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第七章細菌和病毒的遺傳細菌和病毒都是低等生物,在遺傳研究中作用很大,是現(xiàn)代遺傳學研究基因結(jié)構與表達的好材料,也是遺傳工程直接的操作對象?!?.細菌和病毒研究的遺傳意義一、細菌(germ)

細菌屬原核生物,體積小,結(jié)構簡單,有核物質(zhì)沒有核結(jié)構,并且大多數(shù)細菌的染色體是裸露的雙鏈環(huán)狀DNA分子,沒有蛋白質(zhì)結(jié)合。如大腸桿菌(EscherichiaColi通??s寫為E.Coli)在現(xiàn)代遺傳學和微生物遺傳學的研究中應用廣泛,是基因克隆的最好工具。大腸桿菌的DNA以單個主染色體的形式出現(xiàn),其分子長約1100μm,分子量約2.6×109。這種DNA不與組蛋白結(jié)合,也不形成核小體,是一個封閉的大環(huán),沒有起點和終點。除了主染色體之外,細胞里通常還具有一個或多個小染色體,人們通常把小染色體叫質(zhì)粒,也是一個雙鏈DNA小環(huán),也不與組蛋白結(jié)合。細菌培養(yǎng)有兩種方法:一是液體培養(yǎng)基培養(yǎng),二是固體表面培養(yǎng)基培養(yǎng)(瓊脂)。在適當條件下培養(yǎng),20分鐘可繁殖一代,一晝夜便可達到肉眼能看得見的菌落(107個細菌)。

基本培養(yǎng)基:僅能滿足微生物野生型菌株生長需要的培養(yǎng)基。無機鹽、水、有機、生長調(diào)節(jié)物質(zhì)等。

細菌的突變型:1.營養(yǎng)缺陷型:野生型(即原養(yǎng)型)在基本培養(yǎng)基中能合成所需要的各種物質(zhì),某基因突變以后,就成為營養(yǎng)缺陷型(突變型),營養(yǎng)缺陷型為致死突變,在基本培養(yǎng)基中必須添加缺陷的營養(yǎng)物質(zhì)才能存活,這類基因一般取前3個字母,原養(yǎng)型在字母后加上標“+”,突變型不加或加“-”。2.抗性突變型:野生型對一些抗菌素或噬菌體(bacteriophage,通??s寫為phage)敏感,有關基因突變后,就成為抗某種抗菌素或某種噬菌品系,成抗性突變型,在培養(yǎng)基中添加某種抗菌素能把野生型的殺死,但不能殺死抗性突變型。3.分解代謝功能突變型:野生型的能將一些較復雜的營養(yǎng)物質(zhì)分解,如乳糖、氨基酸、脂肪酸等,擔負這些功能的基因發(fā)生突變以后,就會喪失分解這些物質(zhì)的能力。

萊德伯格(Ledeberg,J)等人設計的印影培養(yǎng)法就是鑒定突變的一種方法:先將待測的細菌在母板上培養(yǎng)成菌落,母板上采用完全培養(yǎng)基,也不添加抗菌素,突變型和野生型均可繁殖,菌落培養(yǎng)成以后,用一塊比培養(yǎng)基略小的木板,包上一層嚴格消毒的絲絨布,印在母板上,菌落上的細菌吸附在絲絨布上,再把這塊包著絲絨的木板分別印在各種不同的添加培養(yǎng)基因上,分析各培養(yǎng)基上菌落的形成,在缺乏某種物質(zhì)的培養(yǎng)基上不能形成菌落,或者添加某種phage能生長,即為某種缺陷型或抗某phage的突變型。二、病毒病毒是靠寄生生活,根據(jù)宿主的類型又分為三種病毒:植物病毒、動物病毒和菌類病毒。噬菌體(phage)是細菌病毒。目前人們對phage了解較多,phage的遺傳物質(zhì)分為單鏈DNA、單鏈RNA、雙鏈DNA和雙鏈RNA。三、細菌和病毒在遺傳研究中的優(yōu)越性1.世代周期短:細菌在適宜的溫度下20min可繁殖一代,病毒更快,不到10min便可繁殖一代。2.便于管理和生化分析:個體小,一般在1μm至幾μm之間,操作管理方便。3.便于研究基因的突變:單倍體生物,不存在顯性掩蓋隱性問題,顯隱性突變均能表現(xiàn)出來。裸露的DNA分子(有的病毒為RNA分子),易受環(huán)境條件的影響而發(fā)生突變;4.便于研究基因的作用:影印培養(yǎng),易檢出營養(yǎng)缺陷型突變,有利于從生化角度來研究基因的作用。5.便于研究基因重組:細菌具有轉(zhuǎn)化、接合、性導和轉(zhuǎn)導作用,可以進行精密的遺傳學分析。6.便于研究基因結(jié)構、功能及調(diào)控機制:細菌和病毒的遺傳物質(zhì)簡單,易于進行基因定位、結(jié)構分析和分離,基因的表達調(diào)控也適于采用生理生化的方法進行深入研究。

