如何使用檢索生物醫(yī)學(xué)文獻

如何使用檢索生物醫(yī)學(xué)文獻第1頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四PUBMED1、PUBMED簡介2、PUBMED的基本檢索功能3、PUBMED的高級檢索功能4、PUBMED的結(jié)果的處理第2頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四1.1什么是Pubmed？1.2Pubmed的發(fā)展過程1.3Pubmed的收錄范圍1.4Pubmed的記錄來源1.5Pubmed的常用字段1.6Pubmed檢索的特點1.7Pubmed界面1、PUBMED簡介第3頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四創(chuàng)建機構(gòu)：美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心（NCBI）摘要型(Abstract)的數(shù)據(jù)庫,提供文獻的線索特色：免費、收錄廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備、文摘庫、部分文獻可以免費獲得全文整合在NCBI的統(tǒng)一檢索平臺Entrez上，與該平臺其他數(shù)據(jù)庫建立無縫鏈接，可實現(xiàn)跨庫檢索1.1什么是PubMed？第4頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四1.2PubMed的發(fā)展歷程1997-1983-1971-1879-PubMed網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫Medline光盤數(shù)據(jù)庫Medline聯(lián)機檢索系統(tǒng)IndexMedlcus（IM）檢索期刊第5頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四收錄全世界80多個國家5200多種生物醫(yī)學(xué)期刊的文摘及題錄數(shù)據(jù)，涉及40多個語種

English4806（約占85%)Chinese69FrenchJapanese……絕大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年內(nèi)容涉及基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、護理學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、環(huán)境醫(yī)學(xué)、營養(yǎng)衛(wèi)生、職業(yè)病學(xué)、衛(wèi)生管理、醫(yī)療保健、微生物、藥學(xué)、社會醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域1.3PubMed的收錄范圍期刊論文發(fā)表時所用的語言第6頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四部分文獻可直接獲取全文，包括PubmedCentral（PMC，收錄期刊780余種）；NLM開發(fā)的免費生物醫(yī)學(xué)數(shù)字化期刊全文數(shù)據(jù)庫開放獲取（OpenAcess，OA）期刊部分出版商提供的免費文獻1.3PubMed的收錄范圍第7頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四MEDLINEIndexed1966年以來的MEDLINE已標引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，標記：[PubMed-indexedforMEDLINE]1.4PubMed的記錄來源第8頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四OLDMEDLINE1948-1965年間發(fā)表的200萬篇生物醫(yī)學(xué)文獻未標引，無MeSH字段，標記：[PubMed-OLDMEDLINE]1.4PubMed的記錄來源第9頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四MEDLINEInprocess由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未標引的數(shù)據(jù)只有簡單的書目及文摘信息，無MeSH字段標引后，獲得MeSH詞后，再加入MEDLINEIndexed標記：[PubMed-inprocess]1.4PubMed的記錄來源第10頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四Publisher-Supplied出版商提供的電子文獻題錄包括MEDLINE未收錄的部分記錄標記：[PubMed-assuppliedbypublisher]1.4PubMed的記錄來源第11頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四1.5PubMed的常用字段PubMed中供顯示和限定檢索用的字段共有60多個

