DNAStar詳細(xì)中文使用說明書

SequenceAnalysisSoftwareforMacintoshandWindowsGETTINGSTARTEDIntroductoryTouroftheLASERGENESystemMAY2001DNASTAR,Inc.1228SouthParkStreetMadison,Wisconsin53715(608)258-7420精選文檔-可編寫Copyright.2001byDNASTAR,Inc.Allrightsreserved.Reproduction,adaptation,ortranslationwithoutpriorwrittenpermissionisprohibited,exceptasallowedunderthecopyrightlawsorwiththepermissionofDNASTAR,Inc.SixthEdition,May2001PrintedinMadison,Wisconsin,USATrademarkInformationDNASTAR,Lasergene,Lasergene99,SeqEasy,SeqMan,SeqManII,EditSeq,MegAlign,GeneMan,Protean,MapDraw,PrimerSelect,GeneQuest,GeneFont,andtheMethodCurtainaretrademarksorregisteredtrademarksofDNASTAR,Inc.MacintoshisatrademarkofAppleComputers,Inc.WindowsisatrademarkofMicrosoftCorp.ABIPrism373,377and3700areregisteredtrademarksofAppleraCorp.,ALFisaregisteredtrademarkofPharmaciaBiotechA.B.,MacVertor.andGCG.areregisteredtrademarksofPharmacopeia,Inc.Disclaimer&LiabilityDNASTAR,Inc.makesnowarranties,expressedorimplied,includingwithoutlimitationtheimpliedwarrantiesofmerchantabilityandfitnessforaparticularpurpose,regardingthesoftware.DNASTARdoesnotwarrant,guaranty,ormakeanyrepresentationregardingLASERGENEforWindows&Macintosh-2-精選文檔-可編寫theuseortheresultsoftheuseofthesoftwareintermsofcorrectness,accuracy,reliability,currentness,orotherwise.Theentireriskastotheresultsandperformanceofthesoftwareisassumedbyyou.Theexclusionofimpliedwarrantiesisnotpermittedbysomestates.Theaboveexclusionmaynotapplytoyou.InnoeventwillDNASTAR,Inc.andtheirdirectors,officers,employees,oragents(collectivelyDNASTAR)beliabletoyouforanyconsequential,incidentalorindirectdamages(includingdamagesforlossofbusinessprofits,businessinterruption,lossofbusinessinformationandthelike)arisingoutoftheuseof,ortheinabilitytousethesoftwareevenifDNASTARInc.hasbeenadvisedofthepossibilityofsuchdamages.Becausesomestatesdonotallowtheexclusionorlimitationofliabilityforconsequentialorincidentaldamages,theabovelimitationsmaynotapplytoyou.DNASTAR,Inc.reservestherighttorevisethispublicationandtomakechangestoitfromtimetotimewithoutobligationofDNASTAR,Inc.tonotifyanypersonororganizationofsuchrevisionorchanges.Thescreenandotherillustrationsinthispublicationaremeanttoberepresentativeofthosethatappearonyourmonitororprinter.LASERGENEforWindows&Macintosh-3-精選文檔-可編寫目錄在蘋果機(jī)（Macintosh）上的安裝與升級(jí)05經(jīng)過因特網(wǎng)升級(jí)06軟件安裝07網(wǎng)絡(luò)安裝08疑難解答12在PC機(jī)（Windows）上安裝與升級(jí)17經(jīng)過因特網(wǎng)升級(jí)18軟件安裝19從EditSeq開始21從GeneQuest開始31從MapDraw開始44從MegAlign開始54從PrimerSelect開始65從Protean開始78從SeqManII開始89LASERGENEforWindows&Macintosh-4-精選文檔-可編寫ASERGENEforWindows&MacintoshDNASTARInc.(608)258-7420fax:(608)258-7439email:support@LASERGENEforWindows&Macintosh-5-精選文檔-可編寫在蘋果機(jī)（Macintosh）上的安裝與升級(jí)經(jīng)過因特網(wǎng)升級(jí)必備條件6下載升級(jí)程序6軟件安裝必備條件7從CD安裝Lasergene7網(wǎng)絡(luò)安裝必備條件8定義8Dongle安裝10服務(wù)器安裝10終端機(jī)安裝11疑難解答系統(tǒng)配置矛盾及網(wǎng)絡(luò)問題12解決網(wǎng)絡(luò)問題的其余工具13受權(quán)錯(cuò)誤報(bào)告14程序使用及更多的受權(quán)信息15LASERGENEforWindows&Macintosh-6-精選文檔-可編寫經(jīng)過英特網(wǎng)升級(jí)假如您從前已經(jīng)安裝了Lasergene并且當(dāng)前有升級(jí)和服務(wù)聯(lián)系，您就能夠經(jīng)過英特網(wǎng)來升級(jí)您現(xiàn)有的版本，各樣模塊（module）都是以自解壓形式積蓄的，你能夠選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會(huì)員號(hào)是必需的，能夠在安裝盤上找到。程序升級(jí)備份您已有的Lasergene，找到您要升級(jí)的程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的文件夾中。