7.便于進行遺傳操作:染色體結(jié)構簡單,沒有組蛋白和其它蛋白的結(jié)合,更宜于進行遺傳工程的操作。

第二節(jié)噬菌體的遺傳分析一、噬菌體的結(jié)構噬菌體是一種細菌病毒,結(jié)構非簡單,蛋白質(zhì)外殼內(nèi)包裹著DNA(雙鏈、單鏈、線性、環(huán)狀等)。遺傳學研究中應用最多是T噬菌體系列,通常應用T1~T7。它們的結(jié)構大同小異,外貌似蝌蚪。T偶列噬菌體(T2、T4、T6)頭部呈六角形,為蛋白質(zhì)外殼和內(nèi)含的DNA雙鏈分子,頭下的尾部包括一個中空的針狀結(jié)構及外鞘,末端是基板,由尾絲及尾針組成,T偶列噬菌體將尾絲附著在E.Coli的表面,通過尾鞘的收縮將噬菌體的DNA注入到E.Coli細胞中。噬菌體DNA注入細胞以后,對宿主細胞的影響不同,通常分為兩類:1.烈性噬菌體:DNA注入宿主以后,快速復制,組裝成許多新的子噬菌體,并使細菌細胞裂解,將噬菌體釋放出來,再重新侵染E.Coli細胞。稱為裂解途徑。2.溫和性噬菌性:溫和性噬菌體具有溶源性,即不使宿主的細胞裂解,形成共生狀態(tài),隨著宿主細胞染色體的復制而復制,分裂而分裂,能夠相安共存,一個子細胞中有一份噬菌體拷貝,這種途徑稱為溶源途徑。溫和性噬菌體又有兩種類型:

①λ噬菌體;②P噬菌體。

λ-phage侵入宿主細胞以后,細菌不裂解附在E.coli染色體上的gal(半乳糖)和bio(生物素)位點間的attλ座位上

通過交換整合到細菌染色體上,并能阻止其它λ噬菌體的超數(shù)感染。

P1-phage代表P類噬菌體,這類噬菌體的DNA進入宿主細胞以后不整合到宿主細胞的染色體上,獨立存在和宿主共生。這兩類噬菌體的共同特點是不大量復制、轉(zhuǎn)錄和翻譯,這類噬菌體往往只有一個或少數(shù)幾個基因表達,產(chǎn)生阻遏物,使其它基因被關閉不能表達。

λ-phage通過一些誘導因素如紫外線(UV)、溫度改變、烈性噬菌體的誘導,可使關閉的基因表達,成為烈性噬菌體,進入裂解途徑。

二、T2噬菌體的基因重組與作圖赫爾歇將他研究的phage性狀分為兩類:1.侵染E.Coli細胞時,細胞裂解形成的噬菌斑形態(tài),如斑的大小、斑的邊緣清晰或模糊。2.為宿主細胞的反應,或宿主范圍。如宿主細胞的抗裂解能力,不同基因型有不同的表現(xiàn)型。T2-phage侵染E.Coli時:

T2-phage的性狀:

野生型:r+噬菌斑小而邊緣模糊

突變型:r-噬菌斑大而邊緣清晰E.Coli的性狀:B株突變→B/2株抗T2-phage

phage野生型h+:能侵染E.ColiB株,不能侵染B/2株突變型h-:能侵染E.ColiB株和B/2株兩種h-r+噬菌斑小,能侵B株和B/2株h+r-噬菌斑大,只能侵染B株

