beast系列軟件使用

個(gè)人初步總結(jié)第一步beauti軟件設(shè)置nexus文件的參數(shù)最后文件的格式是,xml第二步runbeast軟件最后的格式有,log刼.t「ee第三步tracer軟件run設(shè)置第一步的參數(shù)的合理性第四歩TreeAnrotator「un最后文件的格式是XX_MCC.tree第五步FigTreeplayXX_MCC.treef表現(xiàn)構(gòu)建的結(jié)祠個(gè)人詳細(xì)使用：BEAUti1、File-—ImportData一翻開(kāi)NEXUS（beauti軟件的NEXUS文件與PAUP軟件的有不同）文件翻開(kāi)后顯示為2、選擇TaxonSets通過(guò)建立一套定義子集分類(lèi)，這個(gè)窗口允許你建立分類(lèi)單元內(nèi)的子集序列數(shù)據(jù)。這也允許你去記錄每個(gè)分類(lèi)tMRCA子集最近的共同祖先，設(shè)置分布在相應(yīng)分歧時(shí)間的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中應(yīng)按單位相同規(guī)定你的DNA序列。這些分類(lèi)單元可以代表不同的物種子集分析地理上孤立的多種群或者在一個(gè)物種。值得注意的是,建立一個(gè)分類(lèi)單元不保證該子集集團(tuán)將能夠?qū)ζ渌鼘俜N單源推理分析。單擊“+〃在左下角，創(chuàng)立幾個(gè)分類(lèi)群，重命名他們。在另一個(gè)中你可以看到一些有用的分類(lèi)群，選擇你所需要的分類(lèi)群然后單擊綠色的按鈕，確使在MCMC分析的時(shí)候保持單源。最后可以得到類(lèi)似：3、選擇substitutionmodel這里主要是模型的選擇substitutionmodel中主要為三個(gè)模型HKYGTRTN93根據(jù)模型構(gòu)建來(lái)選擇

Basefrequencies中Estimated/Emirical/Allequal三種估計(jì)，經(jīng)驗(yàn)，設(shè)備可根據(jù)不同的獲得方式來(lái)選擇。SiteHeterogeneityModel中None/Gamma/Invariantsites/Gamma+Invariantsites,None(假定物種的進(jìn)化保持相同的速率)Gamma〔物種的進(jìn)化不是相同的速率〕Invariantsites(數(shù)據(jù)中的某些位點(diǎn)從未經(jīng)受任何進(jìn)化上的改變，其進(jìn)化速率是相同的〕Partitionintocodonpositions中off/2partitions:positions(1+2),3/3partitions:positions1,2,3Basefrequencies中Estimated/Emirical/Allequal三種估計(jì)，經(jīng)驗(yàn)，設(shè)備可根據(jù)不同的獲得方式來(lái)選擇。SiteHeterogeneityModel中None/Gamma/Invariantsites/Gamma+Invariantsites,None(假定物種的進(jìn)化保持相同的速率)Gamma〔物種的進(jìn)化不是相同的速率〕Invariantsites(數(shù)據(jù)中的某些位點(diǎn)從未經(jīng)受任何進(jìn)化上的改變，其進(jìn)化速率是相同的〕Partitionintocodonpositions中off/2partitions:positions(1+2),3/3partitions:positions1,2,3off:分析不能轉(zhuǎn)錄成RNA的DNApartitions:positions(1+2),3:1,2段轉(zhuǎn)錄比擬慢，3段轉(zhuǎn)錄比擬快partitions:positionsl,2,3:3段都有自己的轉(zhuǎn)錄翻譯速度CdiaParTlIiOASTifluii 口逝H TriilS!>i^MudcHQtCk.NtdifbTiEEbPr^rS <3&噌瀉心、MCMCSubilitjEiQHhtadalHKVLttirnMrd■'CaHivniNumberofCarihrndCa^egoricAP^rTCi^riMb*虹恤物4 Link.,!Uniink.pa-arncLEnUvilinkftubtCitulionrats[mj^e屈曰<Unlink,rdic1-ietH-bi^nekfmcnjEl亜三。；!、cuiHifip^slLJUnlinkbut#Frf 時(shí)訕E*有些(name下有兩個(gè)以上〕這時(shí)需要選擇DataPartitions的UnlinkSubstModels”4、選擇clockmodel選擇therelaxedmolecularclockmodels數(shù)據(jù)來(lái)自一個(gè)潛在的指數(shù)函數(shù)或?qū)?shù)正態(tài)分布。很多數(shù)據(jù)都是用到therelaxedmolecularclockmodelsIZLAM陌航11白n* TAmiMligkDcilftlTfJiR際隙站兩州4ClarkMnilFli Pndr^ □鹽rtE白n| hiCMfLlsckUnklRlime MveciJwCbEkNcdel bHruii HalepruimOocfe Clock-UicciimlUBdLmno.i i.口選擇適宜的分子鐘模型來(lái)估計(jì)速率的變化。5、tressTreepriors：我們比擬多的希望使用Yule模型，這是一個(gè)簡(jiǎn)單的模型通常是更適用于考慮序列不同的種類(lèi)。6、Priors在有數(shù)據(jù)的情況下，改變?cè)O(shè)置trmc〔丨的Priors,其他的參數(shù)設(shè)置大概估計(jì)不出現(xiàn)紅色即可。1&KAPan>G>on$ Stii 亍仲” QgkMo齢的 〒"虻|PrimI ■■時(shí)7 iwCmCPnorsF口r siamt-cs.FT|&rtoundDtkSMS(ffii-CiCHjJflirl-CWriipJNcrr*i!|&"3.5]皿"作】Effl-CiHICC^C知“齡iFIEHUrnftrt-CHirflpt?ft|rriHg榊卄“Wl*UEHgTree汗oriLISCm^asUtsQGhrtaron5戲rg傾p咤恰官門(mén)卩心訂網(wǎng)DrinMteIrteCmg/lwnititiTcf網(wǎng)179,?uniumcstiEforuxanseiHoraiCfirconeferrlftfdotretdr1mac±..Fi*牡汕忙松口S■Cam?[Ca05,*01.ntitl-l.Q[D.?lHKTMifcrfinion-irjrKTe吒術(shù)siranfEtratnartitcnrinrulLHr>thfl#m引wenC6*■Linfarm|<l.ILin^ul-ft.2!j1丄]|b.FEfrei<erM.+E>ufpdrtlkm-firsthiH.hrsmartilohaTLnr^rm|C.1.Q00Inrnku.jID.l.OQOlQsmnasha噸narsraewonDamnonhrqiHatdtwirflha!^略pg■Glnrri <oingifcl-L,0WEHKTPirfiiiiarr-rjfls-wTi+cfl gf 七secordMlf.iie^dh&lfJrrqiMn￡ci?昧岫p.il：[D.UbawwccxRhiLX,百粕■Unform|0.l.aDQInciil^O.3皿mwi副mrn占ibiap-E卩亀~日nrwue-ufpa-trijonsecondhafsucM.sbdw?ImMe何.i^l,ifita-C.]UnCUnr^liEFdgXjTEal昭同炬日CkxkSHlWOtpaEtlMUdd.mcjJiUwfafrn?l；rnftS-Lfi皿叫u龍廚qwiiriAKcdchxk皿日燦叫ErapMedo-l*U5HgTrptFfOf[Q.0|hekNhoi^hlofthatrn-rsfpaWMfiyult^rVijldCe*Unf-urm|dB?|.iFlfa-lC1丄前ralEibpELiicmpr-CLghSblflhuUtf口鈿血lfirIn-fttfnim時(shí)Emtanrm M?EMwhflM肝尊仲M(fèi)EMlM匸腳Wn?■Unform卜。5ThttcHMbnce吧rdiejofe^MUonmedctiajned^wuhitwlf?UM呻TtwvarliEonin ofew?&tvH3^ itwwherettdaodpariElori7、MCMCLengthofchain：取決于數(shù)據(jù)大小和質(zhì)量，系統(tǒng)默認(rèn)為10,000,000Lengthofchain：Echostatetoscreenevery和logparametersevery：多少的馬爾科夫鏈的參數(shù)顯不在屏幕上和記錄在日志文件中。前一個(gè)系統(tǒng)默認(rèn)為10,000這個(gè)數(shù)值不要低于10,000,不然會(huì)有一大堆沒(méi)用的數(shù)據(jù)出現(xiàn)在屏幕上，拖累了速度8輸出創(chuàng)立XML文件Fwiu価e土 曹普區(qū)心卩呼T<革UanM 字"*KkK CicekMexfreitTree% QpwicwFMCMCIijpnsjlhQiiirfri:Fillnamtiwm.

