NTI使用手冊中文版

1、第一章 安裝和執(zhí)行程序 第一章安裝和執(zhí)行程序 Vector NTI 目前為網(wǎng)絡版本，需要連到主機確認用戶權力后才能運作。廠商并沒 有針對授權時間進行限制， 因此只要設定好 License Server 的相關設定即可使用， 不 需要額外進行申請。但用戶 IP 位置必須位于海洋大學校內，方可與授權服務器聯(lián)機。 請下載下面這個檔案進行安裝 http:/vecto.tw/Vector NTI Advance 10.exe 以下將說明如何設定的過程，變更為自服務器取得授權的方式： 1.選取開始程序集InvitrogenVector NTI Advance 10License Manager(圖 1.1

2、)。圖 1.1 授權設定 2.在 Applications 頁面中(圖 1.2)，點選下面的 Dynamic 按鈕，上面四個字段請?zhí)?上使用者的姓名，系所單位，電話和電子郵件位置，最下面一欄 URL of DLS 請入以 下字符串： http:/vecto.tw:8080/vntidls.cgi。 DLS Server requires authentication 目前不需要勾選。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 1 Vector NTI 教育訓練手冊 圖 1.2 授權設定窗體 3.在 Internet Settings(圖 1.3)里面建議選取 Direct Connect

3、ion，這樣當 IE 設定 Proxy 之后，才不會導致 Vector NTI 因為 IP 不在校內而不能聯(lián)機。圖 1.3 Vector NTI 授權網(wǎng)絡設定 4.設定之后可以點選 Test Connection，程序會自動聯(lián)機測試，如果在右邊的聯(lián)機結 果顯示 Connection OK(圖 1.4)，就表示設定成功；如果顯示 Connection error，則 表示聯(lián)機不成功，如果有開啟防火墻/防病毒軟件，請關閉或調整設定后再試一次。圖 1.4 Vector NTI 授權網(wǎng)絡設定，成功右下角會顯示 Connect OK .tw/CMBB_REFIX/main/nti 2 第一章 安裝和執(zhí)行

4、程序 5.設定成功后，在 Dynamic license 的頁面記得按下 Apply，最后在 Applications (圖 1.5)把所有項目的 Demo mode 改成 Dynamic license。圖 1.5 授權設定，將所有的 Demo mode 改為 Dynamic license 6.依上述流程開啟 Vector NTI 應該都可以正常用戶許可證運作， 如果發(fā)生聯(lián)機問題請 與本中心的人員聯(lián)絡。 聯(lián)機設定完成后就可以開始執(zhí)行程序來操作了， 首先 NTI 的文件夾有許多項目可 供選擇：其中一個為主程序(Vector NTI)，而其他的功能項目是附加在主程序底下，可 以各別開啟操作，也

5、可以在主程序下面執(zhí)行(圖 1.6)。圖 1.6 Vector NTI 主程序及附屬程序 各別開啟 主程序開啟 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 3 Vector NTI 教育訓練手冊 首次進入主程序后系統(tǒng)將提示是否允許將新數(shù)據(jù)填入Vector NTI數(shù)據(jù)庫中，點選 OK。這樣DNA molecules， proteins， enzymes， oligos，and gel markers 將組成NTI 的 數(shù)據(jù)庫，并出現(xiàn)下列三個窗口(圖1.7)。圖 1.7 左邊為文字窗口，右邊為圖譜窗口，下方為序列窗口 圖譜窗口 文字窗口 序列窗口 這三個窗口為文字窗口、圖譜窗口和序列窗口。文字窗

6、口會將分析結果，作簡 單的文字敘述，并且可以自動做注記；圖譜窗口會將序列以一個卡通圖形進行說明， 同時具有繪圖的功能；序列窗口會將分析結果，標定在序列上面，以序列呈現(xiàn)出來。 接下來就是將序列加載程序中，我們可以將實驗或是搜尋所獲得的序列數(shù)據(jù)放 進程序，本文將以一個針對斑馬魚基因篩選實驗所得到的序列作為范例。加載序列最 直接的方式是從程序的左上角點選FileOpen將序列檔案開啟，但是注意檔案必須為 GenBank/GenPept， EMBL/SWISS-PROT 或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的 情況下才能順利開啟序列。另一種方式是用剪貼的方式將序列貼入程序中，將在第二 章介紹。

7、 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 4 第二章 數(shù)據(jù)庫建立和儲存序列 第二章數(shù)據(jù)庫建立和儲存序列 在了解主程序的樣子之后，接下來必須要先了解 NTI 的數(shù)據(jù)是如何儲存和讀取， 并且建立自己的序列數(shù)據(jù)庫。 NTI 的程序中會有一個內建好的數(shù)據(jù)庫， 在 同時把 存盤的路徑預先設定在數(shù)據(jù)庫的位置之中。我們自身主機的數(shù)據(jù)庫叫做 Local Database，同時 NTI 提供了數(shù)據(jù)庫分享的功能，可以透過網(wǎng)絡和其他主機交換或 分享序列數(shù)據(jù)。 如何建立自己的數(shù)據(jù)庫？首先在主程序下點選 數(shù)據(jù)庫， 圖示(圖 2.1)：圖 2.1 使用 Local Database 開啟數(shù)據(jù)庫 （Local Da

