利用SeqMan進(jìn)行序列拼接

利用SeqMan進(jìn)行序列拼接

精選ppt簡介DNAStar是分子生物實驗室常用的序列分析軟件。該軟件由EditSeq，MegAlign，GeneQuest，MapDraw，PrimerSelect，Protean，SeqMan七個模塊組成，功能主要有：序列的格式轉(zhuǎn)換，序列拼接和重疊克隆群的處理；基因?qū)ふ?；蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的查找；多重序列的比較和兩兩序列比較；寡核苷酸設(shè)計〔PCR引物，測序引物，探針〕。精選pptSeqManSeqMan主要用于多序列的拼接，可以將成千上萬的序列〔最多可以支持64000多序列〕裝配成contigs，同時在拼接前，可以修整質(zhì)量差的序列以及去除自動測序的序列結(jié)果中的污染序列或載體序列。seqman還提供完善的編輯和輸出功能。精選pptStep1:翻開Seqman軟件精選ppt點擊Addsequences查找并選中要拼接的序列點擊Add按鈕填加填加完后點擊done注：最好用測序的圖譜〔*.abi)盡量不要直接用測序得到的序列(.seq)Step2:參加你要拼接的序列精選pptStep3:進(jìn)行序列拼接點擊Assemble按鈕12點擊拼接好的contig1精選pptStep3:進(jìn)行序列拼接Alignmentofcontig1窗口中點擊左三角顯示序列的測序圖譜精選ppt測序準(zhǔn)確的峰形圖峰形規(guī)那么，一般在序列的中部，如以下圖所示精選ppt測序不準(zhǔn)確的峰形圖峰形較亂，很難判斷是哪個堿基，一般位于序列兩端，如以下圖所示精選pptStep4:查找拼接錯誤點擊菜單contig-strategyview可以觀察序列拼接的宏觀圖1勾選Conflicts，可以看見測序序列中有沖突的地方精選ppt標(biāo)尺下面的條帶，顯示了序列的數(shù)量和覆蓋程度。條帶的顏色和厚度代表覆蓋序列的數(shù)量。中間的藍(lán)線表示只有一條鏈被測序的區(qū)域。出現(xiàn)于contig兩邊的細(xì)紅線表示這個區(qū)域只測過一次序。精選ppt點擊菜單Edit-findconflict或FindNext查找接接中出現(xiàn)的錯誤?還可用左下角的快捷按鈕查找錯誤的拼接精選pptStep5：修改拼接錯誤兩條序列的測序結(jié)果不一致并明顯一條測序質(zhì)量好而另一條質(zhì)量差處理：直接將該處修改為正確的堿基錯誤拼接的類型精選pptStep5：修改拼接錯誤2.兩條序列的測序結(jié)果不一致并兩條測序質(zhì)量都比較差處理：重新測序或用新的適宜引物重新測定錯誤拼接的類型精選pptStep5：修改拼接錯誤3.兩條序列的測序結(jié)果不一致并明顯兩條測序質(zhì)量都好

處理：測序過程出現(xiàn)問題，重新測定錯誤拼接的類型類型3精選pptStep6:導(dǎo)出拼接的序列可選擇適宜的格式，導(dǎo)出拼接好的序列123精選ppt通過以上幾步我們就能很快將幾個測序片段進(jìn)行拼接，大家可以拿著自己的序列試試!

當(dāng)然如果兩個測序片段的拼接片段太短可能利用默認(rèn)的參數(shù)不能完成拼接，大家可以試著修改一下拼接參數(shù)試試!如降低Matchsize及MinimumMatchPercentage的值!精選ppt精選pptSeqMan進(jìn)階手工及自動去除末端消除載體或污染的序列網(wǎng)絡(luò)比對下載同源相似序列精選ppt手動修改序列末端SeqMan根據(jù)trace數(shù)據(jù)的質(zhì)量和載體序列在裝配之前可以自動地進(jìn)行末端修整。然而有時候修改的程度難以掌握，下面我們將用手工的方法找回修整過的末端。精選ppt手動修改為了區(qū)分修整過和沒有修整過的數(shù)據(jù)，我們給修整過的數(shù)據(jù)加一個有顏色的背景。選擇菜單Project→Parameters→EditingColor翻開下面的對話框。確定useconsensusmatchcolor和useothercolor已被選中。精選ppt手動修改修整完畢后AlignmentView中在序列的左邊會有一個黑色的垂直棒，右邊有一個小的黑三角形。要找回修整去掉的序列末端，只需把垂直棒向序列的兩端拖動即可，以前修整去掉的序列有明亮的黃色背景。精選pptPre-AssemblyOptions操作及序列裝配

在拼接前面，可以將所要拼接的片段中去除載體和污染序列，優(yōu)化裝配順序，設(shè)定片段末端和標(biāo)記重復(fù)序列精選ppt去除載體序列精選ppt去除載體序列精選ppt去除載體序列seqman在拼接前，有--點擊UnassembledSequences窗口的右上角的“options“按鈕選擇相應(yīng)功能。默認(rèn)設(shè)定Trimsequenceends，scanforvector，optimizesequenceassemblyorder.。精選ppt去除載體序列單擊

ScanAll按鈕，將出現(xiàn)一個report窗口?，F(xiàn)在載體欄顯示：載體名字前都有一個檢測通過的標(biāo)志，說明Janus載體在全部14序列中都已經(jīng)檢測到了。單擊assemble按鈕，進(jìn)行序列拼接。精選ppt查看末端修整和載體序列去除細(xì)節(jié)報告

選擇Project菜單的TrimReport翻開Trimreport窗口。精選ppt查看修整序列前后的跟蹤數(shù)據(jù)

右鍵選擇6號樣本，然后ShowOriginalTraceData,翻開Trace：Sample6.abi窗口從5’末端起變淡的局部是載體序列，將不會用于序列裝配，故被去除。垂直的黑棒出現(xiàn)于修整和未修整的序列之間，根據(jù)需要拖動垂直黑棒，可以調(diào)整用于裝配的序列末端。精選ppt自定義載體序列點擊VectorCatalog選項自定義實驗室常用的載體序列1、掃描載體插入位點上下500bp2、多克隆