字段標識字段名稱說明ABAbstract摘要ADAffiliation第一著者的單位和地址（包括E-mail地址）AUAuthorName著者CIUCommentin該字段中的文獻評論了本文獻CNCorporateAuthor合著者或團體著者CONCommenton該字段中的文獻是本文獻的評論對象DPPublicationDate出版日期GRGrantNumber經(jīng)費資助項目號、合同號IPIssue期刊的期號ISISSN國際標準連續(xù)出版物編號LALanguage語種MAJRMeSHMajorTopic主要MeSH詞，即有*的主題詞MHMeSHTermsMeSH詞（主題詞）NMSubstanceName化學(xué)物質(zhì)名稱OTOtherTerm非MeSH詞，NLM之外的機構(gòu)賦予的關(guān)鍵詞第12頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四1.5PubMed的常用字段字段標識字段名稱說明PGPagination文章所在期刊的頁碼PMIDPubMedUniqueIdentifierPubMed記錄識別號PLPlaceofPublication期刊出版地PSPersonalNameasSubject作為文獻主題的人名PTPublicationType文獻類型，包括期刊論文、綜述、臨床試驗、隨機對照試驗、病例報告、來信等SHMeSHSubheadingsMeSH副主題詞SOSource文獻出處TAJournalTitleAbbreviation刊名縮寫TITitle篇名TIABTitle/Abstract不用于顯示。用于對篇名和摘要字段進行檢索TWTextWords不用于顯示。用于以下字段的檢索：TI、AB、MH、SH、NM、PS、OT等字段VIVolume期刊卷號第13頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四系統(tǒng)特點：主題加工規(guī)范檢索方式靈活多樣免費提供題錄和文摘提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費獲?。┨峁z索詞自動轉(zhuǎn)換匹配1.6PubMed的檢索特點第14頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四檢索詞輸入框使用幫助常用工具更多服務(wù)1.7PubMed界面第15頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四PubMed題錄作者AU題名TI來源SOPubMed記錄類型（狀態(tài)）第16頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.1自動詞語匹配檢索2.2著者檢索2.3期刊檢索2.4短語精確檢索2.5截詞檢索2.6布爾邏輯檢索2.7限定檢索2.8日期或日期范圍檢索2、PUBMED基本檢索功能第17頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四輸入有實際意義的檢索詞，點擊“Search”，系統(tǒng)按照自動詞語匹配的原理進行檢索Pubmed最具特色的檢索功能之一智能化的檢索過程基本原理：對輸入的檢索詞，首先在多個索引詞表進行搜索、比對，并自動轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的MeSH主題詞、著者或刊名，再將檢索詞在allfields（所有字段）中檢索，并執(zhí)行“OR”邏輯運算。如有多個檢索詞或短語詞組，則繼續(xù)將其拆分為單詞后分別在allfields中檢索，單詞之間的邏輯關(guān)系為“AND”2.1自動詞語匹配檢索第18頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四SearchDetails框詳細顯示自動詞語匹配的實際檢索有較好的查全率，同時保證一定的查準率例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文獻，最簡單的方法是在檢索框中直接輸入Heartattackaspirin三個詞2.1自動詞語匹配檢索第19頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四轉(zhuǎn)換后的檢索式可進行修改第20頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四三種方法：一.在檢索框中輸入著者姓名，Pubmed自動執(zhí)行著者檢索一般姓在前名在后，姓用全稱，名用首字母例如，輸入SmithSR可檢索出姓為Smith，名的首字母為SR的所有著者的文獻2002年以后的文獻，Pubmed可實現(xiàn)對姓名全稱的檢索，而且姓名排列順序不限例如，輸入SmithSR的姓名全稱StevenRSmith，可檢索出2002年以來該著者被Pubmed收錄的文獻。2.2著者檢索第21頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四二.通過字段限定檢索及組合檢索也可實現(xiàn)更精確的著者檢索例如，輸入SmithSR[1AU]可檢索出第一著者為SmithSR的文獻三.通過“Advanced”中的“Author”限定，可以檢索該作者的文獻2.2著者檢索第22頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四四種方法：一.利用PubMed自動詞語匹配功能，其輸入規(guī)則是：期刊全名、MEDLINE期刊縮寫名、ISSN號（例如1671-3982）三種形式中的任何一種形式均可。例如：CancerRES。如果期刊刊名正好與MeSH詞相同，例如cell、science等，PubMed將這些詞作為MeSH詞檢索。2.3期刊檢索第23頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四二是利用期刊字段限定檢索，其輸入規(guī)則是：在刊名之后加上刊名字段符。例如：CancerRES[TA]。三是通過“Advanced”中的“Journal”，可以檢索該刊發(fā)表的文獻。四是通過“JournalsinNCBIDatabases”，查找到該刊后，再選定該刊，發(fā)送到檢索框進行期刊檢索。2.3期刊檢索第24頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第25頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.4短語精確檢索對檢索詞加上雙引號（英文狀態(tài)）進行強制檢索短語精確精確檢索時，Pubmed關(guān)閉自動詞語匹配功能例如：檢索框中輸入“traditionalChinesemedicine”，PubMed將“traditionalChinesemedicine”作為一個不可分割的短語在數(shù)據(jù)庫的所有可檢索字段中進行檢索。

