分子試驗學習總結(jié)

本文格式為Word版，下載可任意編輯——分子試驗學習總結(jié)DNAstar：序列拼接MEGA：分析堿基組成CLUSTAL：序列比對PAUP：跑樹DABE：飽和性分析

總思路：序列拼接-比對-

四、下載序列的方法

開啟.Fasta格式的序列-Fileexport-sequancealignment-保存在NCBI上找到相應的序列方法：

SearchNucleotidefor文章的genibank序列號-reports-復制序列到txt文件中，刪除沒用的東西，只留下序列和學名。保存成txt文件后，開啟Editseq-將,txt序列復制到其中-save保存為seq格式

五、將拼接序列翻譯成蛋白質(zhì)方法

開啟拼接的序列-全選中-Goodies-translateDNA2、如何計算堿基含量比值、答：MEGA-NucleotideComposition

六、DAMBE序列飽和性分析

序列的飽和性分析在DAMBE程序中，以轉(zhuǎn)換、顛換數(shù)為縱軸，以TN93模型（TamuraandNei,1993）校正的距離為橫軸做散點圖。假使這些點隨序列間分歧增大呈線性分布就說明序列間替換沒有達到飽和，序列可以用于后續(xù)的系統(tǒng)發(fā)育分析。DAMBE還長用在單倍型的歸納、基因頻率和堿基組成分析、遺傳距離計算、序列排序、

5.2.2堿基替換飽和效應的檢驗

當核苷酸序列分歧較小時，序列之間被觀測到的核苷酸差異數(shù)接近實際替換數(shù)。假使序列分歧較大，DNA序列的變異可能會受到飽和效應的影響，這時觀測到的堿基差異可能包含了部分進化雜音。一般說來，堿基轉(zhuǎn)換發(fā)生的頻率高于顛換，但是隨物種分歧程度的增加，轉(zhuǎn)換/顛換的比率接近或小于1，說明轉(zhuǎn)換可能已經(jīng)趨于飽和并可能成為進化雜音，所以轉(zhuǎn)換和顛換發(fā)生的頻率與序列間分歧度的關系就可以反映出堿基替換是否受飽和效應的影響。在著手構建分子系統(tǒng)樹前，為了排除這種進化雜音獲取正確的進化信息，必需對目的片段的堿基替換是否受到飽和效應的影響進行檢驗。

用DAMBE（Xia，2000）分別對四個mtDNA片段的堿基替換模式進行檢測，以此估計所研究mtDNA片段的堿基替換是否受到飽和效應的影響。

開啟DAMBE-FILE-Openstandardsequencefile-類型unknown-開啟

proteincoding

and

nuc.seq-invMtdna-trains-table

versis

advance

–go-graphics-trainsitiontranversion

–tn93-g0-graphstyle-curveonly-保存.bmp

問題

1、如何計算密碼子的不同位上堿基變化，轉(zhuǎn)換顛換比值2、如何進行序列的飽和性分析

序列的飽和性分析在DAMBE程序中，以轉(zhuǎn)換、顛換數(shù)為縱軸，以TN93模型（Tamuraend;beginpaup;logfile=coimp;setmaxtrees=1000;setcriterion=parsimony;

hsearchaddseq=randomnreps=1000;showtrees;

describetrees1/plot=phylogrambrlens=yes;savetreesfile=coi(mp).treroot=yesbrlens=yes;contreeall/file=coi.tre;

pscoreall/CI=yesRI=yesRC=yes;bootstrap

nreps=1000

search=heuristic/addseq=randomnreps=100;

savetreesfile=coi(mpb).treroot=y