將兩種phage雜交將這兩種phage雙重侵染E.ColiB株(不能一先一后,必須是同時),這兩種phage親本的DNA分子在宿主細胞內(nèi)重組:可以形成四種基因型的phage,接種在B株和B/2株混合培養(yǎng)基中,

表現(xiàn)為:h+r-半透明大噬菌斑

親本類型h-r+透明小噬菌斑h+r+半透明小噬菌斑

重組類型h-r-透明大噬菌斑將觀察結(jié)果記錄下來,計算重組值:重組值去掉百分號即為cM,為這兩個基因的遺傳距離。這種方法也可以采用另一個類似的過程,叫轉(zhuǎn)染(trancfection),經(jīng)過特殊處理的細菌細胞可以直接吸收裸露的DNA分子,不同的DNA分子在宿主細胞中同樣也可以復制和重組,也可以計算RF值。例溶菌性噬菌體控制溶菌速度的有三個基因,分別為、、,這三個基因突變型、、的溶菌速度不同,可以分別測得這三個基因與h基因的距離。由表7-2可知:ra-h(huán)之間RF=24%rb-h(huán)之間RF=12.3%rc-h(huán)之間RF=1.6%那么,這四個基因在環(huán)狀染色體上可以有四種排列方式是哪一種排列方式,還必須通過進一步的實驗來確定,可先考慮三個基因:rb、rc及h的排列順序:是rchrb還是hrcrb,為此需作×,求得RF值。如RFb.c=RFh.b+RFh.c為rbhrcRFb.c=RFh.b-RFh.c則為hrb

rc在這里實際測得RFb.c=RFh.b+RFh.c

∴h應位于rb及rc之間,排列順序rc-h(huán)-rb。

那么ra在h基因的左或是右,答案是都可以,因為是環(huán)狀的染色體。

rarbrchhh2412.31.6rarararahhhhrbrbrbrbrcrcrcrc三、λ-phage的基因重組與作圖和高等動、植物一樣,phage也可以進行三點基因定位,原理同高等動、植物。如凱澤(Kaiser,A·D,1955)的試驗,對三個基因進行基因定位,這三個基因是:S突變體產(chǎn)生小噬菌斑。Co1突變體產(chǎn)生中央不透明,周圍透明的噬菌斑mi突變體產(chǎn)生微?。ū萐突變體更?。┦删邔Co1mi×+++在這里和前面講的三點測驗的方法相似。雙交換最少,親本類型最多,兩種單交換類型不最少也不最多,中等。1.先確定這三個基因的排列順序。雙交換類型S+mi

親本類型SCo1mi

+Co1+

+++Co1在中間S-Co1∶RF

=3.76%3.76cMRF

=6.16%6.16cM

co1mis3.766.16幾種類型的培養(yǎng)基要搞清:

基本培養(yǎng)基:只含有一些簡單大營養(yǎng)物質(zhì),如碳源、水和少量的生物素,不加抗生素或噬菌體等。野生型的可以生長。完全培養(yǎng)基:基本培養(yǎng)基添加生活必需的各種營養(yǎng)物質(zhì),但不加抗生素或噬菌體等。野生型和突變型的都能生活選擇培養(yǎng)基:基本培養(yǎng)基增加一種營養(yǎng)物質(zhì)或添加某一種抗生素、噬菌體等??蛇x擇和鑒定某種營養(yǎng)缺陷型或抗性突變型。