連結(jié)到DNAstar網(wǎng)站的主頁()，從菜單中的Customers中點(diǎn)擊LasergeneUpdates點(diǎn)，安提示輸入密碼和用戶名（與會(huì)員名相同），這樣就會(huì)翻開下載頁面，找到Macintosh軟件（MacintoshSoftware），就能夠下載您想要的模塊了。模塊下載完成此后，雙擊文件將其解壓縮到已經(jīng)安裝的DNAstar文件夾中取代舊的模塊文件。用MacintoshFinder翻開Lasergene閱讀器，找到DNAstar文件夾，從FILEMENU選擇UpdateApplications，此后插入安裝盤，等候升級(jí)完成。LASERGENEforWindows&Macintosh-7-精選文檔-可編寫軟件安裝本節(jié)介紹何如從CD在蘋果機(jī)（Macintosh）上安裝Lasergene。重視安裝是盡量封閉所有其余程序以保證安裝順利進(jìn)行。必備條件一張個(gè)人的Lasergene安裝盤；一張Lasergene軟件光碟；足夠的硬盤空間和內(nèi)存：最少30Mb的硬盤，32Mb的RAM。從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊圖標(biāo)，則出現(xiàn)下邊的窗口，點(diǎn)擊連續(xù)則出現(xiàn)安裝窗口。窗口中有兩種安裝選擇：簡易安裝和一般安裝。簡單安裝能夠運(yùn)轉(zhuǎn)于68K-familyandPowerMacintoshes。而一般安裝能夠安裝工作站文件、履行文件和樣品資料，我們介紹使用簡單安裝，假如使用一般安裝能夠節(jié)儉5Mb的空間。重視安裝完成后，要從頭啟動(dòng)計(jì)算機(jī)。LASERGENEforWindows&Macintosh-8-精選文檔-可編寫網(wǎng)絡(luò)安裝Lasergene網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)是能夠運(yùn)轉(zhuǎn)于局域網(wǎng)計(jì)算機(jī)上的軟件。他有兩部分組成：一是資料服務(wù)器，服務(wù)器要有較大的硬盤和較高的運(yùn)轉(zhuǎn)速度；二是與服務(wù)器相連的終端機(jī)。后者經(jīng)過一個(gè)稱為dongle的Lasergene硬盤設(shè)施相連進(jìn)行管理。必備條件安裝磁盤（服務(wù)器版）客戶端磁盤，包含安裝盤（終端版）和Disk1（終端版）。Lasergene軟件光盤DNAstar網(wǎng)絡(luò)用dongle盤足夠的硬盤空間和內(nèi)存：服務(wù)器最少30Mb的硬盤，8Mb的RAM。終端機(jī)至少1Mb的硬盤，32Mb的RAM。定義在安裝Lasergene網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)從前要熟習(xí)以下術(shù)語：應(yīng)用程序：指EditSeq,GeneMan,GeneQuest,MapDraw,MegAlign,PrimerSelect,Protean,andSeqManII。應(yīng)用程序服務(wù)器：是指積蓄應(yīng)用程序的電腦，平常與dongle服務(wù)器是同一個(gè)服務(wù)器，但也能夠不一樣樣，當(dāng)在局部硬盤上安裝網(wǎng)絡(luò)程序時(shí)，也能夠在同一個(gè)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)中同時(shí)存在多個(gè)不一樣樣的應(yīng)用程序服務(wù)器，并且應(yīng)用程序服務(wù)器不用然是蘋果機(jī)，積蓄應(yīng)用程序的機(jī)器也不用然必然LASERGENEforWindows&Macintosh-9-精選文檔-可編寫能夠運(yùn)轉(zhuǎn)該程序，可是是積蓄而已。終端機(jī)安裝（又稱工作站安裝），安裝網(wǎng)絡(luò)版本Lasergene運(yùn)轉(zhuǎn)的最小軟件部分，它包含以下在內(nèi)：LicenseKeeper，Navigator，和系統(tǒng)資源。終端機(jī)：這能夠是任何不作為DongleServer的網(wǎng)絡(luò)上的機(jī)器。終端機(jī)是任何最少穿過終端機(jī)安裝的機(jī)器，這樣是使得Lasergene應(yīng)用程序運(yùn)行需要的最少、最低限度的軟件。Dongle：Dongle是網(wǎng)絡(luò)版Lasergene需要的硬件裝置。每個(gè)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)都需要獨(dú)自的Dongle。dongle是尾端上帶1個(gè)短的電纜的小的矩形的裝置。有2不一樣樣的種類的dongles：一種是在計(jì)算機(jī)背后可與調(diào)制解調(diào)器端口連起來，有9個(gè)pin插頭；另一種有4個(gè)別針陽插頭，連結(jié)鼠標(biāo)和鍵盤。Dongle服務(wù)器：這是裝有Dongle的機(jī)器，它必然是最少穿過終端機(jī)安裝的蘋果計(jì)算機(jī)，這機(jī)器應(yīng)當(dāng)素來保持運(yùn)轉(zhuǎn)。Navigator：是為了更簡單的進(jìn)行Lasergene應(yīng)用設(shè)計(jì)的工具。在必需的狀況下，Navigator將自動(dòng)安裝網(wǎng)絡(luò)組件，并且為網(wǎng)絡(luò)安裝診療工具。LicenseKeeper：和Dongle溝通的擁有人的系統(tǒng)擴(kuò)展部分。它告訴dongle哪個(gè)應(yīng)用被開始，這樣，dongle才同意末個(gè)機(jī)器程序運(yùn)轉(zhuǎn)。服務(wù)器安裝：指Lasergene軟件的圓滿安裝，包含應(yīng)用程序、LicenseKeeper、Navigator和系統(tǒng)資源。LASERGENEforWindows&Macintosh-10-精選文檔-可編寫Dongle安裝使Lasergene網(wǎng)絡(luò)版能夠運(yùn)轉(zhuǎn)的第一個(gè)操作就是安裝dongle。在你安裝從前，請(qǐng)檢查你的dongle能否有9-別針連結(jié)器（connector)或4-別針連結(jié)器（connector)。封閉你打算裝dongle服務(wù)器那臺(tái)蘋果計(jì)算機(jī)的電源。假如你的dongle有9-別針連結(jié)器（connector)，把它連結(jié)到你的計(jì)算機(jī)調(diào)制解調(diào)器的端口上。調(diào)制解調(diào)器端口是一個(gè)有9個(gè)外置接口的設(shè)施，位于你的蘋果計(jì)算機(jī)的后邊的展現(xiàn)板上，電話聽筒圖標(biāo)的周邊。假如你的dongle有4-別針連結(jié)器，從鍵盤斷開鼠標(biāo)，把dongle接在鍵盤上，接著，把你的鼠標(biāo)接在dongle上。從頭啟動(dòng)蘋果計(jì)算機(jī)。假如你的dongle被接在蘋果計(jì)算機(jī)上，你必然依據(jù)dongle服務(wù)器那樣進(jìn)行軟件安裝。假如你打算將這機(jī)器作為文件服務(wù)器，問安服務(wù)器安裝的方法安裝。假如你不打算將這機(jī)器作為文件服務(wù)器，問安終端機(jī)安裝的方法安裝。在對(duì)dongle服務(wù)器實(shí)行成功的軟件安裝此后，在啟動(dòng)時(shí)應(yīng)當(dāng)出現(xiàn)右側(cè)的服務(wù)器圖標(biāo)。服務(wù)器安裝（ServerInstallation）這個(gè)安裝和在第5頁上所描繪的軟件安裝過程基真相同的。