蛋白預測轉錄后修飾以及其相互作用

1、關于蛋白預測-轉錄后修飾及其相互作用第一張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月蛋白質合成后的分泌及加工修飾 不論是原核還是真核生物，在細胞漿內合成的蛋白質需定位于細胞特定的區(qū)域，有些蛋白質合成后要分泌到細胞外，這些蛋白質叫做分泌蛋白。在細菌細胞內起作用的蛋白質一般靠擴散作用而分布到它們的目的地。如內膜含有參與能量代謝和營養(yǎng)物質轉運的蛋白質；外膜含有促進離子和營養(yǎng)物質進入細胞的蛋白質；在內膜與外膜之間的間隙稱為周質，其中含有各種水解酶以及營養(yǎng)物質結合蛋白。真核生物細胞結構更為復雜，而且有多種不同的細胞器，它們又具有各不相同的膜結構，因此合成好的蛋白質還要面臨跨越不同的膜而到達細胞器械，有些蛋

2、白質在翻譯完成后還要經(jīng)過多種共價修飾，這個過程叫做翻譯后處理。第二張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月運輸標簽-信號肽 信號肽是未成熟蛋白質中，可被細胞轉運系統(tǒng)識別的特征氨基酸序列。蛋白質在核蛋白體合成后要靶向輸送到其執(zhí)行功能的目標地點。穿過合成所在細胞到其他組織細胞中的蛋白質統(tǒng)稱為分泌性蛋白質。分泌性蛋白上有一段疏水性氨基酸較多的肽段，稱為信號肽（signal peptide），其作用是把合成的蛋白質移向細胞膜并與胞膜結合，然后把合成蛋白送出胞外。 第三張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第四張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月信號肽一級結構特征 一般由10多個至40多個氨

3、基酸殘基組成，大致分為三個區(qū)段。 N端有帶正電荷的氨基酸，如賴氨酸和精氨酸，稱為堿性氨基末端。中間較大的或更多的以中性氨基酸為主組成疏水核心區(qū)，常見有亮氨酸、異亮氨酸等。 C端含有小分子如甘、丙、絲氨酸較多，是被信號肽酶剪切的部位，稱為加工區(qū)。 第五張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第六張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第七張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第八張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第九張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第十張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第十一張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月信號肽預測結果酶切位點信號肽信

4、號肽確定Cd133（ p00533）第十二張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月有的非分泌性蛋白，雖然C分和S分都高于域值， SignalP根據(jù)其Y分和S分平均值仍能作出準確判斷 對于典型的非分泌蛋白，整個序列的各項分數(shù)都很低， 看圖確定是否為分泌性蛋白的依據(jù)第十三張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月練習烯醇化酶x56832是在線粒體膜上，用信號肽軟件分析一下該基因編碼蛋白信號肽，分析一下結果。Cd133（ p00533）是細胞膜表面蛋白，用信號肽軟件分析該蛋白信號肽序列。第十四張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月在ncbi上檢索x56832找出編碼蛋白第十五張，PPT共六十七

5、頁，創(chuàng)作于2022年6月MAMQKIFAREILDSRGNPTVEVDLHTAKGRFRAAVPSGASTGIY EALELRDGDKGRYLGKGVLKAVENINNTLGPALLQKKLSVVDQEKVDKFMIELDGTEN KSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGNPDLILPVPAFNVINGGSHAG NKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKYGKDATNVGDEGGFAPNIL ENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLDFKSPDDPARHITGEKL GELYKSF

6、IKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDLTVTNPKRIAQAVEK KACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQ IKTGAPCRSERLAKYNQLMRIEEALGDKAIFAGRKFRNPKAK 變成fasta格式第十六張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月烯醇化酶x56832第十七張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第十八張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第十九張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月蛋白質翻譯后加工修飾 第二十張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于202