8、tabase）開啟 為分享和交換數(shù)據(jù)庫的指令。Local Database 開啟后會看到下面 進入數(shù)據(jù)庫后會先看到右手邊的窗口有一大堆數(shù)據(jù)， 那是程序事先內建好的 序列數(shù)據(jù)，可以直接點選開啟。數(shù)據(jù)庫會因為序列的性質不同而有不同的歸類， 想要看不同的類別可以在左上角選擇。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 5 Vector NTI 教育及訓練手冊 圖 2.2 建立數(shù)據(jù)庫 接下來要建立屬于自己的數(shù)據(jù)庫了，以斑馬魚的基因序列為例，第一步在 后會在 Invitrogen vectors 下方出現(xiàn) ，會跳 DNA/RNA Molecules (圖 2.2)的項目下點選 一個 Group1

9、的文件夾，可以自己改名。在新的文件夾項目下再點選 出一個窗口(圖 2.3)：圖 2.3 新建數(shù)據(jù)庫 旁邊的字段可以輸入名稱，接著點選 DNA/RNA Molecule(圖 2.4)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti 6 第二章 數(shù)據(jù)庫建立和儲存序列 圖 2.4 新的 DNA/RNA 模塊 在此項目下可以選擇序列的特性， 這些項目的選擇會影響到主程序的分析和 圖譜形狀，可以依照序列的特性設定。 接著再點選 Sequences and Maps: 圖 2.5 編輯斑馬魚海大基因的序列 在此窗口(圖 2.5)下， 我們就將要加載的序列先全選后再按復制， 之后在這窗 口下點選 Past

10、e 后就可以貼入序列。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 7 Vector NTI 教育及訓練手冊 圖 2.6 貼上斑馬魚海大基因序列 接著按 OK 后再按確定(圖 2.6)，如此便建立好我們的序列數(shù)據(jù)了。之后要開 啟此數(shù)據(jù)時，只要進入 Local Database 后，在自己建立的文件夾下連續(xù)點兩下該 文件名就可以直接開啟。 NOTE：上一章提到剪貼方式加載序列的方法和上面相同，只是要從主程序中左 上角的 FileCreate New SequenceUsing Sequence Editor (DNA/RNA) or Using Sequence Editor (Protei

11、n)。從這條路徑一樣可以建立序列資料，但是存盤時會存在 內建好的 Database 中。 存檔：我們把序列加載主程序后要如何儲存？NTI 已經(jīng)默認檔案儲存路徑是指向 Local Database，只要按下 就可以存盤。除此之外，當我們把程序關閉時，程 序也會自動幫我們進行自動儲存的動作，可以避免我們忘記儲存的疏忽。一般來 說檔案存在 Local Database 的文件夾內是很安全，但是為了以防萬一，在此強烈 建議再存一個備份文件：在 File 項目下選擇 Save as 后就可以選擇我們想要儲存 的文件夾位置。欲開啟儲存的檔案只要連續(xù)點兩下就可以直接打開。 .tw/CMBB_REFIX/ma

12、in/nti 8 第三章 接口基本操作 第三章接口基本操作本章介紹序列窗口和文字窗口的基本操作指令。 現(xiàn)在我們已經(jīng)將斑馬魚的基 因序列加載主程序中，接下來要如何處理文字和序列的編輯呢？ 匯入序列后將出現(xiàn)如圖 3.1 畫面：圖 3.1 一般接口操作指令 注意在紅色框線的那一排是窗口的一般操作指令，隨著光標所在位置的不 這三個指令，分別代表著三 同，窗口所出現(xiàn)的指令也會不同。先看 個不同的窗口，依序是文字、圖譜和序列窗口。若要在不同的窗口下進行檢視或 編輯，可以按這三個按鈕或是直接將鼠標點擊該窗口。在這三個指令后面的按鈕 則是該窗口可執(zhí)行的功能，此圖則是位于檢視圖譜窗口。 文字窗口會把我們所執(zhí)行的

13、分析指令作一個簡單的描述整理， 以文件夾的型 態(tài)顯示，可以打開文件夾看個別的描述；其他敘述和說明則是在我們上一章所提 到，剪貼序列時操作窗口中可以設定的部分。我們在加載序列的時候會看到圖譜 被程序標上限制酶的切位，若不需此信息可以在文字窗口下按 序列窗口的編輯點：點選 去除。 或者是將鼠標點擊序列窗口，所出現(xiàn)的指令有 ，其中 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 9 Vector NTI 教育訓練手冊 是和 office 系統(tǒng)一樣的文字 編輯指令，我們只要將欲編輯的序列用鼠標反白后，點選這些指令就可以修改字 型、大小和顏色等文字編輯的功能，以下是將序列背景顏色和文字顏色進行編輯 過后

14、的樣子(圖 3.2)，我們可以依個人喜好來掌握文字的編輯。圖 3.2 修改序列背景、字號和顏色 圖 3.2 是將其中一段的文字背景改成紫色，另一段的文字顏色改成紅色。學 會了文字編輯后，接下來我們發(fā)現(xiàn)序列的排列似乎不是很美觀，想要改變序列的 排列方式可以在序列窗口狀態(tài)下點鼠標右鍵進入 Display setup，或是點 這時會出現(xiàn)下面指令(圖 3.3)：圖 3.3 檢視工具 按鈕 點選 Sequence setup 項目后會出現(xiàn)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti10 第三章 接口基本操作 圖 3.4 序列檢視工具 我們可以在這個序列檢視工具 (圖 3.4)之下設定各種的排列方式