因?yàn)榇蠖鄶?shù)的網(wǎng)絡(luò)包含機(jī)器好多的不一樣樣的種類的（68K，和PowerMacintosh機(jī)器），因此我們介紹您選擇簡單安裝。LASERGENEforWindows&Macintosh-11-精選文檔-可編寫在完成軟件安裝此后，如右圖操作共享Lasergene應(yīng)用程序言件夾，這樣，其余的網(wǎng)絡(luò)用戶才能夠使用。假如你不可以夠確立如何操作，請(qǐng)和你的網(wǎng)絡(luò)管理員聯(lián)系。終端機(jī)安裝（ClientInstallation）終端機(jī)安裝必然在所有需要對(duì)Lasergene服務(wù)器操作的機(jī)器，但不是文件服務(wù)器的機(jī)器。插入安裝磁盤終端機(jī)版本，此后依據(jù)在第5頁上軟件安裝的方法安裝。隨后經(jīng)過蘋果機(jī)菜單的選擇命令將文件服務(wù)器和終端機(jī)相連。一些網(wǎng)絡(luò)能夠使用其余的方法進(jìn)行相連。假如這步你有問題，請(qǐng)和你的網(wǎng)絡(luò)管理員聯(lián)系。從終端機(jī)上的DNASTAR文件夾中運(yùn)轉(zhuǎn)閱讀器。從文件菜單，選擇找尋應(yīng)用程序，你應(yīng)當(dāng)收到以下信息：所有應(yīng)程序用都被閱讀器找到了?，F(xiàn)在就能夠從文件服務(wù)器運(yùn)轉(zhuǎn)Lasergene應(yīng)用程序了。LASERGENEforWindows&Macintosh-12-精選文檔-可編寫疑難解答系統(tǒng)配置矛盾一些系統(tǒng)配置可能會(huì)在安裝過程矛盾，假如你不可以夠從Lasergene光盤成功地安裝，能夠關(guān)上不用要的配置：用計(jì)算機(jī)控制板上的配置管理器封閉任何不用要的擴(kuò)展程序?；驈念^啟動(dòng)你的機(jī)器，連續(xù)安裝。網(wǎng)絡(luò)疑難找不到dongle服務(wù)器是網(wǎng)絡(luò)問題中最常有的問題。當(dāng)你開始運(yùn)轉(zhuǎn)DNASTAR應(yīng)用程序時(shí)，你會(huì)碰到這問題，提示信息顯示：DNASTAR同意服務(wù)器沒有應(yīng)答，請(qǐng)?jiān)僭囈淮巍？赡苡幸韵聨讉€(gè)原由：能否裝有dongle的計(jì)算機(jī)被封閉，假如是重啟dongle機(jī)器即可。能否dongle沒有接在蘋果計(jì)算機(jī)上，或許不在調(diào)制解調(diào)器端口或鼠標(biāo)接口，依據(jù)第8頁DongleInstallation命令在蘋果計(jì)算機(jī)上從頭安裝dongle。記著在除去或許插入dongle從前先封閉計(jì)算機(jī)。假如你的dongle被接在IIfx，Quadra900或Quadra950等機(jī)子上，你不只要要從頭安裝，還要進(jìn)行以下操作：從菜單中選擇ControlPanels中的SerialSwitch雙擊，就會(huì)出現(xiàn)右側(cè)的窗口。將Faster換成Compatible。此后重啟計(jì)算機(jī)。LASERGENEforWindows&Macintosh-13-精選文檔-可編寫假如dongle已適合地被接在調(diào)制解調(diào)器端口上，可是計(jì)算機(jī)不鑒識(shí)，那可能是你的計(jì)算機(jī)在booting時(shí)期里不是別調(diào)制解調(diào)器端口的記號(hào)。用LicenseKeeper按下邊的方法找尋調(diào)制解調(diào)器端口：啟動(dòng)Navigator。按Option——NETWORKMENU——SetLicenseKeeper的次序翻開右側(cè)的LicenseKeeper對(duì)話框。把DongleDelay參數(shù)放到3秒上。單擊LicenseKeeper，接著Done。重啟蘋果計(jì)算機(jī)。假如問題還沒解決，和DNASTAR聯(lián)系。其余解決網(wǎng)絡(luò)問題方法要認(rèn)識(shí)您的計(jì)算機(jī)和所有可經(jīng)過網(wǎng)絡(luò)運(yùn)轉(zhuǎn)DNASTAR的dongle服務(wù)器，選擇NETWORKMENU中的DiagnoseLicenseKeeper。計(jì)算機(jī)將告訴您能否dongle被安裝到你的計(jì)算機(jī)上，能否存在LicenseKeeper系統(tǒng)配置。同時(shí)顯示LicenseKeeper站點(diǎn)鑒識(shí)和版本編號(hào)。不論你的計(jì)算機(jī)的受權(quán)狀態(tài)如何，Navigator都會(huì)報(bào)告所有已連結(jié)的dongle服務(wù)器LASERGENEforWindows&Macintosh-14-精選文檔-可編寫的狀態(tài)。同意服務(wù)器報(bào)告在網(wǎng)絡(luò)地帶周邊形成，可顯示所有對(duì)你的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)答的dongle服務(wù)器的用戶名，站點(diǎn)鑒識(shí)和版本編號(hào)。平常，你的LAN包含單調(diào)的dongle服務(wù)器，可是，大的網(wǎng)絡(luò)上能夠有幾個(gè)。假如你的計(jì)算機(jī)被接在大的LAN上，翻開這個(gè)報(bào)告可能會(huì)慢一些。確立所有LicenseKeeper服務(wù)器的地點(diǎn)要求networkrequest被送到在LAN上每個(gè)區(qū)。最少需要1秒鐘才能確立能否有回應(yīng)。LicenseKeeper錯(cuò)誤報(bào)告假如受權(quán)系統(tǒng)沒有安裝，或許和dongle服務(wù)器連結(jié)困難，Navigator將會(huì)發(fā)現(xiàn)問題，報(bào)告錯(cuò)誤信息。下邊斜體為錯(cuò)誤種類，此后是各自的原由。LicenseKeeper系統(tǒng)擴(kuò)展沒在系統(tǒng)文件夾或擴(kuò)展文件夾中。從頭安裝Lasergene客戶端軟件。Navigator不可以夠和系統(tǒng)擴(kuò)展連結(jié)，也沒在系統(tǒng)文件夾中發(fā)現(xiàn)。關(guān)于System7或較晚的Macintoshes，假如你重啟計(jì)算機(jī)時(shí)按下Shift鍵，則可能發(fā)生這問題。當(dāng)計(jì)算機(jī)起動(dòng)的時(shí)候，按下了鼠標(biāo)按鈕或Shift鍵。重啟你的機(jī)器。因?yàn)橄到y(tǒng)擴(kuò)展在啟動(dòng)時(shí)被失活了，因此Navigator不可以夠和系統(tǒng)擴(kuò)展溝通。你的機(jī)器上安裝了較老版本的Mac機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。安裝53或更新版本的Mac機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。安裝的Mac機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議不支持系統(tǒng)擴(kuò)展。在小的網(wǎng)絡(luò)或closely-knit的安裝上，這將不是問題，因?yàn)閐ongle服務(wù)器與其余的客戶機(jī)在同一個(gè)區(qū)。