RunningBEASTRunBEAST參加文件為新建好的XML文件B￡ASTvlS.ABavesiar-EvcIuSonarvAnatysisSatTipllnigTrees

Vffrtionvl5.4.2aD2-2DWBEASTXWLpnmates-^rnlChcios弋FilWm.jRandomnumberseed:127OOS6443069ThreadpooltiieAutonnait^5riiirrKMlMlEU15riiirrKMlMlEU1□rur-GD.LJ1-min?12134imrulHiiiniL'^-Oirr^pilfl54古劣CA^nnrrj|i^rcupi?49J3XnnnalHWTUCiriMfl!34i&珂I5ZC蹈^ik.D^RMA4.5SM-2贖L.mu邪1z仲5、Nkm-?.flp]t-HPmm”?JS111.1S4rdMEEd比陋HlT.rSE-ZWZ.9孩EhaJLrraoeiue-fi<2Z.376Fk變&]；&11.364gird械Fkapa.ai4u賢[Ed口kfnqur-imD.177ILS如仲舊MJrtqu*規(guī)*2a庭加.泌■ti.?2j￡-2仙.MA費(fèi)CWdRET.rriqHWW5時(shí)Umi?EWuhiV]4573.314LKUJHtlfiJHJ5E-ZlkUsa^tvl>.WnW^i*AA璋:h.I'H[JM陪由吋0*4『：0喚rmi^ijriu-G.GJ5E-2IlBi41rkidiwf.d-mUiW'lnadl-EB94.T3I1%,iMOrYlfUtf.mALKB4HHUMM河| 2中紀(jì)ugi-CbSIFflEUHbb^V**AM±>giriJlD^nhrRr|/'J^rrt-UArglHAJ4m4iTiJbE*U&eB￡ACL￡libraryiFPreferuseofCPUPreferpreciskanSingle-ShowlistesfjvailjbleBEACLErciaurc?andQuitBEA￡LF獨(dú)』hilgh-perfianTiariCP■虹M礎(chǔ) IlhrdrvrKa.rc^nm.iki?u荘nfaddiEoral匚ornpulationalFesDurre^suchasgraphicsbeardsIImu^tbedownloadledandinsUHedundEpendentlyofBEAEThELU:;卩'SW占訂丄鹽一」M. J-ECEtCfcO-!：EtRun完以后出現(xiàn)兩個(gè)文件和XX.TreeAnalyzingtheresults使用Tracer軟件翻開(kāi)XX.log.txt查看結(jié)果TpioerTqentaiF4t iWK *□rmaMit.kqCDOOCNts.'.：■.SelectmeanRate去查看95%HPDTreeAnnotatorObtaininganestimateofthephylogenetictree=mcm亡貽氐/TreeAnnotatorObtaininganesti