day3-03.從組成到菌群功能分析意義和方法

從組成到功能菌群功能分析的意派森諾

：4009-202-傳真：： 市徐匯區(qū)銀都路218號(hào)聚科生物園區(qū)2號(hào)樓菌群組成及代謝功能預(yù)派森諾生 目標(biāo)片段靶1.6<450(Yarzaetal.,2014,NatureReviews

(Kuczynskietal.,2012,NatureReviews派森諾生 菌群多樣性組成譜分派森諾生 為什么要預(yù)測(cè)群落代謝功能派森諾生 PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobserved影響因子Curtisrunner?toolid=PICRUSt派森諾生 PICRUSt分析流件

根據(jù)Greengenes的16SrRNA參考菌對(duì)應(yīng)的基因功能譜根據(jù)OTU豐度矩陣，預(yù)測(cè)各樣本對(duì)應(yīng)的(Langilleetal.,2013,Nature派森諾生 PICRUSt的特 近全長(zhǎng)參考序菌群研究的標(biāo)版本采用“封閉的參考OTU(Closed-referenceOTU通過(guò)比對(duì),尋找目標(biāo)序列的“參考序列最近鄰居”,從而歸并為參考若與Greengenes參考序列的相似度低于閾值(如:<97%),則該目標(biāo)序列將被根據(jù)“參考序列最近鄰居”對(duì)應(yīng) 功能譜,換算預(yù)測(cè)菌群的功通過(guò) 拷貝數(shù)校正等方法，使預(yù)測(cè)結(jié)果更精派森諾生 PICRUSt預(yù)測(cè)的整體精確(Langilleetal.,2013,Nature基 微生物組計(jì)劃(HumanMicrobiomeProject,HMP)的菌 數(shù)派森諾生 PICRUSt的局限基于16S 的參考序列菌群來(lái)源不同，比對(duì)不上被丟棄的序列量各只能對(duì)已知微生物的已知功能進(jìn)行預(yù) (Langilleetal.,2013,Nature派森諾生 分析結(jié)果示派森諾生 K.P.A?hauer，Universit?t派森諾生 Tax4Fun的特 菌群研究的標(biāo)版本使用Tax4Fun進(jìn)行預(yù)測(cè)，首先需要通過(guò)QIIME或者SILVAngs將現(xiàn)有的OTU使用Silva行注以 組注釋中的16SrRNA拷貝數(shù)為參考，進(jìn)行豐度矩陣的標(biāo)準(zhǔn)派森諾生 分析結(jié)果示 派森諾生 FunctionalAnnotationofProkaryoticStilianosLouca，UniversityofBritishBiodiversityResearch派森諾生 FAProTax分析流派森諾生 FAProTax特菌群研究的標(biāo)SilvaRDP版本：Release基于 驗(yàn)證的可培養(yǎng)菌文涵蓋4600多個(gè)原核微生物，80多個(gè)功能大類(lèi)和7600多條注釋信編寫(xiě)聯(lián)系OTU分類(lèi)表與FAPROTAX數(shù)據(jù)庫(kù)的派森諾生 分析結(jié)果示 派森諾生 FUNGuild=Fungi+Functional+影響因子NhuH.Nguyen，UniversityofDepartmentofPlantSt.Paul,MN,派森諾生 FUNGuild的特菌群研究的標(biāo)Unite版本vSilvaRDP版本：Release基于 驗(yàn)證的可培養(yǎng)菌文獻(xiàn)，構(gòu)建一個(gè)真菌分類(lèi)和功能分組（guild）之間的數(shù)據(jù)依據(jù)營(yíng)養(yǎng)方式劃分到病理營(yíng)養(yǎng)型pathotroph、共生營(yíng)養(yǎng)型symbiotroph和降解營(yíng)養(yǎng)saprotroph這三個(gè)營(yíng)養(yǎng)方式及相應(yīng)的子Guilds分派森諾生 分析結(jié)果示 派森諾生 總派森諾生物 22案例分派森諾生 功 預(yù)測(cè)案例分(Zhaoetal,2015,PLOS派森諾生 功 預(yù)測(cè)案例分派森諾生 功 預(yù)測(cè)案例分(Sunetal,2016,Scientific派森諾生 功 預(yù)測(cè)案例分派森諾生 功 預(yù)測(cè)案例分(Wuetal,2016,TheISME派森諾生