三個STR位點在傣族人群中的遺傳多態(tài)性

1、三個STR位點在傣族人群中的遺傳多態(tài)性【摘要】目的了解云南傣族3個STR位點遺傳多態(tài)性分布。方法應(yīng)用多重PCR技術(shù)對HUMCSF1PO、HUMTPOX和HUMTH01 3個STR基因座進(jìn)行分析，采用高分辨率的聚丙烯酰胺凝膠電泳分離、銀染法顯影技術(shù)，對云南傣族上述3個基因座進(jìn)行遺傳多態(tài)性調(diào)查。結(jié)果CSF1PO位點，觀察到7個等位基因，15個基因型；TPOX位點，觀察到7個等位基因，18個基因型；TH01位點，觀察到6個等位基因，17個基因型。結(jié)論上述3個短串聯(lián)重復(fù)序列基因座基因頻率分布與Hardy-Weiberg平衡吻合良好。【關(guān)鍵詞】短串聯(lián)重復(fù)序列CSF1PO位點TPOX位點TH01位點云南傣

2、族識別率 DISTRIBUTION OF THREE STR LOCI IN DAI ETHNIC GROUP IN CHINAShen Hong*【Abstract】ObjectiveThis study was conducted to investigate the distribution of three STR loci in Dai ethnic group.MethodsMultiplex amplifications of CSF1PO, TPOX and TH01 were carried out. Using denaturing polyacrylamide gel e

3、lectrophoresis and silver staining the authors investigated the distribution of allele frequencies of CSF1PO, TPOX and TH01 loci in Dai ethnic group living in Yunnan province.Results7 alleles and 15 genotypes of CSF1PO locus, 7 alleles and 18 genotypes of TPOX locus, 6 alleles and 17 genotypes of TH

4、01 locus were observed.ConclusionThe allele distribution of the loci is in good agreement with the Hardy-Weinberg equilibrium.【Key words】Short tanden repeatCSF1PO locusTPOX locusTH01 locusDai ethnic groupDiscrimination power短串聯(lián)重復(fù)序列(short tanden repeat,STR)是由3至7個堿基對作為核心單位串聯(lián)重復(fù)形成的一類DNA序列1，由核心重復(fù)單位數(shù)目的變化構(gòu)

5、成了STR基因座的遺傳多態(tài)性，在人類基因組中，每15kb就有1個STR基因座14，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)分析時，STR等位基因片段大小一般為100500bp。1991年，Edwards等2報道了STR多位點的多重PCR，而用CSF1PO，TPOX和TH01 3個STR多位點進(jìn)行傣族人群復(fù)合擴(kuò)增，但由于涉及到一系列反應(yīng)條件優(yōu)化，近年來STR-PCR方法技術(shù)上的改進(jìn)使其在應(yīng)用范圍上更為擴(kuò)大，擴(kuò)展了DNA分析在遺傳學(xué)、人類學(xué)及法醫(yī)學(xué)上等領(lǐng)域中的應(yīng)用。我們采用從血液中提取DNA，同時復(fù)合擴(kuò)增CSF1PO、TPOX和TH01等3個位點，應(yīng)用高分辨性的聚丙烯酰胺凝膠電泳分離，銀染法顯影，對傣族的CSF1PO、TP

6、OX和TH01的位點進(jìn)行等位基因頻率調(diào)查，獲了滿意的結(jié)果，現(xiàn)報告如下。1材料和方法1.1樣本110份血樣采自云南省玉溪地區(qū)的無血緣關(guān)系的傣族個體，所取血樣在-20保存?zhèn)錂z。1.25方法進(jìn)行。2結(jié)果與討論短串聯(lián)重復(fù)序列由于其在人類基因組中的廣泛分布和巨大的變異度，一直引起人類遺傳學(xué)、法醫(yī)學(xué)研究工作者的重視。1989年，Litt6、Tautz7以及Weber8等連續(xù)報道了STR位點的應(yīng)用文章。在1991年，Edwards等1報道了STR多位點的復(fù)合擴(kuò)增。STR-PCR方法在技術(shù)上的改進(jìn)使其在應(yīng)用范圍上更為擴(kuò)大，但由于STR多位點復(fù)合擴(kuò)增涉及到一系列反應(yīng)條件優(yōu)化，目前已有這方面的報道，而用CSF1P

7、O，TPOX和TH01 3個STR多位點進(jìn)行傣族人群復(fù)合擴(kuò)增國內(nèi)尚未見報道，因為復(fù)合擴(kuò)增方法可以簡捷地從同一DNA標(biāo)本中迅速獲得較多的位點量，是多態(tài)研究的較佳方法。我們用血樣中提取的DNA樣品與DNA定量標(biāo)準(zhǔn)同時電泳估計樣品中的DNA含量，用4ng樣品DNA做CSF1PO，TPOX和TH01的復(fù)合擴(kuò)增，結(jié)果110個樣品均獲成功，譜清晰。本研究表明，CSF1PO，TPOX和TH01 3位點的復(fù)合擴(kuò)增是靈敏的，一滴血的DNA就足夠進(jìn)行3個位點復(fù)合擴(kuò)增。這對法醫(yī)學(xué)和群體遺傳研究標(biāo)本取樣帶來極大的便利。我們的研究獲得了云南省傣族的CSF1PO，TPOX和TH01位點的擴(kuò)增片段長度多態(tài)性的結(jié)果，基因型分

