiàn)以下操作的 UNIX 命令：（20 分） 在當(dāng)前目錄下創(chuàng)建子目錄 do 回到本用戶根目錄 將 seql.fas 序列文件改名為 seq2.fas 刪除當(dāng)前目錄下所有擴(kuò)展名為 dnd 文件 顯示子目錄 ppf 下文件 ppfl.fas 文件內(nèi)容 顯示當(dāng)前目錄下文件 af164138.gb 前 20 行內(nèi)容 將子目錄 hba 設(shè)為只讀 統(tǒng)計(jì) FASTA 格式序列文件中序列數(shù) 刪除子目錄 temp 及該目錄下所有子目錄和

2、文件 統(tǒng)計(jì)當(dāng)前目錄下以 fas 為擴(kuò)展名的文件總數(shù) 2. 說(shuō)明以下 EMBOSS 命令用途： （20 分） seqretsplit 7hba.fas dottup spl07a.fas spl07b.fas sixpack ppf1_pea.fas getorf -options spl3.fas pep info p02440.fas -out p02440.out garnier hba_huma n.fas showalig n 15sbpd.a In -width 80 -n obottom compseq y12618.fas -word 3 woss name primer pep

3、coil gen 4_yeast.fas 3. 從 GenBank 中下載河豚魚質(zhì)粒（Cosmid）序列（AF164138），提取基因 MDR2 所編碼之蛋白質(zhì)序列，用點(diǎn)陣圖 dotmateher 顯示其 N-端和 C-端重復(fù)區(qū)，用局部序列比對(duì)程序 water 分析一致殘基（Identity）、相似殘基（Similarity）和空 位（Gap）百分比，確定重復(fù)區(qū)位置；找出 N-端重復(fù)區(qū)對(duì)應(yīng)于 C-端重復(fù)區(qū)長(zhǎng)度超過(guò) 10 個(gè)殘基的插入片段。（10 分）聞創(chuàng) 溝燴鐺險(xiǎn)愛(ài)氌譴凈禍測(cè)。 1） 操作命令： 2） 結(jié)果： 一致殘基（Identity）: 相似殘基（Similarity）: 空位（Gap）:

4、 重復(fù)區(qū)位置： N-端重復(fù)區(qū)插入片段位置： 4. 以人血紅蛋白 alpha 亞基（P69905）為檢測(cè)序列進(jìn)行 BLAST 搜索，找出 SwissProt 數(shù)據(jù)庫(kù)中人血紅蛋白各種不同亞基， 將搜索結(jié)果填入下表，并用距離法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。 （20 分）殘騖樓諍錈瀨濟(jì)溆塹籟婭驟。 Aeeessi on Name Subun it Len gth Score E-Value Ide ntity (%) Positive (%) Gap (%) P69905 HBA_HUMAN Alpha P09105 HBAT_HUMAN Theta P02008 HBAZ_HUMAN Zeta P68871 HB

5、B_HUMAN Beta P02042 HBD_HUMAN Delta P02100 HBE_HUMAN Epsilo n P69891 HBG1_HUMAN Gamma1 P69892 HBG2_HUMAN Gamma2 Q6B0K9 HBM_HUMAN Mu 5. 斑頭雁血紅蛋白序列、結(jié)構(gòu)、功能、進(jìn)化分析 （30 分） 以“beheaded goose hemoglobin 檢索 SwissProt 序列數(shù)據(jù)庫(kù)，可找到斑頭雁血紅蛋白序列 _ 條，其中斑頭雁血紅蛋白 2 / 4 A 鏈（HBA_ANSIN）序列登錄號(hào)（Accession）為 _ ，登錄日期為 _ ，序列最近更新日期為 _ ，

6、 注釋信息最近更新日期為 _ ;相關(guān)文獻(xiàn)_篇，其中關(guān)于 X-射線晶體結(jié)構(gòu)研究 _ 篇；該蛋白質(zhì)功能為 _ ，屬 _ 家族；釅錒極額閉鎮(zhèn)檜豬訣錐顧葒。 用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖形顯示軟件 wiss-PdbViewer 比較斑頭雁氧合血紅蛋白（1A4F）和灰雁氧合血紅蛋白（1FAW）空間 結(jié)構(gòu)：彈貿(mào)攝爾霽斃攬磚鹵廡詒爾。 斑頭雁氧合血紅蛋白 亞基有個(gè)組氨酸殘基，其中 _ 與血色素環(huán)中央鉄原子共價(jià)結(jié)合，鍵長(zhǎng) _ 埃， _ 與血色素環(huán)中央氧原子（ OXY150 ）以氫鍵結(jié)合，鍵長(zhǎng)為 _ 埃；謀蕎摶篋飆鐸懟類蔣薔點(diǎn)鉍。 用結(jié)構(gòu)疊合（Fit）方法將斑頭雁氧合血紅蛋白 亞基和灰雁氧合血紅蛋白 亞基按 碳（C ）疊合，

7、疊合后均方 根誤差（Root Mean Square Deviation, RMSD ）為 _ 埃；廈礴懇蹣駢時(shí)盡繼價(jià)騷巹癩。 繪圖表示斑頭雁和灰雁血紅蛋白色素卟啉環(huán)中心鐵離子與氧分子結(jié)合時(shí)的構(gòu)像差異； 根據(jù)上述分析結(jié)果，參閱相關(guān)文獻(xiàn)，簡(jiǎn)述斑頭雁血紅蛋白序列、結(jié)構(gòu)、功能和進(jìn)化關(guān)系。3 / 4 名稱 研究目的 進(jìn)展情況 物種來(lái)源 生物學(xué)功能 表達(dá)特異性 PubMed 編號(hào)（1-5 篇） PMC 編號(hào)（1-3 篇） 綜述編號(hào)（1-2 篇） Gen Ba nk/EMBL 編 號(hào) Swiss/TrEMBL 編號(hào) 父叉鏈接數(shù)據(jù)庫(kù) 序列特征 NCBI、EBI和 ExPASy 中獲取有關(guān)信息。 （10 分）煢楨廣 6.簡(jiǎn)述你正在研究或最感興趣的基因或蛋白質(zhì)， 并從