英文醫(yī)學數(shù)據(jù)庫檢索課件

0英文醫(yī)學數(shù)據(jù)庫檢索1問題的提出阿司匹林能否預防大腸癌？國內(nèi)專業(yè)文獻檢索結果文獻結論不一致很多國內(nèi)文獻摘譯自國外專業(yè)文獻24一、英文數(shù)據(jù)庫概述按專業(yè)可分為：綜合性數(shù)據(jù)庫和專業(yè)數(shù)據(jù)庫。綜合性數(shù)據(jù)庫：三大索引SCI科學引文索引ISTP科技會議錄索引EI工程索引WebofScienceEngineeringVillages25一、英文數(shù)據(jù)庫概述專業(yè)數(shù)據(jù)庫：醫(yī)學領域常用四大索引SCI科學引文索引(WebofScience)BA生物學文摘(BIOSISPreview)CA化學文摘(CAPlus)WebofKnowledgeSciFinderScholarIM醫(yī)學索引(Medline數(shù)據(jù)庫）PubmedDialog聯(lián)機檢索系統(tǒng)6一、英文數(shù)據(jù)庫概述英文數(shù)據(jù)庫按記錄完整性可分為文摘數(shù)據(jù)庫和全文數(shù)據(jù)庫。前面提到的英文專業(yè)數(shù)據(jù)庫剛開始都是文摘數(shù)據(jù)庫，但隨著信息技術的發(fā)展都開始提供全文。新出現(xiàn)的數(shù)據(jù)庫大都提供全文。全文數(shù)據(jù)庫大都需要付費訪問。即使是全文數(shù)據(jù)庫，也不是庫中的每篇論文都能提供全文。8GoogleScholar查找國外專業(yè)文獻檢索提問式“colorectalcanceraspirin"時間限定在“2009年以來”獲取結果16，900條結果9GoogleScholar查找國內(nèi)專業(yè)文獻記錄來源包括ＣＮＫＩ、維普、萬方以及其他網(wǎng)頁信息10二、Pubmed文獻檢索系統(tǒng)

知識精要（一）檢索指南（二）12PubmedMedline光盤Medline聯(lián)機檢索IndexMedicus1997-1983-1964-1879-1.Pubmed沿革13Medline是美國國立醫(yī)學圖書館開發(fā)的生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫?？色@取1950年以來80多個國家和地區(qū)5000多種生物醫(yī)學期刊的文摘。1997年美國政府宣布Medline數(shù)據(jù)庫免費向全世界開放。目前大多數(shù)收費的檢索系統(tǒng)如WOK平臺、Dialog檢索系統(tǒng)、SciFinderScholar都可以檢索Medline。14Medline免費檢索服務Pubmed：Medscape：Highwire：162.Pubmed可獲取資源Pubmed是美國國立醫(yī)學圖書館（NLM）所屬的國家生物技術信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI)開發(fā)的生物醫(yī)學文獻檢索系統(tǒng)。是Entrez集成檢索系統(tǒng)的重要組成部分。訪問途徑：公共網(wǎng)：

172.Pubmed可獲取資源（1）生物醫(yī)學期刊論文線索MEDLINE：可獲取1950年以來80多個國家的5000余種生物醫(yī)學期刊中的文獻線索。In-processcitations：待標引的MEDLINE的前期數(shù)據(jù)庫。Publishersuppliedcitation：出版商提供的文獻，主要是MEDLINE選擇性收錄的期刊中超出收錄范圍的文獻。OLDMEDLINE:1965年以前的記錄18（2）論文全文PubMedCentral開放存取期刊出版商提供的部分免費期刊鏈接到出版商網(wǎng)站

（3）題錄相關生物信息學數(shù)據(jù)、圖書館館藏信息、消費者健康信息和研究工具等資源鏈接。20Pubmed記錄來源標識（2）免費全文213.PubMed記錄的主要字段(P85）字段標識：字段名稱