。第3節(jié)細菌的遺傳分析細菌DNA的重組有四種方式:轉(zhuǎn)化、接合、性導和轉(zhuǎn)導。這幾種方式的重組有三個共同點:①供體DNA單方向轉(zhuǎn)入受體細胞。②供體DNA在受體細胞中都形成階段或部分二倍體。③基因只有整合到環(huán)狀染色體上才能穩(wěn)定遺傳。一、轉(zhuǎn)化(transformation)轉(zhuǎn)化:指受體細胞通過細胞膜從周圍介質(zhì)中直接吸收DNA片段,并整合到本身的染色體上,使本身的基因型和表現(xiàn)型發(fā)生相應變化的現(xiàn)象。轉(zhuǎn)染:離體狀態(tài)的噬菌體核酸改變受體的遺傳組成。是轉(zhuǎn)化的一種特殊形式。轉(zhuǎn)染進入細胞的是完整的核酸,一般不整合到受體的染色體上。轉(zhuǎn)化因子(transformingprinciple):起轉(zhuǎn)化作用的DNA片段,提供DNA分子或片段的為供體,接受DNA分子或片段的為受體。轉(zhuǎn)化實驗首先是由格瑞費斯(Griffith,F,1928)在肺炎雙環(huán)球菌中發(fā)現(xiàn)的,后來阿委瑞(Avery,O·T,1944)等又從分子水平上得到證實,轉(zhuǎn)化因子是DNA,這就證明了遺傳物質(zhì)是DNA,而且表明轉(zhuǎn)化是細菌基因重組的一種形式(參考第三章)。轉(zhuǎn)化試驗主要用3種細菌研究:1、肺炎雙環(huán)球菌2、枯草桿菌3、流感嗜血桿菌。。不同類型的細菌在培養(yǎng)基中共培養(yǎng)可以形成重組型細菌,如兩個具有不同抗性的細菌群體混合培養(yǎng)

,可以發(fā)現(xiàn)帶有雙抗性的細菌。這主要是由于細菌裂解后,DNA留在培養(yǎng)基中,其它細胞可以攝取這些DNA片斷,使其本身的基因型發(fā)生了變化。這種轉(zhuǎn)化的發(fā)生,大約有1%的受體細胞可以吸收外源DNA??莶輻U菌可以將DNA直接分泌到活細胞表面,更有利于轉(zhuǎn)化的發(fā)生細菌細胞的轉(zhuǎn)化(一)供體DNA與受體細胞間的接觸與互作轉(zhuǎn)化的第一步是供體DNA與受體細胞接觸,并發(fā)生互作。受體細菌細胞并非任何區(qū)域都允許外源DNA片段通過,而只是在特定區(qū)域形成臨時性通道,這種特定區(qū)域稱為受體位點,當供體DNA與受體細胞發(fā)生互作時,結(jié)合的部位就是受體位點。在受體細胞表面這種位點存在的數(shù)目是有限的,當DNA分子濃度提高時,由于受到受體細胞受體位點的限制,轉(zhuǎn)化率也不會再提高,另外受體細胞還要處于感受狀態(tài),才允許外源DNA進入受體。轉(zhuǎn)化率受轉(zhuǎn)化片段的大小、形態(tài)、供體DNA分子多少的影響,如肺炎雙環(huán)球菌的供體DNA分子要有800bp以上,枯草桿菌最少要有16000bp,否則,達不到轉(zhuǎn)化作用。在供體DNA片段的數(shù)量較少時,轉(zhuǎn)化率會隨著DNA分子的增加而提高,表現(xiàn)為正相關關系,如果足夠多時,受到受體位點數(shù)目的影響,也不會再提高。(二)、供體DNA的攝取與整合DNA分子的攝取與整合過程有以下幾個點:1.結(jié)合與穿入(bindingandpenetration):

當細菌細胞處于感受態(tài)時,具有一定長度的雙鏈的DNA分子可以結(jié)合在受體位點,這種結(jié)合,剛開始時是可逆的,有時被核酸酶降解,有時會被沖洗下來,但這階段時間很短,一般只有4~5秒。一旦結(jié)合位點達到飽和狀態(tài),即阻止其它DNA分子的結(jié)合。

結(jié)合在受體位點的DNA分子,經(jīng)過很短時間即達到穩(wěn)定狀態(tài),隨后被細胞縱向攝取,這個過程是不可逆的,并不受培養(yǎng)基中的DNA酶破壞,供體DNA在受體位點被受體DNA外切酶或DNA移位酶將雙鏈DNA分子中的一條鏈降解,并利用降解產(chǎn)生的能量將另一條鏈拉入受體細胞。

2.聯(lián)會(synapsis):供體的單鏈DNA片段進入受體細胞以后,尋找和其具有同源性的染色體部位形成階段二倍體,這種同源性取決于供體細胞與受體細胞的親緣關系,親緣關系越近越容易找到同源部位。3.整合(integration):階段二倍體可以通過交換,置換下原受體細胞的DNA片段,將供體的單鏈DNA整合到受體細胞的DNA分子中。這個階段二倍體的交換要發(fā)生兩次以上的偶次,交換一次只能打開一個缺口,使其成為鏈狀,發(fā)生兩次以上的偶次,就穩(wěn)定的插入到了受體的DNA分子上。(三)轉(zhuǎn)化與基因重組作圖外源DNA進入受體細胞以后,形成階段二倍體,階段二倍體也可以發(fā)生基因重組,利用重組率可以進行基因作圖。以trp2+his2+tyr+為供體基因型、trp2-h(huán)is2-tyr-為受體基因型