假如必需，DNASTAR能為較新版本的Mac機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議AppleTalk）供給驅(qū)動(dòng)和installationscript。不可以夠在網(wǎng)上注冊(cè)LicenseKeeper。和DNASTAR聯(lián)系。因?yàn)槟愕挠?jì)算機(jī)上LASERGENEforWindows&Macintosh-15-精選文檔-可編寫有太多的其余的網(wǎng)絡(luò)辦理，系統(tǒng)擴(kuò)展不可以夠進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)操作。這類狀況很少見，但假如您的計(jì)算機(jī)是網(wǎng)絡(luò)中介的話，有時(shí)也會(huì)發(fā)生。LicenseKeeper系統(tǒng)擴(kuò)展所需的內(nèi)存不夠。封閉不用要的系統(tǒng)擴(kuò)展。假如你的操作系統(tǒng)在你的計(jì)算機(jī)上使用了所有的內(nèi)存，這也會(huì)發(fā)生。。系統(tǒng)文件夾被保護(hù)。去除系統(tǒng)文件夾保護(hù)，重啟計(jì)算機(jī)。系統(tǒng)文件夾里的文件和已經(jīng)使用的文件不可以夠夠保留。磁盤壓縮和口令保護(hù)的擴(kuò)展時(shí)會(huì)發(fā)生這些問題。從頭安裝Lasergene工作站軟件。系統(tǒng)擴(kuò)展使用的系統(tǒng)文件夾里的文件不存在了。應(yīng)用程序的使用為了認(rèn)識(shí)已連結(jié)的用戶的數(shù)量，用戶使用了什末程序，程序使用的時(shí)間，能夠從NETWORKMENU翻開ApplicationUsage。窗口中還會(huì)顯示相關(guān)諸如客戶/服務(wù)器狀態(tài)，站點(diǎn)鑒識(shí)和LicenseKeeper系統(tǒng)擴(kuò)展的版本編號(hào)等一般信息。當(dāng)這窗口翻開時(shí)，Navigator將沒10秒鐘更新一次應(yīng)用程序的使用信息。LASERGENEforWindows&Macintosh-16-精選文檔-可編寫更多的LicenseKeeper信息計(jì)算機(jī)啟動(dòng)時(shí)，LicenseKeeper將自動(dòng)找尋網(wǎng)絡(luò)的區(qū)信息和每個(gè)區(qū)的dongle服務(wù)器。只有表記號(hào)與LicenseKeeper系統(tǒng)擴(kuò)展吻合的dongle服務(wù)器才能夠被鑒識(shí)。這同意1臺(tái)以上dongle服務(wù)器在相同的網(wǎng)絡(luò)的范圍內(nèi)操作。假如網(wǎng)絡(luò)管理員改變了有dongle服務(wù)器的區(qū)名并從頭啟動(dòng)dongle服務(wù)器，那末區(qū)外的所有終端機(jī)也必然從頭啟動(dòng)。系統(tǒng)擴(kuò)展作為DongleServer成功啟動(dòng)時(shí)，在啟動(dòng)時(shí)期會(huì)出現(xiàn)這個(gè)圖標(biāo)。系統(tǒng)擴(kuò)展作為終端機(jī)成功啟動(dòng)時(shí)，在啟動(dòng)時(shí)期會(huì)出現(xiàn)這個(gè)圖標(biāo)。系統(tǒng)擴(kuò)展被安裝，可是因?yàn)檩^少的內(nèi)存或失活（啟動(dòng)時(shí)按下了鼠標(biāo)）而不可以夠啟動(dòng)時(shí)會(huì)出現(xiàn)這個(gè)圖標(biāo)。LASERGENEforWindows&Macintosh-17-精選文檔-可編寫WINDOWS上的安裝與升級(jí)經(jīng)過因特網(wǎng)升級(jí)必備條件18下載升級(jí)程序18軟件安裝必備條件19從CD安裝Lasergene19LASERGENEforWindows&Macintosh-18-精選文檔-可編寫經(jīng)過英特網(wǎng)升級(jí)假如您從前已經(jīng)安裝了Lasergene并且當(dāng)前有升級(jí)和服務(wù)聯(lián)系，您就能夠經(jīng)過英特網(wǎng)來升級(jí)您現(xiàn)有的版本，各樣模塊（module）都是以自解壓形式積蓄的，你能夠選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會(huì)員號(hào)是必需的，能夠在安裝盤上找到。程序升級(jí)備份您已有的Lasergene，找到您要升級(jí)的履行程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的文件夾中。連結(jié)到DNAstar網(wǎng)站的主頁()，從菜單中的Customers中點(diǎn)擊LasergeneUpdates點(diǎn)，安提示輸入密碼和用戶名（與會(huì)員名相同），這樣就會(huì)翻開下載頁面。找到windows軟件（Windows95/98/NTSoftware.），就能夠下載您想要的模塊了。模塊下載完成此后，雙擊文件將其解壓縮完成?？吹健癆pplicationname”hasbeenupdated.說明升級(jí)完成。LASERGENEforWindows&Macintosh-19-精選文檔-可編寫軟件安裝本節(jié)介紹何如從CD在PC機(jī)（Windows）上安裝Lasergene。重視安裝是盡量封閉所有其余程序以保證安裝順利進(jìn)行。必備條件一張個(gè)人的Lasergene安裝盤；一張Lasergene軟件光碟；足夠的硬盤空間和內(nèi)存：最少30Mb的硬盤，32Mb的RAM。從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊安裝圖標(biāo)，則出現(xiàn)下邊的窗口，點(diǎn)擊連續(xù)則出現(xiàn)安裝窗口。隨后一次出現(xiàn)下邊窗口，請(qǐng)按照提示做出選擇此后點(diǎn)擊Next，直至完成安裝。LASERGENEforWindows&Macintosh-20-精選文檔-可編寫LASERGENEforWindows&Macintosh-21-精選文檔-可編寫從EditSeq開始EditSeq是能夠快速、正確地輸入，并且改正DNA或蛋白質(zhì)序列工具。每個(gè)EditSeq文件都能夠分為三個(gè)可編寫的部分，上面的一部分為序列文件，中間的一部分里是討論，底部是序列的說明。EditSeq能讀取大多數(shù)的序列格式——包含F(xiàn)ASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你能夠使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。其余，序列或許經(jīng)過使用鍵盤輸入，或許從其余地方復(fù)制、粘貼獲得。經(jīng)Entrez或BLAST檢索獲得的序列能夠直接從因特網(wǎng)或公司內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)服務(wù)器下載。序列被翻開后，EditSeq能使用標(biāo)準(zhǔn)或許指定的遺傳密碼進(jìn)行翻譯，或許反翻譯，找尋開放讀框，還能夠夠進(jìn)行閱讀校訂。其余，EditSeq能以GenBank，F(xiàn)ASTA和GCG格式輸出序列。假如在使用這軟件中需要幫助，能夠和DNASTAR聯(lián)系。