堿基密碼子進化突變穩(wěn)定性詳解演示文稿

堿基密碼子進化突變穩(wěn)定性詳解演示文稿本文檔共28頁；當(dāng)前第1頁；編輯于星期六\8點36分優(yōu)選堿基密碼子進化突變穩(wěn)定性本文檔共28頁；當(dāng)前第2頁；編輯于星期六\8點36分3.序列的平均長度：4.信息量的極大化利用拉格朗日未定乘子法：化簡可得：本文檔共28頁；當(dāng)前第3頁；編輯于星期六\8點36分n足夠大，N為一特定常數(shù)，有：遺傳信息的可復(fù)制性，堿基數(shù)N為偶數(shù)且一半嘌呤，一半嘧啶。接下來考慮結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性：1.假設(shè)進化是以單堿基突變?yōu)橹饕问?，突變有兩種：

a.轉(zhuǎn)換突變、b.顛換突變本文檔共28頁；當(dāng)前第4頁；編輯于星期六\8點36分轉(zhuǎn)換突變：嘌呤與嘌呤之間或嘧啶與嘧啶之間顛換突變：嘌呤與嘧啶之間自對的突變率很小，例如A-A本文檔共28頁；當(dāng)前第5頁；編輯于星期六\8點36分2.突變頻率為：這里K是一個密碼字內(nèi)堿基數(shù)目，a、b分別是轉(zhuǎn)換和顛換突變常數(shù)。3.若氨基酸的數(shù)目為L，給定L下的突變率M：本文檔共28頁；當(dāng)前第6頁；編輯于星期六\8點36分17≤L≤6465≤L≤256N=200N=4K(=3)K(=4)N=62K(=2,3)2K(=3,4)N=83K(=2)3K(=3)N=104K(=2)4K(=2,3)本文檔共28頁；當(dāng)前第7頁；編輯于星期六\8點36分討論1.N=4的穩(wěn)定性是最高的，N=6次穩(wěn)定。2.當(dāng)L≤36，6種堿基的二聯(lián)體（K=2）作為密碼子來編碼氨基酸，穩(wěn)定性也相當(dāng)高。3.實驗已發(fā)現(xiàn)某些類嘌呤和類嘧啶物質(zhì)也可構(gòu)成堿基對，因此這種密碼系統(tǒng)需要注意。4.或者進化從原有基礎(chǔ)上(N=4,K=3)擴展為(N=6,K=3)，即保持三聯(lián)體編碼的道路。本文檔共28頁；當(dāng)前第8頁；編輯于星期六\8點36分二、遺傳密碼的簡并規(guī)則遺傳密碼的極高普適性和內(nèi)在單純性說明了密碼表的構(gòu)成遵循一定的邏輯。我們試圖從進化穩(wěn)定性的角度說明現(xiàn)有密碼表的結(jié)構(gòu)，即討論每一氨基酸和終止密碼在密碼表上的排布：

1.每一多重態(tài)的簡并規(guī)則；（局部性）

2.多重態(tài)如何分布在密碼表上。（整體性）本文檔共28頁；當(dāng)前第9頁；編輯于星期六\8點36分本文檔共28頁；當(dāng)前第10頁；編輯于星期六\8點36分由密碼表觀察到：1.二度簡并密碼子分布在方塊的上方或下方，2.四度簡并密碼子占據(jù)整個方塊，3.三度密碼子也僅在16方塊中的一塊，即密碼子1，2位相同，3位是突變。4.終止密碼子三度簡并。5.六度簡并密碼子是一個四度加一個二度。本文檔共28頁；當(dāng)前第11頁；編輯于星期六\8點36分討論密碼子的簡并規(guī)則前提假設(shè)：

發(fā)展總是向穩(wěn)定化方向前進，即現(xiàn)在的密碼表是目前最穩(wěn)定的，能夠抵抗堿基突變干擾；

對于每一假想密碼子多重態(tài)，可定義一個突變危險性系數(shù)(mutationaldeterioration,MD),代表這個多重態(tài)受到突變干擾的頻率和引起的危險性。本文檔共28頁；當(dāng)前第12頁；編輯于星期六\8點36分MD的極小化可確定密碼的簡并規(guī)則。突變危險性系數(shù)包括三類：a.單堿基轉(zhuǎn)換突變(U?C,G?A)，系數(shù)u；b.單堿基顛換突變(U?A,G?C,C?A,U?G)，系數(shù)v；c.附加擺動突變系數(shù)wu,wv

