中心NAMD使用指南

1、中心NAMD 使用指南11hpc-usernode表示不同分區(qū)登錄節(jié)點；2、在編譯節(jié)點也可以提交任務(wù)；、文件及文件夾命名方式僅供參考；4、在作業(yè)提交之前，建議使用者熟悉Linux 操作的幾個常用命令（ vim、cdmkdir、ls、pwd等）和NAMD建模。一、作業(yè)提交1、在電腦上用Xshell 客戶端（或其他類似軟件）后面的就是高性能帳號所在的分區(qū)（圖中為GG 分區(qū)）：2、如需直接提交作業(yè)，在高性能賬號下創(chuàng)建放計算任務(wù)的文件夾test/NAMD/apoa1（該名稱可以根據(jù)自己習(xí)慣命名）：hpc-userlogin node: mkdir -phpc-userlogin node: mkdir

2、 -p test/NAMD/apoa13、用 FTP 工具登錄高性能帳號，將計算所需的輸入文件通過XFTP test/NAMD/apoa1：4、切換至Xshell 界面，進入算例文件夾中：hpc-userlogin node: cd test/NAMD/apoa1hpc-userlogin node: cd test/NAMD/apoa15、創(chuàng)建或拷貝提交作業(yè)的腳本文件namd-2.10_GG.lsf （也可在Windows 系統(tǒng)寫好以FTP 工具上傳；現(xiàn)以GG 分區(qū)直接從公共目錄中拷貝為例 分區(qū)NADM /home-gg/soft/jobscripts/中。先查看腳本是否存在，圖中namd-

3、2.10_GG.lsf 即為所需腳本（其他版本無法跨節(jié)點）：、采用您最熟悉的方式將上述腳本拷貝至需要提交任務(wù)的文件夾中（注意cp后、.有空格）：7、修改模板腳本：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 vi namd-2.10_GG.lsfhpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 vi namd-2.10_GG.lsfi進入編輯模式。腳本內(nèi)容如下，部分內(nèi)容需要根據(jù)情況進行修改：11、APP_NAME=intelG_mid為提交作業(yè)計算的隊列，不同的分區(qū)、不同的核數(shù)所使2、NP=12為計算該作業(yè)設(shè)置的核數(shù)，可以根據(jù)任務(wù)的需要進行修改。

4、除FN 12 核（FN 32 核），12 的多倍值（新節(jié)點除外）；3、為輸入、輸出文件名，要修改為需計算任務(wù)的名稱。#!/bin/bash#!/bin/bashAPP_NAME=intelG_mid NP=12 NP_PER_NODE=12 RUN=RAW CURDIR=$PWDsource /home-gg/soft/envdir/namd-2.10.shmpirun-np$NPnamd29esc:wq保存腳本文件，并退出。10、將腳本文件轉(zhuǎn)換為UNIX格式（如從Windows系統(tǒng)上傳的話必須要轉(zhuǎn)換，不然提交作業(yè)時會報錯；若直接拷貝公共目錄中的腳本，并在Linux 環(huán)境中進行修改，則可以省略

5、步驟 、11。若提交作業(yè)的腳本名稱不為namd-2.10_GG.lsf的腳本名稱）：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 dos2unix namd-2.10_GG.lsfhpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 dos2unix namd-2.10_GG.lsf、賦予腳本文件可執(zhí)行權(quán)限：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 chmod +x namd-2.10_GG.lsfhpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 chmod +x namd-2.10_GG.lsf1

6、2bsub命令提交作業(yè)腳本：hpc-userloginhpc-userloginnode:/test/NAMD/apoa1bsubnamd-2.10_GG.lsf13、如果提交正確，則會出現(xiàn)如下內(nèi)容（其中Job后面的數(shù)字為：JobIDJobID不一樣，可根據(jù)JobID查看該任務(wù)情況，出問題時，請及時告知JobID，保留計算的輸出文件）：JobJobissubmittedtoqueue.14、查看任務(wù)是否計算完成，可以使用bjobs命令（successfully.CPUtimeusedisxxxxseconds說明計算結(jié)束）：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1

7、 bjobshpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 bjobs-l15、任務(wù)計算結(jié)束后，可以查看輸出文件，檢查任務(wù)是否計算成功（的輸出文件）：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1tailhpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1tail16、如果計算成功，在輸出文件的最后會出現(xiàn)如下部分：二、短時間使用軟件相關(guān)命令1、NAMD軟件安裝完成后會生成如下可執(zhí)行文件：2、若需直接使用NAMD 軟件的可執(zhí)行文件進行短時間文件處理或操作，必須進入編譯節(jié)點，進入編譯節(jié)點方式及IP 點：ssh名稱。3、需把腳本中關(guān)于NAMD /.bashrc 文件下即可（GG /home-gg/soft/envdir/namd-2.10.sh）：hpc-usercompiling node:/test/NAMD/apoa1 vimhpc-usercompi