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信函：support@，或許經(jīng).LASERGENEforWindows&Macintosh-22-精選文檔-可編寫內(nèi)容翻開已有序列23找尋開放讀框24DNA序列翻譯24遺傳密碼選擇使用25遺傳密碼改正25序列的反向互補(bǔ)及反向變換26BLAST檢索27序列信息查察28序列校讀29序列的保留與輸出29LASERGENEforWindows&Macintosh-23-精選文檔-可編寫翻開已有序列我們從用蘋果計(jì)算機(jī)翻開“TETHIS21MA”和用Windows翻開“tethis21.seq”開始。假定序列的尾端有載體序列污染。我們?cè)谟肊ditSeq翻開序列的同時(shí)，用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。從文件菜單（FILEMENU），選擇Open。翻開文件夾“DemoSequences”單擊選定序列“TETHIS21”。單擊位于對(duì)話框右下角的SetEnds按鈕。SetEnds被翻開（如右）。在5’框和3’框中鍵入50和850，點(diǎn)擊OK。單擊Open翻開序列。當(dāng)EditSeq窗口翻開時(shí)，序列長度顯示在右上角。經(jīng)過“settingends,”現(xiàn)在你只有最先序列中的801bp的片段。SetEnds選擇在所有Lasergene應(yīng)用程序中都能夠使用。找尋開放讀框在這入門的一部分中，我們將確立序列中最大的ORF，并翻譯它。從SEARCHMENU找到ORF，點(diǎn)擊翻開會(huì)出現(xiàn)右側(cè)的對(duì)話框。單擊FindNext找尋第一個(gè)ORF的地點(diǎn)。連續(xù)點(diǎn)擊FindNext直到你把ORF的地點(diǎn)選定在地點(diǎn)183-455。ORF的LASERGENEforWindows&Macintosh-24-精選文檔-可編寫坐標(biāo)會(huì)出現(xiàn)在EditSeq窗口的頂端周邊。DNA序列翻譯這一節(jié)中我們介紹如何翻譯我們的ORF，可是任何序列中的讀框內(nèi)部分都能夠用下邊的方法進(jìn)行翻譯。假如你的選擇是在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，三聯(lián)碼指示棒顯示為實(shí)心黑線（如左圖）。假如你的選擇是不在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，左邊的箭頭和右側(cè)的箭頭顯示向左或向右挪動(dòng)一個(gè)bp，以使所選序列成為三的倍數(shù)。選定ORF，從GOODIESMENU菜單中選擇翻譯（Translate）。翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個(gè)新的未命名窗口中（如右圖）。它是使用標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼翻譯的。LASERGENEforWindows&Macintosh-25-精選文檔-可編寫使用其余遺傳密碼依據(jù)你的序列的根源，你能夠選擇使用非標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼進(jìn)行翻譯等操作。在這節(jié)中，我們將標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼變換成CiliateMacronuclear密碼。從GOODIESMENU菜單項(xiàng)選擇擇GeneticCodes翻開，子菜單顯示如左。單擊“CiliateMacronuclear”就實(shí)現(xiàn)了遺傳密碼的變換，EditSeq現(xiàn)在使用的就是CiliateMacronuclear的遺傳密碼。相同能夠?qū)⑦z傳密碼變換為其余種類。遺傳密碼的編寫這一節(jié)中我們改正CiliateMacronuclear的遺傳密碼。從GOODIESMENU菜單項(xiàng)選擇擇EditSelectedCode。這將翻開右側(cè)的窗口，窗口顯示遺傳密碼是如何翻譯DNA和RNA序列的。如以DNA形式展現(xiàn)密碼，點(diǎn)擊DNA按鈕。編寫時(shí)，單擊任何要編寫的密碼，從其當(dāng)前的地點(diǎn)拖到新氨基酸對(duì)應(yīng)的地點(diǎn)則可。如使用不一樣樣的啟始密碼子，單擊SetStarts按鈕。第二的遺傳密碼窗就會(huì)被翻開，能夠進(jìn)行初步密碼子選擇。LASERGENEforWindows&Macintosh-26-精選文檔-可編寫單擊任何氨基酸（或許codon地點(diǎn)），該密碼子就會(huì)變?yōu)榫G色，并且旁邊出現(xiàn)一個(gè)箭頭，它就被設(shè)定為初步密碼子了。如要去除，只要單擊它即可。如不保留，則單擊撤消；如要保留，單擊保留為。序列的反向互補(bǔ)及反向變換下邊的步驟能夠用于反向測(cè)定的序列的正確輸入。選定序列。從GOODIESMENU菜單，選反向互補(bǔ)序列（ReverseComplement），或許把序列顛倒過來（ReverseSequence）命令，則被選定的序列就被翻轉(zhuǎn)互補(bǔ)或翻轉(zhuǎn)過來了。BLAST檢索下邊我們將在NCBI的BLAST服務(wù)器上對(duì)TETHIS21序列進(jìn)行相像性比較。重視為了進(jìn)行BLAST查找必然保證因特網(wǎng)的連結(jié)。假如你沒有連結(jié)因特網(wǎng)，跳過這部分，連續(xù)下一部分。選定序，或許從EDIT菜單中選擇SelectAll。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NETSEARCHMENU），選擇BLAST查找。BLAST對(duì)話框就會(huì)出現(xiàn)。程序默以為blastn，數(shù)據(jù)庫默認(rèn)是nr，參數(shù)變換請(qǐng)參照幫助。單擊OK開始查找。找尋結(jié)果顯示為兩部分LASERGENEforWindows&Macintosh-27-精選文檔-可編寫（以下）。上面的部分是按可能性的次序顯示檢索到的序列的名字，下邊的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上面序列）比較的詳盡結(jié)果。相關(guān)“score”和“expectation”的詳盡的信息在NCBI’s網(wǎng)點(diǎn)——/BLAST.——能夠找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相像性。BLAST結(jié)果窗最上面的3鈕被用來翻開，或許保留檢索到的序列，或許讓你認(rèn)識(shí)更多的相關(guān)信息。下邊我們從用“CreateDocument”鈕來翻開評(píng)分最高的5序列開始：單擊CreateDocument。一個(gè)小的對(duì)話框出現(xiàn)。在左上角有一個(gè)下拉菜單顯示默認(rèn)（default）。單擊下拉菜單，選頂端（Top）。并在右側(cè)的文本框中寫入5。單擊OK，EditSeq自動(dòng)核對(duì)節(jié)余序列。假如EditSeq提示最少2序列是同一個(gè)，請(qǐng)點(diǎn)擊OK。EditSeq將從因特網(wǎng)數(shù)據(jù)庫下在單調(diào)的序列，并分別翻開一個(gè)獨(dú)自的EditSeq窗口。