第26頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.4短語精確檢索第27頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.4短語精確檢索第28頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四結(jié)果對比Traditionalchinesemedicine“Traditionalchinesemedicine”第29頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.5截詞檢索在檢索詞后加“*”可實現(xiàn)截詞檢索，以提高查全率，對詞根或詞尾略有變化的詞進行檢索時需要應(yīng)用截詞檢索。截詞檢索時，Pubmed關(guān)閉自動詞語匹配功能，PubMed允許使用“*”進行右邊截詞檢索。如：“viru*”，檢索以viru開頭的單詞，immun*，可以檢出immune、immunologic等詞。如果單詞數(shù)量大于600，則PubMed自動提示延長詞干。截詞功能只限于單詞，對詞組無效。第30頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第31頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.6布爾邏輯檢索邏輯運算符號主要有“AND”、“OR”、“NOT”，分別表示“邏輯與”，“邏輯或”，“邏輯非”。AANDBAORBANOTB第32頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.6布爾邏輯檢索直接輸入幾個檢索詞，系統(tǒng)默認詞之間是AND的邏輯組配關(guān)系邏輯運算符號的順序為從左至右，可以用全括號來改變其運算順序。第33頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.7限定檢索限定檢索功能是對上一次檢索操作結(jié)果進行限定。限定檢索將限定在MEDLINE數(shù)據(jù)庫中進行。限定檢索結(jié)束后，需要將限定取消，點擊“Clearall”。選擇條件就是點擊選中限定選項。PubMed可限定內(nèi)容包括：字段、文獻類型、語種、日期、子集（Subsets）限定等。第34頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第35頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四2.8日期或日期范圍檢索可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，系統(tǒng)會按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DD[DP],可以只寫年如：1999/09/08[DP]:出版日期為1999年9月08日期范圍用冒號鏈接如：2004/01:2004/06[DP]

日期字段有三個[DP]、[EDAT]、[MHDA]第36頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四3.1檢索史3.2組合檢索3.3主題詞檢索3.4期刊數(shù)據(jù)庫檢索3.5其他檢索服務(wù)3、PUBMED高級檢索功能第37頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第38頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四3.1檢索史SearchHistory檢索史，包括檢索式序號、檢索提問式、檢索時間及檢索結(jié)果數(shù)單擊檢索式序號，顯示Options選項，可執(zhí)行AND、OR、NOT、Delete（刪除檢索式）、SaveinmyNCBI（把檢索式保存在MyNCBI）等不同操作檢索史最多保留8小時第39頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第40頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四3.2組合檢索組合檢索可實現(xiàn)多個字段的邏輯組配檢索在之前的檢索基礎(chǔ)上可以序號形式參與運算。如：#1AND#2、#3OR#4等。第41頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第42頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第43頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四3.3MESH主題詞檢索PubMed記錄中的醫(yī)學(xué)主題詞(MeSH,MedicalSubjectHeadings)是由標引員為PubMed中的Medline文獻所人工指定的詞，主題詞對同一概念的不同表達方式進行了規(guī)范。PubMed能自動地為輸入的檢索詞尋找相應(yīng)的MeSH詞用戶利用一個MeSH詞能找出所有有關(guān)該主題的文獻不同拼寫：leukemia(s),leukaemia(s)→leukemia同義詞：cancer(s),

tumor(s),tumour(s),neoplasm(s)→neoplasms第44頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四3.3MESH主題詞檢索一篇文章可有多個MeSH詞主題詞可以組配相應(yīng)的副主題詞主題詞的樹狀結(jié)構(gòu)表：系統(tǒng)默認對含有下位概念的主題詞進行擴展檢索注意：MeSH主題詞檢索，只檢索來源于MEDLINE的文獻，不檢索PubMed其他來源的文獻(suppliedbypublisher)，且未經(jīng)MeSH主題詞標引的文獻檢索不到(inprocess、OLDMEDLINE)第45頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四SubHeadings副主題詞副主題詞（subheadings）是用于對主題詞做進一步限定的詞語。如某一疾病的診斷、治療，某種藥物的毒性、副作用等。目前有83個副主題詞并非每個主題詞都能和83個副主題詞組配。第46頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四二.PUBMED使用指南主題詞（MeSH）檢索的具體方法和步驟如下：第47頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第48頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四副主題詞主要主題詞（加權(quán)）擴展檢索樹狀結(jié)構(gòu)第49頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第50頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四二.PUBMED使用指南檢索結(jié)果：第51頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四主題詞檢索注意問題①當課題含有多個主題詞時，在MeSHDatabase中的操作往往需要重復(fù)多次。②進入到主題詞細節(jié)頁面時，要多注意主題詞的上位詞和下位詞情況，看看是否有更加合適的主題詞。③同時選多個副主題詞時，其間的邏輯關(guān)系是OR。④系統(tǒng)默認對下位主題詞進行擴檢，若不需要，可勾選。第52頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四3.4期刊數(shù)據(jù)庫檢索期刊數(shù)據(jù)庫檢索可查詢PubMed及Entrez平臺其他數(shù)據(jù)庫所收錄的期刊信息提供Topic、刊名全稱、Medline刊名縮寫、ISSN等檢索途徑，也可以按學(xué)科（SubjectTerms）進行瀏覽第53頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第54頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四可以看到刊名、刊名縮寫、出版社、語種、ISSN等期刊詳細信息哦！第55頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四檢出該刊的文獻信息第56頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四3.4期刊數(shù)據(jù)庫檢索按學(xué)科瀏覽數(shù)據(jù)庫期刊

