生物信息學(xué)第5章常用分析軟件

1、第5章 常用分析軟件 一、基因結(jié)構(gòu)一、基因結(jié)構(gòu)基因基因原核生物基因結(jié)構(gòu)：真核生物基因結(jié)構(gòu)： CpG島島是指是指DNA序列上的一個(gè)區(qū)域，此區(qū)域含有大序列上的一個(gè)區(qū)域，此區(qū)域含有大量相聯(lián)的胞嘧啶（量相聯(lián)的胞嘧啶（C）、鳥(niǎo)嘌呤（）、鳥(niǎo)嘌呤（G），以及使兩者相連），以及使兩者相連的磷酸酯鍵（的磷酸酯鍵（p）。）。CpG島的概念是島的概念是Gardiner-garden和和Fromner于于1987年提出的，基因中平均每年提出的，基因中平均每100 Kb即可出現(xiàn)。即可出現(xiàn)。CpG島位于基因的啟動(dòng)子和第一個(gè)外顯子區(qū)，約有島位于基因的啟動(dòng)子和第一個(gè)外顯子區(qū)，約有60%80%的人類(lèi)基因的啟動(dòng)子和起始外顯子含有

2、的人類(lèi)基因的啟動(dòng)子和起始外顯子含有CpG島，島，其中其中GC含量大于含量大于50%，長(zhǎng)度超過(guò)，長(zhǎng)度超過(guò)200bp。因此搜索。因此搜索CpG島可以為基因及其啟動(dòng)子預(yù)測(cè)提供重要線索。島可以為基因及其啟動(dòng)子預(yù)測(cè)提供重要線索。 CpGPlot是預(yù)測(cè)是預(yù)測(cè)CpG島的在線工具，它是由歐洲島的在線工具，它是由歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室EMBL European Molecular Biology Laboratory提供的。提供的。其網(wǎng)址為：其網(wǎng)址為：http:/www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/cpgplot/index.html序序號(hào)號(hào)Genebank登陸號(hào)登陸號(hào)物物 種種

3、基因功能基因功能1234567AY094405AF486514X03935X62134X88789U23945X57233Arabidopsis halianaHordeum vulgareZea maysO.sativaP.sativumSorghum bicolorWheatgranule bound starch synthase I mRNAgranule bound starch synthase I mRNAglucosyl transferasegranule bound starch synthase I mRNAmRNA for starch synthasegranule-bound starch synthase precursor (W