核酸序列的獲取與比對-實(shí)驗(yàn)課二-20151109-13

核酸序列的獲取與比對李洪濤醫(yī)學(xué)科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心ATCG上機(jī)練習(xí)內(nèi)容1從數(shù)據(jù)庫獲取核酸序列信息2序列搜索比對3序列特征分析31從數(shù)據(jù)庫獲取基因mRNA序列信息4以NCBI數(shù)據(jù)庫為例學(xué)習(xí)如何獲取核酸序列及序列相關(guān)信息//genbank/NCBIGenBank5CCL21HomePage678Results9HomePage10HomePage11CCL2112Results13HomePage14HomePage15CCL2116Results17Results18Results1920Results21222324Results252627…………28…………29…………30CCL21mRNA序列CCL21mRNA登錄號CCL21編碼蛋白CCL21登錄號31………基因序列信息基因相關(guān)信息Genbank

格式注解3233LOCUS條目名稱（標(biāo)識符）DEFINITION序列的定義，說明ACCESSION序列編號，具有唯一性和永久性VERSION版本KEYWORDS由序列提交者提供，包括序列的基因產(chǎn)物及相關(guān)信息SOURSE序列來源，說明序列的來源物種，來源組織等REFERENCE和序列相關(guān)的文獻(xiàn)，包括題目，作者等信息FEATURES具有特定格式，包含大量的信息和內(nèi)容，用來詳細(xì)描述序列特性及相關(guān)內(nèi)容BASECOUNT堿基組成ORIGIN堿基序列，并以//作為序列條目結(jié)束的標(biāo)記序列文件的主要結(jié)構(gòu)：3435…………….36成功提取CCL21mRNA全長序列提取完成37…………….38編碼序列39成功提取CCL21mRNA編碼序列提取完成40AdvancedSearch41AdvancedSearch42434445462序列搜索比對47NCBI主站點(diǎn)：

/BLAST/

對一般用戶來說，目前常用的辦法是通過NCBI國際著名生物信息中心的BLAST服務(wù)器進(jìn)行搜索。序列比對神器-BLAST48HomePage4950HomePage515253主要的BLAST程序程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中的序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列6框翻譯后的蛋白質(zhì)序列逐一比對。TBlastx核酸核酸核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列6框翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對。54555657GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG58數(shù)據(jù)庫簡述nrmonthdbestdbstshtgsyeastE.colipdbkabatvectormitoalugss非冗余的GenBank＋EMBL＋DDBJ＋PDB序列，除了EST、STS、GSS和0,1,2階段的HTGS序列nr中過去30天的最新序列非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的EST部分非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的STS部分0,1,2階段的高產(chǎn)量基因組序列(3階段完成的HTG序列在nr庫里)酵母的全基因組序列大腸桿菌的全基因組序列由三維結(jié)構(gòu)庫來的核酸序列Kabat的免疫學(xué)相關(guān)序列庫Genbank的載體子集線粒體核酸序列REPBASE中Alu重復(fù)序列翻譯而來，用來遮蔽查詢序列中的重復(fù)片段，基因組勘測序列(GenomeSurveySequence)BLAST的核酸數(shù)據(jù)庫59GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG60結(jié)果頁面61結(jié)果頁面623序列特征分析基因序列特征分析主要內(nèi)容一、開放閱讀框—ORF二、啟動子—promoters三、CpG島——CpGislands四、microRNA-mRNA分析

636465666768697071727374751GenBank762Fastanucleotide3Fastaprotein77啟動子預(yù)測及分析工具

（參考教材）PromoterScan/molbio/proscan/

787980啟動子原件81啟動子原件轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)8283利用CpGPlot預(yù)測分析CpG島CpGPlot是預(yù)測CpG島的在線工具，它是由歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室EMBL——EuropeanMolecularBiologyLaboratory提供的。其網(wǎng)址為：http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot/

84SPARCL1promotersequence8586L81167.1序列87microRNA-mRNA分析工具TargetScan（/）RNA22（/rna22/）LewisBP,BurgeCB,BartelDP.ConservedSeedPairing,OftenFlankedbyAdenosines,IndicatesthatThousandsofHumanGenesareMicroRNATargets.Cell,120:15-20(2005)Miranda,KCetal(2006)Apattern-basedmethodfortheidentificati