7、2年6月1.氨基端和羧基端的修飾 2.共價修飾許多的蛋白質可以進行不同的類型化學基團的共價修飾，修飾后可以表現(xiàn)為激活狀態(tài)，也可以表現(xiàn)為失活狀態(tài)。（1）磷酸化：磷酸化多發(fā)生在多肽鏈絲氨酸，蘇氨酸的羥基上，偶爾也發(fā)生在酪氨酸殘基上，這種磷酸化的過程受細胞內一種蛋白激酶催化，磷酸化后的蛋白質可以增加或降低它們的活性，例如：促進糖原分解的磷酸化酶，無活性的磷酸化酶b經(jīng)磷酸化以后，變居有活性的磷酸化酶a。而有活性的糖原合成酶I經(jīng)磷酸化以后變成無活性的糖原合成酶D，共同調節(jié)糖元的合成與分介。 S: CH2OHCH(NH2)COOH Y: T: CH3CH(OH)CH(NH2)COOH 第二十一張，PPT共

8、六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月（2）糖基化： 質膜蛋白質和許多分泌性蛋白質都具有糖鏈，這些寡糖鏈結合在絲氨酸(S)或蘇氨酸(T)的羥基上，例如紅細胞膜上的ABO血型決定簇。也可以與天門冬酰胺(N)連接。這些寡糖鏈是在內質網(wǎng)或高爾基氏體中加入的第二十二張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月（3）羥基化：膠原蛋白前鏈上的脯氨酸和賴氨酸殘基在內質網(wǎng)中受羥化酶、分子氧和維生素C作用產生羥脯氨酸和羥賴氨酸，如果此過程受障礙膠原纖維不能進行交聯(lián)，極大地降低了它的張力強度。（4）二硫鍵的形成：第二十三張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月糖基化修飾位點第二十四張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6

9、月第二十五張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月去uniprot上查詢一個序列P00533 生長因子受體第二十六張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第二十七張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月數(shù)據(jù)庫中的糖基化位點第二十八張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月以FASTA格式輸入第二十九張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月糖基化位點用顏色表示出來第三十張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月另一種表達方式第三十一張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月以列表形式給出結果第三十二張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月結果說明glycosylated sites +

10、 Potential 0.5 + Potential 0.5 AND Jury agreement (9/9) OR Potential0.75 + Potential 0.75 AND Jury agreement + Potential 0.90 AND Jury agreement and non-glycosylated sites: - Potential 0.5 - Potential 0.5 AND Jury agreement (all nine 0.5) - Potential 0.32 AND Jury agreement WARNING: PRO-X1. Proline

11、occurs just after the Asparagine residue. This makes it highly unlikely that the Asparagine is glycosylated, presumably due to conformational constraints. WARNING: PRO-X2. Proline occurs at the 3rd position C-terminal to the Asparagine in question (2nd X in NXSTX). This makes it somewhat unlikely th

12、at the Asparagine is glycosylated, but this condition is not as harsh as the PRO-X1 condition. 第三十三張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月閾值第三十四張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月練習預測一下CD133蛋白上可能的N糖基化位點第三十五張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月O-糖基化蛋白質O-糖基化位點有及其重要的意義，神經(jīng)系統(tǒng)中O-糖鏈結構抗原在神經(jīng)發(fā)育的神經(jīng)元軸表面分布廣泛，另外，O-糖基化也是細胞惡變和腫瘤發(fā)育的重要標志。主要類型：O-GlcNac，O-mannose,O-

13、fucose,等第三十六張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月O-糖基化預測第三十七張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月P00533 生長因子受體第三十八張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月粘蛋白（mucin）是上皮粘液的主要成分，具有高分子量和高糖基化，糖鏈占其分子量的50%-90%，富含O糖基化第三十九張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第四十張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月糖基化位點第四十一張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第四十二張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第四十三張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月練習 分析一下CD43和C

14、D82可能的O-糖基化位點第四十四張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月CD43第四十五張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第四十六張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第四十七張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月CD82第四十八張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第四十九張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第五十張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月蛋白質之間的相互作用第五十一張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第五十二張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第五十三張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第五十四張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第五十五張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月基因名稱第五十六張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第五十七張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第五十八張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月不同顏色的線條表示相關可能性的大小，鼠標指處有相關性值第五十九張，PPT共六十七頁，創(chuàng)作于2022年6月第六