在JournalsinNCBIDatabases檢索頁面用戶還可以獲得包括PubMed收錄期刊一覽表在內(nèi)的EntrezJournals以及PubMed鏈接全文網(wǎng)址的電子期刊一覽表。

第57頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四護理學(xué)，點擊可看到數(shù)據(jù)庫收錄的這一學(xué)科相關(guān)的所有期刊第58頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四（1）JournalsinNCBIDatabases（期刊數(shù)據(jù)庫）（2）MeshDatabase（醫(yī)學(xué)主題詞數(shù)據(jù)庫）（3）CitationMatcher（引文匹配器）（4）ClinicalQueries（臨床查詢）（5）Topic-SpecialQueries（特定查詢）（6）LinkOut（外部鏈接）（7）MyNCBI（我的NCBI）3.5其他檢索服務(wù)第59頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四ClinicalQueries（臨床查詢）是專門為臨床醫(yī)生設(shè)計的搜索引擎。包括ClinicalStudyCategory（臨床問題目錄）、SystematicReviews（系統(tǒng)評價）和MedicalGenetics(醫(yī)學(xué)遺傳學(xué))三類檢索功能。ClinicalQueries（臨床查詢）第60頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四①ClinicalStudyCategory列有臨床醫(yī)生常用的類目，如therapy（治療）、diagnosis（診斷）、etiology（病因）和prognosis（預(yù)后）等。在檢索框內(nèi)輸入檢索詞，然后選擇上述類目即可，同時可以根據(jù)需要選擇強調(diào)查全率（“broad，sensitivesearch”）還是查準率（“narrow，specificsearch”）。②SystematicReviews

（系統(tǒng)評價）功能專門用來檢索經(jīng)專家評價過的質(zhì)量高的循證醫(yī)學(xué)文獻;提供檢索疾病的SystematicReviews（系統(tǒng)評價）、meta-analysis（meta分析）、Reviewsofclinical（臨床試驗評論）和evidence-basedmedicine（循證醫(yī)學(xué)）等方面的文獻。③MedicalGenetics：供檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)方面的文獻。ClinicalQueries（臨床查詢）第61頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四

ClinicalQueries利用內(nèi)在的過濾器使其檢索結(jié)果更加貼近臨床的需要。如果用戶需要查閱的并不僅僅局限于臨床，也包括基礎(chǔ)研究，則不應(yīng)該使用這個檢索引擎。

ClinicalQueries（臨床查詢）第62頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第63頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四

是針對不同的用戶，不同的學(xué)科專題以及不同類型的期刊而設(shè)立的專項信息的檢索服務(wù)。例如特設(shè)了AIDS（艾滋病）、Bioethics（生物倫理）、Cancer（癌癥）、ComplementaryMedicine（替代醫(yī)學(xué)）、healthliteracy（健康素養(yǎng)）等專題檢索。Topic-SpecialQueries（特定查詢）

第64頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四第65頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四提供個性化服務(wù)，非常實用的文獻管理工具，可以對存儲的檢索策略進行自動更新檢索并將檢索結(jié)果發(fā)送到指定的E-mail郵箱，還可以對檢索結(jié)果設(shè)定Filter（過濾器）和LinkOut等。進入MyNCBI，首先免費注冊，獲得用戶名和密碼，可以管理在NCBI所有數(shù)據(jù)庫的檢索過程及檢索結(jié)果，追蹤了解所在研究領(lǐng)域的最新進展MyNCBI（我的NCBI）第66頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四首頁登錄注冊第67頁，共73頁，2023年，2月20日，星期四保存檢索策略及Email定期自動更新檢索結(jié)果保存檢索結(jié)果過濾檢索結(jié)果MyMCBI的過濾器（Flite）提供了個性化的檢索結(jié)果過濾功能建立個人書目記錄（MyBibliography）及其他感興趣著者的文獻記錄（O