15、，底下的序 列窗口為一個預覽窗口，會依我們的設定而變動，將設定調整好后按 OK 就可以 了，如此一來就可以有一個整齊美觀的序列呈現(xiàn)在我們面前。這些序列排列的設 定可以在 Display setup 的窗口內點選 Save settings as 儲存，之后只要開啟主程序 就會依照我們的設定來排列(圖 3.5)。圖 3.5 編排斑馬魚海大基因序列，讓畫面更加清晰 指令： 的指令可以用來顯示序列的互補股，主程序會 自動幫我們執(zhí)行此功能，如果不想讓序列顯示互補股，只要單擊該按鈕就可以將 此功能解除，序列就只會顯示單股序列。 指令：這個指令可以直接將基因序列轉譯成胺基酸序列，轉譯出的胺基 .tw/CM

16、BB_REFIX/main/nti11 Vector NTI 教育訓練手冊 酸序列會顯示在基因序列上方(圖 3.6)； 指令可以將胺基酸的序列反轉錄回基 因序列（序列必須為氨基酸） ，我們想要看基因轉譯的氨基酸序列時，只要用鼠 標選取欲分析的片段后再按下 擊 析：圖 3.6 藍色區(qū)塊上方為斑馬魚海大基因序列進行轉譯后的結果 就可以了，若要消除轉譯分析的結果，可以單 按鈕就可以消除，下面的例子是選取一段斑馬魚的基因序列進行轉錄分 在序列編輯好以后， 如何將編輯好的序列輸出呢？我們只要點選 或是開 啟鼠標右鍵點選 Camera 后會出現(xiàn)一個窗口(圖 3.7)： .tw/CMBB_REFIX/mai

17、n/nti12 第三章 接口基本操作 圖 3.7 用 Camera，來儲存序列 我們可以選擇復制完整或部分的序列片段，若點選 file 可以直接將序列轉存 為文本文件；若是點選 Clipboard 我們就可以復制序列到其他的檔案下面，例如 Word、Power Point 等文件，選擇好格式后點選 Copy，之后，在其他的程序中按 貼上就可以輸出序列了，以下是輸出至 Word 檔的例子(圖 3.8)：圖 3.8 將序列復制到 Word 中 NOTE：由于 NTI 的序列文字格式和 Word 的默認字形格式不同，所以貼到 Word 后會有序列不整齊的現(xiàn)象。這時候可以將 Word 的字型和格式進行

18、修改就可以修 正。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti13 Vector NTI 教育訓練手冊 指令：點選 可以搜尋我們想要尋找序列中的特定片段(圖 3.9)：圖 3.9 Find sequence 用來搜尋特定序列片段 在 Find what 的字段中輸入欲搜尋的片段，按下 Find Next 就可以進行搜尋。 在 Options 可以調整我們想要搜尋的條件。 除此之外，我們可以在鼠標右鍵出現(xiàn)的指令中點選 Reverse selection 可以將 我們選取的序列轉變成為此序列的互補股(圖 3.10)：圖 3.10 點選 Reverse Selection 產(chǎn)生序列的互補股 Ve

19、ctor NTI 還有在原有的序列中刪除或是插入另一段序列的功能，想要在原 來的序列中插入另一段序列時，先將光標移動到想要插入的位置后，在上方 Edit 項目中選擇 NewInsert Sequence at * bp，*表示插入的位置，圖 3.11 中是以第 14 個 bp 的位置進行說明： .tw/CMBB_REFIX/main/nti14 第三章 接口基本操作 圖 3.11 在序列中刪除或插入片段序列 此時我們就可以插入新的序列， 并可以用手動輸入或是復制貼上的方式進行 序列編輯(圖 3.12)：圖 3.12 編輯插入的新序列 按下 OK 就可以把序列插入(圖 3.13)： .tw/CM

20、BB_REFIX/main/nti15 Vector NTI 教育訓練手冊 圖 3.13 插入新序列的結果 若要刪去序列中某一區(qū)段可以用相同的方法，選取該區(qū)段后按下圖 3.14 選取所要刪除的序列片段部份 按鈕： 按下確定就可以將該區(qū)段刪除(圖 3.14)。在主程序 Edit 項目下 Cut 和 Delete 這兩個指令也可以執(zhí)行刪除序列，操作方法同上。 NOTE：利用 或是 Cut 指令可以把刪去的序列貼回原處或是序列的其他位置， 但是 Delete 指令不行。 要把刪去的序列貼回只要再把光標移動到默認的位置上方 按下 ， 或是 EditPaste Sequence at * bp 就可以貼

21、回序列。 旁邊的按鈕 可以將我們選取的序列直接復制（和 EditCopy Sequence 一樣）無論是 Cut 或是 Copy 的部分， 都可以貼到序列的其他位置或是其他檔案（Word、記事本）中 。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti16 第三章 接口基本操作 若要改變主程序中三個窗口位置，可以進入上方 View 選項(圖 3.15)：圖 3.15 使用 View 選項，改變主程序中窗口的位置 最下面的三個指令( Change panes layout, Maximize Pane, Switch to standard layout )(圖 3.16)可依個人喜好更改窗口的位

22、置和排列方式。圖 3.16 重新排列后的窗口位置 .tw/CMBB_REFIX/main/nti17 第四章 圖譜的編輯與輸出 第四章圖譜的編輯與輸出 Vector NTI 主程序中的圖譜窗口有內建作圖和圖形編輯功能，我們可以依照 自身的需求進行繪圖，圖形可以進行輸出成為個人的美術作品。 將光標點擊圖譜窗口之后可以見到下列指令： 這些指令中有一些和 上一章序列窗口有類似的功能，在此便不加以重述。 視圖譜大小和形狀： 可以檢 能夠改變圖形的形狀，把序列變成圓形或是直線， 圓形的圖形適用于表現(xiàn)質體序列的形狀；直線適用于表現(xiàn)單一股序列形狀。圖譜 大小用 來放大縮小圖片，可以依照個人喜好調整。 圖譜被