注意:在計算RF值時:trp2-h(huán)is2:不考慮685,trp2-h(huán)is2-,trp2-h(huán)iy1:不考慮418,trp2-h(huán)iy1-

his2-try1:不考慮2600his2-

try1-

是因為相應的基因可能沒有進入受體細胞,所以無所謂重組和非重組。由上表可以看出,這三個基因在一起的最多,說明這三個基因是緊密連鎖的,his2、tyr1連鎖更緊密,因為它們并發(fā)轉(zhuǎn)化的最多,根據(jù)RF值,進行染色體作圖。

二、接合(Conjugation)接合:是指兩個不同交配型的細胞,通過直接接觸,將遺傳信息從供體細胞轉(zhuǎn)移到受體細胞的過程。(一)E.Coli接合的發(fā)現(xiàn)1946年,萊德伯格和塔特姆發(fā)現(xiàn)了在E.Coli之間轉(zhuǎn)移遺傳物質(zhì)的另一種途徑——接合。他們的實驗是:選擇兩種不同營養(yǎng)缺陷型的E.ColiK12菌株。

A菌株:met-bio-thr+leu+為甲硫氨基、生物素缺陷型

B菌株:met+bio+thr-leu-為蘇氨酸、亮氨酸缺陷型這兩種類型都是兩種物質(zhì)缺陷,在基本培養(yǎng)基中培養(yǎng)都不能生長,除非這兩個基因都發(fā)生回復突變,每個基因的突變率都是10-6,兩個同時發(fā)生回復突變幾乎是不可能的,在完全培養(yǎng)基上都可以生長。。把兩種不同營養(yǎng)缺陷型的E.Coli以同等的數(shù)量同時接種在基本培養(yǎng)基上,發(fā)現(xiàn)長出了一些原養(yǎng)型菌落,基因型為(met+bio+thr+leu+)。這種原養(yǎng)型的出現(xiàn)是什么原因,有兩個疑問:1.重組是否為轉(zhuǎn)化發(fā)生,因為在親本細胞的處理過程中,可能發(fā)生細胞破裂、釋放出轉(zhuǎn)化因子和另一個親本重組產(chǎn)生原養(yǎng)型;2.培養(yǎng)基中是否含有某些代謝產(chǎn)物,兩個親本的代謝產(chǎn)物互補使其可以在基本培養(yǎng)基上生長。針對這兩個問題,萊德伯格和塔特姆進一步作實驗,將一個親本的培養(yǎng)基經(jīng)過細菌漏斗過濾,除去細胞(代謝物質(zhì)),營養(yǎng)物質(zhì)和DNA片段可以通過,然后將其加入另一親本的培養(yǎng)基中,結(jié)果并未產(chǎn)生原養(yǎng)型。這就排除了以上兩個疑問。因而設想A、B菌株重組的必要條件是兩種細胞的直接接觸。1950年戴維斯(Davis,B)設計了一個U型管實驗進一步驗證了以上的設想。

U型管的底部有一濾片,上有微孔,可以通過0.1μm以下的顆粒,細菌的細胞無法通過,將A、B兩個品系置于兩個臂中,兩個臂輪流加壓和吸引促進交流和混合,DNA片段、營養(yǎng)物質(zhì)也可以通過,兩種細胞無法接觸,然后再將兩個臂中的AB菌株分別接種在基本培養(yǎng)基中,結(jié)果沒有菌落生成,即沒有發(fā)生重組,這就更有力的排除了轉(zhuǎn)化和代謝物質(zhì)互補的可能,同時證明細菌的直接接觸是重組的必要條件。

1952年,海斯(Hayes,W)的試驗證明,結(jié)合時遺傳物質(zhì)的交換是單方向轉(zhuǎn)移。即A菌株的遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)向B菌株,B菌株的遺傳物質(zhì)不能轉(zhuǎn)向A菌株,A為供體,相當于高等生物的“雄性”,B為受體,相當于高等生物的“雌性”。(一)F因子及F+向F-的轉(zhuǎn)移