下邊我們用“BatchSave”鈕將3-10序列保留為EditSeq文件：選定從頂端起第3個(gè)序列。單擊BatchSave。小的灰色的對(duì)話框出現(xiàn)。單擊下拉菜單，選Next。并在右側(cè)的文本框中寫入8。點(diǎn)擊SetLocation，顯示文件夾對(duì)話框。LASERGENEforWindows&Macintosh-28-精選文檔-可編寫選定你要保留序列的地點(diǎn)。單擊OK回到灰色的對(duì)話框。單擊OK保留序列，文件擴(kuò)展為“.seq”。在下載過程時(shí)期，EditSeq自動(dòng)核對(duì)重復(fù)的序列。假如EditSeq提示最少2序列是同一個(gè)，請(qǐng)點(diǎn)擊OK。除非你收到錯(cuò)誤信息，不然能夠以為你的序列已經(jīng)成功下載。最后我們能夠使用“LaunchBrowser”鈕查察序列的詳盡信息選定序列。選擇LaunchBrowser。你的網(wǎng)絡(luò)閱讀器將翻開右側(cè)的窗口。序列信息查察現(xiàn)在我們要使用EditSeq菜單指令查察相關(guān)翻開的TETHIS21序列的信息。選定序列的一部分。假如你倒是希望全選序列，從EDITMENU菜單，選擇SelectAll。從GOODIESMENU菜單，選DNAStatistics。就會(huì)出現(xiàn)右側(cè)的窗口，顯示序列信息。LASERGENEforWindows&Macintosh-29-精選文檔-可編寫序列校讀在我們學(xué)習(xí)保留和輸出序列從前，下熟習(xí)一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校訂測(cè)序膠中的錯(cuò)讀。選定序列。單擊校訂發(fā)音圖標(biāo)（序列窗口底部張開的嘴），或許從SPEECHMENU，選Proof-ReadSequence。電子的音聲就會(huì)開始朗誦所選的序列。（注：假如你聽不見任何聲音，檢查你的計(jì)算機(jī)的喇叭能否已經(jīng)翻開。）要改變音聲r(shí)ead-back的速度，從SPEECHMENU菜單，選擇FasterorSlower。要停止校讀，點(diǎn)擊圖標(biāo)（手），或許從SPEECHMENU菜單，選擇Proof-ReadSequence。序列的保留與輸出第一創(chuàng)立一個(gè)用于保留的序列。從文件菜單，選New中的NewDNA，或許NewProtein。將序列寫入出現(xiàn)的窗口。假如你輸入非法字符，計(jì)算機(jī)會(huì)發(fā)出警示。此后，我們將序列保留為EditSeq文件：從文件菜單，選Save。選定保留地點(diǎn)。給序列命名。LASERGENEforWindows&Macintosh-30-精選文檔-可編寫單擊保留則可。以GenBank或GCG格式保留序列：從文件菜單，選Export。選定保留地點(diǎn)。為sequence(s)選格式。給sequence(s)命名。單擊保留則可。以FASTA格式保留序列：從文件菜單，選Export（1個(gè)序列），或許ExportAllAsOne（多個(gè)序列）。當(dāng)使用ExportAllAsOne的時(shí)候，假如DNA和蛋白質(zhì)文件同時(shí)存在，激活窗口的序列種類與你保留的種類是一致的。EditSeq可是將寫入的序列保留為FASTA格式。選定保留地點(diǎn)。選FASTA格式。給sequence(s)命名。單擊保留則可。LASERGENEforWindows&Macintosh-31-精選文檔-可編寫從GeneQuest開始GeneQuest能夠幫助你發(fā)現(xiàn)和說明DNA序列中的基因，并幫助您操作生物學(xué)所關(guān)懷的DNA的其余feature：包含ORFS、拼接點(diǎn)連結(jié)，轉(zhuǎn)錄因子聯(lián)合為點(diǎn)、重復(fù)序列、限制性內(nèi)且酶酶切位點(diǎn)等。經(jīng)過應(yīng)用“methods”到序列，序列的feature能夠以圖形的形式展現(xiàn)出來。你能夠在序列上說明任何你發(fā)現(xiàn)的feature。和其余的Lasergene應(yīng)用程序相同，GeneQuest也供給整合的BLAST和Entrez找尋功能。GeneQuest能直接翻開DNASTAR，ABI和GenBank文件。其余格式的序列文件也能夠使用EditSeq改為DNASTAR格式。假如你知道Genbank序列的登錄號(hào)或名稱，你能夠直接翻開序列。其余，你還能夠夠在Entrez數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列查找和輸入。假如在使用這軟件中需要幫助，能夠和DNASTAR聯(lián)系。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信函：support@，或許經(jīng).LASERGENEforWindows&Macintosh-32-精選文檔-可編寫內(nèi)容翻開已有分析文件33GeneQuest的DNA分析方法34用分析方法操作35方法參數(shù)改變36結(jié)果展現(xiàn)優(yōu)化37Feature說明38BLAST檢索39EntrezDatabase檢索41GeneQuest的其余特色42保留分析文件43LASERGENEforWindows&Macintosh-33-精選文檔-可編寫翻開已有分析文件在這一節(jié)中，我們將對(duì)已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“NematodeR01H10.”進(jìn)行操作。從文件菜單，選擇Open翻開一個(gè)和右側(cè)相像的窗口。在蘋果計(jì)算機(jī)上，從Show菜單中選擇GeneQuestDocument文件。在Windows上，從文件種類菜單(FilesofType)的中選擇GeneQuestDocuments。用文件管理系統(tǒng)翻開名為“DemoSequences.”的文件夾。雙擊NematodeR01H10，就能夠翻開下邊的窗口。LASERGENEforWindows&Macintosh-34-精選文檔-可編寫GeneQuest的DNA分析方法翻開GeneQuest文件后，下一步是選擇應(yīng)用方法。應(yīng)用方法后，結(jié)果的圖形顯示能夠幫助你認(rèn)識(shí)序列上感興興趣的features。翻開序列后，你會(huì)發(fā)現(xiàn)只有幾種方法應(yīng)用后的結(jié)果展現(xiàn)在窗口內(nèi)。在下一部分中，我們將學(xué)習(xí)如何把其余方法用于我們序列的分析。Title——給文件取名。Ruler——在文件中加入標(biāo)尺。Sequence——顯示文件中的序列。Patterns-Matrix——方法的運(yùn)算參數(shù)。Patterns-Signal——轉(zhuǎn)錄因子聯(lián)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫。Patterns-Type-InPatterns——使用鍵盤輸入運(yùn)算所需的Pattern參數(shù)。Repeats-InvertedRepeats——找尋反向重復(fù)序列。Repeats-DyadRepeats——找尋Dyad重復(fù)和palindromes。Repeats-DirectRepeats——找尋正向重復(fù)序列。GeneFinding-DNAFinder————在翻開的DNA序列中找尋指定DNA序列。