只對密碼子第三堿基有效本文檔共28頁；當(dāng)前第13頁；編輯于星期六\8點36分1966年，Crick根據(jù)立體化學(xué)原理提出擺動學(xué)說，解釋了反密碼子中某些稀有成分（如I）的配對。擺動學(xué)說認(rèn)為，在密碼子與反密碼子的配對中，前兩對嚴(yán)格遵守堿基配對原則，第三對堿基有一定的自由度，可以“擺動”，因而使某些tRNA可以識別1個以上的密碼子。本文檔共28頁；當(dāng)前第14頁；編輯于星期六\8點36分前提假定4v>u>2vwv>u-vwu-wv>u+vwu<4wv危險性方面，轉(zhuǎn)換突變大于顛換突變，擺動突變最大，特別是轉(zhuǎn)換擺動突變本文檔共28頁；當(dāng)前第15頁；編輯于星期六\8點36分以下標(biāo)志描述兩密碼子位置關(guān)系：不相鄰轉(zhuǎn)換相鄰(第3位)顛換相鄰(第3位)轉(zhuǎn)換相鄰(第1，2位)顛換相鄰(第1，2位)本文檔共28頁；當(dāng)前第16頁；編輯于星期六\8點36分MD(2)=c2=6u+12v+2wu+4wvMD(2)=c2-2uMD(2)=c2-2vMD(2)=c2-2v-2wvMD(2)=c2-2u-2wu二度簡并密碼子突變極小化本文檔共28頁；當(dāng)前第17頁；編輯于星期六\8點36分由于u>v且u+wu>v+wv因此即二密碼子簡并取轉(zhuǎn)換相鄰。目前，9個二度簡并都屬于此。MD(2)=c2-2u-2wu最小本文檔共28頁；當(dāng)前第18頁；編輯于星期六\8點36分MD(3)=c3=9u+18v+3wu+6wvMD(3)=c3-2u-4v-2wu-4wv三度簡并密碼子突變極小化突變危險性最小情況：Ile的三度密碼子簡并屬于此種情況。由于u>v且u+wu>v+wv，2wv>u-2v本文檔共28頁；當(dāng)前第19頁；編輯于星期六\8點36分MD(4)=c4=12u+24v+4wu+8wvMD(4)=c4-4u-8v-4wu-8wv四度簡并密碼子突變極小化突變危險性最小情況：5個四度密碼子簡并均屬于此種情況。由于u>v且u+wu>v+wv，2wv>u-2v本文檔共28頁；當(dāng)前第20頁；編輯于星期六\8點36分總突變危險性：MD(5)=c5=15u+30v+5wu+10wvMD(5)=c5-6u-8v-4wu-8wv五度簡并密碼子突變極小化突變危險性最小情況：若存在五度兼并密碼子，必屬于此種情況。由于u>v且u+wu>v+wv，2wv>u-2v本文檔共28頁；當(dāng)前第21頁；編輯于星期六\8點36分總突變危險性：MD(6)=c6=18u+36v+6wu+12wvMD(6)=c6-10u-8v-6wu-8wv六度簡并密碼子突變極小化突變危險性最小情況：由于u>v且u+wu>v+wv，2wv>u-2vLeu本文檔共28頁；當(dāng)前第22頁；編輯于星期六\8點36分MD(6)=c6-6u-12v-6wu-8wv突變危險性次小情況：ArgMD(6)=c6-6u-8v-6wu-8wv突變危險性第三小情況：Ser本文檔共28頁；當(dāng)前第23頁；編輯于星期六\8點36分終止密碼子突變危險性由于密碼子不與tRNA相互作用，故不引入擺動突變。MD(3)=c3=9u+18vMD(3)=c3-4u=5u+18v突變危險性最小情況：終止密碼子簡并屬于此種情況。本文檔共28頁；當(dāng)前第24頁；編輯于星期六\8點36分從極小MD到次小MD的距離dMD(2)=2(wu-wv+u-v)dMD(3)=2(2wv-u+2v)dMD(4)=4(2wv-u+2v)本文檔共28頁；當(dāng)前第25頁；編輯于星期六\8點36分dMD(6Leu,Arg)=4(u-v)dMD(6Leu,Ser)=4u除六重態(tài)外，其它態(tài)的“基態(tài)”比“激發(fā)態(tài)”穩(wěn)定的多。而六重態(tài)的三個氨基酸接近于簡并，因此可解釋6重態(tài)的分布。本文檔共28頁；當(dāng)前第26頁；編輯于星期六\8點36分u=2.5v,wu=9v,wv=2.5vdMD(2)MDmin(2)dMD(3)MDmin(3)dMD(4)MDmin(4)dMD(6,Arg)MDmin(6)dMD(6,Ser)MDmin(6)50%20%50%10%17%這樣，我們從一個統(tǒng)一的觀點解釋了各種簡并度的氨基酸和終止密碼