萊德伯格等人認為,所謂供體或雄性是因為細胞內(nèi)有一種致育因子(fertilityfactor,F),用F+表示,而雌性受體缺乏這種因子,以F-表示。

F因子是一個小的DNA分子,可以看作染色體外的遺傳物質(zhì)。它由3個不同的區(qū)域組成:

1.原點(origin),是轉(zhuǎn)移遺傳物質(zhì)的起點;

2.致育基因(fertililygene),這些基因使其本身具感染性,其中一些基因是編碼生成F纖毛(FPillus)的蛋白質(zhì),F(xiàn)纖毛是F+細胞表面的一種管狀結(jié)構稱為接合管(conjugation),接合時F纖毛和F-細胞表面的受體相結(jié)合,在兩個細胞之間形成一個通道即細胞質(zhì)橋,通過細胞質(zhì)橋,遺傳物質(zhì)可以從供體細胞進入受體細胞;3.配對區(qū)

3.配對區(qū)(pairingregion),F(xiàn)因子的這一區(qū)域與細菌染色體中多處的核苷酸序列相對應,可以同源配對??梢酝ㄟ^交換整合到環(huán)狀染色體上,成為受體細胞染色體的一部分,F(xiàn)因子在細菌細胞中存在有兩種狀態(tài):

①是獨立存在的復制子;

②又可以整合到染色體上即為附加體(episome)。

根據(jù)F因子的存在可把E.Coli分為3種類型:

①沒有F因子,即為F-;②F因子在細胞質(zhì)中獨立存在,為F+;③F因子整合到染色體上,為Hfr(highfrequencerecombination高頻重組)型。帶有F因子的細菌可以作為供體,不帶F因子的細菌作受體,細菌雜交時,兩個親本起碼要有一個有F因子,轉(zhuǎn)移時F因子雙鏈在原點處被切開,然后切開的鏈從5`開始進入受體F-細胞,在F-細胞中,再按5`→3`的方向復制成一個完整的雙鏈F因子,另一條沒有被切開的鏈再進行復制,重新形成雙鏈F因子,接合的產(chǎn)物即結(jié)合后體(escomjugant)都是F+,F(xiàn)-獲得F+的F因子。與細菌染色體無關,不能形成重組型。

(二)Hfr細胞的形成及染色體的轉(zhuǎn)移

人們研究發(fā)現(xiàn)F+細胞中1/萬的會偶然整合到染色體,成Hfr型,Hfr細胞可以把主染色體的部分甚至全部帶入到受體細胞。

接合時,整合到染色體上的F因子首先活躍起來,在它的一條鏈中切開缺口,并同時進行滾環(huán)式復制,借助于DNA滾環(huán)復制的動力,帶切口的鏈從5`端進入接合管,這種轉(zhuǎn)移和F+向F-轉(zhuǎn)移相似,所不同的是F因子和染色體DNA鏈相連,染色體也隨著F因子的轉(zhuǎn)移而被帶入到受體細胞,轉(zhuǎn)移的鏈進入受體細胞立即按照5`→3`的方向進行復制。

Hfr×F-,F(xiàn)-常常只能得到供體染色體的一部分,而不是全部,使F-仍屬于F-,如果全部轉(zhuǎn)移了,F(xiàn)-就變成Hfr類型了。受體細胞得到供體的一部染色體,這部分染色體稱為外基因子(exogenote),受體自己本身的染色體稱為內(nèi)基因子,這樣的細菌部分染色體是同源的,稱為部分二倍體。細菌的重組就是在內(nèi)基因子和外基因子之間進行。但有兩點和高等生物不同:①交換單次無意義。②重組后替換下來的游離DNA片段只帶有部分基因組,不能單獨復制和延續(xù),一般被消化掉,重組后的F-細胞不再是部分二倍體,仍為單倍體,重組子類型僅為一個,而不是兩個。(三)中斷雜交試驗及染色體連鎖圖

Hfr×F-,基因從供體進入受體,是有時間差別和次序的,據(jù)此可制作基因圖譜。Wollman和Jacob于1954年在大腸桿菌的接合中設計了一個著名的中斷雜交試驗:

Hfr:thr+leu+azistons

lac+

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