分別顯示正義連和反義連的找尋結(jié)果。GeneFinding-ProteinFinder——在翻開的蛋白質(zhì)序列中找尋指定DNA序列的翻譯序列。顯示結(jié)果為所有6個(gè)讀框。Enzymes-RestrictionMap——用DNASTAR酶目錄中的酶分析翻開的序列，并以圖形方式展現(xiàn)。CodingPrediction-Borodovsky——用Borodovsky’sMarkov方法LASERGENEforWindows&Macintosh-35-精選文檔-可編寫來鑒識(shí)暗藏的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展現(xiàn)。CodingPrediction-StartsStopsORFs——依據(jù)指定的ORFs的最小長度，找尋可能的開放讀框，能夠選擇能否需要初步密碼子。讀框的啟始和中斷點(diǎn)分別展現(xiàn)。CodingPrediction—LocalCompositionalComplexity——依據(jù)Shannon信息學(xué)原理找尋有基因編碼提示信息的地區(qū)。BaseContents-BaseDistribution——序列上4種堿基、A+T和G+C的頻次、散布，以及AT和gc散布地區(qū)。BentDNA-BendingIndex——DNA折疊展望。用分析方法操作調(diào)用新的GeneQuest方法的步驟是：從MoreMethods中選擇方法，加入方法簾（methodcurtain），待方法運(yùn)轉(zhuǎn)完成后，選擇性的拖取結(jié)果放入分析界面（assaysurface）即可（見右圖）。在本節(jié)中，我們使用BentDNA-Bendingndex方法進(jìn)行分析。從ANALYSISMENU選擇ShowLASERGENEforWindows&Macintosh-36-精選文檔-可編寫AvailableMethods能夠翻開方法簾，也能夠經(jīng)過拖動(dòng)分析界面左上角的小環(huán)的翻開方法簾。方法簾中包含已經(jīng)用于分析的所有方法。你將重視到方法簾沒有BentDNA-BendingIndexmethod。在方法簾的頂端，點(diǎn)擊MoreMethods翻開一個(gè)下拉菜單，此中尤能夠用于分析的所有方法，點(diǎn)擊BentDNA-BendingIndexmethod，該方法就進(jìn)入了方法簾。若查察方法簾中的方法能否已經(jīng)被應(yīng)用，點(diǎn)擊其右側(cè)的三角形。假如圖標(biāo)前有數(shù)字表示該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應(yīng)用的次數(shù)。因?yàn)槲覀冞€沒有應(yīng)用BentDNA-BendingIndex，因此點(diǎn)擊三角形，會(huì)發(fā)現(xiàn)圖標(biāo)前沒有數(shù)字。點(diǎn)擊白顏色的地點(diǎn)去除對(duì)圖標(biāo)的選擇。單擊選定“BendRegion,”，將其拖到分析界面，開釋鼠標(biāo)。序列中可能會(huì)折疊的地區(qū)就會(huì)以小盒子的形式顯示出來。方法參數(shù)改變下邊我們改變方法的參數(shù)，此后將分析結(jié)果與參數(shù)改變前的結(jié)果進(jìn)行比較。重復(fù)前面的操作，在方法簾中加入一個(gè)新的BentDNA-BendingIndex，并把它拖如分析界面?，F(xiàn)在你應(yīng)當(dāng)有2個(gè)圓滿相同的折疊區(qū)分析結(jié)果。雙擊方法簾中任何一個(gè)結(jié)果，將翻開一個(gè)參數(shù)對(duì)話框。改變弧長度參數(shù)為30，單擊OK。分析界面上就會(huì)出現(xiàn)依據(jù)此參數(shù)計(jì)算獲得的結(jié)果。LASERGENEforWindows&Macintosh-37-精選文檔-可編寫（注：假如你再次拖入新的方法時(shí)，參數(shù)的改變會(huì)自動(dòng)應(yīng)用到新的方法上）。結(jié)果展現(xiàn)優(yōu)化組合或挪動(dòng)展現(xiàn)的結(jié)果：單擊位于GeneQuest窗口左邊的調(diào)色板工具中的的選擇器（手圖標(biāo)），在分析界面中能夠任意拖動(dòng)任何展現(xiàn)的結(jié)果就任何地點(diǎn)。改變方法格式：單擊目的選擇器（手圖標(biāo)），能夠選擇分析界面上的任何方法。從OPTIONSMENU菜單項(xiàng)選擇擇LineColor，翻開彩色選擇子菜單。選定顏色后，方法題目和結(jié)果顯示都將變?yōu)槟莻€(gè)顏色。此外，你能夠用近似的指令進(jìn)行操作：LineWeight、FillColorandFillPattern。去除方法：單擊選擇方法簾中顯示的方法，用退位或刪除鍵去除應(yīng)用的方法即可。重視任何你除去的方法都是能從Methodsmenu菜單再一次被使用。LASERGENEforWindows&Macintosh-38-精選文檔-可編寫說明Features當(dāng)你用Genbank輸入序列時(shí)，序列中注明的Features會(huì)自動(dòng)變換為圖形命令顯示在方法簾中。這些Features能夠象任何其余方法那樣拖到分析界面上顯示。GeneQuest也同意你為你的DNA序列制作新Features：單擊位于GeneQuest窗口的左邊的調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。此后點(diǎn)擊選定2641-4257的InformativeRegion。點(diǎn)擊調(diào)色板工具（鉛筆圖標(biāo)），或許從SITES&FEATURESMENU選擇NewFeatur，翻開一個(gè)FeatureEditor對(duì)話框（如右圖）你翻開FeatureEditor時(shí)，第一進(jìn)入Location設(shè)定。點(diǎn)擊“Inforegion”進(jìn)入Titlebox，點(diǎn)擊“SegmentA”進(jìn)入SegmentNamebox，接著，在對(duì)話框的底部選擇標(biāo)題和區(qū)段名字的地點(diǎn)。點(diǎn)擊Description按鈕進(jìn)入新的FeatureEditor窗口。假如你愿意，能夠在note中對(duì)Feature做注明，在key種選擇Feature的種類。點(diǎn)擊Style按鈕進(jìn)入最后的FeatureEditor窗口，選擇字型，大小和顏色，以及你喜愛圖型用于新建的feature。點(diǎn)擊OK封閉FeatureEditor窗口。一個(gè)圖形化展現(xiàn)的“Inforegion”就會(huì)出現(xiàn)在分析窗口的底部。下邊我們把新建的feature與其余一個(gè)feature整合起來。LASERGENEforWindows&Macintosh-39-精選文檔-可編寫單擊調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。選定你剛做好的feature，單擊工具調(diào)色板工具上的（鏈圖標(biāo)）。此后點(diǎn)擊名為“R01H10.4——CDS.”的feature，再點(diǎn)擊連結(jié)（鏈圖標(biāo)）。這樣你的“Inforegion”featur將連續(xù)作為沒有聯(lián)系的方法而存在，可是，它的拷貝將作為R01H10.4featur的一部分出現(xiàn)。