IBM服務(wù)器用戶使用說明

IBM服務(wù)器用戶使用說明1.集群介紹Power755計算節(jié)點C0101-C0105IntelXeon計算節(jié)點10101-1011030TBDS5020磁盤存儲系統(tǒng)整套集群由四部分組成：Power720管理登錄節(jié)點+5臺Power755計算節(jié)點（128進程/臺）+10臺IntelXeon系列計算節(jié)點（24進程/臺）+DS5020存儲系統(tǒng)。2.作業(yè)管理Power755計算節(jié)點是IA64結(jié)構(gòu)，IntelXeon計算節(jié)點是X86_64結(jié)構(gòu)。整套集群安裝了兩套作業(yè)管理軟件：IBMLoadLeveler和PBS（Torque）。LoadLeveler用來管理Power755計算節(jié)點上的作業(yè)，Torque用來管理IntelXeon系列計算節(jié)點上的作業(yè)。LoadLeveler在Power755這些節(jié)點上可以運行的軟件有：Gaussian，Gamess，molcas和molpro.Gaussian版本Gaussian09,RevisionB.01編寫作業(yè)卡，文件名（文件后綴一定為com）提交命令：$q09NPPjobname（NPP代表并行進程數(shù)，jobname為作業(yè)文件名，不需后綴）例如：$q0916au2（它將為作業(yè)分配16個并行進程，作業(yè)結(jié)束后生成結(jié)果文件au2.out）如不記得輸入?yún)?shù)，可提交命令$q09,它會出現(xiàn)Usage:q09NPPjobname!4.由于計算結(jié)點上最大為128進程，并且Gaussian并行效率不高，因此希望在試運行期間提交作業(yè)NPP設(shè)為8,16,32,64為好。5.Gaussian的臨時區(qū)設(shè)在/gpfs/scratch中，該區(qū)文件隨時可能清空。Gamess版本GAMESSVERSION=1OCT2010（R3）編寫作業(yè)卡，文件名jobname.inp（文件后綴一定為inp）提交命令：$qgmsNPPjobname（NPP代表并行進程數(shù)，jobname為作業(yè)文件名，不需后綴）例如：$qgms16au2 （它將為作業(yè)au2.inp分配16個并行進程，作業(yè)結(jié)束后生成結(jié)果文件au2.log）如不記得輸入?yún)?shù)，可提交命令$qgms,它會出現(xiàn)Usage:qgmsNPPjobname!由于計算結(jié)點上最大為128進程，因此希望在試運行期間提交作業(yè)NPP設(shè)為8,16為好。Gamess的臨時區(qū)設(shè)在/gpfs/scratch中，該區(qū)文件隨時可能清空。Molpro版本MolproVersion2010.1linked17Jun201112:31:42編寫作業(yè)卡，文件名jobname （可不用后綴）提交命令：$qmolprojobname（jobname為作業(yè)文件名）例如：$qgmsau2 （它將為作業(yè)au2分配進程，作業(yè)結(jié)束后生成結(jié)果文件au2.out）如不記得輸入?yún)?shù)，可提交命令$qmolpro,它會出現(xiàn)Usage:qmolprojobname!由于AIX編譯問題，目前只能運行單進程作業(yè)。Molcas版本MolcasVersionversion7.4patchlevel045編寫作業(yè)卡，文件名jobname.input （可不用后綴）提交命令：$qmolcasNPPjobname（NPP代表并行進程數(shù)，jobname為作業(yè)文件名，不需后綴）如不記得輸入?yún)?shù)，可提交命令$qmolcas,它會出現(xiàn)Usage:qmolcasNPPjobname!由于計算結(jié)點上最大為128進程，因此希望在試運行期間提交作業(yè)NPP設(shè)為8,16為好。2.1.5其它程序作業(yè)投交方式以上程序簡單命令方式都是通過編寫合適腳本由llsubmit提交，其它程序可參見以上腳本寫出，具體可見路徑/home/apps/bin2.1.6監(jiān)控作業(yè)和結(jié)點狀態(tài)及取消作業(yè)命令通過llstatus命令可以查看服務(wù)器節(jié)點使用情況，類似于我們經(jīng)常使用的shownodes和pbsnodes，示例如下：[jjgu@powerbin]$llstatus^TameScheddInQActStartdRunLdAvgIdleArchOpSys□0101.Avail00Idle00.039999R6000AIX61=0102?Down00Run6417.449999R6000AIX61d0103.xmu.Down00Idle00.009999R6000AIX61□0104.Down00Run6426.149999R6000AIX61Down00Idle00.009999R6000AIX61?cnAvail22Down00.000R6000AIX61R6000/AIX616maichines2jobs128runningtasksrotalMachines6machines2jobs128runningtasksrheCentralManagerisdefinedon,power?xmu.rheBACKFILLschedulerisinuseMlmachinesonthemachine_listarepresent.查看運行作業(yè)要使用llq命令:[jjgu@powerbin]$Id'nqOwnerSubmittedSTPRIClassRunningOnpower.2092.0ktan10/2021:41R50normalc0104power.2094.0ktan10/2109:25R50normalc01022jobstep(s)inqueue,0waiting,0pending,2running,0held,0preempted例如：llquuser可以看到用戶user作業(yè)情況如果要取消某個作業(yè)，要使用llcancel命令，類似于我們使用過的qdel命令。例如：llcancel2092 （將2092號進程取消）試用期隊列規(guī)則如下:使用隊列：normal:時間限制7天；默認隊列；如有大作業(yè)需求可提出申請在其它隊列使用作業(yè)數(shù)限制：每用戶最多同時運行8個作業(yè)，8個排隊作業(yè)。每用戶的作業(yè)數(shù)（運行的+排隊的）最多為16個。超過的作業(yè)將進入NQ（NotQueued）狀態(tài)，即處于非排隊狀態(tài)。作業(yè)類型限制：不通過作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)提交的作業(yè)將被殺掉。腳本文件不正常的作業(yè)將被殺掉。隊列規(guī)則會根據(jù)用戶意見和實際使用情況做相應(yīng)調(diào)整2.2Torque在10臺IntelXeon系列計算節(jié)點上可以做MaterialStudios方面的計算，提交作業(yè)的命令是qdmol和qcastep，使用qstat來查看作業(yè)情況，使用qdel來刪除作業(yè)。Dmol:版本MS5.5通過客戶端生成作業(yè)卡，文件名jobname.*（包括一系列文件）提交命令：$qdmolnodesPPNjobname （nodes代表計算結(jié)點數(shù)目，PPN代表并行進程數(shù)，jobname為作業(yè)文件名，不需后綴）例如：$qdmol224au2 （它將為作業(yè)au2.*分配在兩個計算結(jié)點上，每個計算結(jié)點24個并行進程，作業(yè)結(jié)束后生成結(jié)果文件）如不記得輸入?yún)?shù)，可提交命令$qdmol,它會出現(xiàn)Usage:qdmolnodesPPNjobname!由于計算結(jié)點上最大為24進程。CASTEP:版本MS5.5通過客戶端生成作業(yè)卡，文件名jobname.*（包括一系列文件）提交命令：$qcastepnodesPPNjobname （nodes代表計算結(jié)點數(shù)目，PPN代表并行進程數(shù)，jobname為作業(yè)文件名，不需后綴）

例如：$qcastep例如：$qcastep224au2（它將為作業(yè)au2.