手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹課件

如何構(gòu)建系統(tǒng)進化樹

YZU.TRY手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹系統(tǒng)發(fā)生樹（英文：Phylogenetictree）又稱為演化樹（evolutionarytree），是表明被認為具有共同祖先的各物種間演化關(guān)系的樹。是一種親緣分支分類方法（cladogram）。在樹中，每個節(jié)點代表其各分支的最近共同祖先，而節(jié)點間的線段長度對應(yīng)演化距離（如估計的演化時間）。

手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹MEGA是一個關(guān)于序列分析以及比較統(tǒng)計的軟件?，F(xiàn)主要介紹使用Mega6.0構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的方法。供大家參考。用MEGA構(gòu)建進化樹有以下步驟：1、測序：將克隆擴增測序得到的基因進行測序。2、NCBI上做Blast

比對找到相似度最高的幾個基因，將這幾個基因的序列（Fasta格式文件）下載下來，或點擊GenBank登錄號，復(fù)制FSATA格式，整合在一個*.txt文檔中。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹3、比對序列，比對結(jié)果轉(zhuǎn)化為*.meg格式用Mega6.0的ClustalW做多序列聯(lián)配，比對結(jié)果用*.meg格式保存。或者用ClustalX軟件進行比對，比對結(jié)果保存為*.aln,再用Mega6.0轉(zhuǎn)化為*.meg格式。4、構(gòu)建系統(tǒng)進化樹打開保存的*.meg格式文件，選擇鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進化樹。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹以外米綴蛾的cds為例，點擊cds，出現(xiàn)下圖。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹點擊FASTA，出現(xiàn)下圖。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹該圖為外米綴蛾的FASTA格式，如何保存見下圖手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹一般情況下點擊該頁的右上角有send圖標(biāo)，選擇后點擊createfile即可下載。Txt可以打開。該圖顯示的是序列全長的FASTA格式下載。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹因為我采取基于氨基酸序列比對，所以選擇codingsequences和fastaprotein，下載編碼區(qū)氨基酸序列。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹文件名未下載時不要更改，下下來之后再更改手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹將所有下載下來的fasta格式序列用記事本打開，集中到一個記事本里手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹MEGA6可以識別fasta格式文件。如圖，將全部-基因.txt重命名為全部-基因.fasta手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹選擇打開方式為MEGA6，打開全部-基因.fasta，自動跳出序列窗口用ClustalW做多序列聯(lián)配手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹以.meg格式保存結(jié)果手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹回到MEGA主窗口打開所保存的文件（.meg）手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹點擊按鈕打開文件窗口手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹顯示保守位點顯示變異位點手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹回到MEGA主窗口構(gòu)建進化樹當(dāng)前打開的文件選擇鄰接法建樹手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹選擇Bootstrap檢驗手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹設(shè)定完成，點compute，開始計算得到進化樹構(gòu)建的結(jié)果。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部斜體，要么全部不斜體，無法只讓拉丁文斜體手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部斜體，要么全部不斜體，無法只讓拉丁文斜體手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進化樹系統(tǒng)發(fā)育進化樹優(yōu)化后，復(fù)制黏貼到WORD里，用Microsoftoffice打開可直接在原圖上編輯，將拉丁文斜體，用WPSoffi