BLAST檢索GeneQuest為你的序列在因特網(wǎng)或公司內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫進(jìn)步行相像性檢索供給2不一樣樣的方法。BLASTSelection指令同意你使用序列的任何一部分進(jìn)行檢索。BLASTORF需要你第一選擇序列的ORF，此后他就能夠自動(dòng)翻譯，在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行檢索。在這一節(jié)中，我們用BLAST在NCBI上檢索與NematodeR01H10相像的序列。重視必然保證您的計(jì)算機(jī)與因特網(wǎng)相連。不然，跳過這一部分。單擊范圍選擇器調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。憂如在右側(cè)被顯示的那樣，單擊任何“R01H10.5”的feature。著重此時(shí)選定的可是是外顯子部分（exons），內(nèi)含子部分被自動(dòng)去除。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選BLASTSelection。會(huì)出現(xiàn)左面的BLAST對(duì)話框。LASERGENEforWindows&Macintosh-40-精選文檔-可編寫不做參數(shù)改變，這樣，程序是blastn，數(shù)據(jù)庫是nr。單擊同意開始查找。找尋結(jié)果顯示為兩部分（以下）。上面的部分是按可能性的次序顯示檢索到的序列的名字，下邊的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上面序列）比較的詳盡結(jié)果。相關(guān)"score"和"expectation"的詳盡的信息在NCBI's網(wǎng)點(diǎn)--/BLAST.--能夠找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相像性。BLAST結(jié)果窗最上面的4鈕被用來打開，或許保留檢索到的序列，或許讓你認(rèn)識(shí)更多的相關(guān)信息?！癙utInDocument”按鈕相當(dāng)于GeneFinding-DNAFinder，在翻開序列中找尋檢索到的序列。（假如我們使用blastp或blastx，則相當(dāng)于GeneFinding-ProteinFinder）在BLAST結(jié)果窗口中選擇一個(gè)檢索結(jié)果。單擊PutInDocument。保留對(duì)話窗將翻開。選定保留地點(diǎn)，并命名。單擊保留。你選的序列將象應(yīng)用方法那樣以短的垂直的豎線自動(dòng)出現(xiàn)在分析界面的底部。垂直的豎線顯示BLAST結(jié)果的地點(diǎn)。能夠選擇Zoomin/OUT來放大或減小看野。直到你能清楚地查察序列。LASERGENEforWindows&Macintosh-41-精選文檔-可編寫其余按鈕與EditSeq中介紹的功能相同。EntrezDatabase檢索GeneQuest同意你在因特網(wǎng)或公司內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)的Entez數(shù)據(jù)庫進(jìn)步行檢索。檢索到的結(jié)果能夠輸入GeneQuest（或許EditSeq），或許保留為序列文件。在這一節(jié)中，我們將檢索與狨視覺色素（visualpigmentinmarmosets）序列相關(guān)的序列，此后學(xué)習(xí)GeneQuest或EditSeq是如何翻開此中的一個(gè)序列的。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NETSEARCHMENU)，選擇新正文查找（NewTextSearch）來翻開EntrezQuery窗口（如右）。在文本框中敲入“visualpigment.”。從默以為“AllFields”的下拉菜單中選擇“TextWord.”。用鼠標(biāo)從右側(cè)再拖入一個(gè)檢索框（NewTerm）。在文本框中敲入“Callithrix”，從“NewFields”菜單中選“Organism”。單擊查找。查找結(jié)果出現(xiàn)于EntrezResults窗口（以下）。雙擊任何EntrezResults窗口里的序列，就能夠查察其詳盡信息。LASERGENEforWindows&Macintosh-42-精選文檔-可編寫假如你想在GeneQuest或EditSeq里翻開此中的一個(gè)序列：從EntrezResults窗，單擊你想翻開的序列。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選擇用GeneQuest或許EditSeq翻開（OpenwithGeneQuest/OpenwithEditSeq）。選定文件保留的地點(diǎn)，并給文件取名。單擊同意（視窗），或許保留（蘋果計(jì)算機(jī)）。假如你選擇以GeneQuest翻開文件，GeneQuest將翻開文件并且將其默認(rèn)的方法自動(dòng)應(yīng)用到序列上。假如你做選擇以EditSeq翻開文件，Entrez序列將在主窗口中顯示。GeneQuest的其余特色以RNA折疊形式查察序列的一部分：選定目的序列，在ANALYSISMENURNA菜單中選擇FoldasRNA命令。序列酶切，模擬agarose凝膠電泳判斷大?。悍_方法簾（methodcurtain）。從MoreMethods中選擇Enzymes-RestrictionMap加入方法簾。單擊圖標(biāo)左邊的藍(lán)色三角形，翻開內(nèi)切酶一覽表。重視方法簾可是顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。剛翻開酶一覽表時(shí)，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。LASERGENEforWindows&Macintosh-43-精選文檔-可編寫選定特定的酶，拖入分析界面，即可以看見該酶的酶切位點(diǎn)在序列上的位置。從SITES&FEATURESMENU菜單項(xiàng)選擇澤AgaroseGelSimulation。新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分別狀況（如圖）。保留分析文件從文件菜單，選保留。選定文件的保留地點(diǎn)。給文件命名。單擊保留。你所應(yīng)用和展現(xiàn)的所有信息都會(huì)被保留。LASERGENEforWindows&Macintosh-44-精選文檔-可編寫從MapDraw開始依據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，分析和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的展現(xiàn)需要的不一樣樣，MapDraw能夠制作6種類的酶切圖。從簡單的線性圖到有說明的環(huán)形圖，在展現(xiàn)限制性酶切位點(diǎn)的同時(shí)，還能夠夠同時(shí)展現(xiàn)序列的feature，六個(gè)讀框及其翻譯結(jié)果。MapDraw也以自動(dòng)展現(xiàn)從GenBank輸入序列的features。你能夠依據(jù)地點(diǎn)、酶切頻次等來擺列你的酶切位點(diǎn)。其余，你能夠用手