8、布見表1、2，經(jīng)吻合度檢驗，觀察數(shù)與期望值十分接近，符合Hardy-Weinberg平衡定律。CSF1PO位 ，觀察到9個等位基因(814)，15個基因型。雜合度為70.0%，TPOX位點，觀察到7個等位基因(814)，18個基因型，雜合度為65.5%，TH01位點，觀察到6個等位基因(69、3和10)，17個基因型。雜合度為73.6%。3個位點的總個人識別率達(dá)0.9972，這一識別率在法醫(yī)學(xué)個人識別和親子鑒定中有極為重要的應(yīng)用價值。表1云南傣族CSF1PO，TPOX和TH01 3個位點基因型分布Tab 1Genotypes Distribution of CSF1PO, TPOX and T

9、H01 Loci in DaiCSF1PO Locus(CSF1PO位點)TPOX Locus(TPOX位點)TH01 Loucs(TH01位點)Genotype(基因型)N.Obs(觀察數(shù))N.Exp(期望值)Genotype(基因型)N.Obs(觀察數(shù))N.Exp(期望值)Genotype(基因型)N.Obs(觀察數(shù))N.Exp(期望值)8-1110.668-82825.536-610.338-1210.658-9812.046-733.829-1011.098-1067.716-811.209-1111.318-113229.396-944.589-1221.298-1224.326-9

10、.321.3610-1098.188-1310.967-71111.1410-112019.648-1410.487-867.0010-121919.369-911.427-92826.7310-1322.739-1041.827-9.387.9511-111211.789-1196.937-1032.2311-122123.249-1221.028-811.1011-1353.2810-1010.588-998.4012-121211.4510-1134.448-9.342.5012-1333.2310-1210.659-91516.0312-1410.2911-1178.649-9.399

11、.5411-1222.509-1042.6711-1310.569.3-9.311.4212-1210.18Total(合計)110108.18110109.01110108.10210.201，df=8，P0.25；2=4.325，df=11，P0.25；2=9.752，df=11，P0.25 表2云南傣族CSF1PO，TPOX和TH01位點的等位基因頻率分布Tab 2Allele frequency distribution of CSF1PO,TPOX and TH01 in DaiCSF1PO Locus(CSF1PO位點)TPOC Locus(TPOX位點)TH01 Locus(TH

12、01位點)Genotype(基因型)Allelefrequency(等位基因)Genotype(基因型)Allelefrequency(等位基因)Genotype(基因型)Allelefrequency(等位基因)80.009180.498060.054590.018290.127070.3182100.2727100.028080.1000110.3273110.333090.3818120.3227120.01209.30.1136130.0455130.0020100.0318140.0045140.0045Total(合計)1.00000.99990.9999比較不同種族人群CSF1P

13、O，TPOX和TH01基因分布存在很大的差異，云南傣族與非洲黑人、高加索人和墨西哥人在這3個位點的等位基因頻率之差異，分析不同民族之間的基因位點差異，對一個民族的遷移、親緣研究具有重要的意義，一些STR位點與某些疾病的易感性有密切的關(guān)系，因此這些位點的差異對于基因診斷、基因治療有重要的意義。 本項目由國家自然科學(xué)基金(39760035)資助作者單位：650021昆明，云南省紅十字會醫(yī)院(沈洪)，昆明市婦幼保健醫(yī)院(鄒蘋)；云南省人民醫(yī)院(楊燕)；云南高級人民法院司法鑒定科學(xué)技術(shù)研究所(鄒浪萍)；昆明醫(yī)學(xué)院(申濱)參考文獻(xiàn)1Edwards AA, Civitello, Hammond HA,et

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15、S,Xiao H. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human tyrosine hydroxylase gene(TH).Nucleic Acids Res,1991,19(2)3753-3757.4Lins AM,Sprecher CJ,Puers C.Multiplex sets for the amplification of polymorphic short tandem repeat loci-silver stain and fluorescence detection. Biotechniques, 1996, 20(6)882-889.5鄒浪萍.CSF1PO，TPOX和TH01基因座復(fù)合擴(kuò)增及其在苗族人群中的基因頻率分布.中國法醫(yī)學(xué)雜志，1997，12(3)148-151.6Litt M, Luty JA. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. Am J Hum Genet, 1989,44(3)397-401.7Tautz D.Hypervariability of