AB：AbstractAD：AffiliationALL：AllField

AU：Authors1AU：FirstAuthorFAU：FullAuthorNamePMID：PubMedUniqueIdentifierDP：PublicationDate

字段標識：字段名稱LA：Language

MH：MeSHTerms

MAJR：MeSHMajorTopic

SH：MeSHSubheadings

PT：PublicationType

SO：Source

TA：JournalTitle

TI：TitleTW：TextWords224.PubMed檢索途徑高級檢索基本檢索24PubmedMeshDatabase2525

MeSHDatabase:查看并利用主題詞檢索MeSH主題詞檢索是PubMed最具特色的檢索功能之一，能保證較好的查全率和查準率主題詞對同一概念的不同表達方式進行了規(guī)范主題詞組配副主題詞，使檢索結果更加專指主題詞的樹狀結構表：可自由調(diào)整檢索策略擴展檢索：利用下位詞同時進行檢索，提高查全率限定檢索：將檢索結果限定在主要主題詞，使檢索結果更加準確注意：用MeSH詞檢索時，只檢索來源于MEDLILNE的文獻，不檢索PubMed其他來源的文獻

285.Pubmed特色生物醫(yī)學領域首選數(shù)據(jù)庫收錄期刊范圍側(cè)重生物醫(yī)學領域檢索免費，并可免費獲取部分全文及相關生物信息學資源。文獻報道速度快收錄文獻加工質(zhì)量高，經(jīng)Mesh主題詞標引。檢索功能強大，支持自動詞語匹配檢索，并提供主題詞檢索、臨床查詢、引文檢索等特色檢索服務。29檢索詞Mesh轉(zhuǎn)換表期刊名轉(zhuǎn)換表作者索引表經(jīng)過轉(zhuǎn)換后的檢索式Pubmed系統(tǒng)進行檢索Details分析29作者姓名轉(zhuǎn)換表PubMed特色：自動詞語匹配功能30PubMed自動詞語匹配功能舉例：欲查找大腸癌與阿司匹林同時出現(xiàn)的文獻，輸入“colorectalcanceraspirin”，系統(tǒng)轉(zhuǎn)換后實際檢索策略為

("colorectalneoplasms"[MeSHTerms]OR("colorectal"[AllFields]AND"neoplasms"[AllFields])OR"colorectalneoplasms"[AllFields]OR("colorectal"[AllFields]AND"cancer"[AllFields])OR"colorectalcancer"[AllFields])AND

("aspirin"[MeSHTerms]OR"aspirin"[AllFields])31智能檢索功能不僅能準確拆分詞，而且能將提問詞轉(zhuǎn)換為MESH詞，并在Mesh字段與全字段同時進行檢索，有效保證文獻的查全和查準。SearchDetails框詳細顯示自動詞語匹配的實際檢索式。32查看系統(tǒng)轉(zhuǎn)換后的檢索策略原始提問式系統(tǒng)轉(zhuǎn)換過程系統(tǒng)實際檢索策略33

問題？

Q：是否可以完全依賴詞語的自動詞語匹配功能？

例如：單細胞Singlecell3334自動詞語匹配3435如何避免系統(tǒng)進行自動詞語匹配？檢索詞加上""（半角狀態(tài)的雙引號）,進行強制檢索系統(tǒng)不進行自動詞語匹配，不擴展檢索singlecell直接輸入"singlecell"

或者

single-cell353636下列情形不進行自動詞語匹配精確短語匹配,如“kidneyallograft”截詞檢索,如bacter*連字符時,如kidney-allograftHistory檢索,如#1AND#２字段檢索,如toothache[ti]37（二）、Pubmed檢索指南