23、程序標上限制酶的切位必須要移除。在上方 AnalysisRestriction AnalysisRestriction sites 中點選 Remove ALL 再按 OK 就可以了。接著就可開始 編輯圖形了。我們要在序列標示特定標記時，先將光標移至圖譜窗口，接著按下 指令會出現(xiàn)圖 4.1：圖 4.1 編輯圖形設定 .tw/CMBB_REFIX/main/nti19 Vector NTI 教育訓練手冊 在窗口中左邊是程序已經(jīng)內建好的圖形， 每一個圖形代表著序列種種不同的 生物功能；右邊我們可以編輯圖形的范圍和命名，設定好以后按 OK 就可以了。圖 4.2 選擇所要編輯的圖形 接著編輯的圖形就會

24、出現(xiàn)在圖譜窗口：圖 4.3 選擇斑馬魚海大基因，所出現(xiàn)的圖形畫面 .tw/CMBB_REFIX/main/nti20 第四章 圖譜的編輯與輸出 若要修改內建的圖形顯示方式，可以點選 按鈕(圖 4.4)，針對個人喜好 進行設定：圖 4.4 Graphics Display Setup，為修改圖形顯示的工具 按下 OK 就可已更改為欲設定的圖形(圖 4.5)：圖 4.5 修改后的結果 .tw/CMBB_REFIX/main/nti21 Vector NTI 教育訓練手冊 關于圖形的大小和文字的更變，我們可以按住 Ctrl 后按下圖 4.6 調整圖形的大小及文字的變更 按鈕，接著就 可以調整圖形和文

25、字(圖 4.6)： 我們還可以更進一步進行完整的編輯， 按下 按鈕可以點選圖譜窗口中任 何的圖形或文字進行編輯(圖 4.7)：圖 4.7 更進一步的對圖形進行編輯 點選圖形或文本塊后可以進行上下拖移和改變形狀的功能； 按下鼠標右鍵可 以更改格式，點選 Properties 后可選擇許多不同表示方法(圖 4.8)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti22 第四章 圖譜的編輯與輸出 圖 4.8 點選 Properties 進行格式的編輯 按下確定就可以完成編輯(圖 4.9)。圖 4.9 利用 Properties 進行編輯后的結果 如果是在文本塊下按鼠標右鍵， 并點選 Properti

26、es 可以進行對文字的編輯(圖 4.10)：圖 4.10 利用 Properties 進行文字的編輯 .tw/CMBB_REFIX/main/nti23 Vector NTI 教育訓練手冊 按下確定就可以完成編輯(圖 4.11)。圖 4.11 Properties 文字編輯的結果 在最旁邊有個回形針的按鈕(圖 4.12)，點選之后可以輸入相關的文字作為批 注。所輸入的文字也可以進行相關的調整： 圖 4.12 為圖形增加文字批注 .tw/CMBB_REFIX/main/nti24 第四章 圖譜的編輯與輸出 按下 OK 就會顯示在圖譜窗口上(圖 4.13)， 所輸入的文字批注也會在文字窗口 中出現(xiàn)

27、。圖 4.13 圖形的批注結果 NOTE：想要刪除圖形或是文字的話可以點選欲刪除的區(qū)塊，按下鼠標右鍵或是 進入 Edit 內選擇 Delete Feature Form FMap，再按確定就可以了。 圖形的輸出：在畫好圖片后，要如何從 Vector NTI 中輸出呢？我們只要執(zhí)行 指令(圖 4.14)就可以將圖形復制，操作方式同上一章所述。 圖 4.14 將編輯好的圖形輸出 .tw/CMBB_REFIX/main/nti25 Vector NTI 教育訓練手冊 圖形輸出后可以進行再編輯，以復制到 PowerPoint 為例子(圖 4.15)，輸出的圖 4.15 輸出到 PowerPoint 的

28、圖形結果 圖形為群組圖案，我們只要取消群組圖案后就可以編輯圖形和文字了。 如此一來我們就有一張漂亮的序列圖形，可以應用在報告或論文寫作上了。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti26 第五章 序列轉譯 第五章序列轉譯 用戶可以將 DNA 序列藉由 Vector NTI 軟件轉譯成為胺基酸序列，第一個方 按鈕(圖 5.1)： 式如前一章所介紹的在主程序下直接用 圖 5.1 將 DNA 序列轉成胺基酸 如果想要取消這項功能，只要按下 就可以了(圖 5.2)。 圖 5.2 取消 DNA 序列轉成胺基酸 .tw/CMBB_REFIX/main/nti27 Vector NTI 教育訓練手冊

29、序列輸出時需留意 Vector NTI 的字型和格式與 Office 有所不同，輸出后必須 要再調整字型跟格式。 另一種作法是將欲轉譯的序列選取后， 進入上方 AnalysesTranslation(圖 5.3) 功能進行轉譯：圖 5.3 利用 AnalysesTranslation，將 DNA 序列轉成胺基酸 在進行轉譯之前，使用者可以針對特定的物種設定轉譯的密碼，主程序的密 碼設定為一般標準的密碼，我可以進入 Set Genetic Code(圖 5.4)來更改密碼：圖 5.4 利用 Genetic code 更改轉譯密碼 .tw/CMBB_REFIX/main/nti28 第五章 序列轉

30、譯 此窗口的上方可以選取特定物種，用戶若要進行密碼編輯時(圖 5.5)，可以按下 NEW 這個按鈕進行編輯：圖 5.5 選取海大斑馬魚密碼進行編輯 決定好密碼后，用戶即可使用 AnalysesTranslationInto New Protein 來進行圖 5.6 利用 Direct Strand 來進行序列正股轉譯 序列轉譯的功能： .tw/CMBB_REFIX/main/nti29 Vector NTI 教育訓練手冊 其中 Direct Strand(圖 5.6)是將 DNA 序列進行正股轉譯；Complementary Strand 是將序列的互補股進行轉譯；而 6 Frame Tran

31、slation 是將正股和互補股各從起使 第一、第二和第三的位置進行轉譯，所以會有六個胺基酸序列數(shù)據(jù)產(chǎn)生(圖 5.7)：圖 5.7 進行 DNA 序列正股轉譯后的結果 執(zhí)行這三個指令后程序會產(chǎn)生一個新的窗口(若采用 6 Frame Translation 功能 則會產(chǎn)生六個)，在程序執(zhí)行轉譯功能前會跳出一個建立序列的窗口(圖 5.8)，用 戶可以在此窗口命名和進行相關的批注，也可以將此序列檔案存放在 Local Database 的特定位置：圖 5.8 序列轉譯之前的命名及批注編輯 .tw/CMBB_REFIX/main/nti30 第五章 序列轉譯 完成之后按確定就會出現(xiàn)序列轉譯后的結果(圖

32、 5.9)：圖 5.9 序列轉譯后的結果 進行轉譯功能后所產(chǎn)生的窗口，其界面的操作方式跟原本的窗口完全相同， 我們可以進行序列編輯、繪圖以及數(shù)據(jù)輸出，在文字窗口的 Analysis 項目可以看 到本程序對轉譯出蛋白質序列的相關批注。 Feature(圖 5.10)：這個選項的功能和上述功能很接近，差別只是在于用戶可 以利用此功能直接轉譯序列中的某特定區(qū)段， 只要把光標點選欲分析的區(qū)塊就可 以執(zhí)行此功能：圖 5.10 利用 Feature 工具，可以直接轉譯序列中所選取的部分 .tw/CMBB_REFIX/main/nti31 Vector NTI 教育訓練手冊 CDS with Splicin

33、g：這個項目將在日后進行 Intron、Exon 分析時再進行更進 一步的說明。 AnalysesTranslationIn Sequence Pane：這個項目其實就等于 按鈕，其 內建的功能跟 Into New Protein 是一樣的， 差別只是在于轉譯的結果直接顯示在原 本的序列上方。除此之外最下面多了一個 ORFs 的功能，這個功能可以幫助我們 分析序列的 Open reading frame： 首先使用者需先將分析 Open reading frame(圖 5.11) 的功能打開。先將鼠標指向序列窗口，按下鼠標右鍵點選 Display Setup：圖 5.11 利用 ORF 工具，

34、進行序列分析 我們只要把 ORFs 的項目打勾，若需要進行調整則按下 ， 此功能用戶可以自行設定 Open reading frame 的判定標準，完成之后按下 OK，用 戶將會在此窗口見到程序所注記的 Open reading frame 片段(圖 5.12)：圖 5.12 利用 ORF 得到由 ORF 分析的結果 .tw/CMBB_REFIX/main/nti32 第五章 序列轉譯 若要重新設定 Open reading frame 的分析只要執(zhí)行 AnalysesTranslationIn Sequence PaneORFs，就可以重新進行條件設定(此項目等同于 )。 Back Tran

35、slation：此功能能夠幫助用戶把胺基酸序列反轉譯成為 DNA 序列， 使用者只要選取欲分析之片段，接著執(zhí)行 AnalysesBack Translation 即可，執(zhí)行 反轉譯功能后會出現(xiàn)一個新窗口(圖 5.13)：圖 5.13 利用 Back Translation 將胺基酸序列反轉譯為 DNA 序列 窗口上方的序列是原本的胺基酸序列，下方是進行反轉譯后所產(chǎn)生之 DNA 序列，我們可以根據(jù)物種的不同來進行條件的設定，Translation Table 可以下拉選 擇物種。而 degenerate 的選項則可以調整退化程度，越往右邊拉則序列退化度會 越大，反轉譯出所產(chǎn)生的 DNA 序列也就

36、越趨于復雜。窗口上方的 Table 指令可 以調整轉譯功能的相關參數(shù)設定，Camera 指令可以輸出反轉譯的序列。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti33 Vector NTI 教育訓練手冊 .tw/CMBB_REFIX/main/nti34 第六章 限制酶切位分析 第六章限制酶切位分析在 NTI 主程序中， 用戶可以針對序列的限制酶切位和切割后的片段進行分析 (圖 6.1)。在主程序中，開啟上方 Analysis 選項進入 Restriction Analysis：圖 6.1 限制酶切位和切割后的片段分析 在 Restriction Sites 的選項中用戶可以設定欲分析的限制酶

37、：圖 6.2 利用 Restriction Sites 選項設定欲分析的限制酶 .tw/CMBB_REFIX/main/nti35 Vector NTI 教育訓練手冊 在窗口的左邊是程序默認的限制酶(圖 6.2)，欲進行調整可以點選 Remove 或 是 Remove All 移除。若要新增限制酶可以點選 Add 增加：圖 6.3 選取數(shù)據(jù)庫中所要的限制酶 選取欲分析的限制酶后按 OK(圖 6.3)， Restriction Sites 窗口下再按一次 OK 在圖 6.4 選取的限制酶，分析產(chǎn)生的結果 就可以進行分析了： 使用者可以看到圖譜和序列窗口都會顯示用戶加入的限制酶， 并且都注明了 剪