如何查找阿司匹林預防大腸癌的文獻？1如何查找指定文獻？2381.如何查找阿司匹林預防大腸癌的文獻？課題分析兩個主要概念組面阿司匹林（aspirin)大腸癌(colorectalcancer)如何翻譯英文提問詞？CNKI翻譯助手Google翻譯有道391.如何查找阿司匹林預防大腸癌的文獻？試檢：Pubmed基本檢索服務提問詞：colorectalcanceraspirin40獲取檢索結果（上）限定條件進行檢索，相當于原來的“Limits”功能自動獲取相關文獻轉(zhuǎn)換顯示格式記錄輸出41獲取檢索結果（下）獲取免費全文查找相關生物信息學數(shù)據(jù)庫查看系統(tǒng)轉(zhuǎn)換后的檢索策略42轉(zhuǎn)換記錄顯示格式AspirinforprophylacticuseintheprimarypreventionAspirinforprophylacticuseintheprimaryprevention43也可單擊題名超鏈進入ABSTRACT格式作者單位來源查找刊名全稱44NLMCatalog:獲取刊名全稱45將檢索結果限定為近5年綜述設置文獻過濾器查找特定類型文獻過濾條件一經(jīng)選擇持續(xù)起作用已選擇的文件過濾器46?利用主題詞進行檢索（難點）1.進入“MeshDatabase”界面2.在此界面查找“colorectalcancer(大腸癌)”對應的主題詞(點擊選定主題詞超鏈，可獲取主題詞詳細信息）3.輸入提問框"Addtosearchbuilder"4.找到“aspirin”對應的主題詞后，“Addtosearchbuilder”，邏輯運算符選擇“And”5.“searchpubmed”進行檢索6.在檢索結果界面，點擊選定文獻題名超鏈，進行其文摘格式，在此界面下方點擊“PublicationTypes,MeSHTerms,Substances”選項，獲取主題詞及主要主題詞信息（注：主要主題詞有“*”標志）471.進入“MeshDatabase”界面兩種方式進入MeshDatabase482.查找主題詞（上）定義及主題詞引進年代c組配副主題詞添加到檢索框檢索文獻492.查找主題詞（下）c加權檢索c相關參照擴展檢索款目詞：主題詞同義詞或近義詞樹狀結構c上位詞下位詞503.利用主題詞進行檢索添加到檢索框檢索文獻(("ColorectalNeoplasms"[Mesh])OR"CecalNeoplasms"[Mesh])AND"Aspirin"[Mesh]514.獲取檢索結果點擊題名超鏈獲取詳細信息525.獲取記錄詳細信息53PublicationTypes,MeSHTerms,Substances：

獲取題錄的文獻類型、主題詞及物質(zhì)信息獲取指定題錄的主題詞信息，其中帶*號的為主要主題詞54LinkOut：獲取題錄相關資源獲取全文獲取醫(yī)學背景知識獲取相關生物信息學數(shù)據(jù)55利用Linkout獲取醫(yī)學背景知識免費在線醫(yī)學百科全書56課題2：如何查找英文原文？方法一：可以利用基本檢索57如何查找中文摘譯的英文原文？1.提取文中關鍵信息發(fā)表日期：2013年7月16日期刊名：AnnalsofInternalMedicine關鍵詞：colorectalcancer,aspirin2.訪問Pubmed，確定檢索方法基本檢索SingleCitationMatcher58(1)基本檢索方式aspirincolorectalcancer"annalsofinternalmedicine"2013Q:為什么期刊名annalsofinternalmedicine要加雙引號？59獲取原文線索60在摘要頁面點擊“Linkout”61獲取原文62(2)singlecitationmatcher檢索63PubmedSingleCitationMatcherc檢索提問式：Journal:annalsofinternalmedicineData:2013/07/16TitleWords:aspirin64annalsofinternalmedicine[Jour]and2013/07/16[pdat]andaspirin65Pubmed檢索小結自動詞語匹配檢索一般適合檢索經(jīng)驗有限的初級用戶，也適合對課題做初步檢索。檢索經(jīng)驗豐富的用戶，或者對查全率查準率有較高要求的檢索課題，需要仔細分析課題，編制比