38、切的位置；在文字窗口(圖 6.5) 打開文件夾，可整理每種限制酶的切位位置： .tw/CMBB_REFIX/main/nti36 第六章 限制酶切位分析 圖 6.5 文字窗口所顯示的各種限制酶切位位置 Restriction Fragments(圖 6.6)：點選此項目可以分析剪切出來的片段大?。簣D 6.6 選擇欲分析的片段進行分析 選擇想要分析的限制酶按 OK： .tw/CMBB_REFIX/main/nti37 Vector NTI 教育訓練手冊 圖 6.7 于文字窗口可以看到所分析的結果 在文字窗口(圖 6.7)就可以看到分析的結果。 RFLP：這個項目可以比較分析同一限制酶對不同序列切

39、出來的片段數(shù)目(圖 6.8)：圖 6.8 利用 RELP 比較分析同一限制酶對不同序列切出來的片段數(shù)目 .tw/CMBB_REFIX/main/nti38 第六章 限制酶切位分析 左邊的項目為其他的序列（可復選） ，這些序列數(shù)據(jù)是已經(jīng)內建或是儲存在 Local Database 中， 用戶可以在 Subset 項目中轉換數(shù)據(jù)。 右邊的字段可以選擇限制 酶（可復選） 。選擇好之后按下 Calculate 程序就會顯示分析后的結果(圖 6.9)：圖 6.9 利用 RELP 顯示出所選取的分析結果 窗口中 Create Gel 的項目往后會再進一步介紹。 Find Common Non-Cuttin

40、g Enzymes(圖 6.10)：這個項目可以幫用戶分析哪些限制酶 不會對序列進行切割：圖 6.10 使用 Find Common Non-Cutting Enzymes 左邊的窗口可以選擇序列（可復選） ，右邊可以選擇限制酶（可復選） 。點選 完畢之后再按下 Start： .tw/CMBB_REFIX/main/nti39 Vector NTI 教育訓練手冊 圖 6.11 利用 Find Common Non-Cutting Enzymes 分析的結果 分析的結果會以一個窗口顯示(圖 6.11)，用戶可以按 Print 打印結果，或是按 Save 儲存。 （也可用 Camera 指令復制到

41、別的檔案） Restriction Report(圖 6.12)：這個選項可以把所有限制酶對序列剪切的結果進 行統(tǒng)計，這份表格同樣可以進行打印、儲存和復制：圖 6.12 將所有限制酶對序列剪切的結果進行統(tǒng)計 .tw/CMBB_REFIX/main/nti40 第六章 限制酶切位分析 假設海大頂尖中心研發(fā)出一個限制酶 TsjI，其辨認剪切的序列是目前市上所 沒有的，若要放入 Vector NTI 軟件進行分析，用戶需先進入到 Local Database 里 面點選左上角的 Enzymes 選項(圖 6.13)：圖 6.13 選取 Enzymes 選項，將新的限制酶加入數(shù)據(jù)庫 接下和建立序列資料

42、的作法一樣，使用者可以制作一個新的限制酶的檔案 (圖 6.14)：圖 6.14 制作新的限制酶檔案 .tw/CMBB_REFIX/main/nti41 Vector NTI 教育訓練手冊 用戶在 Enzyme/Methylase 項目中設定限制酶的辨認序列和切點(圖 6.15)：圖 6.15 設定限制酶的辨認序列和切點 按下確定就可建立好限制酶的數(shù)據(jù)(圖 6.16)，用戶可以針對此限制酶進行分析：圖 6.16 建好的限制酶資料結果 NOTE：限制酶的辨認序列除了 A、T、C、G 之外還有其他字母，這些字母分別 代表： R = A or G Y = T or C W = A or T S = G

43、 or C M = A or C K = G or T H = A or T or C B = C or T or G V = A or C or G D = A or G or T N = A or C or G or T .tw/CMBB_REFIX/main/nti42 第七章 電泳膠片分析 第七章電泳膠片分析 Vector NTI 可以將使用者的基因序列放在一個模擬的膠片中，并且模擬電泳 選項后會出現(xiàn)下列窗口(圖 7.1)：圖 7.1 模擬電泳圖分析設定 圖分析的結果。點選 此窗口中用戶可以設定電泳的條件，例如電泳片的大小、種類、電壓、緩沖 液等；在左下角的 View Paramete

44、rs 選項可以設定電泳運作的時間。設定好之后按 OK 就可以進入以下畫面： .tw/CMBB_REFIX/main/nti43 Vector NTI 教育訓練手冊 圖 7.2 設定完電泳條件，會得到左邊窗口的樣子 選 右邊的窗口是用戶的電泳膠片，左邊的窗口會有詳細的文字敘述。使用者點 選項就可以選擇 Marker(圖 7.3)：圖 7.3 選擇所要制作的膠片 .tw/CMBB_REFIX/main/nti44 第七章 電泳膠片分析 按下 OK 后 marker 就可以加入右邊的膠片中(圖 7.4)：圖 7.4 加入膠片之后的結果，呈現(xiàn)在右邊窗口 接著加入使用者的樣品，只要點選 選項即可： 圖

45、7.5 加入使用者樣品 此設定窗口(圖 7.5)和上一章所提到的 RFLP 設定完全相同，用戶只要選取數(shù) 據(jù)庫中的基因序列及限制酶后，再按下 Add to Gel 就可以加入膠片中了： .tw/CMBB_REFIX/main/nti45 Vector NTI 教育訓練手冊 圖 7.6 加入斑馬魚海大基因膠片 此窗口(圖 7.6)樣品和限制酶一樣可以復選， 使用者可以針對不同的需求進行 調整，要放入膠中的分析物只要按下 Add to Gel，選取完所有的樣品后關閉此窗 口就可以進行電泳分析，把光標移至電泳片上方：圖 7.7 加入樣品后的結果，電泳分析的結果 使用者可以見到上方有一個時間軸的按鈕

46、，只要點最 .tw/CMBB_REFIX/main/nti46 第七章 電泳膠片分析 右邊的按鈕就可以進行分析，時間旁邊的兩個按鈕可以手動控制電泳分析的時 間：圖 7.8 控制電泳分析時間，分析不同的時間點 若要停止電泳分析只要在膠片上面在點一下鼠標左鍵就可以了。 電泳分析的 結果的儲存方式和主程序的儲存方式相同。使用者打開左邊的文件夾后，會見到 電泳分析的結果；右手邊膠片數(shù)字編號的部分，按下鼠標右鍵后也可以見到電泳 分析的結果(圖 7.9)：圖 7.9 打開左窗口的檔案，于右窗口得到電泳分析結果 .tw/CMBB_REFIX/main/nti47 Vector NTI 教育訓練手冊 使用者還

47、可以計算被限制酶剪切的片段在膠片上分離的時間， 只要用鼠標選 就可以了(圖 7.10)： 取欲分析之片段，再按下 圖 7.10 剪切限制酶的片段，進行片段的電泳分析 電泳圖的顏色和線條可以進行編輯，用戶只要在左邊窗口(圖 7.11、7.12)中 選項進行編輯： 的文件夾按下鼠標右鍵或是點選 圖 7.11 在文件夾按鼠標右鍵，以編輯電泳圖的顏色或線條 圖 7.12 設定電泳圖的線條 .tw/CMBB_REFIX/main/nti48 第七章 電泳膠片分析 若內建數(shù)據(jù)庫中沒有用戶欲分析的 Marker，使用者可以在 Local Database 里 面設定使用者自己的 Marker(圖 7.13)

48、：圖 7.13 選取自己數(shù)據(jù)庫的 Marker 用戶在 Local Database 的窗口(圖 7.14)中點選 Gel Markers 選項，就可以自行 加入新的 Marker 檔案，用戶將 Marker 的數(shù)據(jù)設定好之后按下確定即可。圖 7.14 加入新的 Marker 檔案 如此一來就可以在電泳分析的功能中加入用戶自己的 Marker。除此之外， 選項之 使用者還可以利用內建的序列和限制酶建立屬于自己的 Marker。 點選 .tw/CMBB_REFIX/main/nti49 Vector NTI 教育訓練手冊 后如圖 7.15 所示：圖 7.15 使用內建的序列和限制酶，建立屬于自己

49、的 Marker 選擇序列數(shù)據(jù)和限制酶之后點選 Save as Gel Marker 即可儲存在 Local Database 中。 Add to Gel Sample List：這一項功能可以將用戶欲分析的電泳片段存取在一 個程序內建的數(shù)據(jù)窗口，用戶可以利用此窗口進行快速存取，接口十分友善。 用戶可以利用鼠標選取欲分析之序列后，點選 按下 ，結果如圖 7.16：圖 7.16 使用 Add to Gel Sample List，來進行快速存取 選項，接著在電泳的操作窗口 .tw/CMBB_REFIX/main/nti50 第七章 電泳膠片分析 選取使用者欲加入電泳片的 sample， 再點選

50、選項就可以加入膠片中 （畫 面(圖 7.17)上膠片為選取第 7 個樣品） ：圖 7.17 選擇觀看電泳片中的某些樣品 用戶可以善用 Add to Gel Sample List 指令收集欲分析的 sample 后，再將數(shù) 就可以刪除；如果 據(jù)匯入電泳片進行分析，如果不要此筆數(shù)據(jù)，按下 想要把此數(shù)據(jù)當作 Marker 的話只要按下 就會把該筆數(shù)據(jù)設定成為 Marker(圖 7.18)。 （和自己建立 Marker 的作法相同） ：圖 7.18 將選取的數(shù)據(jù)當作 Marker .tw/CMBB_REFIX/main/nti51 Vector NTI 教育訓練手冊 RFLP：上一章提到 RFLP

51、時，有個 Create Gel 的指令(圖 7.19)，點選后就會 變成膠片電泳分析的操作畫面：圖 7.19 使用 Create Gel，進行膠片電泳分析 藉由此操作模式，可以直接觀看電泳分析的結果，對于要經(jīng)常分析 RFLP 的使用者來說，是非常實用的功能。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti52 第八章 核酸引子設計 第八章 核酸引子設計 Vector NTI 有引子設計的功能，用戶可以根據(jù)實驗的需求，設計使用者所需 之特定核酸引子。首先在主程序中用戶將 PCR 反應的區(qū)段序列用光標選取，接 著進入 AnalysesPrimer Design(圖 8.1)：圖 8.1 選取 PC

52、R 反應的區(qū)段，設計特定核酸引子 此項目可以提供用戶根據(jù)不同的實驗需求進行引子設計。 可以將設計好的引 子進行存取和分析，也可以將設計好的引子資料傳送 Invitrogen 進行引子合成。 Find PCR Primers：進入這個項目后用戶會先看到一個窗口(圖 8.2)：圖 8.2 Find PCR Primers 窗口，要進階設定，點選 More .tw/CMBB_REFIX/main/nti53 Vector NTI 教育訓練手冊 使用者可以根據(jù)實驗的需求來設定相關的條件：上方 Region of Analysis 可以 填入欲分析的序列范圍；Product Length 可以設定使用者

53、 PCR 所夾的序列長度。 中間 Maximum Number of Output Options 可以設定引子組數(shù)， 下面的參數(shù)是可以設 計引子的特性，如 Tm 值及引子長度等等。若要在引子兩端加入限制酶剪切序列 可以點選 ：圖 8.3 Find PCR Primers 進階設定，在引子兩端可加入限制酶剪切序列 使用者可以在下方 Attach to 5terminus(圖 8.3)點選 加入欲設定的限制酶 即可；上方 User-Defined Primers 的項目可以把在 Local Database 中現(xiàn)有的引子資 料直接使用。以海大斑馬魚基因為例子，設計一個兩端帶有 EcoRI 和 N

54、deI 的限 制酶片段、Tm 值介于 55 到 60、GC 含量介于 50 到 60、長度介于 20 到 40、欲夾 的序列全長及引子數(shù)目，設定好相關條件后按下確定(圖 8.4)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti54 第八章 核酸引子設計 圖 8.4 Find PCR Primers 設定完后按下”確定” 這時用戶在文字窗口(圖 8.5)的下方字段可以看到多出一個 PCR Analysis 的文圖 8.5 文字窗口，增加了 PCR Analysis 的數(shù)據(jù) 件夾，上面會顯示用戶設計的引子數(shù)據(jù)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti55 Vector NTI 教育訓練手

55、冊 在這個字段中使用者首先看到序列會被一個空格切成兩部分(圖 8.6 藍色部 分)，左邊的序列為使用者加入限制酶的序列；右邊的序列為設計的引子序列。 在每組的正向和反向引子下方會顯示序列的相關數(shù)據(jù)， 用戶想要儲存結果只要選 取引子，接著按下鼠標右鍵：圖 8.6 選取序列字段后右鍵單擊，對引子進行儲存動作 使用者可以點選 Save To Database(圖 8.7)：圖 8.7 儲存引子到數(shù)據(jù)庫 存取方式和前一章所介紹的作法是完全相同的，存盤的默認路徑指向 Local Database 中的 Oligos 文件夾里 （如同前一章所介紹的方式， 使用者也可以在 Local Database 中建

56、立屬于自己的引子檔案夾） 如果想要輸出序列， 。 可以點選 Copy Item Data 進行輸出(圖 8.8)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti56 第八章 核酸引子設計 圖 8.8 將引子輸出至記事本 若是直接訂購引子，使用者可以點選 Order 的項目，這樣子引子的數(shù)據(jù)就會 送到 Invrogen 公司進行引子合成服務。Add to Oligo List 功能和 Add to Gel Sample List 功能類似，一樣會把引子數(shù)據(jù)暫存在窗口中，以便于進一步的分析。要開啟 Oligo List 時，使用者只要點選 即可(圖 8.9)： 圖 8.9 開啟 Oligo Li

57、st，對引子進行編輯和分析 .tw/CMBB_REFIX/main/nti57 Vector NTI 教育訓練手冊 在 Oligo List 項目下用戶可以編輯和分析引子資料(圖 8.10)。 使用者如果要進一步分析引子的特性可以點選 Analyze 功能：圖 8.10 編輯與分析引子數(shù)據(jù) 如圖 8.11 所示，左手邊可以先設定分析的條件，接著按下 Analyze 右邊的字圖 8.11 左邊字段為設定分析的條件，右邊字段顯示分析的結果 段就會顯示分析的結果： 最右邊的窗口會顯示該引子回紋以及重復片段位置， 其分析的條件在左手邊 字段中的 Palindroms 以及 Nucl. Repeats

58、這兩個選項；使用者還可以點選 .tw/CMBB_REFIX/main/nti58 第八章 核酸引子設計 來分析引子形成 dimer 跟 hairpin Loop 的狀況(圖 8.12)：圖 8.12 分析 Dimers & Hairpin Loops 的狀況 在這個窗口中， 實線數(shù)目的相關設定是在 Oligo Analysis 左邊字段下方的 Stem Length 項目（此數(shù)值關乎 dimer 跟 hairpin Loop 分析的嚴謹度，建議數(shù)值調高跟調 低的結果都進行分析） 。 NOTE： 在做引子設計的時候盡量減少 dimer 和 hairpin Loop 的產(chǎn)生， 因為 dimer 和

59、 hairpin Loop 會降低使用者 PCR 的效率。 用戶可以在分析的窗口窗口(圖 8.13)進行手動編輯，只要打入序列就可以分 析使用者編輯的序列，但是請注意不可以有空格存在：圖 8.13 在右邊字段直接輸入序列，分析輸入的序列 .tw/CMBB_REFIX/main/nti59 Vector NTI 教育訓練手冊 使用者也可以把現(xiàn)有的引子序列， 利用鼠標復制貼上的功能將序列貼進來分 析。分析的結果可以點選 Save Results 儲存，在此建議引子設計完成后，可以在 分析的窗口進行引子序列的修飾， 讓使用者的引子更接近所需要的條件以及降低 dimer 跟 hairpin Loop

60、形成的可能性。 使用者也可以在一開始分析時，就把引子的設定條件做更細部的修訂，在一 開始設定的字段中后面還有很多選項(圖 8.14)：圖 8.14 在一開始的分析時，做細部的字段 使用者可以根據(jù)自身的需求去設定這些項目，在引子條件設定完成后，可以 按左下方的 儲存，之后若要在相同條件下設計引子時，只要按下 就可以叫出預設的條件。 Amplify Selection：此功能和 Find PCR Primers 幾乎一樣，差別只是在于引子 的設計位置會落在用戶所選擇序列范圍端點跟端點的前后片段：圖 8.15 Amplify Selection 的設定 這個窗口(圖 8.15)下使用者想要夾 400